CuGenDBv2

Gene ID	Lag0028355
Organism	Luffa acutangula AG-4 (Sponge gourd (AG-4) v1)
Description	SUPPRESSOR OF ABI3-5
Genome location	chr8:19258461..19260176
RNA-Seq Expression	Lag0028355
Synteny	Lag0028355
Gene Ontology terms	GO:0000398 - mRNA splicing, via spliceosome (biological process) GO:0005634 - nucleus (cellular component) GO:0003723 - RNA binding (molecular function) GO:0046872 - metal ion binding (molecular function)
InterPro domains	IPR041591 - OCRE domain

Homology

Show/hide homology

GenBank top hits

e value

%identity

Alignment

KAA0046226.1 RNA-binding protein 5-B isoform X2 [Cucumis melo var. makuwa]

7.1e-54

91.94

Show/hide

Query:  VEDASKALDATNGTTLEKNGQILRVAYAKSILGPGSRASGSSQSSSLAATAIEAATFAQQYDAVGWAPKEYNPNDKQSNGGQEQGGNEVAVQSHGSAPQS
        VEDA+KALDATNGTTLEKNGQILRVAYAKSILGPGS  SGSSQSSSLAA AIEAATFAQQYDAVGWAPKEYNP+D+Q+NGGQEQGG  VAVQSHGSAPQS
Subjt:  VEDASKALDATNGTTLEKNGQILRVAYAKSILGPGSRASGSSQSSSLAATAIEAATFAQQYDAVGWAPKEYNPNDKQSNGGQEQGGNEVAVQSHGSAPQS

Query:  GFVWDEASGYYYDAASGFYYDRNT
        GFVWDEASGYYYDAASGFYYD NT
Subjt:  GFVWDEASGYYYDAASGFYYDRNT

XP_011655136.1 SUPPRESSOR OF ABI3-5 isoform X1 [Cucumis sativus]

1.2e-53

91.13

Show/hide

Query:  VEDASKALDATNGTTLEKNGQILRVAYAKSILGPGSRASGSSQSSSLAATAIEAATFAQQYDAVGWAPKEYNPNDKQSNGGQEQGGNEVAVQSHGSAPQS
        VEDA+KALDATNGTTLEKNGQILRVAYAKSILGPGS  SGSSQSSSLAA AIEAATFAQQYDAVGWAPKEYNP+D+QSNGGQEQGG  VA+QSHGSAPQS
Subjt:  VEDASKALDATNGTTLEKNGQILRVAYAKSILGPGSRASGSSQSSSLAATAIEAATFAQQYDAVGWAPKEYNPNDKQSNGGQEQGGNEVAVQSHGSAPQS

Query:  GFVWDEASGYYYDAASGFYYDRNT
        GFVWD+ASGYYYDAASGFYYD NT
Subjt:  GFVWDEASGYYYDAASGFYYDRNT

XP_016902976.1 PREDICTED: SUPPRESSOR OF ABI3-5 [Cucumis melo]

7.1e-54

91.94

Show/hide

Query:  VEDASKALDATNGTTLEKNGQILRVAYAKSILGPGSRASGSSQSSSLAATAIEAATFAQQYDAVGWAPKEYNPNDKQSNGGQEQGGNEVAVQSHGSAPQS
        VEDA+KALDATNGTTLEKNGQILRVAYAKSILGPGS  SGSSQSSSLAA AIEAATFAQQYDAVGWAPKEYNP+D+Q+NGGQEQGG  VAVQSHGSAPQS
Subjt:  VEDASKALDATNGTTLEKNGQILRVAYAKSILGPGSRASGSSQSSSLAATAIEAATFAQQYDAVGWAPKEYNPNDKQSNGGQEQGGNEVAVQSHGSAPQS

Query:  GFVWDEASGYYYDAASGFYYDRNT
        GFVWDEASGYYYDAASGFYYD NT
Subjt:  GFVWDEASGYYYDAASGFYYDRNT

XP_031741241.1 SUPPRESSOR OF ABI3-5 isoform X2 [Cucumis sativus]

