; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; CuGenDBv2

Lag0037329 (gene) of Sponge gourd (AG-4) v1 genome

Gene IDLag0037329
OrganismLuffa acutangula AG-4 (Sponge gourd (AG-4) v1)
Descriptionserine/arginine-rich splicing factor RSZ22-like
Genome locationchr2:5197006..5200683
RNA-Seq ExpressionLag0037329
SyntenyLag0037329
Gene Ontology termsGO:0000398 - mRNA splicing, via spliceosome (biological process)
GO:0016607 - nuclear speck (cellular component)
GO:0003723 - RNA binding (molecular function)
GO:0008270 - zinc ion binding (molecular function)
InterPro domainsIPR000504 - RNA recognition motif domain
IPR001878 - Zinc finger, CCHC-type
IPR012677 - Nucleotide-binding alpha-beta plait domain superfamily
IPR035979 - RNA-binding domain superfamily
IPR036875 - Zinc finger, CCHC-type superfamily


Homology Show/hide homology
GenBank top hitse value%identityAlignment
KAG7037569.1 Serine/arginine-rich splicing factor RSZ21A [Cucurbita argyrosperma subsp. argyrosperma]5.4e-8997.22Show/hide
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TYK31362.1 serine/arginine-rich splicing factor RSZ22A-like isoform X1 [Cucumis melo var. makuwa]3.6e-10195.17Show/hide
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XP_004136307.1 serine/arginine-rich splicing factor RSZ22 [Cucumis sativus]4.8e-9097.24Show/hide
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XP_022133130.1 serine/arginine-rich splicing factor RSZ22-like [Momordica charantia]1.4e-8997.78Show/hide
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XP_023524392.1 serine/arginine-rich splicing factor RSZ22-like [Cucurbita pepo subsp. pepo]1.4e-8997.78Show/hide
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TrEMBL top hitse value%identityAlignment
A0A0A0LEI3 Uncharacterized protein2.3e-9097.24Show/hide
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A0A5D3E624 Serine/arginine-rich splicing factor RSZ22A-like isoform X11.7e-10195.17Show/hide
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A0A6J1BUF4 serine/arginine-rich splicing factor RSZ22-like6.8e-9097.78Show/hide
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A0A6J1FS77 serine/arginine-rich splicing factor RSZ22-like2.6e-8997.22Show/hide
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A0A6J1J0W6 serine/arginine-rich splicing factor RSZ22-like2.9e-8896.11Show/hide
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SwissProt top hitse value%identityAlignment
O81126 Serine/arginine-rich splicing factor RSZ222.4e-6874.87Show/hide
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Q69KL9 Serine/arginine-rich splicing factor RSZ21A4.4e-6274.05Show/hide
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        M+RVYVGNLDPRV+ RELEDEFRVFGV+RSVWVAR+PPG+AFIDFDD RDA+DAI ++DGKNGWRVELS N+  G     GGR R G S+ KCYECGE G
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Q6K4N0 Serine/arginine-rich splicing factor RSZ212.4e-6072.38Show/hide
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        M+R+YVGNLDPRV+  ELEDEFRVFGV+RSVWVAR+PPG+AFIDFDD RDA DA+ +LDGKNGWRVELS NS        GGR R GGS++KCYECGE G
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        HFARECRLR G GG G G      R RSRSP+YR+SP+YGRRSYSPR RSPRRRS+SP RGRSYSRSP  RGR   PYA+G
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Q6K9C3 Serine/arginine-rich splicing factor RSZ237.3e-5765.05Show/hide
