; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; CuGenDBv2

Lag0037652 (gene) of Sponge gourd (AG-4) v1 genome

Gene IDLag0037652
OrganismLuffa acutangula AG-4 (Sponge gourd (AG-4) v1)
Descriptionserine/arginine-rich splicing factor SR45
Genome locationchr2:8046115..8053634
RNA-Seq ExpressionLag0037652
SyntenyLag0037652
Gene Ontology termsGO:0005634 - nucleus (cellular component)
GO:0003723 - RNA binding (molecular function)
InterPro domainsIPR000504 - RNA recognition motif domain
IPR012677 - Nucleotide-binding alpha-beta plait domain superfamily
IPR034201 - RNPS1, RNA recognition motif
IPR035979 - RNA-binding domain superfamily


Homology Show/hide homology
GenBank top hitse value%identityAlignment
XP_008465435.1 PREDICTED: serine/arginine-rich splicing factor SR45 [Cucumis melo]1.7e-18995.72Show/hide
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A0A1S3CPA3 serine/arginine-rich splicing factor SR458.5e-19095.72Show/hide
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A0A6J1C2C4 serine/arginine-rich splicing factor SR45 isoform X12.8e-18593.69Show/hide
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A0A6J1C2D4 serine/arginine-rich splicing factor SR45 isoform X23.9e-18794.8Show/hide
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A0A6J1FJN7 serine/arginine-rich splicing factor SR45-like isoform X22.8e-18594.05Show/hide
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SwissProt top hitse value%identityAlignment
Q15287 RNA-binding protein with serine-rich domain 15.2e-1942.31Show/hide
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          +   +HI  L+RNV + H+ EIFS +G++  +++ ++R   +L KGY YVEF+   +AEKA  +MDG QIDG  I A   L      P PP    + P
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        +R  P P           M R+  P  RR+  SPRRRSPV RR  SP R+    R   +S
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Q28E41 RNA-binding protein with serine-rich domain 11.4e-1943.08Show/hide
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        +R RRS  SGS SSSRSRS S S S S S S S S S S S S   SRS SSSSS S S+SS S SP P R+   +  RR+R+     KR     ++ SP
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              +HI  L+RNV + H+ EIFS +G++  +++ +DR   +L KGY YVEF+   +AEKA  +MDG QIDG  I A   L        P R   + P
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        +R  P P           M R+  P  RR+  SPRRRSPV RR  SP R+    R   +S
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Q4R5N1 RNA-binding protein with serine-rich domain 15.2e-1942.31Show/hide
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        +R RRS  SGS SS+RSRS S S S SS+ + S S S S S S   SRS SSS+S S S+SS S SP P R+   +  RR+R+   P KR     ++ SP
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          +   +HI  L+RNV + H+ EIFS +G++  +++ ++R   +L KGY YVEF+   +AEKA  +MDG QIDG  I A   L      P PP    + P
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        +R  P P           M R+  P  RR+  SPRRRSPV RR  SP R+    R   +S
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Q99M28 RNA-binding protein with serine-rich domain 15.2e-1942.31Show/hide
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        +R RRS  SGS SS+RSRS S S S SS+ + S S S S S S   SRS SSS+S S S+SS S SP P R+   +  RR+R+   P KR     ++ SP
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          +   +HI  L+RNV + H+ EIFS +G++  +++ ++R   +L KGY YVEF+   +AEKA  +MDG QIDG  I A   L      P PP    + P
