; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; CuGenDBv2

Lag0016228 (gene) of Sponge gourd (AG-4) v1 genome

Gene IDLag0016228
OrganismLuffa acutangula AG-4 (Sponge gourd (AG-4) v1)
DescriptionMADS-box transcription factor 6
Genome locationchr12:35022565..35028563
RNA-Seq ExpressionLag0016228
SyntenyLag0016228
Gene Ontology termsGO:0009908 - flower development (biological process)
GO:0045944 - positive regulation of transcription by RNA polymerase II (biological process)
GO:0005634 - nucleus (cellular component)
GO:0000978 - RNA polymerase II proximal promoter sequence-specific DNA binding (molecular function)
GO:0000981 - DNA-binding transcription factor activity, RNA polymerase II-specific (molecular function)
GO:0046983 - protein dimerization activity (molecular function)
InterPro domainsIPR002100 - Transcription factor, MADS-box
IPR002487 - Transcription factor, K-box
IPR033896 - MADS MEF2-like
IPR036879 - Transcription factor, MADS-box superfamily


Homology Show/hide homology
GenBank top hitse value%identityAlignment
ABE03878.1 AGAMOUS LIKE6-like protein [Momordica charantia]8.1e-10889.41Show/hide
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KAG7026038.1 MADS-box transcription factor 6 [Cucurbita argyrosperma subsp. argyrosperma]1.8e-10791.67Show/hide
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XP_022146242.1 agamous-like MADS-box protein AGL6 [Momordica charantia]3.6e-10889.83Show/hide
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XP_022964202.1 MADS-box transcription factor 6 [Cucurbita moschata]7.3e-10992.54Show/hide
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XP_038877325.1 agamous-like MADS-box protein MADS3 isoform X1 [Benincasa hispida]1.6e-10888.14Show/hide
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TrEMBL top hitse value%identityAlignment
A0A0A0KCU5 Uncharacterized protein1.8e-10584.32Show/hide
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        P+Q  PI+CQH+P+LQIGYQNYFS EGPS VQK+MT
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A0A6J1CZ22 agamous-like MADS-box protein AGL61.8e-10889.83Show/hide
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A0A6J1HH75 MADS-box transcription factor 63.5e-10992.54Show/hide
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A0A6J1KE81 MADS-box transcription factor 63.5e-10992.54Show/hide
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Q1KTF3 AGAMOUS LIKE6-like protein3.9e-10889.41Show/hide
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SwissProt top hitse value%identityAlignment
P29386 Agamous-like MADS-box protein AGL65.0e-7665.13Show/hide
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        ESL RT+R+LLGEDLG + VKELQ LE+QLEAAL   RQRKTQ+MME+MEDLR+KERQLGD+N++LK+K ETEG   K  Q  W++S+A      + + F
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        P++ S    ++C  EP LQIG+Q ++  +G  SSV KS
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Q38837 Agamous-like MADS-box protein AGL131.3e-6056.84Show/hide
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        MGRG+VE+KRIENKI RQVTFSKR++GLLKKAYELSVLCDAEV+LIIFS+ GKLYEF + G  +T+ERY RC  +   N   ++TQ   QE++KLK KYE
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        SL RTHR+L+GEDL  +S+KELQ LE+QLE AL+  R++KTQ+MMEQME+LRRKER+LGD+N   KLKLETE  + K  Q    +    A     F +Q+
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        +      +C     LQIG+Q ++     SSV KS
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Q6EU39 MADS-box transcription factor 63.4e-7768.94Show/hide
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Query:  ESLCRTHRHLLGEDLGPLSVKELQNLEKQLEAALAQARQRKTQIMMEQMEDLRRKERQLGDLNRELKLKLETEG--QNLKAIQSFWSSSSAPAEHGNSFP
        E+L RT RHLLGEDLGPLSVKELQ LEKQLE AL+QARQRKTQ+MMEQ+E+LRRKERQLG++NR+LK KLE EG   N +A+Q    +  A  E+G ++ 
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Query:  MQASP--IECQHEPILQIGYQNYFSAEGPSSVQKS
        +Q  P       EP LQIGY + F     +++Q+S
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Q7XUN2 MADS-box transcription factor 171.5e-6965.94Show/hide
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        MGRGRVELKRIENKINRQVTFSKRRNGLLKKAYELSVLCDAEVALIIFSSRGKLYEFGSAG  KTLE+Y  CC++ Q +       E Q+W+QE+S+LK 
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Query:  KYESLCRTHRHLLGEDLGPLSVKELQNLEKQLEAALAQARQRKTQIMMEQMEDLRRKERQLGDLNRELKLKLETEGQN---LKAIQSFWSSSSAPAEHGN
        K E L R+ RH+LGEDLGPLS+KELQ LEKQLE +L+QARQRKTQIMMEQ++DLRRKERQLG+LN++LK KLE E  +     AIQ  W   +     G 
Subjt:  KYESLCRTHRHLLGEDLGPLSVKELQNLEKQLEAALAQARQRKTQIMMEQMEDLRRKERQLGDLNRELKLKLETEGQN---LKAIQSFWSSSSAPAEHGN