1.2e-53

91.13

Show/hide

Query:  VEDASKALDATNGTTLEKNGQILRVAYAKSILGPGSRASGSSQSSSLAATAIEAATFAQQYDAVGWAPKEYNPNDKQSNGGQEQGGNEVAVQSHGSAPQS
        VEDA+KALDATNGTTLEKNGQILRVAYAKSILGPGS  SGSSQSSSLAA AIEAATFAQQYDAVGWAPKEYNP+D+QSNGGQEQGG  VA+QSHGSAPQS
Subjt:  VEDASKALDATNGTTLEKNGQILRVAYAKSILGPGSRASGSSQSSSLAATAIEAATFAQQYDAVGWAPKEYNPNDKQSNGGQEQGGNEVAVQSHGSAPQS

Query:  GFVWDEASGYYYDAASGFYYDRNT
        GFVWD+ASGYYYDAASGFYYD NT
Subjt:  GFVWDEASGYYYDAASGFYYDRNT

XP_031741242.1 SUPPRESSOR OF ABI3-5 isoform X3 [Cucumis sativus]

1.2e-53

91.13

Show/hide

Query:  VEDASKALDATNGTTLEKNGQILRVAYAKSILGPGSRASGSSQSSSLAATAIEAATFAQQYDAVGWAPKEYNPNDKQSNGGQEQGGNEVAVQSHGSAPQS
        VEDA+KALDATNGTTLEKNGQILRVAYAKSILGPGS  SGSSQSSSLAA AIEAATFAQQYDAVGWAPKEYNP+D+QSNGGQEQGG  VA+QSHGSAPQS
Subjt:  VEDASKALDATNGTTLEKNGQILRVAYAKSILGPGSRASGSSQSSSLAATAIEAATFAQQYDAVGWAPKEYNPNDKQSNGGQEQGGNEVAVQSHGSAPQS

Query:  GFVWDEASGYYYDAASGFYYDRNT
        GFVWD+ASGYYYDAASGFYYD NT
Subjt:  GFVWDEASGYYYDAASGFYYDRNT

TrEMBL top hits

e value

%identity

Alignment

A0A0A0KR81 Uncharacterized protein

5.9e-54

91.13

Show/hide

Query:  VEDASKALDATNGTTLEKNGQILRVAYAKSILGPGSRASGSSQSSSLAATAIEAATFAQQYDAVGWAPKEYNPNDKQSNGGQEQGGNEVAVQSHGSAPQS
        VEDA+KALDATNGTTLEKNGQILRVAYAKSILGPGS  SGSSQSSSLAA AIEAATFAQQYDAVGWAPKEYNP+D+QSNGGQEQGG  VA+QSHGSAPQS
Subjt:  VEDASKALDATNGTTLEKNGQILRVAYAKSILGPGSRASGSSQSSSLAATAIEAATFAQQYDAVGWAPKEYNPNDKQSNGGQEQGGNEVAVQSHGSAPQS

Query:  GFVWDEASGYYYDAASGFYYDRNT
        GFVWD+ASGYYYDAASGFYYD NT
Subjt:  GFVWDEASGYYYDAASGFYYDRNT

A0A1S4E414 SUPPRESSOR OF ABI3-5

3.5e-54

91.94

Show/hide

Query:  VEDASKALDATNGTTLEKNGQILRVAYAKSILGPGSRASGSSQSSSLAATAIEAATFAQQYDAVGWAPKEYNPNDKQSNGGQEQGGNEVAVQSHGSAPQS
        VEDA+KALDATNGTTLEKNGQILRVAYAKSILGPGS  SGSSQSSSLAA AIEAATFAQQYDAVGWAPKEYNP+D+Q+NGGQEQGG  VAVQSHGSAPQS
Subjt:  VEDASKALDATNGTTLEKNGQILRVAYAKSILGPGSRASGSSQSSSLAATAIEAATFAQQYDAVGWAPKEYNPNDKQSNGGQEQGGNEVAVQSHGSAPQS