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        +R  P P           M R+  P  RR+  SPRRRSPV RR  SP R+    R   +S
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Q9SEE9 Serine/arginine-rich splicing factor SR456.2e-11368.3Show/hide
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        MAKPSRGRRSP           S SGS SRSSSRSRS  S S S+SRSRSRSRS+SSSSSPSRS SS SRSPP + KSP   ARR R+ PPP  + +  P
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         K + V+ESLVLH+D+LSRNV+E HL+EIF NFGEV++VE+AMDR VNLP+G+GYVEFK R+DAEKAQ+YMDGAQIDG V++A FTLP RQK+ +PP+ V
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        + APKRD PK +N  ADAEKD   +R RE SP+RK   SPRRRSP+ RRG SPR      RR PDSP RRR  SP RR  D+PPRRRPASP RG    SP
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          RR+RSPPR SPRRIRGSPVRRRSP P RRR+ PPRR RSPPRRSP +RRRSRSPIRRP RSRS S SPR+GR G AGRRGRSSSYS+SPSPR++ R++
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Query:  --SRSPRRPLRG-RSSSRSSSSSSPPRKP
          SRSP+RPLRG RSSS SSSSSSPP  P
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Arabidopsis top hitse value%identityAlignment
AT1G16610.1 arginine/serine-rich 454.4e-11468.3Show/hide
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        MAKPSRGRRSP           S SGS SRSSSRSRS  S S S+SRSRSRSRS+SSSSSPSRS SS SRSPP + KSP   ARR R+ PPP  + +  P
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         K + V+ESLVLH+D+LSRNV+E HL+EIF NFGEV++VE+AMDR VNLP+G+GYVEFK R+DAEKAQ+YMDGAQIDG V++A FTLP RQK+ +PP+ V
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        + APKRD PK +N  ADAEKD   +R RE SP+RK   SPRRRSP+ RRG SPR      RR PDSP RRR  SP RR  D+PPRRRPASP RG    SP
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          RR+RSPPR SPRRIRGSPVRRRSP P RRR+ PPRR RSPPRRSP +RRRSRSPIRRP RSRS S SPR+GR G AGRRGRSSSYS+SPSPR++ R++
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          SRSP+RPLRG RSSS SSSSSSPP  P
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AT1G16610.2 arginine/serine-rich 454.1e-11267.68Show/hide
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        MAKPSRGRRSP           S SGS SRSSSRSRS  S S S+SRSRSRSRS+SSSSSPSRS SS SRSPP + KSP   ARR R+ PPP  + +  P
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         K + V+ESLVLH+D+LSRNV+E HL+EIF NFGEV++VE+AMDR VNLP+G+GYVEFK R+DAEKAQ+YMDGAQIDG V++A FTLP RQK+ +PP+ V
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        + APKRD PK +N  ADAEKD   R+    PR +  SPRRRSP+ RRG SPR      RR PDSP RRR  SP RR  D+PPRRRPASP RG    SP  
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Query:  RRHRSPPRPSPRRIRGSPVRRRSPPPPRRRT-PPRRARSPPRRSPVVRRRSRSPIRRPARSRSRSFSPRRGRPGAAGRRGRSSSYSASPSPRKVARRV--
        RR+RSPPR SPRRIRGSPVRRRSP P RRR+ PPRR RSPPRRSP +RRRSRSPIRRP RSRS S SPR+GR G AGRRGRSSSYS+SPSPR++ R++  
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Query:  SRSPRRPLRG-RSSSRSSSSSSPPRKP
        SRSP+RPLRG RSSS SSSSSSPP  P
Subjt:  SRSPRRPLRG-RSSSRSSSSSSPPRKP

AT1G16610.3 arginine/serine-rich 457.0e-11266.51Show/hide
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        MAKPSRGRRSP           S SGS SRSSSRSRS  S S S+SRSRSRSRS+SSSSSPSRS SS SRSPP + KSP   ARR R+ PPP  + +  P
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Query:  RKPSPVRESLVLHIDALSRNVHEGHLREIFSNFGEVVNVELAMDRTVNLPKGYGYVEFKTRSDAEKAQVYMDGAQIDGNVIRARFTLPQRQKMPTPPRTV
         K + V+ESLVLH+D+LSRNV+E HL+EIF NFGEV++VE+AMDR VNLP+G+GYVEFK R+DAEKAQ+YMDGAQIDG V++A FTLP RQK+ +PP+ V
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        + APKRD PK +N  ADAEKD   +R RE SP+RK   SPRRRSP+ RRG SPR      RR PDSP RRR  SP RR  D+PPRRRPASP RG    SP
