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Lag0028789 (gene) of Sponge gourd (AG-4) v1 genome

Gene IDLag0028789
OrganismLuffa acutangula AG-4 (Sponge gourd (AG-4) v1)
DescriptionTy3-gypsy retrotransposon protein
Genome locationchr8:30756796..30757407
RNA-Seq ExpressionLag0028789
SyntenyLag0028789
Gene Ontology termsGO:0006259 - DNA metabolic process (biological process)
GO:0003676 - nucleic acid binding (molecular function)
GO:0016787 - hydrolase activity (molecular function)
GO:0140640 - catalytic activity, acting on a nucleic acid (molecular function)
InterPro domainsNA


Homology Show/hide homology
GenBank top hitse value%identityAlignment
KAA0047477.1 uncharacterized protein E6C27_scaffold498G00940 [Cucumis melo var. makuwa]5.4e-2762.5Show/hide
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KAA0054591.1 gypsy-like retrotransposase [Cucumis melo var. makuwa]2.4e-2763.33Show/hide
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KAA0057579.1 uncharacterized protein E6C27_scaffold497G00510 [Cucumis melo var. makuwa]1.4e-2763.33Show/hide
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TYJ98225.1 uncharacterized protein E5676_scaffold180G001270 [Cucumis melo var. makuwa]5.4e-2762.5Show/hide
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TYK06279.1 uncharacterized protein E5676_scaffold157G00630 [Cucumis melo var. makuwa]3.2e-2762.5Show/hide
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TrEMBL top hitse value%identityAlignment
A0A5A7TRQ6 RNase H domain-containing protein2.6e-2762.5Show/hide
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A0A5A7TZU9 Ribonuclease H2.6e-2762.5Show/hide
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A0A5A7UM27 Gypsy-like retrotransposase1.2e-2763.33Show/hide
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A0A5A7UVK7 Uncharacterized protein6.8e-2863.33Show/hide
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A0A5D3C7G5 Uncharacterized protein1.5e-2762.5Show/hide
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SwissProt top hitse value%identityAlignment
No hits found
Arabidopsis top hitse value%identityAlignment
No hits found

Sequences Show/hide sequences
CDS sequenceShow/hide CDS sequence
ATGGAGATTCTAAAAGAAAATTTCACCATGCCTCTGACAGCAATTACCAAGCAAGAGATTCAGGAATCAAAGACAGATCGTACCAAAGTGACTTTGCCAGAAAGACGAAC
GAAGGCTGGATTTGACCCAAATGCATACAAACTCCTAGAAAAGGCAGGATACTACTTTACAACTCATACTGAGTTTAAAAGTCTAAAAATCTTCGATGGAAGATCTGAGC
CTTCTCCGACACAAAAGAAGCTCCAAAAAGAAGGTTATATCATACCATCCTCGAGAGGGGAATCACCATTCACAGAATGTTCAGGAGTTTTGAAGGTTGGTGATATGGAG
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TGGATTTGACCCGAATGCATACAAACTCCTAAAAAAGGCAGGATACTACTTTACAACTACTGAGTTTAAAAGTCTAAAAATCTTCGATGGAAGATCTAAGCCTTCTCCGA
CACAAAAGAAGCTCCAAAAAGAAGGTTATATCATACCATCCTCGAGAGTCAGACTAGGGTAG
mRNA sequenceShow/hide mRNA sequence
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Protein sequenceShow/hide protein sequence
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