Query:  GFVWDEASGYYYDAASGFYYDRNT
        GFVWDEASGYYYDAASGFYYD NT
Subjt:  GFVWDEASGYYYDAASGFYYDRNT

A0A5D3D622 RNA-binding protein 5-B isoform X2

3.5e-54

91.94

Show/hide

Query:  VEDASKALDATNGTTLEKNGQILRVAYAKSILGPGSRASGSSQSSSLAATAIEAATFAQQYDAVGWAPKEYNPNDKQSNGGQEQGGNEVAVQSHGSAPQS
        VEDA+KALDATNGTTLEKNGQILRVAYAKSILGPGS  SGSSQSSSLAA AIEAATFAQQYDAVGWAPKEYNP+D+Q+NGGQEQGG  VAVQSHGSAPQS
Subjt:  VEDASKALDATNGTTLEKNGQILRVAYAKSILGPGSRASGSSQSSSLAATAIEAATFAQQYDAVGWAPKEYNPNDKQSNGGQEQGGNEVAVQSHGSAPQS

Query:  GFVWDEASGYYYDAASGFYYDRNT
        GFVWDEASGYYYDAASGFYYD NT
Subjt:  GFVWDEASGYYYDAASGFYYDRNT

A0A6J1GW06 SUPPRESSOR OF ABI3-5 isoform X1

1.0e-53

91.94

Show/hide

Query:  VEDASKALDATNGTTLEKNGQILRVAYAKSILGPGSRASGSSQSSSLAATAIEAATFAQQYDAVGWAPKEYNPNDKQSNGGQEQGGNEVAVQSHGSAPQS
        VEDA+KALDATNGTTLEKNGQILRVAYAKSILG GS  SGSSQSSSLAA AIEAATFAQQYDAVGWAPKEYNP+DKQSNGGQE GG EVA+QSHGSAPQS
Subjt:  VEDASKALDATNGTTLEKNGQILRVAYAKSILGPGSRASGSSQSSSLAATAIEAATFAQQYDAVGWAPKEYNPNDKQSNGGQEQGGNEVAVQSHGSAPQS

Query:  GFVWDEASGYYYDAASGFYYDRNT
        GFVWDEASGYYYDAASGFYYD NT
Subjt:  GFVWDEASGYYYDAASGFYYDRNT

A0A6J1JH15 SUPPRESSOR OF ABI3-5 isoform X1

1.0e-53

91.94

Show/hide

Query:  VEDASKALDATNGTTLEKNGQILRVAYAKSILGPGSRASGSSQSSSLAATAIEAATFAQQYDAVGWAPKEYNPNDKQSNGGQEQGGNEVAVQSHGSAPQS
        VEDA+KALDATNGTTLEKNGQILRVAYAKSILG GS  SGSSQSSSLAA AIEAATFAQQYDAVGWAPKEYNP+DKQSNGGQE GG EVA+QSHGSAPQS
Subjt:  VEDASKALDATNGTTLEKNGQILRVAYAKSILGPGSRASGSSQSSSLAATAIEAATFAQQYDAVGWAPKEYNPNDKQSNGGQEQGGNEVAVQSHGSAPQS

Query:  GFVWDEASGYYYDAASGFYYDRNT
        GFVWDEASGYYYDAASGFYYD NT
Subjt:  GFVWDEASGYYYDAASGFYYDRNT

SwissProt top hits

e value

%identity

Alignment

F4JCU0 SUPPRESSOR OF ABI3-5

1.2e-40

66.42

Show/hide

Query:  VEDASKALDATNGTTLEKNGQILRVAYAKSILGPGSRASGSSQSSSLAATAIEAATFAQQYDAVGWAPKEYNPNDKQSNGGQEQGGNEVAVQSHGSAPQS
        VEDA+KAL+ATN T LE+NG+ILRVAYAKS+ G G+  S  S S++LAA AIEAATF+QQYD VGWAPKEYN  +KQ+ GGQ QG  E+  Q   SAPQS
Subjt:  VEDASKALDATNGTTLEKNGQILRVAYAKSILGPGSRASGSSQSSSLAATAIEAATFAQQYDAVGWAPKEYNPNDKQSNGGQEQGGNEVAVQSHGSAPQS

