CuGenDBv2

Gene ID	Lag0004471
Organism	Luffa acutangula AG-4 (Sponge gourd (AG-4) v1)
Description	Tubulin beta chain
Genome location	chr6:4225480..4225875
RNA-Seq Expression	Lag0004471
Synteny	Lag0004471
Gene Ontology terms	GO:0000226 - microtubule cytoskeleton organization (biological process) GO:0000278 - mitotic cell cycle (biological process) GO:0005737 - cytoplasm (cellular component) GO:0005874 - microtubule (cellular component) GO:0003924 - GTPase activity (molecular function) GO:0005200 - structural constituent of cytoskeleton (molecular function) GO:0005525 - GTP binding (molecular function)
InterPro domains	IPR000217 - Tubulin IPR002453 - Beta tubulin IPR008280 - Tubulin/FtsZ, C-terminal IPR018316 - Tubulin/FtsZ, 2-layer sandwich domain IPR023123 - Tubulin, C-terminal IPR037103 - Tubulin/FtsZ-like, C-terminal domain

Homology

Show/hide homology

GenBank top hits

e value

%identity

Alignment

XP_004152649.1 tubulin beta chain [Cucumis sativus]

2.3e-63

96.97

Show/hide

Query:  MFRGRMSTKEVDEQMINVQNKNSSYFVEWIPNNVKSSVCDIPPKGLKMASTFVGNSTSIQEMFRRVSEQFTAMFRRKAFLHWYTGEGMDEMEFTEAESNM
        MFRGRMSTKEVDEQMINVQNKNSSYFVEWIPNNVKSSVCDIPPKGLKMASTFVGNSTSIQEMFRRVSEQFTAMFRRKAFLHWYTGEGMDEMEFTEAESNM
Subjt:  MFRGRMSTKEVDEQMINVQNKNSSYFVEWIPNNVKSSVCDIPPKGLKMASTFVGNSTSIQEMFRRVSEQFTAMFRRKAFLHWYTGEGMDEMEFTEAESNM

Query:  NDLVAEYQQYQDATVDDDADFEDR-EDEYAEQ
        NDLVAEYQQYQDATVDDDADFED  +DEYA+Q
Subjt:  NDLVAEYQQYQDATVDDDADFEDR-EDEYAEQ

XP_022951577.1 tubulin beta chain-like [Cucurbita moschata]

1.6e-64

97.71

Show/hide

Query:  MFRGRMSTKEVDEQMINVQNKNSSYFVEWIPNNVKSSVCDIPPKGLKMASTFVGNSTSIQEMFRRVSEQFTAMFRRKAFLHWYTGEGMDEMEFTEAESNM
        MFRGRMSTKEVDEQMINVQNKNSSYFVEWIPNNVKSSVCDIPPKGLKMASTFVGNSTSIQEMFRRVSEQFTAMFRRKAFLHWYTGEGMDEMEFTEAESNM
Subjt:  MFRGRMSTKEVDEQMINVQNKNSSYFVEWIPNNVKSSVCDIPPKGLKMASTFVGNSTSIQEMFRRVSEQFTAMFRRKAFLHWYTGEGMDEMEFTEAESNM

Query:  NDLVAEYQQYQDATVDDDADFEDREDEYAEQ
        NDLVAEYQQYQDATVDD+ADFED E+EYAEQ
Subjt:  NDLVAEYQQYQDATVDDDADFEDREDEYAEQ

XP_022962240.1 tubulin beta chain-like [Cucurbita moschata]

5.5e-65

98.47

Show/hide

Query:  MFRGRMSTKEVDEQMINVQNKNSSYFVEWIPNNVKSSVCDIPPKGLKMASTFVGNSTSIQEMFRRVSEQFTAMFRRKAFLHWYTGEGMDEMEFTEAESNM
        MFRGRMSTKEVDEQMINVQNKNSSYFVEWIPNNVKSSVCDIPPKGLKMASTFVGNSTSIQEMFRRVSEQFTAMFRRKAFLHWYTGEGMDEMEFTEAESNM
Subjt:  MFRGRMSTKEVDEQMINVQNKNSSYFVEWIPNNVKSSVCDIPPKGLKMASTFVGNSTSIQEMFRRVSEQFTAMFRRKAFLHWYTGEGMDEMEFTEAESNM

