; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; CuGenDBv2

Lag0023375 (gene) of Sponge gourd (AG-4) v1 genome

Gene IDLag0023375
OrganismLuffa acutangula AG-4 (Sponge gourd (AG-4) v1)
DescriptionTranscription termination factor MTERF2
Genome locationchr7:47710522..47713098
RNA-Seq ExpressionLag0023375
SyntenyLag0023375
Gene Ontology termsGO:0006353 - DNA-templated transcription, termination (biological process)
GO:0006355 - regulation of transcription, DNA-templated (biological process)
GO:0009507 - chloroplast (cellular component)
GO:0016021 - integral component of membrane (cellular component)
GO:0003690 - double-stranded DNA binding (molecular function)
InterPro domainsIPR003690 - Transcription termination factor, mitochondrial/chloroplastic
IPR038538 - MTERF superfamily, mitochondrial/chloroplastic


Homology Show/hide homology
GenBank top hitse value%identityAlignment
KAG6607327.1 Transcription termination factor MTERF6, chloroplastic/mitochondrial, partial [Cucurbita argyrosperma subsp. sororia]2.3e-15782.45Show/hide
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KAG7037004.1 Transcription termination factor MTERF6, chloroplastic/mitochondrial, partial [Cucurbita argyrosperma subsp. argyrosperma]1.9e-15682.17Show/hide
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XP_022949554.1 transcription termination factor MTERF2, chloroplastic [Cucurbita moschata]4.3e-15681.89Show/hide
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XP_023521598.1 transcription termination factor MTERF2, chloroplastic-like isoform X1 [Cucurbita pepo subsp. pepo]2.3e-15782.45Show/hide
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XP_038895303.1 transcription termination factor MTERF4, chloroplastic [Benincasa hispida]3.5e-15881.39Show/hide
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TrEMBL top hitse value%identityAlignment
A0A1S3C6K3 transcription termination factor MTERF2, chloroplastic1.3e-15079.83Show/hide
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A0A5A7UZF1 Transcription termination factor MTERF21.0e-15079.83Show/hide
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A0A5D3BE49 Transcription termination factor MTERF21.3e-15079.83Show/hide
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        P+IFF TE+LKSRIMAFEEVG+     GKLL+KYPWI+S+CI GN+KQI SFFELEK
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A0A6J1GD59 transcription termination factor MTERF2, chloroplastic2.1e-15681.89Show/hide
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A0A6J1KAI5 transcription termination factor MTERF2, chloroplastic2.7e-15681.77Show/hide
Query:  MASLFFP---IPTINGSIQSSPHVPLNRFTLSQPRFLLPLHFRPFPSRFHFFLSSPHFIPLASTSSAALPFSDGPPEDPLDSTPVARLAVSEYLQRFGVS
        MAS+ FP   IPTI+ S  SS  +P+NRF+LSQPR LL L   PF S FHF  +S  FIPLAS SS ALP SD PP+D L S   ARLAVSEYLQR GVS
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Query:  EEESLSIASNSPRFLKMLVDGVRELDETSMWIPWSEEGGGRPLGEGFGFKEKVALMAMEKGDSGKVAFLESAGMNLSSAMNVARYLSGEMLPSLVYKVKY
        EEES+SIASNSPRFLKMLVDGVRELDETSMWI WS E G RP+G+GFGFKEKV LMA EKGD+GKVAFLESAGMNLSSAMNVARYLSGEMLPSL+YKVKY
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Query:  MKELFFSGSGDGKLIGKSARRMMMNLSIPPDDDVQQTLSFFEKIEARRGGLEMLSSNEESFRLLLESFPRMLLLSVESHVKPIVEFLENIGIPKERMRSI
        MKELFFSGSGDGKLIGKSARRMM NLSIPPDDDVQQTLSFFEKIEARRGGL+MLSSNEESFRLLLESFPRMLLLS++SHVKP+VEFLE IGIPKERMR I
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Query:  FLLFPPIIFFGTELLKSRIMAFEEVGIGDMEFGKLLLKYPWIVSDCIQGNIKQIGSFFELEK
        FL FPPIIFFGTE+LKSRIM FE+VGI +MEFGKLL KYPWI S+CIQGN+KQI SFFELEK
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SwissProt top hitse value%identityAlignment
F4IHL3 Transcription termination factor MTERF2, chloroplastic8.5e-0625.42Show/hide
Query:  FEKIEARRGGLEMLSSNEESFRLLLESFPRMLLLSVESHVKPIVEFLENIGIPKERMRSIFLLFPPIIFFGTE-LLKSRIMAFEEVGIGDMEFGKLLLKY
        F+ +E +   L+    + E    LL   P ++  S+E   KP+V++   +GIPKE M+ I ++ P +     E  +  ++   +E+GI +   G +L+K+
Subjt:  FEKIEARRGGLEMLSSNEESFRLLLESFPRMLLLSVESHVKPIVEFLENIGIPKERMRSIFLLFPPIIFFGTE-LLKSRIMAFEEVGIGDMEFGKLLLKY

