; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; CuGenDBv2

Lag0008411 (gene) of Sponge gourd (AG-4) v1 genome

Gene IDLag0008411
OrganismLuffa acutangula AG-4 (Sponge gourd (AG-4) v1)
DescriptionDEAD-box ATP-dependent RNA helicase
Genome locationchr9:20885723..20886093
RNA-Seq ExpressionLag0008411
SyntenyLag0008411
Gene Ontology termsGO:0000398 - mRNA splicing, via spliceosome (biological process)
GO:0071013 - catalytic step 2 spliceosome (cellular component)
GO:0003723 - RNA binding (molecular function)
GO:0003724 - RNA helicase activity (molecular function)
GO:0005524 - ATP binding (molecular function)
GO:0016787 - hydrolase activity (molecular function)
InterPro domainsIPR001650 - Helicase, C-terminal
IPR027417 - P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase


Homology Show/hide homology
GenBank top hitse value%identityAlignment
KAA0048485.1 DEAD-box ATP-dependent RNA helicase 21 [Cucumis melo var. makuwa]1.2e-4986.99Show/hide
Query:  MMKESEKFYRLQNLLDNLGDKTAIVFVNTKKNADTVAKNLDKAGYRVTTLHGGKSQEQREISLE----------------GRGIDIPDVAHVINYDMPSN
        MMKESEKFYRLQNLLDNLGDKTAIVFVNTKKNADTVAKNLDKAGYRVTTLHGGKSQEQREISLE                GRGIDIPDVAHVINYDMPSN
Subjt:  MMKESEKFYRLQNLLDNLGDKTAIVFVNTKKNADTVAKNLDKAGYRVTTLHGGKSQEQREISLE----------------GRGIDIPDVAHVINYDMPSN

Query:  IEMYTHRIGRTGRAGKTGVATTF
        IEMYTHRIGRTGRAGKTGVATTF
Subjt:  IEMYTHRIGRTGRAGKTGVATTF

KAE8650563.1 hypothetical protein Csa_010381 [Cucumis sativus]1.2e-4986.99Show/hide
Query:  MMKESEKFYRLQNLLDNLGDKTAIVFVNTKKNADTVAKNLDKAGYRVTTLHGGKSQEQREISLE----------------GRGIDIPDVAHVINYDMPSN
        MMKESEKFYRLQNLLDNLGDKTAIVFVNTKKNADTVAKNLDKAGYRVTTLHGGKSQEQREISLE                GRGIDIPDVAHVINYDMPSN
Subjt:  MMKESEKFYRLQNLLDNLGDKTAIVFVNTKKNADTVAKNLDKAGYRVTTLHGGKSQEQREISLE----------------GRGIDIPDVAHVINYDMPSN

Query:  IEMYTHRIGRTGRAGKTGVATTF
        IEMYTHRIGRTGRAGKTGVATTF
Subjt:  IEMYTHRIGRTGRAGKTGVATTF

XP_004145628.1 DEAD-box ATP-dependent RNA helicase 21 [Cucumis sativus]1.2e-4986.99Show/hide
Query:  MMKESEKFYRLQNLLDNLGDKTAIVFVNTKKNADTVAKNLDKAGYRVTTLHGGKSQEQREISLE----------------GRGIDIPDVAHVINYDMPSN
        MMKESEKFYRLQNLLDNLGDKTAIVFVNTKKNADTVAKNLDKAGYRVTTLHGGKSQEQREISLE                GRGIDIPDVAHVINYDMPSN
Subjt:  MMKESEKFYRLQNLLDNLGDKTAIVFVNTKKNADTVAKNLDKAGYRVTTLHGGKSQEQREISLE----------------GRGIDIPDVAHVINYDMPSN

Query:  IEMYTHRIGRTGRAGKTGVATTF
        IEMYTHRIGRTGRAGKTGVATTF
Subjt:  IEMYTHRIGRTGRAGKTGVATTF

XP_008461552.1 PREDICTED: DEAD-box ATP-dependent RNA helicase 21 [Cucumis melo]1.2e-4986.99Show/hide
Query:  MMKESEKFYRLQNLLDNLGDKTAIVFVNTKKNADTVAKNLDKAGYRVTTLHGGKSQEQREISLE----------------GRGIDIPDVAHVINYDMPSN
        MMKESEKFYRLQNLLDNLGDKTAIVFVNTKKNADTVAKNLDKAGYRVTTLHGGKSQEQREISLE                GRGIDIPDVAHVINYDMPSN
Subjt:  MMKESEKFYRLQNLLDNLGDKTAIVFVNTKKNADTVAKNLDKAGYRVTTLHGGKSQEQREISLE----------------GRGIDIPDVAHVINYDMPSN