Query:  NDLVAEYQQYQDATVDDDADFEDREDEYAEQ
        NDLVAEYQQYQDATVDDDADFEDRE+EY EQ
Subjt:  NDLVAEYQQYQDATVDDDADFEDREDEYAEQ

XP_023002345.1 tubulin beta chain-like [Cucurbita maxima]

3.5e-64

96.95

Show/hide

Query:  MFRGRMSTKEVDEQMINVQNKNSSYFVEWIPNNVKSSVCDIPPKGLKMASTFVGNSTSIQEMFRRVSEQFTAMFRRKAFLHWYTGEGMDEMEFTEAESNM
        MFRGRMSTKEVDEQMINVQNKNSSYFVEWIPNNVKSSVCDIPPKGLKMASTFVGNSTSIQEMFRRVSEQFTAMFRRKAFLHWYTGEGMDEMEFTEAESNM
Subjt:  MFRGRMSTKEVDEQMINVQNKNSSYFVEWIPNNVKSSVCDIPPKGLKMASTFVGNSTSIQEMFRRVSEQFTAMFRRKAFLHWYTGEGMDEMEFTEAESNM

Query:  NDLVAEYQQYQDATVDDDADFEDREDEYAEQ
        NDLVAEYQQYQDATVDD+ADFED E++YAEQ
Subjt:  NDLVAEYQQYQDATVDDDADFEDREDEYAEQ

XP_038885170.1 tubulin beta chain-like [Benincasa hispida]

3.2e-65

98.47

Show/hide

Query:  MFRGRMSTKEVDEQMINVQNKNSSYFVEWIPNNVKSSVCDIPPKGLKMASTFVGNSTSIQEMFRRVSEQFTAMFRRKAFLHWYTGEGMDEMEFTEAESNM
        MFRGRMSTKEVDEQMINVQNKNSSYFVEWIPNNVKSSVCDIPPKGLKMASTFVGNSTSIQEMFRRVSEQFTAMFRRKAFLHWYTGEGMDEMEFTEAESNM
Subjt:  MFRGRMSTKEVDEQMINVQNKNSSYFVEWIPNNVKSSVCDIPPKGLKMASTFVGNSTSIQEMFRRVSEQFTAMFRRKAFLHWYTGEGMDEMEFTEAESNM

Query:  NDLVAEYQQYQDATVDDDADFEDREDEYAEQ
        NDLVAEYQQYQDATVDDDADFEDREDEY +Q
Subjt:  NDLVAEYQQYQDATVDDDADFEDREDEYAEQ

TrEMBL top hits

e value

%identity

Alignment

A0A0A0LPG6 Tubulin beta chain

1.1e-63

96.97

Show/hide

Query:  MFRGRMSTKEVDEQMINVQNKNSSYFVEWIPNNVKSSVCDIPPKGLKMASTFVGNSTSIQEMFRRVSEQFTAMFRRKAFLHWYTGEGMDEMEFTEAESNM
        MFRGRMSTKEVDEQMINVQNKNSSYFVEWIPNNVKSSVCDIPPKGLKMASTFVGNSTSIQEMFRRVSEQFTAMFRRKAFLHWYTGEGMDEMEFTEAESNM
Subjt:  MFRGRMSTKEVDEQMINVQNKNSSYFVEWIPNNVKSSVCDIPPKGLKMASTFVGNSTSIQEMFRRVSEQFTAMFRRKAFLHWYTGEGMDEMEFTEAESNM

Query:  NDLVAEYQQYQDATVDDDADFEDR-EDEYAEQ
        NDLVAEYQQYQDATVDDDADFED  +DEYA+Q
Subjt:  NDLVAEYQQYQDATVDDDADFEDR-EDEYAEQ