Query:  PWIVSDCIQGNIKQIGSF
        P ++++ +   I+ +  F
Subjt:  PWIVSDCIQGNIKQIGSF

F4JVI3 Transcription termination factor MTERF5, chloroplastic2.5e-0525.56Show/hide
Query:  PRMLLLSVESHVKPIVEFLENIGIPKERMRSIFLLFPPIIFFGTELLKSRIMAFEEVGIGDMEFGKLLLKYPWIVSDCIQGNIKQIGSFF
        P++  +S+  ++KP + FLE +GI K +   I   FP I+ +  + L S +    + G+ + + G++L + P I+S  ++  ++    +F
Subjt:  PRMLLLSVESHVKPIVEFLENIGIPKERMRSIFLLFPPIIFFGTELLKSRIMAFEEVGIGDMEFGKLLLKYPWIVSDCIQGNIKQIGSFF

Q9SZL6 Transcription termination factor MTERF6, chloroplastic/mitochondrial8.0e-0426.73Show/hide
Query:  EESFRLLLESFPRMLLLSVESHVKPIVEFLENIGIPKERMRSIFLLFPPIIFFGTELLKSRIMA-FEEVGIGDMEFGKLLLKYPWIVSDCIQGNIKQIGS
        E     ++   P++L L ++  + P+VE L ++G     + S    FPPI+    E     ++A F+ +G+ + + GK++L  P ++S  I   +  I S
Subjt:  EESFRLLLESFPRMLLLSVESHVKPIVEFLENIGIPKERMRSIFLLFPPIIFFGTELLKSRIMA-FEEVGIGDMEFGKLLLKYPWIVSDCIQGNIKQIGS

Query:  F
        F
Subjt:  F

Arabidopsis top hitse value%identityAlignment
AT1G78930.1 Mitochondrial transcription termination factor family protein3.1e-8054.49Show/hide
Query:  TSSAALPFSDGP-PEDPLDSTPVARLAVSEYLQR-FGVSEEESLSIASNSPRFLKMLVDGVRELDETSMWIPWSEEGGGRPLGEGFGFKEKVALMAMEKG
        T SA+L   D     +   +   A+ +++ +L+R  G+SE +S  I+SN P++ +M+V+GVR+L+E   W  W   G    + EG GFKEKV  M  +KG
Subjt:  TSSAALPFSDGP-PEDPLDSTPVARLAVSEYLQR-FGVSEEESLSIASNSPRFLKMLVDGVRELDETSMWIPWSEEGGGRPLGEGFGFKEKVALMAMEKG

Query:  DSGKVAFLESAGMNLSSAMNVARYLSGEMLPSLVYKVKYMKELFFSGSGDGKLIGKSARRMMMNLSIPPDDDVQQTLSFFEKIEARRGGLEMLSSNEESF
        D GKVAFLES G++LSSAM +A Y+S E LP L+ KVKY+KE+FFSGS +  L+GK ARRMM+ LSIP D+DVQQTLSFFEKIEARRGGL+ML S + SF
Subjt:  DSGKVAFLESAGMNLSSAMNVARYLSGEMLPSLVYKVKYMKELFFSGSGDGKLIGKSARRMMMNLSIPPDDDVQQTLSFFEKIEARRGGLEMLSSNEESF

