; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; CuGenDBv2

Lag0021558 (gene) of Sponge gourd (AG-4) v1 genome

Gene IDLag0021558
OrganismLuffa acutangula AG-4 (Sponge gourd (AG-4) v1)
Description30S ribosomal protein S1
Genome locationchr7:9154119..9156789
RNA-Seq ExpressionLag0021558
SyntenyLag0021558
Gene Ontology termsGO:0005840 - ribosome (cellular component)
GO:0016021 - integral component of membrane (cellular component)
GO:0003676 - nucleic acid binding (molecular function)
InterPro domainsIPR003029 - S1 domain
IPR012340 - Nucleic acid-binding, OB-fold
IPR022967 - RNA-binding domain, S1


Homology Show/hide homology
GenBank top hitse value%identityAlignment
KAG6582039.1 30S ribosomal protein S1, chloroplastic, partial [Cucurbita argyrosperma subsp. sororia]3.2e-3479.57Show/hide
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KAG7018465.1 30S ribosomal protein S1, chloroplastic [Cucurbita argyrosperma subsp. argyrosperma]3.2e-3479.57Show/hide
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XP_022145209.1 uncharacterized protein LOC111014714 [Momordica charantia]4.5e-3683.87Show/hide
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XP_023526022.1 LOW QUALITY PROTEIN: uncharacterized protein LOC111789621 [Cucurbita pepo subsp. pepo]1.1e-3480.65Show/hide
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XP_038897871.1 30S ribosomal protein S1 homolog B [Benincasa hispida]4.9e-3582.8Show/hide
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TrEMBL top hitse value%identityAlignment
A0A498K5M0 Uncharacterized protein1.3e-3377.42Show/hide
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A0A5N5H548 30S ribosomal protein S11.3e-3377.42Show/hide
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A0A6J1CUJ6 uncharacterized protein LOC1110147142.2e-3683.87Show/hide
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A0A6J1GVD7 LOW QUALITY PROTEIN: uncharacterized protein LOC1114575273.5e-3478.49Show/hide
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A0A6J1IUF3 uncharacterized protein LOC1114794062.6e-3478.49Show/hide
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SwissProt top hitse value%identityAlignment
P50889 30S ribosomal protein S13.1e-0837.76Show/hide
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        QVI+ D  N  LI S    A  +   Q       +S+GEV E  V  + D+GAF+ L   D      GL+HV E+S D V++  D+L+ GD+V VK++
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Q3K3G9 Polyribonucleotide nucleotidyltransferase7.7e-0731.63Show/hide
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        I  DE   + IFS ++ A  +        + +  +GEV  A+V  +E +GAF++L           L+H+ E++W    +  D+L  G+EV VKVI I
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Q8DWB2 Polyribonucleotide nucleotidyltransferase1.6e-0730.61Show/hide
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        I  DE   I I+S ++ A ++        + +  +GE+ EA V  +E +GAF+HL           L+H+ E++W       D+L+ GD+V VKV+ +
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Q8E7F6 Polyribonucleotide nucleotidyltransferase7.7e-0731.63Show/hide
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        I  DE   + IFS ++ A  +        + +  +GEV  A+V  +E +GAF++L           L+H+ E++W    +  D+L  G+EV VKVI I
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Q97I09 4-hydroxy-3-methylbut-2-enyl diphosphate reductase4.5e-0736.84Show/hide
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        ET W+K  E    G+V E  V  + D+GAF+ +   D      GL+HV E+SW  V+   D+L  GD+++V V+++
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Arabidopsis top hitse value%identityAlignment
AT3G23700.1 Nucleic acid-binding proteins superfamily1.3e-3065.59Show/hide
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        +V+QADE N+ LI SE    W K+ + V++G+V   RVGSVEDYGAF+HLRF DGLYHLTGL+HV EVSWD VQD RD+L  GDEVRV V NI
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Sequences Show/hide sequences
CDS sequenceShow/hide CDS sequence
ATGTCACTCTTGGTCTGTCTCTACTCTAGACTTGAGAGCAGTTTGTTGCTTGCTAATGAGGCCATTGTTATTGTTATGTGTTTGTATGAAGCCATTGGTAACAAGGAAAG
CTTTTGGTACTCAATTCTATCAGTGACTAGAGTTTGGGATGGGGCTAAAGATAATGTCTTGGGTTCAAAAGTACCATCTTTAGCTTATCATGATTGGATGGATGTTAGGT
GGGAACAGGTTATCCAAGCAGATGAGAGAAACAAGATATTGATATTTTCAGAGAACGAAACTGCGTGGTCAAAGTTTTTGGAGCAAGTTAGTTTGGGAGAGGTTTGTGAA
GCTAGAGTTGGCTCCGTGGAGGATTATGGCGCTTTTTTACACTTACGTTTCTCTGATGGTCTTTATCATCTGACTGGGCTAATACATGTATTAGAAGTTTCATGGGATCT
AGTTCAGGATGAAAGAGACATCTTAAGTTATGGTGATGAAGTGAGGGTGAAAGTTATTAATATAATGTTGATAGGCAAGTTTTCTCAGATTCCTTTTTATAACCAGCTAA
TTTGCACCTTCTAG
mRNA sequenceShow/hide mRNA sequence
ATGTCACTCTTGGTCTGTCTCTACTCTAGACTTGAGAGCAGTTTGTTGCTTGCTAATGAGGCCATTGTTATTGTTATGTGTTTGTATGAAGCCATTGGTAACAAGGAAAG
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Protein sequenceShow/hide protein sequence
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ARVGSVEDYGAFLHLRFSDGLYHLTGLIHVLEVSWDLVQDERDILSYGDEVRVKVINIMLIGKFSQIPFYNQLICTF