CuGenDBv2

Gene ID	Lag0028988
Organism	Luffa acutangula AG-4 (Sponge gourd (AG-4) v1)
Description	mediator of RNA polymerase II transcription subunit 23
Genome location	chr8:33851909..33856772
RNA-Seq Expression	Lag0028988
Synteny	Lag0028988
Gene Ontology terms	GO:0005634 - nucleus (cellular component)
InterPro domains	IPR021629 - Mediator complex, subunit Med23

Homology

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A0A0A0KUT7 Uncharacterized protein

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A0A1S3CSR7 mediator of RNA polymerase II transcription subunit 23 isoform X1

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A0A1S4DS63 mediator of RNA polymerase II transcription subunit 23 isoform X2

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A0A5A7TSF1 Mediator of RNA polymerase II transcription subunit 23 isoform X1

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A0A5D3E5C4 Mediator of RNA polymerase II transcription subunit 23 isoform X1

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Query:  RRRDMMAMHMQMLDQHLHSPTFGTQRIFSQTMQNISGETVASLRYSPITYPSVLGEPLHGEEIASGIQRGTRDWERAMRCIRHALRTTPSPDWWKRVLLV
        RRRDMMAMHMQMLDQHLHSPTFGTQRIFSQTMQNISGE VASLRYSPITYPSVLGEPLHGE+IAS IQRGTRDWERAMRCIRHALRTTPSPDWWKRVLLV
Subjt:  RRRDMMAMHMQMLDQHLHSPTFGTQRIFSQTMQNISGETVASLRYSPITYPSVLGEPLHGEEIASGIQRGTRDWERAMRCIRHALRTTPSPDWWKRVLLV

Query:  APCYRSPAQGPTPGAVFTSEMICEATIDRIFELLKLTNSGNYSFFVILLFILPFSYNILYE
        AP YRS AQG +PGAVFTSEMICEATIDRIFELLKLTNSGNY+FFVILLFI   S  ILYE
Subjt:  APCYRSPAQGPTPGAVFTSEMICEATIDRIFELLKLTNSGNYSFFVILLFILPFSYNILYE

SwissProt top hits

e value

%identity

Alignment

F4I4P3 Mediator of RNA polymerase II transcription subunit 23

8.4e-154

59.84

Show/hide

Query:  NKAQKRVQAINRELPPRNEQFLLDFEQIQNQFADHDQLRAVTESVLISLVVQCSGHVPRAEFILFALRSLCSIGYINWDTFLPSLLSSVSSAEVSVGQGS
        NK+QKRV A NR+LPPRNEQFLLDFE +Q+QF D +QLR +TESVLISLVVQCS H PRAEF+LFALR+LC I YINWDTFLPSLLSSVS+AE S+ QG 
Subjt:  NKAQKRVQAINRELPPRNEQFLLDFEQIQNQFADHDQLRAVTESVLISLVVQCSGHVPRAEFILFALRSLCSIGYINWDTFLPSLLSSVSSAEVSVGQGS

Query:  Q-AAPTVSSTNLSQSGVLPSSNPVPNNSTFQSSNPASPLPSVHGISSPAQSSMDPSSCTTLSPIKSSDLSGTG---LPSAVRVNSFLRNNAISSLRQLCC
        Q AA T  S+  S   V+P            S NP S LPS HGI SP+ S +        S      ++  G     +A+R +  +R  A++SLRQL C
Subjt:  Q-AAPTVSSTNLSQSGVLPSSNPVPNNSTFQSSNPASPLPSVHGISSPAQSSMDPSSCTTLSPIKSSDLSGTG---LPSAVRVNSFLRNNAISSLRQLCC

Query:  KIILSGLKFNLKPATHADIFSHMLNWMVNWDQRQQGIEESENMKSWRPDKALIEWLHSCLDVVWLLVEESKCRVPFYELLRSGLQFIDNIPDDEYLFTLI
        KIIL G++ +LKP THA+IF +M+NW+VNWD+R  G E+S   KSWR +K L EWL SCLDV+WLLVEE + R+PFYELLRSGLQFI+NIPDDE LFTLI
Subjt:  KIILSGLKFNLKPATHADIFSHMLNWMVNWDQRQQGIEESENMKSWRPDKALIEWLHSCLDVVWLLVEESKCRVPFYELLRSGLQFIDNIPDDEYLFTLI