Query:  RLLLESFPRMLLLSVESHVKPIVEFLENIGIPKERMRSIFLLFPPIIFFGTELLKSRI-MAFEEVGIGDMEFGKLLLKYPWIVSDCIQGNIKQIGSFFEL
        R LLESFPR+LLLS E+ +KP+VEFLE+IGIPK  +  + LL+PPI+   TE +K R+  A E+V + + + GKLLLKYPWI+S  IQ N   IGSFF  
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Query:  E
        E
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AT2G21710.1 Mitochondrial transcription termination factor family protein6.1e-0725.42Show/hide
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        F+ +E +   L+    + E    LL   P ++  S+E   KP+V++   +GIPKE M+ I ++ P +     E  +  ++   +E+GI +   G +L+K+
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Query:  PWIVSDCIQGNIKQIGSF
        P ++++ +   I+ +  F
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AT4G14605.1 Mitochondrial transcription termination factor family protein1.8e-0625.56Show/hide
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        P++  +S+  ++KP + FLE +GI K +   I   FP I+ +  + L S +    + G+ + + G++L + P I+S  ++  ++    +F
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AT4G38160.1 Mitochondrial transcription termination factor family protein5.7e-0526.73Show/hide
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        E     ++   P++L L ++  + P+VE L ++G     + S    FPPI+    E     ++A F+ +G+ + + GK++L  P ++S  I   +  I S
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Query:  F
        F
Subjt:  F

AT4G38160.2 Mitochondrial transcription termination factor family protein5.7e-0526.73Show/hide
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        E     ++   P++L L ++  + P+VE L ++G     + S    FPPI+    E     ++A F+ +G+ + + GK++L  P ++S  I   +  I S
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Query:  F
        F
Subjt:  F