Query:  IEMYTHRIGRTGRAGKTGVATTF
        IEMYTHRIGRTGRAGKTGVATTF
Subjt:  IEMYTHRIGRTGRAGKTGVATTF

XP_038883557.1 DEAD-box ATP-dependent RNA helicase 21 [Benincasa hispida]1.2e-4986.99Show/hide
Query:  MMKESEKFYRLQNLLDNLGDKTAIVFVNTKKNADTVAKNLDKAGYRVTTLHGGKSQEQREISLE----------------GRGIDIPDVAHVINYDMPSN
        MMKESEKFYRLQNLLDNLGDKTAIVFVNTKKNADTVAKNLDKAGYRVTTLHGGKSQEQREISLE                GRGIDIPDVAHVINYDMPSN
Subjt:  MMKESEKFYRLQNLLDNLGDKTAIVFVNTKKNADTVAKNLDKAGYRVTTLHGGKSQEQREISLE----------------GRGIDIPDVAHVINYDMPSN

Query:  IEMYTHRIGRTGRAGKTGVATTF
        IEMYTHRIGRTGRAGKTGVATTF
Subjt:  IEMYTHRIGRTGRAGKTGVATTF

TrEMBL top hitse value%identityAlignment
A0A0A0L7D0 Uncharacterized protein5.7e-5086.99Show/hide
Query:  MMKESEKFYRLQNLLDNLGDKTAIVFVNTKKNADTVAKNLDKAGYRVTTLHGGKSQEQREISLE----------------GRGIDIPDVAHVINYDMPSN
        MMKESEKFYRLQNLLDNLGDKTAIVFVNTKKNADTVAKNLDKAGYRVTTLHGGKSQEQREISLE                GRGIDIPDVAHVINYDMPSN
Subjt:  MMKESEKFYRLQNLLDNLGDKTAIVFVNTKKNADTVAKNLDKAGYRVTTLHGGKSQEQREISLE----------------GRGIDIPDVAHVINYDMPSN

Query:  IEMYTHRIGRTGRAGKTGVATTF
        IEMYTHRIGRTGRAGKTGVATTF
Subjt:  IEMYTHRIGRTGRAGKTGVATTF

A0A1S3CFF8 DEAD-box ATP-dependent RNA helicase 215.7e-5086.99Show/hide
Query:  MMKESEKFYRLQNLLDNLGDKTAIVFVNTKKNADTVAKNLDKAGYRVTTLHGGKSQEQREISLE----------------GRGIDIPDVAHVINYDMPSN
        MMKESEKFYRLQNLLDNLGDKTAIVFVNTKKNADTVAKNLDKAGYRVTTLHGGKSQEQREISLE                GRGIDIPDVAHVINYDMPSN
Subjt:  MMKESEKFYRLQNLLDNLGDKTAIVFVNTKKNADTVAKNLDKAGYRVTTLHGGKSQEQREISLE----------------GRGIDIPDVAHVINYDMPSN

Query:  IEMYTHRIGRTGRAGKTGVATTF
        IEMYTHRIGRTGRAGKTGVATTF
Subjt:  IEMYTHRIGRTGRAGKTGVATTF

A0A5D3DWS5 DEAD-box ATP-dependent RNA helicase 215.7e-5086.99Show/hide
Query:  MMKESEKFYRLQNLLDNLGDKTAIVFVNTKKNADTVAKNLDKAGYRVTTLHGGKSQEQREISLE----------------GRGIDIPDVAHVINYDMPSN
        MMKESEKFYRLQNLLDNLGDKTAIVFVNTKKNADTVAKNLDKAGYRVTTLHGGKSQEQREISLE                GRGIDIPDVAHVINYDMPSN
Subjt:  MMKESEKFYRLQNLLDNLGDKTAIVFVNTKKNADTVAKNLDKAGYRVTTLHGGKSQEQREISLE----------------GRGIDIPDVAHVINYDMPSN