Query:  SFPMQASP-IECQHEPILQIGYQNYFSAE
            Q  P I+C  EP LQIGY  +   E
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Q8LLR1 Agamous-like MADS-box protein MADS31.9e-9680.85Show/hide
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        MGRGRVELKRIENKINRQVTFSKRRNGLLKKAYELSVLCDAEVALIIFSSRGKLYEFGSAGTTKTLERYQR C++PQ N +E ETQ+W+QE+SKLKAKYE
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Query:  SLCRTHRHLLGEDLGPLSVKELQNLEKQLEAALAQARQRKTQIMMEQMEDLRRKERQLGDLNRELKLKLETEGQNLKAIQSFWSSSSAPAEHGNS----F
        SL RT RHLLGEDLGPLSVKELQNLEKQLE ALAQARQRKTQ+M+EQMEDLRRKERQLGDLN++LKLKLE EGQ+LKAIQ  W+ S+A A  GNS     
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Query:  PMQASPIECQHEPILQIGYQNYFSAEGPSSVQKSM
        P Q++P++C+ EPILQIGY +Y  AEGP SV KSM
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Arabidopsis top hitse value%identityAlignment
AT1G24260.1 K-box region and MADS-box transcription factor family protein4.2e-5455.26Show/hide
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        MGRGRVELKRIENKINRQVTF+KRRNGLLKKAYELSVLCDAEVALIIFS+RGKLYEF  S+   +TLERYQ+C + +P+ N   +E     +  QE  KL
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Query:  KAKYESLCRTHRHLLGEDLGPLSVKELQNLEKQLEAALAQARQRKTQIMMEQMEDLRRKERQLGDLNRELKLKLETEGQ-------NLKAIQSFWSSSSA
        K +Y++L RT R+LLGEDLGPLS KEL++LE+QL+++L Q R  +TQ M++Q+ DL+ KER L + N+ L+L+L    Q       N + +  +      
Subjt:  KAKYESLCRTHRHLLGEDLGPLSVKELQNLEKQLEAALAQARQRKTQIMMEQMEDLRRKERQLGDLNRELKLKLETEGQ-------NLKAIQSFWSSSSA

Query:  PAEHGNSFPMQASPIECQHEPILQIGYQ
          +H  +F     P+EC  EPILQIGYQ
Subjt:  PAEHGNSFPMQASPIECQHEPILQIGYQ

AT1G24260.2 K-box region and MADS-box transcription factor family protein5.5e-5455.02Show/hide
Query:  MGRGRVELKRIENKINRQVTFSKRRNGLLKKAYELSVLCDAEVALIIFSSRGKLYEF-GSAGTTKTLERYQRCCF-SPQHNYIEQET----QNWFQEISK
        MGRGRVELKRIENKINRQVTF+KRRNGLLKKAYELSVLCDAEVALIIFS+RGKLYEF  S+   +TLERYQ+C + +P+ N   +E      +  QE  K
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Query:  LKAKYESLCRTHRHLLGEDLGPLSVKELQNLEKQLEAALAQARQRKTQIMMEQMEDLRRKERQLGDLNRELKLKLETEGQ-------NLKAIQSFWSSSS
        LK +Y++L RT R+LLGEDLGPLS KEL++LE+QL+++L Q R  +TQ M++Q+ DL+ KER L + N+ L+L+L    Q       N + +  +     
Subjt:  LKAKYESLCRTHRHLLGEDLGPLSVKELQNLEKQLEAALAQARQRKTQIMMEQMEDLRRKERQLGDLNRELKLKLETEGQ-------NLKAIQSFWSSSS