Query:  LEIHRRRDMMAMHMQMLDQHLHSPTFGTQRIFSQTMQNISGETVASLRYSPITYPSVLGEPLHGEEIASGIQRGTRDWERAMRCIRHALRTTPSPDWWKR
        +EIHRRRD MAMHM MLDQHLH P+FGT RI SQ   N+  E V  LR+SPITYPSVLGEPL+GE++A  I +G+ DWERA+RCIRHA+RTTPSPDWWKR
Subjt:  LEIHRRRDMMAMHMQMLDQHLHSPTFGTQRIFSQTMQNISGETVASLRYSPITYPSVLGEPLHGEEIASGIQRGTRDWERAMRCIRHALRTTPSPDWWKR

Query:  VLLVAPCYRSPAQ-GPTPGAVFTSEMICEATIDRIFELLKLTNSGNYSF---FVILLFILPFSYNILYESWLLIKK------KKGVKHFYSFAEEQVI
        VL+VAPCYR   Q GP PGAVFTS+MICEA IDRI ELLKLTNSGN  F    V + F   ++    ++ WL+         K G   F  F ++ V+
Subjt:  VLLVAPCYRSPAQ-GPTPGAVFTSEMICEATIDRIFELLKLTNSGNYSF---FVILLFILPFSYNILYESWLLIKK------KKGVKHFYSFAEEQVI

P0C2F6 Putative ribonuclease H protein At1g65750

9.4e-20

27.7

Show/hide

Query:  RTFLWKRGTQTHNHVHHLVKREKLIHPIDQGGLGLHSMVDKNKALLAKWTWRFNQERNALWRKLIKAIYGPPTNLKRSSLAKSKGPWKNIVKHCSLIINR
        RTFLW  G+       HLVK  K+  P  +GGLG+ +    N+AL++K  WR  QE+N+LW  +++  Y     ++ S     KG W +  +  ++ +  
Subjt:  RTFLWKRGTQTHNHVHHLVKREKLIHPIDQGGLGLHSMVDKNKALLAKWTWRFNQERNALWRKLIKAIYGPPTNLKRSSLAKSKGPWKNIVKHCSLIINR

Query:  VVHQ-----LGNGEDTCFWTDPWINNLPLATRYPLLYKLSHCKTASVKDVWNDTNLFWDLNLGRNLKGYEA--AEWADLSLILDPIHLSHTVDSWKWPLN
        VV        G+G+   FWTD W++  PL        + + C T   KD+W      WD      +  Y          +++LD +  +   D   W  +
Subjt:  VVHQ-----LGNGEDTCFWTDPWINNLPLATRYPLLYKLSHCKTASVKDVWNDTNLFWDLNLGRNLKGYEA--AEWADLSLILDPIHLSHTVDSWKWPLN

Query:  QNGSFSTKS----LIIDMAGTSSCLDTSLAKAIGKENYPKKVKFFLWELAHKKPSTPKTSCK---SACHICLFPPGGV
        Q+G FS +S    L +D     +    S    + K   P++VK FLW + ++   T +   +   SA ++C    GGV
Subjt:  QNGSFSTKS----LIIDMAGTSSCLDTSLAKAIGKENYPKKVKFFLWELAHKKPSTPKTSCK---SACHICLFPPGGV

Arabidopsis top hits

e value

%identity

Alignment

AT1G23230.1 CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Mediator complex subunit Med23 (InterPro:IPR021629); Has 187 Blast hits to 184 proteins in 67 species: Archae - 0; Bacteria - 0; Metazoa - 135; Fungi - 0; Plants - 43; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 9 (source: NCBI BLink).

6.0e-155

59.84

Show/hide

Query:  NKAQKRVQAINRELPPRNEQFLLDFEQIQNQFADHDQLRAVTESVLISLVVQCSGHVPRAEFILFALRSLCSIGYINWDTFLPSLLSSVSSAEVSVGQGS
        NK+QKRV A NR+LPPRNEQFLLDFE +Q+QF D +QLR +TESVLISLVVQCS H PRAEF+LFALR+LC I YINWDTFLPSLLSSVS+AE S+ QG 
Subjt:  NKAQKRVQAINRELPPRNEQFLLDFEQIQNQFADHDQLRAVTESVLISLVVQCSGHVPRAEFILFALRSLCSIGYINWDTFLPSLLSSVSSAEVSVGQGS

Query:  Q-AAPTVSSTNLSQSGVLPSSNPVPNNSTFQSSNPASPLPSVHGISSPAQSSMDPSSCTTLSPIKSSDLSGTG---LPSAVRVNSFLRNNAISSLRQLCC
        Q AA T  S+  S   V+P            S NP S LPS HGI SP+ S +        S      ++  G     +A+R +  +R  A++SLRQL C
Subjt:  Q-AAPTVSSTNLSQSGVLPSSNPVPNNSTFQSSNPASPLPSVHGISSPAQSSMDPSSCTTLSPIKSSDLSGTG---LPSAVRVNSFLRNNAISSLRQLCC