Query:  IEMYTHRIGRTGRAGKTGVATTF
        IEMYTHRIGRTGRAGKTGVATTF
Subjt:  IEMYTHRIGRTGRAGKTGVATTF

A0A6J1C876 DEAD-box ATP-dependent RNA helicase 212.2e-4986.18Show/hide
Query:  MMKESEKFYRLQNLLDNLGDKTAIVFVNTKKNADTVAKNLDKAGYRVTTLHGGKSQEQREISLE----------------GRGIDIPDVAHVINYDMPSN
        MMKESEKFYRLQNLLDNLGDKTAIVFVNTKKNAD VAKNLDKAGYRVTTLHGGKSQEQREISLE                GRGIDIPDVAHVINYDMPSN
Subjt:  MMKESEKFYRLQNLLDNLGDKTAIVFVNTKKNADTVAKNLDKAGYRVTTLHGGKSQEQREISLE----------------GRGIDIPDVAHVINYDMPSN

Query:  IEMYTHRIGRTGRAGKTGVATTF
        IEMYTHRIGRTGRAGKTGVATTF
Subjt:  IEMYTHRIGRTGRAGKTGVATTF

A0A6J1J6T0 DEAD-box ATP-dependent RNA helicase 212.2e-4986.18Show/hide
Query:  MMKESEKFYRLQNLLDNLGDKTAIVFVNTKKNADTVAKNLDKAGYRVTTLHGGKSQEQREISLE----------------GRGIDIPDVAHVINYDMPSN
        MMKESEKFYRLQNLLDNLGDKTAIVFVNTKKNAD VAKNLDKAGYRVTTLHGGKSQEQREISLE                GRGIDIPDVAHVINYDMPSN
Subjt:  MMKESEKFYRLQNLLDNLGDKTAIVFVNTKKNADTVAKNLDKAGYRVTTLHGGKSQEQREISLE----------------GRGIDIPDVAHVINYDMPSN

Query:  IEMYTHRIGRTGRAGKTGVATTF
        IEMYTHRIGRTGRAGKTGVATTF
Subjt:  IEMYTHRIGRTGRAGKTGVATTF

SwissProt top hitse value%identityAlignment
P93008 DEAD-box ATP-dependent RNA helicase 213.3e-4778.05Show/hide
Query:  MMKESEKFYRLQNLLDNLGDKTAIVFVNTKKNADTVAKNLDKAGYRVTTLHGGKSQEQREISLE----------------GRGIDIPDVAHVINYDMPSN
        MMKESEKF+RLQ LLD LG+KTAIVFVNTKKN D++AKNLDKAGYRVTTLHGGKSQEQREISLE                GRGIDIPDVAHVINYDMP +
Subjt:  MMKESEKFYRLQNLLDNLGDKTAIVFVNTKKNADTVAKNLDKAGYRVTTLHGGKSQEQREISLE----------------GRGIDIPDVAHVINYDMPSN

Query:  IEMYTHRIGRTGRAGKTGVATTF
        IEMYTHRIGRTGRAGK+GVAT+F
Subjt:  IEMYTHRIGRTGRAGKTGVATTF

Q53RK8 DEAD-box ATP-dependent RNA helicase 215.7e-3968.29Show/hide
Query:  MMKESEKFYRLQNLLDNLGDKTAIVFVNTKKNADTVAKNLDKAGYRVTTLHGGKSQEQREISLE----------------GRGIDIPDVAHVINYDMPSN
        M KESEK  RLQ +L +LGDK AIVF NTKK+AD  AK+LDKAG+RVTTLHGGKSQEQRE SL+                GRGIDIPDVAHVINY+MPS+
Subjt:  MMKESEKFYRLQNLLDNLGDKTAIVFVNTKKNADTVAKNLDKAGYRVTTLHGGKSQEQREISLE----------------GRGIDIPDVAHVINYDMPSN

Query:  IEMYTHRIGRTGRAGKTGVATTF
        I+ YTHRIGRTGRAGK G+AT+F
Subjt:  IEMYTHRIGRTGRAGKTGVATTF

Q5RC67 Probable ATP-dependent RNA helicase DDX232.9e-2753.66Show/hide
Query:  MMKESEKFYRLQNLLDNLGDKTAIVFVNTKKNADTVAKNLDKAGYRVTTLHGGKSQEQREISLE----------------GRGIDIPDVAHVINYDMPSN
        +M ESEK  +L  +L+   D   I+FVN KK  D +AK+L+K GY   TLHGGK QEQRE +L                 GRGIDI DV+ V+NYDM  N
Subjt:  MMKESEKFYRLQNLLDNLGDKTAIVFVNTKKNADTVAKNLDKAGYRVTTLHGGKSQEQREISLE----------------GRGIDIPDVAHVINYDMPSN