Query:  APAEHGNSFPMQASPIECQHEPILQIGYQ
           +H  +F     P+EC  EPILQIGYQ
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AT2G45650.1 AGAMOUS-like 63.5e-7765.13Show/hide
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        MGRGRVE+KRIENKINRQVTFSKRRNGLLKKAYELSVLCDAEVALIIFSSRGKLYEFGS G   T+ERY RC   S  +N  E+ TQ+W QE++KLK+KY
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Query:  ESLCRTHRHLLGEDLGPLSVKELQNLEKQLEAALAQARQRKTQIMMEQMEDLRRKERQLGDLNRELKLKLETEGQNLKAIQSFWSSSSAPA---EHGNSF
        ESL RT+R+LLGEDLG + VKELQ LE+QLEAAL   RQRKTQ+MME+MEDLR+KERQLGD+N++LK+K ETEG   K  Q  W++S+A      + + F
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Query:  PMQAS---PIECQHEPILQIGYQNYFSAEGP-SSVQKS
        P++ S    ++C  EP LQIG+Q ++  +G  SSV KS
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AT3G61120.1 AGAMOUS-like 139.3e-6256.84Show/hide
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        MGRG+VE+KRIENKI RQVTFSKR++GLLKKAYELSVLCDAEV+LIIFS+ GKLYEF + G  +T+ERY RC  +   N   ++TQ   QE++KLK KYE
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Query:  SLCRTHRHLLGEDLGPLSVKELQNLEKQLEAALAQARQRKTQIMMEQMEDLRRKERQLGDLNRELKLKLETEGQNLKAIQSFWSSSSAPAEHGNSFPMQA
        SL RTHR+L+GEDL  +S+KELQ LE+QLE AL+  R++KTQ+MMEQME+LRRKER+LGD+N   KLKLETE  + K  Q    +    A     F +Q+
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Query:  SP----IECQHEPILQIGYQNYFSAEGPSSVQKS
        +      +C     LQIG+Q ++     SSV KS
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AT5G15800.1 K-box region and MADS-box transcription factor family protein3.9e-5252.34Show/hide
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        MGRGRVELKRIENKINRQVTF+KRRNGLLKKAYELSVLCDAEVALIIFS+RGKLYEF  S+   KTL+RYQ+C +     +N   +E +N ++E  KLK 
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Query:  KYESLCRTHRHLLGEDLGPLSVKELQNLEKQLEAALAQARQRKTQIMMEQMEDLRRKERQLGDLNRELKLKLETEGQNLKAIQSFWSSSSAPAEHGNSFP
        +YE+L R  R+LLGEDLGPL+ KEL+ LE+QL+ +L Q R  KTQ M++Q+ DL+ KE+ L + NR L +KL+    ++  ++S         E G    
Subjt:  KYESLCRTHRHLLGEDLGPLSVKELQNLEKQLEAALAQARQRKTQIMMEQMEDLRRKERQLGDLNRELKLKLETEGQNLKAIQSFWSSSSAPAEHGNSFP

Query:  MQA----------SPIECQHEPILQIGYQNYFSAE
          A           P+EC   P LQ+GY N   +E
Subjt:  MQA----------SPIECQHEPILQIGYQNYFSAE


Sequences Show/hide sequences
CDS sequenceShow/hide CDS sequence
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TCTTTGCGATGCCGAGGTCGCTCTCATCATCTTCTCCAGCCGCGGCAAGCTCTACGAGTTTGGCAGTGCAGGTACCACCAAAACATTGGAGCGTTACCAACGTTGTTGCT
TCTCTCCTCAACACAATTACATCGAACAAGAAACCCAGAACTGGTTCCAGGAAATCTCAAAACTGAAAGCTAAATATGAATCTCTTTGTCGGACTCATAGGCATTTGCTT
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GCTCTAGCTCTGCACCTGCTGAACATGGCAACAGCTTCCCAATGCAAGCTAGCCCTATCGAATGCCAACACGAACCCATCTTACAAATCGGGTATCAGAATTATTTCTCA
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CCAAAATTCGGTCGGGAATGTATGA
mRNA sequenceShow/hide mRNA sequence
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CCAAAATTCGGTCGGGAATGTATGA
Protein sequenceShow/hide protein sequence
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GEDLGPLSVKELQNLEKQLEAALAQARQRKTQIMMEQMEDLRRKERQLGDLNRELKLKLETEGQNLKAIQSFWSSSSAPAEHGNSFPMQASPIECQHEPILQIGYQNYFS
AEGPSSVQKSMTYRILPENHANLAKIMNPGQDSCIPGQNSVGNV