; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; CuGenDBv2

Lag0021234 (gene) of Sponge gourd (AG-4) v1 genome

Gene IDLag0021234
OrganismLuffa acutangula AG-4 (Sponge gourd (AG-4) v1)
Descriptionprotein RDM1-like
Genome locationchr7:5785444..5793195
RNA-Seq ExpressionLag0021234
SyntenyLag0021234
Gene Ontology termsGO:0044030 - regulation of DNA methylation (biological process)
GO:0000419 - RNA polymerase V complex (cellular component)
InterPro domainsIPR015270 - Protein RDM1, plant
IPR036319 - RDM1 superfamily


Homology Show/hide homology
GenBank top hitse value%identityAlignment
KAG6582316.1 Protein RDM1, partial [Cucurbita argyrosperma subsp. sororia]8.2e-8588.95Show/hide
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KAG6597432.1 Protein RDM1, partial [Cucurbita argyrosperma subsp. sororia]2.8e-8591.62Show/hide
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KAG7028891.1 Protein RDM1 [Cucurbita argyrosperma subsp. argyrosperma]8.7e-8790.7Show/hide
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XP_023538686.1 protein RDM1-like [Cucurbita pepo subsp. pepo]1.4e-8492.07Show/hide
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XP_038877941.1 protein RDM1 [Benincasa hispida]2.4e-8492.12Show/hide
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TrEMBL top hitse value%identityAlignment
A0A1S3AWI8 protein RDM14.8e-8390.3Show/hide
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A0A6J1GHM4 protein RDM1-like1.5e-8492.07Show/hide
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A0A6J1GV10 protein RDM13.3e-8491.52Show/hide
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A0A6J1IGA1 protein RDM1-like1.1e-8492.07Show/hide
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A0A6J1INZ9 protein RDM1-like2.6e-8491.52Show/hide
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SwissProt top hitse value%identityAlignment
Q9LUJ3 Protein RDM12.5e-4456Show/hide
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        SG+S SSD +        E            +++  EG L++RAEMYQ+YM+QVP+P +RGS+IPFT+W+GL  S+KQLYGQPLHYLTN+LL++WDQ RF
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        G+  E + LD++IHP+KAEATIW+VEEIHR T SH H+A LW SDPM+ +
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Arabidopsis top hitse value%identityAlignment
AT3G22680.1 RNA-DIRECTED DNA METHYLATION 11.8e-4556Show/hide
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        SG+S SSD +        E            +++  EG L++RAEMYQ+YM+QVP+P +RGS+IPFT+W+GL  S+KQLYGQPLHYLTN+LL++WDQ RF
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        G+  E + LD++IHP+KAEATIW+VEEIHR T SH H+A LW SDPM+ +
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Sequences Show/hide sequences
CDS sequenceShow/hide CDS sequence
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GTAATTCATCCAAGTAAAGCTGAAGCAACCATATGGATGGTTGAAGAGATTCATAGGCGCACCTCATCACATCATCATGTTGCTAAACTCTGGTTATCAGACCCAATGCA
CGAAGCGTCTCTAACTGACAGAGAACATGCTGTAGCATTGCTTCTACTGTCCACTATTGCCATCTGTCTGTGA
mRNA sequenceShow/hide mRNA sequence
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Protein sequenceShow/hide protein sequence
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VRRLKPSSSTPSDSCKTSVSRPSLSNRPRALPGEFVSNNLLRADFFAWDVLDHSVTLERLMFVVGDSLKPLRSPINTTWSWLGSIQFGLIRSLLAETQVFFFCFGLVLGC
SNPGLSLLLVKEWSEDLVCNSEIGRLEDLVCDKEKLGEYQMPQVQMVEGWYVIDGFKGSIEALGTNGQGCEPFTQYRDFCTDPPLGLQRITLYKMKRPMPWNEQVDVISS
GESSSSDSEIGGHNDGFEFKPSIDDFKIPPKEMTSEGMLIKRAEMYQEYMRQVPVPAHRGSVIPFTTWMGLGKSIKQLYGQPLHYLTNILLKQWDQLRFGSADEYKPLDT
VIHPSKAEATIWMVEEIHRRTSSHHHVAKLWLSDPMHEASLTDREHAVALLLLSTIAICL