Query:  KIILSGLKFNLKPATHADIFSHMLNWMVNWDQRQQGIEESENMKSWRPDKALIEWLHSCLDVVWLLVEESKCRVPFYELLRSGLQFIDNIPDDEYLFTLI
        KIIL G++ +LKP THA+IF +M+NW+VNWD+R  G E+S   KSWR +K L EWL SCLDV+WLLVEE + R+PFYELLRSGLQFI+NIPDDE LFTLI
Subjt:  KIILSGLKFNLKPATHADIFSHMLNWMVNWDQRQQGIEESENMKSWRPDKALIEWLHSCLDVVWLLVEESKCRVPFYELLRSGLQFIDNIPDDEYLFTLI

Query:  LEIHRRRDMMAMHMQMLDQHLHSPTFGTQRIFSQTMQNISGETVASLRYSPITYPSVLGEPLHGEEIASGIQRGTRDWERAMRCIRHALRTTPSPDWWKR
        +EIHRRRD MAMHM MLDQHLH P+FGT RI SQ   N+  E V  LR+SPITYPSVLGEPL+GE++A  I +G+ DWERA+RCIRHA+RTTPSPDWWKR
Subjt:  LEIHRRRDMMAMHMQMLDQHLHSPTFGTQRIFSQTMQNISGETVASLRYSPITYPSVLGEPLHGEEIASGIQRGTRDWERAMRCIRHALRTTPSPDWWKR

Query:  VLLVAPCYRSPAQ-GPTPGAVFTSEMICEATIDRIFELLKLTNSGNYSF---FVILLFILPFSYNILYESWLLIKK------KKGVKHFYSFAEEQVI
        VL+VAPCYR   Q GP PGAVFTS+MICEA IDRI ELLKLTNSGN  F    V + F   ++    ++ WL+         K G   F  F ++ V+
Subjt:  VLLVAPCYRSPAQ-GPTPGAVFTSEMICEATIDRIFELLKLTNSGNYSF---FVILLFILPFSYNILYESWLLIKK------KKGVKHFYSFAEEQVI

AT1G23230.2 FUNCTIONS IN: molecular_function unknown; INVOLVED IN: response to salt stress; EXPRESSED IN: 24 plant structures; EXPRESSED DURING: 15 growth stages; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Mediator complex subunit Med23 (InterPro:IPR021629).

5.6e-153

60.33

Show/hide

Query:  NKAQKRVQAINRELPPRNEQFLLDFEQIQNQFADHDQLRAVTESVLISLVVQCSGHVPRAEFILFALRSLCSIGYINWDTFLPSLLSSVSSAEVSVGQGS
        NK+QKRV A NR+LPPRNEQFLLDFE +Q+QF D +QLR +TESVLISLVVQCS H PRAEF+LFALR+LC I YINWDTFLPSLLSSVS+AE S+ QG 
Subjt:  NKAQKRVQAINRELPPRNEQFLLDFEQIQNQFADHDQLRAVTESVLISLVVQCSGHVPRAEFILFALRSLCSIGYINWDTFLPSLLSSVSSAEVSVGQGS

Query:  Q-AAPTVSSTNLSQSGVLPSSNPVPNNSTFQSSNPASPLPSVHGISSPAQSSMDPSSCTTLSPIKSSDLSGTG---LPSAVRVNSFLRNNAISSLRQLCC
        Q AA T  S+  S   V+P            S NP S LPS HGI SP+ S +        S      ++  G     +A+R +  +R  A++SLRQL C
Subjt:  Q-AAPTVSSTNLSQSGVLPSSNPVPNNSTFQSSNPASPLPSVHGISSPAQSSMDPSSCTTLSPIKSSDLSGTG---LPSAVRVNSFLRNNAISSLRQLCC

Query:  KIILSGLKFNLKPATHADIFSHMLNWMVNWDQRQQGIEESENMKSWRPDKALIEWLHSCLDVVWLLVEESKCRVPFYELLRSGLQFIDNIPDDEYLFTLI
        KIIL G++ +LKP THA+IF +M+NW+VNWD+R  G E+S   KSWR +K L EWL SCLDV+WLLVEE + R+PFYELLRSGLQFI+NIPDDE LFTLI
Subjt:  KIILSGLKFNLKPATHADIFSHMLNWMVNWDQRQQGIEESENMKSWRPDKALIEWLHSCLDVVWLLVEESKCRVPFYELLRSGLQFIDNIPDDEYLFTLI