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        M+RVYVGNLDPRV+ RE+EDEFRVFGV+RSVWVAR+PPG+AFIDFDD RDA DAI +LDGKNGWRVELS  +     G G GR RSGGSD+KCYECGEPG
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Query:  ELPYAN
        E PYAN
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Q9SJA6 Serine/arginine-rich splicing factor RSZ22A2.4e-6875.9Show/hide
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        ECGE GHFARECR RGG G         GRRRSRS     PRYR+SP+Y GRRSYSPR RS   PRRRS SPRGR+YSRS PPYR R+E+PYANG
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Arabidopsis top hitse value%identityAlignment
AT1G23860.1 RS-containing zinc finger protein 216.4e-5665.15Show/hide
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        M+RVYVGNLDPRV+ERELEDEF+ FGV+R+VWVARRPPGYAF++FDD RDA DAI  LD KNGWRVELSH  +GG GG GG RG  G  D KCYECGE G
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        HFARECR           G G+ RRRS SPR RRSP YG  RRS SPRGR   PRRRS++P  RGRSYSRSPPYRG                 PYANG
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AT1G23860.2 RS-containing zinc finger protein 216.4e-5665.15Show/hide
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        M+RVYVGNLDPRV+ERELEDEF+ FGV+R+VWVARRPPGYAF++FDD RDA DAI  LD KNGWRVELSH  +GG GG GG RG  G  D KCYECGE G
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        HFARECR           G G+ RRRS SPR RRSP YG  RRS SPRGR   PRRRS++P  RGRSYSRSPPYRG                 PYANG
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AT2G24590.1 RNA recognition motif and CCHC-type zinc finger domains containing protein1.7e-6975.9Show/hide
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        ECGE GHFARECR RGG G         GRRRSRS     PRYR+SP+Y GRRSYSPR RS   PRRRS SPRGR+YSRS PPYR R+E+PYANG
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AT4G31580.1 serine/arginine-rich 221.7e-6974.87Show/hide
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        CYECGE GHFARECR R          GG GRRRS+S     PRYRRSPSYGRRSYSPR RS   PRRRS SP   RGRSYSRS PPYR REE+PYANG
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AT4G31580.2 serine/arginine-rich 221.7e-6974.87Show/hide
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Query:  CYECGEPGHFARECRLRGGGGGGGGGGGGAGRRRSRS-----PRYRRSPSYGRRSYSPRGRS---PRRRSLSP---RGRSYSRS-PPYRGREELPYANG
        CYECGE GHFARECR R          GG GRRRS+S     PRYRRSPSYGRRSYSPR RS   PRRRS SP   RGRSYSRS PPYR REE+PYANG
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Sequences Show/hide sequences
CDS sequenceShow/hide CDS sequence
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GGTGGCGGTGGCGGCGGTGGCGGCGGTGGTGGTGCAGGAAGAAGACGTAGCCGTAGTCCTCGATACCGTCGAAGTCCAAGTTATGGTCGCAGGAGTTACAGTCCCCGTGG
AAGATCTCCAAGACGCCGCAGTTTGTCACCTCGTGGGCGTAGCTATAGCAGATCCCCTCCATACCGTGGTAGAGAGGAGCTTCCTTATGCCAACGGGTGTCGTCTCGTTC
TGCTTCACTGCTTTTCTGCTTCTAGTCGTCTGCTTCTGCTTCACTGCTTTTCTGCTTCTGCCCTATCCTGGGATTTCGTTCTACACTGCTCCGCTCTGGGATCTTCAATT
TGA
mRNA sequenceShow/hide mRNA sequence
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TGCTTCACTGCTTTTCTGCTTCTAGTCGTCTGCTTCTGCTTCACTGCTTTTCTGCTTCTGCCCTATCCTGGGATTTCGTTCTACACTGCTCCGCTCTGGGATCTTCAATT
TGA
Protein sequenceShow/hide protein sequence
MSRVYVGNLDPRVSERELEDEFRVFGVIRSVWVARRPPGYAFIDFDDPRDARDAIHELDGKNGWRVELSHNSRGGGGGRGGGRGRSGGSDLKCYECGEPGHFARECRLRG
GGGGGGGGGGGAGRRRSRSPRYRRSPSYGRRSYSPRGRSPRRRSLSPRGRSYSRSPPYRGREELPYANGCRLVLLHCFSASSRLLLLHCFSASALSWDFVLHCSALGSSI