; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; CuGenDBv2

Lag0017828 (gene) of Sponge gourd (AG-4) v1 genome

Gene IDLag0017828
OrganismLuffa acutangula AG-4 (Sponge gourd (AG-4) v1)
DescriptionRetrotransposon protein
Genome locationchr5:9708066..9708371
RNA-Seq ExpressionLag0017828
SyntenyLag0017828
Gene Ontology termsGO:0046872 - metal ion binding (molecular function)
InterPro domainsIPR027806 - Harbinger transposase-derived nuclease domain


Homology Show/hide homology
GenBank top hitse value%identityAlignment
KAA0041929.1 putative nuclease HARBI1 [Cucumis melo var. makuwa]3.5e-2779.22Show/hide
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TrEMBL top hitse value%identityAlignment
A0A5A7TKM2 Putative nuclease HARBI11.7e-2779.22Show/hide
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A0A5A7U3R2 Retrotransposon protein7.6e-2872.29Show/hide
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A0A5A7VG45 Retrotransposon protein9.9e-2873.17Show/hide
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A0A5D3C7X6 Retrotransposon protein7.6e-2872.29Show/hide
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A0A5D3D2G7 Putative nuclease HARBI11.7e-2779.22Show/hide
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SwissProt top hitse value%identityAlignment
No hits found
Arabidopsis top hitse value%identityAlignment
AT1G43722.1 unknown protein3.7e-1145.07Show/hide
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        P   YYL D GYPN +  LAPYRS+     RYH++++  G   +N  ELFN  H+S  ++IERTF + K +
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AT5G35695.1 CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Putative harbinger transposase-derived nuclease (InterPro:IPR006912)1.3e-1147.69Show/hide
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        +YL D G+ N   FLAP+R  RYHL E+ G     + P ELFN+RH S  N+IER F + K ++A
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Sequences Show/hide sequences
CDS sequenceShow/hide CDS sequence
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CTACTACTTGTGCGATGTCGGTTATCCTAATGTGGAGAGATTCCTGGCTCCTTATCGAAGCACAAGGTACCATCTCACGGAATGGCGTGGAGGGAATCCACTGAAGAACC
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