Query:  IEMYTHRIGRTGRAGKTGVATTF
        IE Y HRIGRTGRAGK+GVA TF
Subjt:  IEMYTHRIGRTGRAGKTGVATTF

Q9BUQ8 Probable ATP-dependent RNA helicase DDX232.9e-2753.66Show/hide
Query:  MMKESEKFYRLQNLLDNLGDKTAIVFVNTKKNADTVAKNLDKAGYRVTTLHGGKSQEQREISLE----------------GRGIDIPDVAHVINYDMPSN
        +M ESEK  +L  +L+   D   I+FVN KK  D +AK+L+K GY   TLHGGK QEQRE +L                 GRGIDI DV+ V+NYDM  N
Subjt:  MMKESEKFYRLQNLLDNLGDKTAIVFVNTKKNADTVAKNLDKAGYRVTTLHGGKSQEQREISLE----------------GRGIDIPDVAHVINYDMPSN

Query:  IEMYTHRIGRTGRAGKTGVATTF
        IE Y HRIGRTGRAGK+GVA TF
Subjt:  IEMYTHRIGRTGRAGKTGVATTF

Q9FZ92 Putative DEAD-box ATP-dependent RNA helicase 447.2e-3462.4Show/hide
Query:  MMKESEKFYRLQNLLDNLG-DKTAIVFVNTKKNADTVAKNLDKAG-YRVTTLHGGKSQEQREISLE----------------GRGIDIPDVAHVINYDMP
        M KES+KF RL+ L+D+LG DKTAIVFVNT+   D + KNL+K G  RVTTLH GKSQEQR+ SLE                GRG+DI D+A VINYDMP
Subjt:  MMKESEKFYRLQNLLDNLG-DKTAIVFVNTKKNADTVAKNLDKAG-YRVTTLHGGKSQEQREISLE----------------GRGIDIPDVAHVINYDMP

Query:  SNIEMYTHRIGRTGRAGKTGVATTF
        + +++YTHRIGRTGRAGKTGVATTF
Subjt:  SNIEMYTHRIGRTGRAGKTGVATTF

Arabidopsis top hitse value%identityAlignment
AT1G28180.1 P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolases superfamily protein5.1e-3562.4Show/hide
Query:  MMKESEKFYRLQNLLDNLG-DKTAIVFVNTKKNADTVAKNLDKAG-YRVTTLHGGKSQEQREISLE----------------GRGIDIPDVAHVINYDMP
        M KES+KF RL+ L+D+LG DKTAIVFVNT+   D + KNL+K G  RVTTLH GKSQEQR+ SLE                GRG+DI D+A VINYDMP
Subjt:  MMKESEKFYRLQNLLDNLG-DKTAIVFVNTKKNADTVAKNLDKAG-YRVTTLHGGKSQEQREISLE----------------GRGIDIPDVAHVINYDMP

Query:  SNIEMYTHRIGRTGRAGKTGVATTF
        + +++YTHRIGRTGRAGKTGVATTF
Subjt:  SNIEMYTHRIGRTGRAGKTGVATTF

AT2G33730.1 P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolases superfamily protein2.4e-4878.05Show/hide
Query:  MMKESEKFYRLQNLLDNLGDKTAIVFVNTKKNADTVAKNLDKAGYRVTTLHGGKSQEQREISLE----------------GRGIDIPDVAHVINYDMPSN
        MMKESEKF+RLQ LLD LG+KTAIVFVNTKKN D++AKNLDKAGYRVTTLHGGKSQEQREISLE                GRGIDIPDVAHVINYDMP +
Subjt:  MMKESEKFYRLQNLLDNLGDKTAIVFVNTKKNADTVAKNLDKAGYRVTTLHGGKSQEQREISLE----------------GRGIDIPDVAHVINYDMPSN