A0A6J1GI31 Tubulin beta chain

7.7e-65

97.71

Show/hide

Query:  MFRGRMSTKEVDEQMINVQNKNSSYFVEWIPNNVKSSVCDIPPKGLKMASTFVGNSTSIQEMFRRVSEQFTAMFRRKAFLHWYTGEGMDEMEFTEAESNM
        MFRGRMSTKEVDEQMINVQNKNSSYFVEWIPNNVKSSVCDIPPKGLKMASTFVGNSTSIQEMFRRVSEQFTAMFRRKAFLHWYTGEGMDEMEFTEAESNM
Subjt:  MFRGRMSTKEVDEQMINVQNKNSSYFVEWIPNNVKSSVCDIPPKGLKMASTFVGNSTSIQEMFRRVSEQFTAMFRRKAFLHWYTGEGMDEMEFTEAESNM

Query:  NDLVAEYQQYQDATVDDDADFEDREDEYAEQ
        NDLVAEYQQYQDATVDD+ADFED E+EYAEQ
Subjt:  NDLVAEYQQYQDATVDDDADFEDREDEYAEQ

A0A6J1HEH2 Tubulin beta chain

2.6e-65

98.47

Show/hide

Query:  MFRGRMSTKEVDEQMINVQNKNSSYFVEWIPNNVKSSVCDIPPKGLKMASTFVGNSTSIQEMFRRVSEQFTAMFRRKAFLHWYTGEGMDEMEFTEAESNM
        MFRGRMSTKEVDEQMINVQNKNSSYFVEWIPNNVKSSVCDIPPKGLKMASTFVGNSTSIQEMFRRVSEQFTAMFRRKAFLHWYTGEGMDEMEFTEAESNM
Subjt:  MFRGRMSTKEVDEQMINVQNKNSSYFVEWIPNNVKSSVCDIPPKGLKMASTFVGNSTSIQEMFRRVSEQFTAMFRRKAFLHWYTGEGMDEMEFTEAESNM

Query:  NDLVAEYQQYQDATVDDDADFEDREDEYAEQ
        NDLVAEYQQYQDATVDDDADFEDRE+EY EQ
Subjt:  NDLVAEYQQYQDATVDDDADFEDREDEYAEQ

A0A6J1K690 Tubulin beta chain

2.6e-65

98.47

Show/hide

Query:  MFRGRMSTKEVDEQMINVQNKNSSYFVEWIPNNVKSSVCDIPPKGLKMASTFVGNSTSIQEMFRRVSEQFTAMFRRKAFLHWYTGEGMDEMEFTEAESNM
        MFRGRMSTKEVDEQMINVQNKNSSYFVEWIPNNVKSSVCDIPPKGLKMASTFVGNSTSIQEMFRRVSEQFTAMFRRKAFLHWYTGEGMDEMEFTEAESNM
Subjt:  MFRGRMSTKEVDEQMINVQNKNSSYFVEWIPNNVKSSVCDIPPKGLKMASTFVGNSTSIQEMFRRVSEQFTAMFRRKAFLHWYTGEGMDEMEFTEAESNM

Query:  NDLVAEYQQYQDATVDDDADFEDREDEYAEQ
        NDLVAEYQQYQDATVDDDADFEDRE+EY EQ
Subjt:  NDLVAEYQQYQDATVDDDADFEDREDEYAEQ

A0A6J1KNN8 Tubulin beta chain

1.7e-64

96.95

Show/hide

Query:  MFRGRMSTKEVDEQMINVQNKNSSYFVEWIPNNVKSSVCDIPPKGLKMASTFVGNSTSIQEMFRRVSEQFTAMFRRKAFLHWYTGEGMDEMEFTEAESNM
        MFRGRMSTKEVDEQMINVQNKNSSYFVEWIPNNVKSSVCDIPPKGLKMASTFVGNSTSIQEMFRRVSEQFTAMFRRKAFLHWYTGEGMDEMEFTEAESNM
Subjt:  MFRGRMSTKEVDEQMINVQNKNSSYFVEWIPNNVKSSVCDIPPKGLKMASTFVGNSTSIQEMFRRVSEQFTAMFRRKAFLHWYTGEGMDEMEFTEAESNM

