; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; CuGenDBv2

Lag0029037 (gene) of Sponge gourd (AG-4) v1 genome

Gene IDLag0029037
OrganismLuffa acutangula AG-4 (Sponge gourd (AG-4) v1)
Description30S ribosomal protein S1
Genome locationchr8:34512168..34514646
RNA-Seq ExpressionLag0029037
SyntenyLag0029037
Gene Ontology termsGO:0043489 - RNA stabilization (biological process)
GO:0005840 - ribosome (cellular component)
GO:0003723 - RNA binding (molecular function)
InterPro domainsIPR003029 - S1 domain
IPR012340 - Nucleic acid-binding, OB-fold
IPR022967 - RNA-binding domain, S1


Homology Show/hide homology
GenBank top hitse value%identityAlignment
KAG7016396.1 30S ribosomal protein S1, chloroplastic [Cucurbita argyrosperma subsp. argyrosperma]3.6e-8778.03Show/hide
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XP_022939868.1 uncharacterized protein LOC111445605 isoform X1 [Cucurbita moschata]3.6e-8778.03Show/hide
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XP_022994056.1 uncharacterized protein LOC111489862 [Cucurbita maxima]5.5e-8878.48Show/hide
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XP_023551503.1 uncharacterized protein LOC111809291 [Cucurbita pepo subsp. pepo]1.2e-8778.48Show/hide
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XP_038886053.1 protein PIGMENT DEFECTIVE 338, chloroplastic [Benincasa hispida]3.9e-8676.68Show/hide
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TrEMBL top hitse value%identityAlignment
A0A5A7TVE5 30S ribosomal protein S1-like protein A isoform X22.7e-8576.23Show/hide
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A0A5D3BZ92 30S ribosomal protein S1-like protein A isoform X22.7e-8576.23Show/hide
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A0A6J1FIE7 uncharacterized protein LOC111445605 isoform X21.6e-8577.58Show/hide
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A0A6J1FMS2 uncharacterized protein LOC111445605 isoform X11.7e-8778.03Show/hide
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A0A6J1JY23 uncharacterized protein LOC1114898622.7e-8878.48Show/hide
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SwissProt top hitse value%identityAlignment
P29344 30S ribosomal protein S1, chloroplastic4.6e-1327.91Show/hide
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        RQ++     ++ +I   N GG++  +EGLR F+P     +++++ + ++E + ++I ++   +DE ++ L++S R+A       L  G+++ GTV+ L P
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           AD+L F+ ES +
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P46228 30S ribosomal protein S19.3e-1432.81Show/hide
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        +RQ++     +   +   N GG L RIEGLR F+P + +  R     ++KE+ VG ++ ++   +DE +N L+LS R+A   R+   L  G ++ G V+ 
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        + PYGA I IG    SGLLH+S +      T   V +V+D     I D               E EP   + N E V  +A+ MA ++R KL
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P51345 30S ribosomal protein S1, chloroplastic4.6e-1330.53Show/hide
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        +RQ+      ++VRI  +N GG++  +EG+  F+P + L    NNF+++  +  + I +++  ++E  N+LILS R+   A+ +  L  G ++EG + ++
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Query:  FPYGAQIRIGDTNRSGLLHVSNVTRARVTSV
         PYG  I+ G  N  GL+H+S +   +V  +
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P73530 30S ribosomal protein S1 homolog A8.4e-1531.65Show/hide
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        +RQ++     +   +   N GG L RIEGLR F+P + +  R     E+KE+ VG  + ++   +DE +N L+LS R+A   R+   L    ++ G+V+ 
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Query:  LFPYGAQIRIGDTNRSGLLHVSNV------TRARVTSVSDFTCSGIAD--------------PESEPDLFISNKEKVLLEAKIMAKKFRRK-LHAVEGIP
        + PYGA I IG    SGLLH+S +      T   V +V+D     I D               E EP   + +++ V   A  MA+ FR+K L   +GIP
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Query:  WPEPAPTADLLFENESSM
        +  P    D   E + S+
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Q9M9H4 Protein PIGMENT DEFECTIVE 338, chloroplastic1.3e-6357.4Show/hide
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        +RQIK+  EPIEV+I+EWNTGGLLTRIEGLRAF+PK EL+ +VN FTE KENVGR+  VQITR++E KNDLILSE+ A E LYLREGTLLEGTV K+ PY
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        GAQ+++GD++RSGLLH+SN+TR R+ SVSD                        IAD ESEP LFIS++EKV  EA+ MAKK+R K+  V   P  +  P
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         T+      +  +Y NW+WFKFE
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Arabidopsis top hitse value%identityAlignment
AT1G71720.1 Nucleic acid-binding proteins superfamily9.1e-6557.4Show/hide
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Query:  GAQIRIGDTNRSGLLHVSNVTRARVTSVSDF-------------------TCSGIADPESEPDLFISNKEKVLLEAKIMAKKFRRKLHAVEGIPWPEPAP
        GAQ+++GD++RSGLLH+SN+TR R+ SVSD                        IAD ESEP LFIS++EKV  EA+ MAKK+R K+  V   P  +  P
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         T+      +  +Y NW+WFKFE
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AT5G30510.1 ribosomal protein S19.5e-1427.91Show/hide
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        RQ++     ++ ++   N GGL+  +EGLR F+P     +++++   ++E + ++I ++   +DE +  L+LS R+  A     L  G+++ G V+ L P
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        YGA I IG  N  GLLHVS ++  RV+ ++     G                        E  P   I N + V  +A+ MA+ FR+++   E +     
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Query:  APTADLL-FENESSM
           AD+L F+ ES +
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Sequences Show/hide sequences
CDS sequenceShow/hide CDS sequence
ATGAGGCAGATAAAACGACCCTATGAGCCAATTGAAGTTAGAATATCAGAGTGGAATACTGGAGGCCTTCTTACAAGAATTGAAGGTTTGCGAGCATTTCTTCCAAAGGC
TGAGTTATTGAATCGAGTAAATAACTTCACAGAGTCGAAAGAAAATGTGGGACGTCAGATCTTTGTGCAGATCACACGAATAGATGAATCTAAGAACGATTTGATACTAA
GTGAGAGACAAGCTCGGGAAACGTTATACCTACGTGAGGGAACGCTTCTGGAAGGGACCGTGAAGAAATTATTTCCTTATGGAGCTCAAATAAGAATTGGTGATACAAAC
AGAAGTGGGTTACTCCATGTTTCGAATGTCACCCGTGCCCGAGTTACCTCGGTGAGCGACTTTACTTGCAGTGGTATTGCAGACCCCGAAAGTGAGCCTGACCTCTTTAT
ATCGAACAAAGAGAAAGTACTTTTAGAGGCCAAGATCATGGCGAAGAAGTTTAGGCGAAAGCTACATGCGGTCGAAGGCATTCCCTGGCCCGAACCTGCTCCAACTGCTG
ATCTTCTGTTTGAAAATGAATCGAGCATGTATACAAATTGGAAGTGGTTCAAATTCGAAAGGTAG
mRNA sequenceShow/hide mRNA sequence
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TGAGTTATTGAATCGAGTAAATAACTTCACAGAGTCGAAAGAAAATGTGGGACGTCAGATCTTTGTGCAGATCACACGAATAGATGAATCTAAGAACGATTTGATACTAA
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Protein sequenceShow/hide protein sequence
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