Query:  GFVWDEASGYYYDAASGFYYDRNTEKMLGWYDCN
        G+VWDEASGYYYDAASG+YYD N+     +YD N
Subjt:  GFVWDEASGYYYDAASGFYYDRNTEKMLGWYDCN

Arabidopsis top hits

e value

%identity

Alignment

AT3G54230.1 suppressor of abi3-5

8.7e-42

66.42

Show/hide

Query:  VEDASKALDATNGTTLEKNGQILRVAYAKSILGPGSRASGSSQSSSLAATAIEAATFAQQYDAVGWAPKEYNPNDKQSNGGQEQGGNEVAVQSHGSAPQS
        VEDA+KAL+ATN T LE+NG+ILRVAYAKS+ G G+  S  S S++LAA AIEAATF+QQYD VGWAPKEYN  +KQ+ GGQ QG  E+  Q   SAPQS
Subjt:  VEDASKALDATNGTTLEKNGQILRVAYAKSILGPGSRASGSSQSSSLAATAIEAATFAQQYDAVGWAPKEYNPNDKQSNGGQEQGGNEVAVQSHGSAPQS

Query:  GFVWDEASGYYYDAASGFYYDRNTEKMLGWYDCN
        G+VWDEASGYYYDAASG+YYD N+     +YD N
Subjt:  GFVWDEASGYYYDAASGFYYDRNTEKMLGWYDCN

AT3G54230.2 suppressor of abi3-5

8.7e-42

66.42

Show/hide

Query:  VEDASKALDATNGTTLEKNGQILRVAYAKSILGPGSRASGSSQSSSLAATAIEAATFAQQYDAVGWAPKEYNPNDKQSNGGQEQGGNEVAVQSHGSAPQS
        VEDA+KAL+ATN T LE+NG+ILRVAYAKS+ G G+  S  S S++LAA AIEAATF+QQYD VGWAPKEYN  +KQ+ GGQ QG  E+  Q   SAPQS
Subjt:  VEDASKALDATNGTTLEKNGQILRVAYAKSILGPGSRASGSSQSSSLAATAIEAATFAQQYDAVGWAPKEYNPNDKQSNGGQEQGGNEVAVQSHGSAPQS

Query:  GFVWDEASGYYYDAASGFYYDRNTEKMLGWYDCN
        G+VWDEASGYYYDAASG+YYD N+     +YD N
Subjt:  GFVWDEASGYYYDAASGFYYDRNTEKMLGWYDCN

Sequences

Show/hide sequences

CDS sequence

Show/hide CDS sequence

ATGGAACCAGATGATGATGCATCTTCTTTTGTGGAGGATGCTAGCAAAGCTCTTGATGCCACAAATGGCACAACCCTCGAGAAGAATGGACAAATTTTACGAGTAGCATA
TGCTAAGAGCATTCTTGGTCCAGGATCAAGAGCGTCTGGATCTTCACAGTCTAGCAGCCTTGCAGCTACTGCAATTGAGGCTGCAACGTTTGCCCAACAGTATGATGCTG
TTGGATGGGCACCAAAGGAATACAACCCAAACGACAAACAATCCAATGGTGGCCAGGAACAAGGAGGTAATGAGGTGGCAGTTCAAAGTCATGGTTCTGCTCCACAATCC
GGCTTTGTGTGGGATGAAGCGTCAGGATACTATTATGATGCTGCTTCTGGGTTCTACTATGACAGAAATACAGAAAAGATGCTAGGATGGTACGACTGCAATTTGTTGGG
ATTAAGTTCAGTATTGAATACTTGTGTGTTTGGGGACTCGACGAGTGAATTTGGCTAG

mRNA sequence

Show/hide mRNA sequence

Protein sequence

Show/hide protein sequence

MEPDDDASSFVEDASKALDATNGTTLEKNGQILRVAYAKSILGPGSRASGSSQSSSLAATAIEAATFAQQYDAVGWAPKEYNPNDKQSNGGQEQGGNEVAVQSHGSAPQS
GFVWDEASGYYYDAASGFYYDRNTEKMLGWYDCNLLGLSSVLNTCVFGDSTSEFG

Lag0028355 (gene) of Sponge gourd (AG-4) v1 genome