; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; CuGenDBv2

Lag0032554 (gene) of Sponge gourd (AG-4) v1 genome

Gene IDLag0032554
OrganismLuffa acutangula AG-4 (Sponge gourd (AG-4) v1)
Description30S ribosomal protein S1
Genome locationchr11:34533794..34536464
RNA-Seq ExpressionLag0032554
SyntenyLag0032554
Gene Ontology termsGO:0005840 - ribosome (cellular component)
GO:0016021 - integral component of membrane (cellular component)
GO:0003676 - nucleic acid binding (molecular function)
InterPro domainsIPR003029 - S1 domain
IPR012340 - Nucleic acid-binding, OB-fold
IPR022967 - RNA-binding domain, S1


Homology Show/hide homology
GenBank top hitse value%identityAlignment
KAG6582039.1 30S ribosomal protein S1, chloroplastic, partial [Cucurbita argyrosperma subsp. sororia]8.1e-4481.42Show/hide
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KAG7018465.1 30S ribosomal protein S1, chloroplastic [Cucurbita argyrosperma subsp. argyrosperma]8.1e-4481.42Show/hide
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XP_022145209.1 uncharacterized protein LOC111014714 [Momordica charantia]4.3e-4582.3Show/hide
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XP_023526022.1 LOW QUALITY PROTEIN: uncharacterized protein LOC111789621 [Cucurbita pepo subsp. pepo]2.8e-4482.3Show/hide
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XP_038897871.1 30S ribosomal protein S1 homolog B [Benincasa hispida]3.3e-4584.96Show/hide
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TrEMBL top hitse value%identityAlignment
A0A1S3BXL4 30S ribosomal protein S1 isoform X16.3e-4279.65Show/hide
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A0A1S4E0T6 30S ribosomal protein S1 isoform X26.3e-4279.65Show/hide
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A0A6J1CUJ6 uncharacterized protein LOC1110147142.1e-4582.3Show/hide
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A0A6J1GVD7 LOW QUALITY PROTEIN: uncharacterized protein LOC1114575278.8e-4480.53Show/hide
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A0A6J1IUF3 uncharacterized protein LOC1114794066.7e-4480.53Show/hide
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SwissProt top hitse value%identityAlignment
A0QYY6 30S ribosomal protein S12.2e-0731.19Show/hide
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        IG  I  K+I+ D+    ++ S    AW         S+FL Q+  G + +  V S+ ++GAF+ L   D      GL+HV E+SW  +    +++  GD
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        EV V+V+++
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P46228 30S ribosomal protein S14.8e-0724.77Show/hide
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        S +   + L+G  + +K ++ DE    L+ S       + + ++ +GEV    V  ++ YGAF+ +        ++GL+H+ E+S D ++    + +  D
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        EV+V +I++
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P50889 30S ribosomal protein S19.8e-0836.63Show/hide
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        I  +VI+ D  N  LI S    A  +   Q       +S+GEV E  V  + D+GAF+ L   D      GL+HV E+S D V++  D+L+ GD+V VK+
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Query:  I
        +
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Q8DWB2 Polyribonucleotide nucleotidyltransferase2.8e-0730.61Show/hide
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        I  DE   I I+S ++ A ++        + +  +GE+ EA V  +E +GAF+HL           L+H+ E++W       D+L+ GD+V VKV+ +
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Q97I09 4-hydroxy-3-methylbut-2-enyl diphosphate reductase1.7e-0732.63Show/hide
Query:  SMKVIQADERNKILIFSENETAWSKFLEQVSLGEVCEARVGSVEDYGAFLHLRFSDGLYHLTGLIHVLEVSWDLVQDERDILSYGDEVRVKVINI
        S + + + E+ K+      ET W+K  E    G+V E  V  + D+GAF+ +   D      GL+HV E+SW  V+   D+L  GD+++V V+++
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Arabidopsis top hitse value%identityAlignment
AT3G23700.1 Nucleic acid-binding proteins superfamily7.9e-3763.72Show/hide
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        +P KSI +IAK+L+GS + +KV+QADE N+ LI SE    W K+ + V++G+V   RVGSVEDYGAF+HLRF DGLYHLTGL+HV EVSWD VQD RD+L
Subjt:  QPYKSIQDIAKSLIGSLISMKVIQADERNKILIFSENETAWSKFLEQVSLGEVCEARVGSVEDYGAFLHLRFSDGLYHLTGLIHVLEVSWDLVQDERDIL

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          GDEVRV V NI
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Sequences Show/hide sequences
CDS sequenceShow/hide CDS sequence
ATGTCACTCTTGGTCTGTCTCTACTCTAGACTTGAGAGCAGTTTGTTGCTTGCTAATGAGGCCATTGTTATTGTTATGGTTGGGGCTAAAGATAATGTCTTGGGTTCAAA
AGTACCATCTTTAGCTTATCATGATTGGATGGATGTTAGGTGGGAACATGTAAGATTGAGTTGTCGAGATCCAGCAATGATCATAAATGCAGCTCAACCATACAAGAGTA
TCCAAGATATTGCAAAAAGCTTAATTGGTTCGCTTATATCAATGAAGGTTATCCAAGCAGATGAGAGAAACAAGATATTGATATTTTCAGAGAACGAAACTGCGTGGTCA
AAGTTTTTGGAGCAAGTTAGTTTGGGAGAGGTTTGTGAAGCTAGAGTTGGCTCCGTGGAGGATTATGGCGCTTTTTTACACTTACGTTTCTCTGATGGTCTTTATCATCT
GACTGGGCTAATACATGTATTAGAAGTTTCATGGGATCTAGTTCAGGATGAAAGAGACATCTTAAGTTATGGTGATGAAGTGAGGGTGAAAGTTATTAATATAATGTTGA
TAGGCAAGTTTTCTCAGATTCCTTTTTATAACCAGCTAATTTGCACCTTCTAG
mRNA sequenceShow/hide mRNA sequence
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Protein sequenceShow/hide protein sequence
MSLLVCLYSRLESSLLLANEAIVIVMVGAKDNVLGSKVPSLAYHDWMDVRWEHVRLSCRDPAMIINAAQPYKSIQDIAKSLIGSLISMKVIQADERNKILIFSENETAWS
KFLEQVSLGEVCEARVGSVEDYGAFLHLRFSDGLYHLTGLIHVLEVSWDLVQDERDILSYGDEVRVKVINIMLIGKFSQIPFYNQLICTF