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Lag0016231 (gene) of Sponge gourd (AG-4) v1 genome

Gene IDLag0016231
OrganismLuffa acutangula AG-4 (Sponge gourd (AG-4) v1)
DescriptionMADS-box protein SOC1-like
Genome locationchr12:35070934..35071292
RNA-Seq ExpressionLag0016231
SyntenyLag0016231
Gene Ontology termsGO:0045944 - positive regulation of transcription by RNA polymerase II (biological process)
GO:0005634 - nucleus (cellular component)
GO:0000977 - RNA polymerase II regulatory region sequence-specific DNA binding (molecular function)
GO:0003700 - DNA-binding transcription factor activity (molecular function)
GO:0046983 - protein dimerization activity (molecular function)
InterPro domainsIPR002100 - Transcription factor, MADS-box
IPR033896 - MADS MEF2-like
IPR036879 - Transcription factor, MADS-box superfamily


Homology Show/hide homology
GenBank top hitse value%identityAlignment
KAG6593700.1 MADS-box protein SOC1, partial [Cucurbita argyrosperma subsp. sororia]8.3e-24100Show/hide
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KAG7026039.1 MADS-box protein SOC1, partial [Cucurbita argyrosperma subsp. argyrosperma]8.3e-24100Show/hide
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XP_022964203.1 MADS-box protein SOC1 isoform X1 [Cucurbita moschata]8.3e-24100Show/hide
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XP_022964204.1 MADS-box protein SOC1 isoform X2 [Cucurbita moschata]8.3e-24100Show/hide
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XP_022999842.1 MADS-box protein SOC1 isoform X1 [Cucurbita maxima]8.3e-24100Show/hide
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TrEMBL top hitse value%identityAlignment
A0A6J1CRU8 MADS-box protein SOC11.5e-2398.36Show/hide
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A0A6J1HK51 MADS-box protein SOC1 isoform X14.0e-24100Show/hide
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A0A6J1HMG1 MADS-box protein SOC1 isoform X24.0e-24100Show/hide
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A0A6J1KBW9 MADS-box protein SOC1 isoform X14.0e-24100Show/hide
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A0A6J1KKV3 MADS-box protein SOC1 isoform X24.0e-24100Show/hide
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SwissProt top hitse value%identityAlignment
A2Z9Q7 MADS-box transcription factor 561.1e-2181.67Show/hide
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        MVRG+T+++ IEN TSRQVTFSKRRNGL+KKAFELSVLCDAEVALI+FSPRG+LYEFA++
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O64645 MADS-box protein SOC11.1e-2388.52Show/hide
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        MVRGKTQM+ IENATSRQVTFSKRRNGL+KKAFELSVLCDAEV+LIIFSP+GKLYEFA+S+
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O82743 Agamous-like MADS-box protein AGL193.3e-2386.89Show/hide
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        MVRGKT+M+ IENATSRQVTFSKRRNGL+KKAFELSVLCDAEVAL+IFSPR KLYEF++SS
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Q38838 Agamous-like MADS-box protein AGL142.3e-2475Show/hide
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Q9XJ60 MADS-box transcription factor 501.1e-2388.52Show/hide
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Arabidopsis top hitse value%identityAlignment
AT2G45660.1 AGAMOUS-like 208.0e-2588.52Show/hide
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AT4G11880.1 AGAMOUS-like 141.6e-2575Show/hide
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AT4G22950.1 AGAMOUS-like 192.3e-2486.89Show/hide
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AT5G62165.1 AGAMOUS-like 421.9e-2173.44Show/hide
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AT5G62165.2 AGAMOUS-like 421.9e-2173.44Show/hide
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Sequences Show/hide sequences
CDS sequenceShow/hide CDS sequence
ATGGTGAGAGGAAAGACTCAGATGAGGTTAATAGAAAACGCCACAAGCAGGCAAGTCACCTTCTCCAAGAGGCGAAATGGGTTGATGAAGAAAGCTTTTGAGCTATCAGT
TCTCTGTGATGCTGAGGTTGCTCTTATCATCTTCTCTCCTAGAGGAAAGCTTTATGAATTTGCTAACTCAAGTTTTCCTCGATACCCATTTAGATTGGATGGGCTTGATC
TGAATTTGAATCTGTATGTTTGA
mRNA sequenceShow/hide mRNA sequence
ATGGTGAGAGGAAAGACTCAGATGAGGTTAATAGAAAACGCCACAAGCAGGCAAGTCACCTTCTCCAAGAGGCGAAATGGGTTGATGAAGAAAGCTTTTGAGCTATCAGT
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TGAATTTGAATCTGTATGTTTGA
Protein sequenceShow/hide protein sequence
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