Query:  LEIHRRRDMMAMHMQMLDQHLHSPTFGTQRIFSQTMQNISGETVASLRYSPITYPSVLGEPLHGEEIASGIQRGTRDWERAMRCIRHALRTTPSPDWWKR
        +EIHRRRD MAMHM MLDQHLH P+FGT RI SQ   N+  E V  LR+SPITYPSVLGEPL+GE++A  I +G+ DWERA+RCIRHA+RTTPSPDWWKR
Subjt:  LEIHRRRDMMAMHMQMLDQHLHSPTFGTQRIFSQTMQNISGETVASLRYSPITYPSVLGEPLHGEEIASGIQRGTRDWERAMRCIRHALRTTPSPDWWKR

Query:  VLLVAPCYRSPAQ-GPTPGAVFTSEMICEATIDRIFELLKLTNSGNYSFFVILLFILPFSYNILYESWLLIKKKKGVKHFYSFAEEQVI
        VL+VAPCYR   Q GP PGAVFTS+MICEA IDRI ELLKLTNS    +   L+F   F + I          K G   F  F ++ V+
Subjt:  VLLVAPCYRSPAQ-GPTPGAVFTSEMICEATIDRIFELLKLTNSGNYSFFVILLFILPFSYNILYESWLLIKKKKGVKHFYSFAEEQVI

Sequences

Show/hide sequences

CDS sequence

Show/hide CDS sequence

ATGTTTAGGACTTTTCTTTGGAAAAGAGGGACACAGACTCATAATCATGTGCATCACCTTGTCAAACGGGAAAAGCTCATACATCCCATCGATCAAGGGGGCCTC
GGCCTACATTCCATGGTGGACAAAAACAAAGCCCTTCTGGCTAAGTGGACTTGGAGATTCAATCAGGAAAGGAATGCTCTTTGGAGAAAACTTATTAAAGCCATC
TATGGACCTCCCACAAACTTGAAAAGGTCTTCCCTAGCCAAATCCAAAGGACCATGGAAAAATATAGTCAAGCACTGCAGCCTCATCATCAACCGTGTAGTCCAC
CAACTTGGAAATGGTGAGGATACTTGCTTCTGGACAGACCCCTGGATAAACAACTTGCCGTTGGCCACTAGATATCCCCTTCTCTATAAGCTCTCTCATTGCAAA
ACGGCATCGGTCAAAGATGTGTGGAATGATACAAACCTCTTTTGGGATCTTAATTTGGGTAGGAACTTGAAAGGCTATGAGGCTGCAGAATGGGCGGATCTTAGT
CTGATTCTCGACCCCATCCACTTATCTCATACAGTAGACTCCTGGAAATGGCCCCTCAATCAAAATGGCAGCTTTTCCACAAAATCCCTCATCATTGACATGGCT
GGAACCTCTAGCTGTTTGGATACATCTTTGGCCAAGGCAATCGGGAAAGAAAACTATCCCAAGAAAGTCAAATTCTTCCTATGGGAGCTAGCTCACAAAAAGCCA
TCAACACCAAAGACATCTTGCAAAAGCGCATGCCATATATGCCTCTTTCCCCCGGGAGGTGTTCTTTATGCAAAGCGGATGACGAAACACAGATTCATATTTTTG
CTTCCTGCCCTTTGCAGGGAAGTTTTGGTCGAGAATTATGTATCTTTTGGTTGGTCCTATATTCTCCCAGGTCGAGTGGAGAATCTCCTTGCTTCATCTTTGATG
GGCCACCCGTTTAAGGAGATATCAAAACTGGGAGTTGTTAAGTTGCAGATGAACAAGGCCCAAAAGCGTGTTCAAGCTATTAACAGAGAGCTTCCTCCTCGAAAT
GAGCAGTTCCTTTTAGACTTTGAGCAAATTCAGAATCAGTTTGCAGACCATGATCAGTTGCGTGCTGTGACCGAGTCAGTTCTTATCTCCCTAGTTGTGCAGTGC
AGTGGTCATGTACCAAGGGCAGAATTTATTCTCTTTGCTCTACGGAGTTTGTGCAGTATAGGTTACATCAATTGGGACACTTTTTTACCCTCCCTTCTTTCTTCA
GTCTCATCTGCAGAAGTTTCCGTGGGTCAGGGAAGTCAAGCTGCACCTACCGTCTCATCAACAAATTTATCGCAGTCTGGAGTGCTTCCATCCTCAAACCCAGTC
CCTAATAATTCTACGTTTCAGTCTTCCAATCCTGCCTCTCCATTACCATCAGTTCATGGAATCAGTTCACCAGCTCAATCTAGTATGGATCCATCTTCTTGTACA
ACATTATCACCAATCAAATCCTCTGATCTTTCTGGGACTGGATTACCGTCTGCAGTTAGGGTCAATTCATTTTTGAGGAATAATGCAATAAGCAGTCTACGTCAG
CTTTGTTGCAAGATTATCTTAAGTGGTCTTAAATTTAATTTGAAACCAGCGACGCATGCTGATATTTTTTCCCATATGCTTAATTGGATGGTTAATTGGGACCAA
CGGCAACAAGGGATTGAGGAATCTGAGAATATGAAATCCTGGAGGCCTGACAAGGCTCTCATTGAATGGCTACATAGCTGTTTGGATGTGGTCTGGCTTTTGGTT
GAGGAGAGTAAATGTCGGGTGCCTTTCTATGAATTACTACGCAGTGGCTTGCAATTCATAGATAACATTCCTGATGATGAATACTTATTTACACTCATCTTGGAG
ATCCATAGGAGGCGAGATATGATGGCAATGCACATGCAGATGTTAGATCAACACCTTCACAGCCCTACATTTGGGACCCAGCGGATTTTTTCTCAAACAATGCAG
AACATATCTGGTGAAACTGTAGCAAGCTTGCGCTATTCACCAATAACATATCCAAGTGTACTGGGTGAACCTTTGCATGGAGAGGAAATTGCATCTGGTATTCAG
AGAGGAACTCGAGACTGGGAAAGAGCTATGCGTTGTATAAGGCATGCTCTTCGCACAACTCCATCCCCTGACTGGTGGAAGCGTGTGCTTCTTGTGGCTCCTTGC
TATAGGTCTCCTGCACAAGGACCCACTCCTGGTGCTGTTTTTACATCTGAGATGATATGTGAAGCAACAATTGATAGAATCTTTGAGCTATTGAAGTTGACGAAT
TCAGGCAACTACAGTTTCTTTGTTATTCTTCTTTTTATCCTGCCATTTAGTTATAATATTCTTTATGAAAGTTGGCTTCTTATAAAGAAAAAGAAAGGAGTTAAA
CATTTTTATTCTTTTGCTGAGGAACAGGTAATAGTATCCTTTTATCTACATATGCTTCGGTTGATGTGTGCATTGCCCATTTCATTAGTTCTGTAA

