; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; CuGenDBv2

Lag0012201 (gene) of Sponge gourd (AG-4) v1 genome

Gene IDLag0012201
OrganismLuffa acutangula AG-4 (Sponge gourd (AG-4) v1)
DescriptionH/ACA ribonucleoprotein complex subunit
Genome locationchr1:38588994..38591109
RNA-Seq ExpressionLag0012201
SyntenyLag0012201
Gene Ontology termsGO:0000454 - snoRNA guided rRNA pseudouridine synthesis (biological process)
GO:0030433 - ubiquitin-dependent ERAD pathway (biological process)
GO:0030968 - endoplasmic reticulum unfolded protein response (biological process)
GO:0000839 - Hrd1p ubiquitin ligase ERAD-L complex (cellular component)
GO:0030176 - integral component of endoplasmic reticulum membrane (cellular component)
GO:0031429 - box H/ACA snoRNP complex (cellular component)
GO:0004252 - serine-type endopeptidase activity (molecular function)
GO:0034513 - box H/ACA snoRNA binding (molecular function)
GO:0051787 - misfolded protein binding (molecular function)
GO:1990381 - ubiquitin-specific protease binding (molecular function)
InterPro domainsIPR007504 - H/ACA ribonucleoprotein complex, subunit Gar1/Naf1
IPR009000 - Translation protein, beta-barrel domain superfamily
IPR038664 - H/ACA RNP complex subunit Gar1/Naf1, Cbf5-binding domain


Homology Show/hide homology
GenBank top hitse value%identityAlignment
KAG6595505.1 putative H/ACA ribonucleoprotein complex subunit 1-like protein 1, partial [Cucurbita argyrosperma subsp. sororia]7.8e-8494.95Show/hide
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XP_022156221.1 putative H/ACA ribonucleoprotein complex subunit 1-like protein 1 [Momordica charantia]6.6e-8394.44Show/hide
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XP_022925015.1 putative H/ACA ribonucleoprotein complex subunit 1-like protein 1 [Cucurbita moschata]9.2e-8595.45Show/hide
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XP_022978292.1 putative H/ACA ribonucleoprotein complex subunit 1-like protein 1 [Cucurbita maxima]4.6e-8494.36Show/hide
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XP_023544656.1 putative H/ACA ribonucleoprotein complex subunit 1-like protein 1 [Cucurbita pepo subsp. pepo]1.6e-8495.38Show/hide
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TrEMBL top hitse value%identityAlignment
A0A0A0KWF0 H/ACA ribonucleoprotein complex subunit3.2e-8395.38Show/hide
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A0A5D3C949 H/ACA ribonucleoprotein complex subunit3.2e-8395.38Show/hide
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A0A6J1EGP8 H/ACA ribonucleoprotein complex subunit4.5e-8595.45Show/hide
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A0A6J1HPE3 H/ACA ribonucleoprotein complex subunit4.5e-8595.45Show/hide
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A0A6J1IKQ7 H/ACA ribonucleoprotein complex subunit2.2e-8494.36Show/hide
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SwissProt top hitse value%identityAlignment
Q2HH48 H/ACA ribonucleoprotein complex subunit GAR16.5e-4159.71Show/hide
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        KFYI   KLLPL RFLP+PK    T                RGG      RGGGRGGGRGG    RGGGGF      GRGG PRGGRGG  RGGGRGG  
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Q5RJV1 H/ACA ribonucleoprotein complex subunit 13.9e-3862.75Show/hide
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Q8VZT0 Putative H/ACA ribonucleoprotein complex subunit 1-like protein 11.5e-6179.9Show/hide
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Q9CY66 H/ACA ribonucleoprotein complex subunit 12.6e-3761.03Show/hide
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Q9FK53 H/ACA ribonucleoprotein complex subunit 1-like protein 21.3e-5274.62Show/hide
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Arabidopsis top hitse value%identityAlignment
AT3G03920.1 H/ACA ribonucleoprotein complex, subunit Gar1/Naf1 protein1.1e-6279.9Show/hide
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AT5G18180.1 H/ACA ribonucleoprotein complex, subunit Gar1/Naf1 protein9.0e-5474.62Show/hide
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Sequences Show/hide sequences
CDS sequenceShow/hide CDS sequence
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mRNA sequenceShow/hide mRNA sequence
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Protein sequenceShow/hide protein sequence
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