; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; CuGenDBv2

Lag0031083 (gene) of Sponge gourd (AG-4) v1 genome

Gene IDLag0031083
OrganismLuffa acutangula AG-4 (Sponge gourd (AG-4) v1)
DescriptionChlorophyll a-b binding protein, chloroplastic
Genome locationchr11:4584187..4584984
RNA-Seq ExpressionLag0031083
SyntenyLag0031083
Gene Ontology termsGO:0009416 - response to light stimulus (biological process)
GO:0009768 - photosynthesis, light harvesting in photosystem I (biological process)
GO:0018298 - protein-chromophore linkage (biological process)
GO:0009522 - photosystem I (cellular component)
GO:0009523 - photosystem II (cellular component)
GO:0009535 - chloroplast thylakoid membrane (cellular component)
GO:0016168 - chlorophyll binding (molecular function)
GO:0046872 - metal ion binding (molecular function)
InterPro domainsIPR001344 - Chlorophyll A-B binding protein, plant and chromista
IPR022796 - Chlorophyll A-B binding protein
IPR023329 - Chlorophyll a/b binding domain superfamily


Homology Show/hide homology
GenBank top hitse value%identityAlignment
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A0A5D3DAB9 Chlorophyll a-b binding protein, chloroplastic1.7e-14897.74Show/hide
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SwissProt top hitse value%identityAlignment
P07369 Chlorophyll a-b binding protein 3C, chloroplastic2.0e-13388.01Show/hide
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P08221 Chlorophyll a-b binding protein of LHCII type I, chloroplastic (Fragment)6.8e-13489.58Show/hide
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P09756 Chlorophyll a-b binding protein 3, chloroplastic3.7e-13288.3Show/hide
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P27492 Chlorophyll a-b binding protein 16, chloroplastic7.6e-13387.83Show/hide
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P27495 Chlorophyll a-b binding protein 40, chloroplastic1.7e-13286.89Show/hide
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Arabidopsis top hitse value%identityAlignment
AT1G29910.1 chlorophyll A/B binding protein 34.9e-12784.64Show/hide
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        IHSRWAMLGALGCVFPELL+RNGVKFGEAVWFKAGSQIFS+GGLDYLGNPSLVHAQSILAIWA QV+LMGAVEGYR+AG GPLGE  D +YPGGSFDPLG
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AT1G29920.1 chlorophyll A/B-binding protein 24.9e-12784.64Show/hide
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        + MALSS  F GKAV L   +  +S V  +GRV+MRK+  KP   SGSPWYG DRVKYLGPFSGE PSYL GEFPGDYGWDTAGLSADPETFA+NRELEV
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        IHSRWAMLGALGCVFPELL+RNGVKFGEAVWFKAGSQIFS+GGLDYLGNPSLVHAQSILAIWA QV+LMGAVEGYR+AG GPLGE  D +YPGGSFDPLG
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        LA DPEAFAELKVKELKNGRLAMFSMFGFFVQAIVTGKGP+ENLADHLADPVNNNAWA+ATNFVPGK
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AT1G29930.1 chlorophyll A/B binding protein 13.7e-12784.64Show/hide
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        + MALSS  F GKAV L   +  +S V  +GRV+MRK+  KP   SGSPWYG DRVKYLGPFSGE PSYL GEFPGDYGWDTAGLSADPETFA+NRELEV
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AT2G34420.1 photosystem II light harvesting complex gene B1B21.3e-12785.02Show/hide
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AT2G34430.1 light-harvesting chlorophyll-protein complex II subunit B12.3e-12985.34Show/hide
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        + MALSS   TGKAV L   +  +S V   GR++MRK+ KP   SGSPWYG DRVKYLGPFSGEPPSYL GEFPGDYGWDTAGLSADPETFA+NRELEVI
Subjt:  AAMALSS-TFTGKAVPLNAPTELSSSVRSNGRVSMRKSGKPASSSGSPWYGPDRVKYLGPFSGEPPSYLKGEFPGDYGWDTAGLSADPETFAKNRELEVI

Query:  HSRWAMLGALGCVFPELLSRNGVKFGEAVWFKAGSQIFSEGGLDYLGNPSLVHAQSILAIWACQVVLMGAVEGYRIAG-GPLGEITDPIYPGGSFDPLGL
        HSRWAMLGALGCVFPELL+RNGVKFGEAVWFKAGSQIFS+GGLDYLGNPSLVHAQSILAIWA QV+LMGAVEGYR+AG GPLGE  D +YPGGSFDPLGL
Subjt:  HSRWAMLGALGCVFPELLSRNGVKFGEAVWFKAGSQIFSEGGLDYLGNPSLVHAQSILAIWACQVVLMGAVEGYRIAG-GPLGEITDPIYPGGSFDPLGL

Query:  ADDPEAFAELKVKELKNGRLAMFSMFGFFVQAIVTGKGPLENLADHLADPVNNNAWAYATNFVPGK
        A DPEAFAELKVKELKNGRLAMFSMFGFFVQAIVTGKGPLENLADHLADPVNNNAWA+ATNFVPGK
Subjt:  ADDPEAFAELKVKELKNGRLAMFSMFGFFVQAIVTGKGPLENLADHLADPVNNNAWAYATNFVPGK


Sequences Show/hide sequences
CDS sequenceShow/hide CDS sequence
ATGGCAGCCATGGCTCTTTCATCTACCTTCACAGGAAAAGCTGTTCCTTTGAATGCACCAACCGAGCTGTCTTCCTCGGTTCGCAGCAACGGGAGAGTTTCAATGAGGAA
ATCTGGAAAGCCAGCATCTTCCTCGGGCAGCCCATGGTATGGTCCTGACCGTGTCAAGTACCTCGGACCATTCTCTGGTGAGCCACCATCTTACCTCAAAGGAGAATTCC
CTGGTGATTATGGTTGGGACACTGCTGGTCTATCAGCTGACCCCGAGACCTTTGCTAAGAACCGAGAGCTCGAAGTGATTCACAGTAGATGGGCCATGCTTGGGGCTCTA
GGATGTGTGTTCCCAGAGCTTCTTTCCAGAAATGGAGTCAAGTTTGGTGAAGCAGTTTGGTTCAAGGCTGGTTCACAAATCTTCAGTGAGGGTGGCCTTGACTATCTTGG
AAACCCAAGTCTTGTTCATGCACAGAGCATTTTGGCCATTTGGGCATGTCAAGTAGTCCTGATGGGTGCAGTTGAAGGTTACCGAATTGCTGGAGGACCACTTGGAGAAA
TTACTGATCCCATCTACCCAGGTGGTAGCTTTGATCCCCTCGGGCTGGCCGATGATCCAGAGGCGTTTGCAGAGCTTAAGGTAAAAGAACTTAAGAACGGCCGGCTTGCA
ATGTTTTCCATGTTTGGGTTTTTCGTGCAGGCCATTGTAACAGGAAAAGGTCCATTGGAGAACCTCGCAGATCATCTTGCTGATCCTGTCAACAACAATGCATGGGCTTA
TGCTACCAACTTTGTACCTGGGAAGTGA
mRNA sequenceShow/hide mRNA sequence
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TGCTACCAACTTTGTACCTGGGAAGTGA
Protein sequenceShow/hide protein sequence
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GCVFPELLSRNGVKFGEAVWFKAGSQIFSEGGLDYLGNPSLVHAQSILAIWACQVVLMGAVEGYRIAGGPLGEITDPIYPGGSFDPLGLADDPEAFAELKVKELKNGRLA
MFSMFGFFVQAIVTGKGPLENLADHLADPVNNNAWAYATNFVPGK