Query:  IEMYTHRIGRTGRAGKTGVATTF
        IEMYTHRIGRTGRAGK+GVAT+F
Subjt:  IEMYTHRIGRTGRAGKTGVATTF

AT3G58510.1 DEA(D/H)-box RNA helicase family protein1.6e-2041.73Show/hide
Query:  MKESEKFYRLQNLLD---NLGDKTA--IVFVNTKKNADTVAKNLDKAGYRVTTLHGGKSQEQREISLE----------------GRGIDIPDVAHVINYD
        ++ES+K   L +LL       DK +  +VFV TK+ ADT+   L    +  T++HG ++Q++RE++L                  RG+DIP VAHV+N+D
Subjt:  MKESEKFYRLQNLLD---NLGDKTA--IVFVNTKKNADTVAKNLDKAGYRVTTLHGGKSQEQREISLE----------------GRGIDIPDVAHVINYD

Query:  MPSNIEMYTHRIGRTGRAGKTGVATTF
        +P++I+ Y HRIGRTGRAGK+G+AT F
Subjt:  MPSNIEMYTHRIGRTGRAGKTGVATTF

AT3G58510.2 DEA(D/H)-box RNA helicase family protein1.6e-2041.73Show/hide
Query:  MKESEKFYRLQNLLD---NLGDKTA--IVFVNTKKNADTVAKNLDKAGYRVTTLHGGKSQEQREISLE----------------GRGIDIPDVAHVINYD
        ++ES+K   L +LL       DK +  +VFV TK+ ADT+   L    +  T++HG ++Q++RE++L                  RG+DIP VAHV+N+D
Subjt:  MKESEKFYRLQNLLD---NLGDKTA--IVFVNTKKNADTVAKNLDKAGYRVTTLHGGKSQEQREISLE----------------GRGIDIPDVAHVINYD

Query:  MPSNIEMYTHRIGRTGRAGKTGVATTF
        +P++I+ Y HRIGRTGRAGK+G+AT F
Subjt:  MPSNIEMYTHRIGRTGRAGKTGVATTF

AT3G58570.1 P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolases superfamily protein1.2e-2042.52Show/hide
Query:  ESEKFYRLQNLL------DNLGDKT-AIVFVNTKKNADTVAKNLDKAGYRVTTLHGGKSQEQREISLE----------------GRGIDIPDVAHVINYD
        +S+K   L +LL       N G +   +VFV TKK AD++   L   G+  TT+HG +SQ++RE++L                  RG+DIP VAHV+N+D
Subjt:  ESEKFYRLQNLL------DNLGDKT-AIVFVNTKKNADTVAKNLDKAGYRVTTLHGGKSQEQREISLE----------------GRGIDIPDVAHVINYD

Query:  MPSNIEMYTHRIGRTGRAGKTGVATTF
        +P++I+ Y HRIGRTGRAG +G+AT F
Subjt:  MPSNIEMYTHRIGRTGRAGKTGVATTF


Sequences Show/hide sequences
CDS sequenceShow/hide CDS sequence
ATGATGAAGGAATCAGAAAAATTTTATAGATTGCAGAATTTGCTTGATAATTTGGGTGACAAAACAGCAATTGTTTTTGTTAACACCAAGAAGAATGCTGATACTGTTGC
CAAAAATTTGGACAAAGCAGGGTATCGTGTTACAACTTTGCATGGTGGGAAGTCACAGGAGCAAAGGGAAATTAGTCTTGAAGGTCGTGGGATAGATATTCCTGATGTTG
CTCATGTCATAAATTATGATATGCCTAGTAACATTGAAATGTATACACATCGTATTGGACGTACTGGCCGTGCAGGGAAAACAGGTGTAGCCACAACGTTTTGA
mRNA sequenceShow/hide mRNA sequence
ATGATGAAGGAATCAGAAAAATTTTATAGATTGCAGAATTTGCTTGATAATTTGGGTGACAAAACAGCAATTGTTTTTGTTAACACCAAGAAGAATGCTGATACTGTTGC
CAAAAATTTGGACAAAGCAGGGTATCGTGTTACAACTTTGCATGGTGGGAAGTCACAGGAGCAAAGGGAAATTAGTCTTGAAGGTCGTGGGATAGATATTCCTGATGTTG
CTCATGTCATAAATTATGATATGCCTAGTAACATTGAAATGTATACACATCGTATTGGACGTACTGGCCGTGCAGGGAAAACAGGTGTAGCCACAACGTTTTGA
Protein sequenceShow/hide protein sequence
MMKESEKFYRLQNLLDNLGDKTAIVFVNTKKNADTVAKNLDKAGYRVTTLHGGKSQEQREISLEGRGIDIPDVAHVINYDMPSNIEMYTHRIGRTGRAGKTGVATTF