mRNA sequence

Show/hide mRNA sequence

Protein sequence

Show/hide protein sequence

MFRTFLWKRGTQTHNHVHHLVKREKLIHPIDQGGLGLHSMVDKNKALLAKWTWRFNQERNALWRKLIKAIYGPPTNLKRSSLAKSKGPWKNIVKHCSLIINRVVH
QLGNGEDTCFWTDPWINNLPLATRYPLLYKLSHCKTASVKDVWNDTNLFWDLNLGRNLKGYEAAEWADLSLILDPIHLSHTVDSWKWPLNQNGSFSTKSLIIDMA
GTSSCLDTSLAKAIGKENYPKKVKFFLWELAHKKPSTPKTSCKSACHICLFPPGGVLYAKRMTKHRFIFLLPALCREVLVENYVSFGWSYILPGRVENLLASSLM
GHPFKEISKLGVVKLQMNKAQKRVQAINRELPPRNEQFLLDFEQIQNQFADHDQLRAVTESVLISLVVQCSGHVPRAEFILFALRSLCSIGYINWDTFLPSLLSS
VSSAEVSVGQGSQAAPTVSSTNLSQSGVLPSSNPVPNNSTFQSSNPASPLPSVHGISSPAQSSMDPSSCTTLSPIKSSDLSGTGLPSAVRVNSFLRNNAISSLRQ
LCCKIILSGLKFNLKPATHADIFSHMLNWMVNWDQRQQGIEESENMKSWRPDKALIEWLHSCLDVVWLLVEESKCRVPFYELLRSGLQFIDNIPDDEYLFTLILE
IHRRRDMMAMHMQMLDQHLHSPTFGTQRIFSQTMQNISGETVASLRYSPITYPSVLGEPLHGEEIASGIQRGTRDWERAMRCIRHALRTTPSPDWWKRVLLVAPC
YRSPAQGPTPGAVFTSEMICEATIDRIFELLKLTNSGNYSFFVILLFILPFSYNILYESWLLIKKKKGVKHFYSFAEEQVIVSFYLHMLRLMCALPISLVL

Lag0028988 (gene) of Sponge gourd (AG-4) v1 genome