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          RR+RSPPR SPRRIRGSPVRRRSP P RRR+ PPRR RSPPRRSP +RRRSRSPIRRP RSRS S SPR+          G  G AGRRGRSSSYS+S
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Query:  PSPRKVARRV--SRSPRRPLRG-RSSSRSSSSSSPPRKP
        PSPR++ R++  SRSP+RPLRG RSSS SSSSSSPP  P
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Sequences Show/hide sequences
CDS sequenceShow/hide CDS sequence
ATGGCGAAACCAAGCAGAGGCCGTCGCTCGCCGCCGTCGGGATCGGGATCCTCCTCGCGTTCACGCTCTTACTCCGGCTCTGACTCCCGTTCCAGTTCCCGCTCGCGCTC
CAGGTCGCGGTCTGTATCTGTATCCCGTTCTCGCTCCCGTTCCAGGTCCATTTCCTCGTCTTCGTCTCCCTCTCGTAGCGCTAGTTCTCGGAGCCGAAGCCCCCCTCCCC
AGAGAAAGAGTCCGACAGAAACAGCTCGGCGGGCTCGCGCTTCACCTCCACCGGCTAAACGAAGTTCTCCTCCACCCAGGAAACCATCTCCTGTACGCGAGTCACTTGTT
CTTCACATCGATGCACTGAGTAGGAATGTCCATGAGGGTCATTTAAGAGAAATCTTCAGTAATTTTGGTGAAGTAGTCAATGTTGAGCTGGCAATGGATCGCACAGTCAA
CCTTCCTAAAGGATATGGATATGTTGAATTCAAAACGAGATCTGATGCTGAAAAAGCCCAAGTGTATATGGATGGTGCCCAAATTGATGGAAATGTTATTCGAGCAAGAT
TTACATTGCCTCAAAGACAGAAGATGCCTACACCTCCAAGGACTGTAGCAACTGCTCCAAAGAGAGATGGCCCTAAGCCTGAAAATGTTGGCGCTGATGCCGAGAAGGAT
GACATGAAAAGACAGAGAGAACCTTCACCTCGTCGAAAGCCTCCTTCTCCTAGAAGGCGCTCACCTGTTGCTCGACGAGGTGGGTCTCCTAGAAGACAAGCTGATTCTCC
ACGCCGTCGTCCGGACTCTCCTCCACGTCGCCGCTTAGAATCTCCTTTCCGTCGCGATTCTCCTCCTAGGAGGAGGCCTGCATCACCAATGAGAGGTGGCCGTTCTCCAT
CACCTTTGGCTAGGCGACATAGATCTCCTCCAAGGCCCTCTCCAAGAAGAATTCGTGGCAGTCCTGTTCGAAGACGTTCACCACCTCCTCCTAGGCGCCGTACACCTCCT
CGACGGGCTCGTAGTCCTCCCAGAAGGTCTCCAGTAGTTCGTAGACGGAGCCGTTCACCTATTAGAAGACCAGCTCGATCACGTTCTCGATCATTTTCACCACGAAGAGG
TCGGCCAGGAGCTGCTGGTAGACGTGGGCGATCGTCATCCTACTCTGCTTCGCCTAGTCCACGCAAGGTGGCCAGGAGGGTATCTCGTAGTCCGAGAAGGCCATTGAGGG
GGAGAAGTAGCAGCAGGAGCAGTAGCAGTAGTTCTCCACCCCGCAAGCCATAA
mRNA sequenceShow/hide mRNA sequence
ATGGCGAAACCAAGCAGAGGCCGTCGCTCGCCGCCGTCGGGATCGGGATCCTCCTCGCGTTCACGCTCTTACTCCGGCTCTGACTCCCGTTCCAGTTCCCGCTCGCGCTC
CAGGTCGCGGTCTGTATCTGTATCCCGTTCTCGCTCCCGTTCCAGGTCCATTTCCTCGTCTTCGTCTCCCTCTCGTAGCGCTAGTTCTCGGAGCCGAAGCCCCCCTCCCC
AGAGAAAGAGTCCGACAGAAACAGCTCGGCGGGCTCGCGCTTCACCTCCACCGGCTAAACGAAGTTCTCCTCCACCCAGGAAACCATCTCCTGTACGCGAGTCACTTGTT
CTTCACATCGATGCACTGAGTAGGAATGTCCATGAGGGTCATTTAAGAGAAATCTTCAGTAATTTTGGTGAAGTAGTCAATGTTGAGCTGGCAATGGATCGCACAGTCAA
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TTACATTGCCTCAAAGACAGAAGATGCCTACACCTCCAAGGACTGTAGCAACTGCTCCAAAGAGAGATGGCCCTAAGCCTGAAAATGTTGGCGCTGATGCCGAGAAGGAT
GACATGAAAAGACAGAGAGAACCTTCACCTCGTCGAAAGCCTCCTTCTCCTAGAAGGCGCTCACCTGTTGCTCGACGAGGTGGGTCTCCTAGAAGACAAGCTGATTCTCC
ACGCCGTCGTCCGGACTCTCCTCCACGTCGCCGCTTAGAATCTCCTTTCCGTCGCGATTCTCCTCCTAGGAGGAGGCCTGCATCACCAATGAGAGGTGGCCGTTCTCCAT
CACCTTTGGCTAGGCGACATAGATCTCCTCCAAGGCCCTCTCCAAGAAGAATTCGTGGCAGTCCTGTTCGAAGACGTTCACCACCTCCTCCTAGGCGCCGTACACCTCCT
CGACGGGCTCGTAGTCCTCCCAGAAGGTCTCCAGTAGTTCGTAGACGGAGCCGTTCACCTATTAGAAGACCAGCTCGATCACGTTCTCGATCATTTTCACCACGAAGAGG
TCGGCCAGGAGCTGCTGGTAGACGTGGGCGATCGTCATCCTACTCTGCTTCGCCTAGTCCACGCAAGGTGGCCAGGAGGGTATCTCGTAGTCCGAGAAGGCCATTGAGGG
GGAGAAGTAGCAGCAGGAGCAGTAGCAGTAGTTCTCCACCCCGCAAGCCATAA
Protein sequenceShow/hide protein sequence
MAKPSRGRRSPPSGSGSSSRSRSYSGSDSRSSSRSRSRSRSVSVSRSRSRSRSISSSSSPSRSASSRSRSPPPQRKSPTETARRARASPPPAKRSSPPPRKPSPVRESLV
LHIDALSRNVHEGHLREIFSNFGEVVNVELAMDRTVNLPKGYGYVEFKTRSDAEKAQVYMDGAQIDGNVIRARFTLPQRQKMPTPPRTVATAPKRDGPKPENVGADAEKD
DMKRQREPSPRRKPPSPRRRSPVARRGGSPRRQADSPRRRPDSPPRRRLESPFRRDSPPRRRPASPMRGGRSPSPLARRHRSPPRPSPRRIRGSPVRRRSPPPPRRRTPP
RRARSPPRRSPVVRRRSRSPIRRPARSRSRSFSPRRGRPGAAGRRGRSSSYSASPSPRKVARRVSRSPRRPLRGRSSSRSSSSSSPPRKP