Query:  NDLVAEYQQYQDATVDDDADFEDREDEYAEQ
        NDLVAEYQQYQDATVDD+ADFED E++YAEQ
Subjt:  NDLVAEYQQYQDATVDDDADFEDREDEYAEQ

SwissProt top hits

e value

%identity

Alignment

Q41785 Tubulin beta-8 chain

2.9e-61

91.2

Show/hide

Query:  MFRGRMSTKEVDEQMINVQNKNSSYFVEWIPNNVKSSVCDIPPKGLKMASTFVGNSTSIQEMFRRVSEQFTAMFRRKAFLHWYTGEGMDEMEFTEAESNM
        MFRG+MSTKEVDEQMINVQNKNSSYFVEWIPNNVKSSVCDIPP+GL MASTF+GNSTSIQEMFRRVSEQFTAMFRRKAFLHWYTGEGMDEMEFTEAESNM
Subjt:  MFRGRMSTKEVDEQMINVQNKNSSYFVEWIPNNVKSSVCDIPPKGLKMASTFVGNSTSIQEMFRRVSEQFTAMFRRKAFLHWYTGEGMDEMEFTEAESNM

Query:  NDLVAEYQQYQDATVDDDADFEDRE
        NDLV+EYQQYQDAT D++A++ED E
Subjt:  NDLVAEYQQYQDATVDDDADFEDRE

Q43594 Tubulin beta-1 chain

1.7e-61

88.46

Show/hide

Query:  MFRGRMSTKEVDEQMINVQNKNSSYFVEWIPNNVKSSVCDIPPKGLKMASTFVGNSTSIQEMFRRVSEQFTAMFRRKAFLHWYTGEGMDEMEFTEAESNM
        MFRG+MSTKEVDEQMINVQNKNSSYFVEWIPNNVKSSVCDIPP+GL MASTF+GNSTSIQEMFRRVSEQFTAMFRRKAFLHWYTGEGMDEMEFTEAESNM
Subjt:  MFRGRMSTKEVDEQMINVQNKNSSYFVEWIPNNVKSSVCDIPPKGLKMASTFVGNSTSIQEMFRRVSEQFTAMFRRKAFLHWYTGEGMDEMEFTEAESNM

Query:  NDLVAEYQQYQDATVDDDADFEDREDEYAE
        NDLV+EYQQYQDAT D++ D+ED E++  E
Subjt:  NDLVAEYQQYQDATVDDDADFEDREDEYAE

Q43697 Tubulin beta-5 chain

2.9e-61

91.2

Show/hide

Query:  MFRGRMSTKEVDEQMINVQNKNSSYFVEWIPNNVKSSVCDIPPKGLKMASTFVGNSTSIQEMFRRVSEQFTAMFRRKAFLHWYTGEGMDEMEFTEAESNM
        MFRG+MSTKEVDEQMINVQNKNSSYFVEWIPNNVKSSVCDIPP+GL MASTF+GNSTSIQEMFRRVSEQFTAMFRRKAFLHWYTGEGMDEMEFTEAESNM
Subjt:  MFRGRMSTKEVDEQMINVQNKNSSYFVEWIPNNVKSSVCDIPPKGLKMASTFVGNSTSIQEMFRRVSEQFTAMFRRKAFLHWYTGEGMDEMEFTEAESNM

Query:  NDLVAEYQQYQDATVDDDADFEDRE
        NDLV+EYQQYQDAT D++A++ED E
Subjt:  NDLVAEYQQYQDATVDDDADFEDRE

Q8H7U1 Tubulin beta-2 chain

2.9e-61

89.76

Show/hide

Query:  MFRGRMSTKEVDEQMINVQNKNSSYFVEWIPNNVKSSVCDIPPKGLKMASTFVGNSTSIQEMFRRVSEQFTAMFRRKAFLHWYTGEGMDEMEFTEAESNM
        MFRG+MSTKEVDEQM+NVQNKNSSYFVEWIPNNVKS+VCDIPP GLKMASTF+GNSTSIQEMFRRVSEQFTAMFRRKAFLHWYTGEGMDEMEFTEAESNM
Subjt:  MFRGRMSTKEVDEQMINVQNKNSSYFVEWIPNNVKSSVCDIPPKGLKMASTFVGNSTSIQEMFRRVSEQFTAMFRRKAFLHWYTGEGMDEMEFTEAESNM