Sequences Show/hide sequences
CDS sequenceShow/hide CDS sequence
ATGGCGTCCCTCTTCTTCCCCATTCCAACCATCAATGGCAGCATTCAATCCTCGCCTCACGTCCCACTCAATCGCTTCACCCTTTCCCAACCTCGCTTCCTCCTTCCTCT
CCATTTTCGCCCCTTCCCTTCCCGCTTTCACTTCTTCCTCTCCTCTCCCCATTTCATTCCGCTCGCCTCCACTTCCTCCGCCGCTCTTCCCTTCTCCGACGGCCCTCCAG
AGGACCCACTCGATTCCACGCCCGTAGCCCGGCTTGCTGTTTCCGAGTATCTTCAGCGTTTCGGGGTTTCCGAGGAGGAATCTCTCTCCATCGCCTCCAATTCCCCTCGG
TTCTTGAAGATGCTCGTTGATGGAGTTCGTGAATTGGACGAGACGTCCATGTGGATTCCTTGGAGTGAGGAAGGAGGAGGACGGCCGTTGGGTGAGGGTTTTGGGTTTAA
GGAAAAGGTGGCTTTGATGGCCATGGAGAAGGGTGACTCTGGGAAGGTTGCTTTCTTGGAGAGTGCTGGTATGAATCTTTCTTCAGCTATGAATGTTGCTCGCTATCTCT
CTGGGGAGATGCTTCCATCTCTCGTTTATAAGGTAAAATATATGAAGGAACTCTTCTTTTCTGGCAGCGGTGATGGAAAACTCATAGGAAAAAGTGCTCGCCGAATGATG
ATGAACTTATCGATTCCTCCTGATGATGATGTGCAACAGACTTTATCCTTTTTTGAGAAGATTGAAGCCAGGCGTGGAGGCCTAGAGATGTTGAGTTCGAATGAAGAATC
CTTTCGCCTTTTACTTGAATCGTTTCCCCGCATGCTTTTGTTGTCAGTAGAGTCCCACGTAAAACCAATTGTAGAATTTCTTGAAAACATTGGCATCCCTAAGGAACGCA
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AAATTATTACTTAAATATCCATGGATTGTGTCGGATTGCATCCAAGGCAACATTAAACAAATTGGTTCTTTCTTTGAATTGGAGAAGAATGATAAGTGTATATTTTGCAA
GTTGAGTGAACATAGGAAAAATTTAAAAGAAAAGGCAGAGATGGTGATTGGGCCAAAGTGCAACTTTCATTGGGAAGGCTTCAATTCGGAATCTGTTCCTTTCTTTGGGA
AGGAGCTAAAGCGAAAGGGAATACCACTTGGTAAAAATTGA
mRNA sequenceShow/hide mRNA sequence
ATGGCGTCCCTCTTCTTCCCCATTCCAACCATCAATGGCAGCATTCAATCCTCGCCTCACGTCCCACTCAATCGCTTCACCCTTTCCCAACCTCGCTTCCTCCTTCCTCT
CCATTTTCGCCCCTTCCCTTCCCGCTTTCACTTCTTCCTCTCCTCTCCCCATTTCATTCCGCTCGCCTCCACTTCCTCCGCCGCTCTTCCCTTCTCCGACGGCCCTCCAG
AGGACCCACTCGATTCCACGCCCGTAGCCCGGCTTGCTGTTTCCGAGTATCTTCAGCGTTTCGGGGTTTCCGAGGAGGAATCTCTCTCCATCGCCTCCAATTCCCCTCGG
TTCTTGAAGATGCTCGTTGATGGAGTTCGTGAATTGGACGAGACGTCCATGTGGATTCCTTGGAGTGAGGAAGGAGGAGGACGGCCGTTGGGTGAGGGTTTTGGGTTTAA
GGAAAAGGTGGCTTTGATGGCCATGGAGAAGGGTGACTCTGGGAAGGTTGCTTTCTTGGAGAGTGCTGGTATGAATCTTTCTTCAGCTATGAATGTTGCTCGCTATCTCT
CTGGGGAGATGCTTCCATCTCTCGTTTATAAGGTAAAATATATGAAGGAACTCTTCTTTTCTGGCAGCGGTGATGGAAAACTCATAGGAAAAAGTGCTCGCCGAATGATG
ATGAACTTATCGATTCCTCCTGATGATGATGTGCAACAGACTTTATCCTTTTTTGAGAAGATTGAAGCCAGGCGTGGAGGCCTAGAGATGTTGAGTTCGAATGAAGAATC
CTTTCGCCTTTTACTTGAATCGTTTCCCCGCATGCTTTTGTTGTCAGTAGAGTCCCACGTAAAACCAATTGTAGAATTTCTTGAAAACATTGGCATCCCTAAGGAACGCA
TGAGGAGCATATTTCTGTTATTTCCACCCATCATTTTCTTCGGTACTGAACTCCTCAAATCAAGGATAATGGCTTTTGAGGAGGTTGGCATAGGAGACATGGAATTTGGT
AAATTATTACTTAAATATCCATGGATTGTGTCGGATTGCATCCAAGGCAACATTAAACAAATTGGTTCTTTCTTTGAATTGGAGAAGAATGATAAGTGTATATTTTGCAA
GTTGAGTGAACATAGGAAAAATTTAAAAGAAAAGGCAGAGATGGTGATTGGGCCAAAGTGCAACTTTCATTGGGAAGGCTTCAATTCGGAATCTGTTCCTTTCTTTGGGA
AGGAGCTAAAGCGAAAGGGAATACCACTTGGTAAAAATTGA
Protein sequenceShow/hide protein sequence
MASLFFPIPTINGSIQSSPHVPLNRFTLSQPRFLLPLHFRPFPSRFHFFLSSPHFIPLASTSSAALPFSDGPPEDPLDSTPVARLAVSEYLQRFGVSEEESLSIASNSPR
FLKMLVDGVRELDETSMWIPWSEEGGGRPLGEGFGFKEKVALMAMEKGDSGKVAFLESAGMNLSSAMNVARYLSGEMLPSLVYKVKYMKELFFSGSGDGKLIGKSARRMM
MNLSIPPDDDVQQTLSFFEKIEARRGGLEMLSSNEESFRLLLESFPRMLLLSVESHVKPIVEFLENIGIPKERMRSIFLLFPPIIFFGTELLKSRIMAFEEVGIGDMEFG
KLLLKYPWIVSDCIQGNIKQIGSFFELEKNDKCIFCKLSEHRKNLKEKAEMVIGPKCNFHWEGFNSESVPFFGKELKRKGIPLGKN