Query:  NDLVAEYQQYQDATVDDDADFEDREDE
        NDLV+EYQQYQDAT DD+ ++ED E+E
Subjt:  NDLVAEYQQYQDATVDDDADFEDREDE

Q9ZPP0 Tubulin beta-1 chain

5.9e-62

89.92

Show/hide

Query:  MFRGRMSTKEVDEQMINVQNKNSSYFVEWIPNNVKSSVCDIPPKGLKMASTFVGNSTSIQEMFRRVSEQFTAMFRRKAFLHWYTGEGMDEMEFTEAESNM
        MFRG+MSTKEVDEQM+NVQNKNSSYFVEWIPNNVKSSVCDIPP GLKMASTF+GNSTSIQEMFRRVSEQFTAMFRRKAFLHWYTGEGMDEMEFTEAESNM
Subjt:  MFRGRMSTKEVDEQMINVQNKNSSYFVEWIPNNVKSSVCDIPPKGLKMASTFVGNSTSIQEMFRRVSEQFTAMFRRKAFLHWYTGEGMDEMEFTEAESNM

Query:  NDLVAEYQQYQDATVDDDADFEDREDEYA
        NDLVAEYQQYQDAT +D+ ++ED E+E A
Subjt:  NDLVAEYQQYQDATVDDDADFEDREDEYA

Arabidopsis top hits

e value

%identity

Alignment

AT2G29550.1 tubulin beta-7 chain

4.6e-62

86.26

Show/hide

Query:  MFRGRMSTKEVDEQMINVQNKNSSYFVEWIPNNVKSSVCDIPPKGLKMASTFVGNSTSIQEMFRRVSEQFTAMFRRKAFLHWYTGEGMDEMEFTEAESNM
        MFRG+MSTKEVDEQM+NVQNKNSSYFVEWIPNNVKS+VCDIPP GLKMASTF+GNSTSIQEMFRRVSEQFTAMFRRKAFLHWYTGEGMDEMEFTEAESNM
Subjt:  MFRGRMSTKEVDEQMINVQNKNSSYFVEWIPNNVKSSVCDIPPKGLKMASTFVGNSTSIQEMFRRVSEQFTAMFRRKAFLHWYTGEGMDEMEFTEAESNM

Query:  NDLVAEYQQYQDATVDDDADFEDREDEYAEQ
        NDLV+EYQQYQDAT D++ ++E+ E EY ++
Subjt:  NDLVAEYQQYQDATVDDDADFEDREDEYAEQ

AT5G12250.1 beta-6 tubulin

1.3e-61

89.76

Show/hide

Query:  MFRGRMSTKEVDEQMINVQNKNSSYFVEWIPNNVKSSVCDIPPKGLKMASTFVGNSTSIQEMFRRVSEQFTAMFRRKAFLHWYTGEGMDEMEFTEAESNM
        MFRG+MSTKEVDEQMINVQNKNSSYFVEWIPNNVKSSVCDI P+GL MASTF+GNSTSIQEMFRRVSEQFTAMFRRKAFLHWYTGEGMDEMEFTEAESNM
Subjt:  MFRGRMSTKEVDEQMINVQNKNSSYFVEWIPNNVKSSVCDIPPKGLKMASTFVGNSTSIQEMFRRVSEQFTAMFRRKAFLHWYTGEGMDEMEFTEAESNM

Query:  NDLVAEYQQYQDATVDDDADFEDREDE
        NDLV+EYQQYQDAT DD+ ++E+ EDE
Subjt:  NDLVAEYQQYQDATVDDDADFEDREDE

AT5G23860.1 tubulin beta 8

3.9e-61

87.79

Show/hide

Query:  MFRGRMSTKEVDEQMINVQNKNSSYFVEWIPNNVKSSVCDIPPKGLKMASTFVGNSTSIQEMFRRVSEQFTAMFRRKAFLHWYTGEGMDEMEFTEAESNM
        MFRG+MSTKEVDEQMINVQNKNSSYFVEWIPNNVKS+VCDIPP GLKMASTF+GNSTSIQEMFRRVSEQFTAMFRRKAFLHWYTGEGMDEMEFTEAESNM
Subjt:  MFRGRMSTKEVDEQMINVQNKNSSYFVEWIPNNVKSSVCDIPPKGLKMASTFVGNSTSIQEMFRRVSEQFTAMFRRKAFLHWYTGEGMDEMEFTEAESNM

Query:  NDLVAEYQQYQDATVDDDADFEDREDEYAEQ
        NDLV+EYQQYQDAT D++  +E  EDE   Q
Subjt:  NDLVAEYQQYQDATVDDDADFEDREDEYAEQ

AT5G62690.1 tubulin beta chain 2

4.6e-62

87.12

Show/hide

Query:  MFRGRMSTKEVDEQMINVQNKNSSYFVEWIPNNVKSSVCDIPPKGLKMASTFVGNSTSIQEMFRRVSEQFTAMFRRKAFLHWYTGEGMDEMEFTEAESNM
        MFRG+MSTKEVDEQM+NVQNKNSSYFVEWIPNNVKS+VCDIPP GLKMASTF+GNSTSIQEMFRRVSEQFTAMFRRKAFLHWYTGEGMDEMEFTEAESNM
Subjt:  MFRGRMSTKEVDEQMINVQNKNSSYFVEWIPNNVKSSVCDIPPKGLKMASTFVGNSTSIQEMFRRVSEQFTAMFRRKAFLHWYTGEGMDEMEFTEAESNM

Query:  NDLVAEYQQYQDATVDDDADFEDRED-EYAEQ
        NDLV+EYQQYQDAT D++ D+ED E+ EY ++
Subjt:  NDLVAEYQQYQDATVDDDADFEDRED-EYAEQ

AT5G62700.1 tubulin beta chain 3

4.6e-62

87.12

Show/hide

Query:  MFRGRMSTKEVDEQMINVQNKNSSYFVEWIPNNVKSSVCDIPPKGLKMASTFVGNSTSIQEMFRRVSEQFTAMFRRKAFLHWYTGEGMDEMEFTEAESNM
        MFRG+MSTKEVDEQM+NVQNKNSSYFVEWIPNNVKS+VCDIPP GLKMASTF+GNSTSIQEMFRRVSEQFTAMFRRKAFLHWYTGEGMDEMEFTEAESNM
Subjt:  MFRGRMSTKEVDEQMINVQNKNSSYFVEWIPNNVKSSVCDIPPKGLKMASTFVGNSTSIQEMFRRVSEQFTAMFRRKAFLHWYTGEGMDEMEFTEAESNM

Query:  NDLVAEYQQYQDATVDDDADFEDRED-EYAEQ
        NDLV+EYQQYQDAT D++ D+ED E+ EY ++
Subjt:  NDLVAEYQQYQDATVDDDADFEDRED-EYAEQ

Sequences

Show/hide sequences

CDS sequence

Show/hide CDS sequence

ATGTTCAGAGGAAGAATGAGCACCAAAGAAGTGGACGAACAGATGATCAATGTGCAGAACAAAAACTCATCCTACTTCGTGGAATGGATCCCCAACAACGTGAAGTCAAG
TGTTTGTGACATTCCTCCAAAGGGCCTGAAAATGGCGTCGACATTTGTTGGAAACTCGACCTCCATTCAGGAGATGTTCAGGAGGGTGAGCGAGCAGTTCACAGCCATGT
TTAGGCGCAAGGCTTTTCTGCATTGGTACACAGGTGAAGGAATGGACGAAATGGAGTTCACAGAGGCTGAGAGTAATATGAACGACTTGGTTGCTGAGTATCAGCAGTAT
CAGGACGCCACTGTTGATGATGATGCTGATTTTGAAGATCGTGAAGACGAGTATGCCGAACAGTAA

mRNA sequence

Show/hide mRNA sequence

Protein sequence

Show/hide protein sequence

MFRGRMSTKEVDEQMINVQNKNSSYFVEWIPNNVKSSVCDIPPKGLKMASTFVGNSTSIQEMFRRVSEQFTAMFRRKAFLHWYTGEGMDEMEFTEAESNMNDLVAEYQQY
QDATVDDDADFEDREDEYAEQ

Lag0004471 (gene) of Sponge gourd (AG-4) v1 genome