; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; CuGenDBv2

Lag0038267 (gene) of Sponge gourd (AG-4) v1 genome

Gene IDLag0038267
OrganismLuffa acutangula AG-4 (Sponge gourd (AG-4) v1)
DescriptionRetrotrans_gag domain-containing protein
Genome locationchr2:14537658..14538383
RNA-Seq ExpressionLag0038267
SyntenyLag0038267
Gene Ontology termsNA
InterPro domainsIPR005162 - Retrotransposon gag domain


Homology Show/hide homology
GenBank top hitse value%identityAlignment
KAG7990634.1 hypothetical protein I3843_02G035100 [Carya illinoinensis]5.3e-5147.35Show/hide
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        SR+++P+DPEIERT+  LRR   + + MA+ +    PR ++DY +PV  G  S I+  PINANNFELK  LI M +   + GSP +DPN HL  FL+IC 
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Query:  T---------------------------------------DALVQAFLKKFFPPAKTVKLRTEIGTFQQQFDEHLFEAWERFKELLRKCPQHGYPDWLQV
        T                                         + + FL KFFPPAKT +LR+EIG F+Q   E L+EAWER+K+L+R+CPQHG PDWLQV
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        Q+FYNGL   T+TIVDAA+GGTL+SK
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WP_217833153.1 retrotransposon gag domain-containing protein, partial [Synechococcus sp. PCC 7002]5.0e-5751.75Show/hide
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        R +  LLPLDPEI+RT    RR  R  +        E P+ IRDYFQP     Q GI+  PIN NNFELK GLIQMAR+ A+RG   EDP+ HL+SFL+I
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Query:  CGT---------------------------------------DALVQAFLKKFFPPAKTVKLRTEIGTFQQQFDEHLFEAWERFKELLRKCPQHGYPDWL
        CGT                                       + L QAFL K+FPPAK+ +LRTEIGTF+Q  DE L+EAWER+K+LLR+CPQHGYPDWL
Subjt:  CGT---------------------------------------DALVQAFLKKFFPPAKTVKLRTEIGTFQQQFDEHLFEAWERFKELLRKCPQHGYPDWL

Query:  QVQLFYNGLTPSTKTIVDAAAGGTLLSK
        Q+QLFYNGL  STK+I+DA AGG++ SK
Subjt:  QVQLFYNGLTPSTKTIVDAAAGGTLLSK

XP_021279280.1 LOW QUALITY PROTEIN: uncharacterized protein LOC110412945 [Herrania umbratica]4.4e-4545.12Show/hide
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        R++  L+P DP+IERT  R RREN +       MA+ N           PE  R +RDY  P+ QG    I    INANNFE+K   IQM +    + G 
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Query:  PAEDPNSHLKSFLDICGT---------------------------------------DALVQAFLKKFFPPAKTVKLRTEIGTFQQQFDEHLFEAWERFK
        P++DPNSHL +FL+IC T                                       + L Q FL KFFPPAKT K+R +I +F Q   E L+EAWERFK
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Query:  ELLRKCPQHGYPDWLQVQLFYNGLTPSTKTIVDAAAGGTLLSKLSV
        ELLR+CP HG PDWLQVQ FYNGL  S KTI+DAAAGG L+SK +V
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XP_021279860.1 uncharacterized protein LOC110413413 [Herrania umbratica]5.7e-4545.12Show/hide
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        R++  L+P DP+IERT  R RREN +       MA+ N           PE  R +RDY  P+ QG    I    INANNFE+K   IQM +    + G 
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Query:  PAEDPNSHLKSFLDICGT---------------------------------------DALVQAFLKKFFPPAKTVKLRTEIGTFQQQFDEHLFEAWERFK
        P++DPNSHL +FL+IC T                                       + L Q FL KFFPPAKT K+R +I +F Q   E L+EAWERFK
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Query:  ELLRKCPQHGYPDWLQVQLFYNGLTPSTKTIVDAAAGGTLLSKLSV
        ELLR+CP HG PDWLQVQ FYNGL  S KTI+DAAAGG L+SK +V
Subjt:  ELLRKCPQHGYPDWLQVQLFYNGLTPSTKTIVDAAAGGTLLSKLSV

XP_022157708.1 uncharacterized protein LOC111024361 [Momordica charantia]9.7e-4557.65Show/hide
Query:  IRDYFQPVFQGQQSGIVYAPINANNFELKTGLIQMARDCAYRGSPAEDPNSHLKSFLDICGT--------DA--------------LVQAFLKKFFPPAK
        IRDY QP F     GI+  PINANN ELK GLIQM R+  +RG+  EDPN+HL  FLD+CGT        DA              +VQAFL  FFPPAK
Subjt:  IRDYFQPVFQGQQSGIVYAPINANNFELKTGLIQMARDCAYRGSPAEDPNSHLKSFLDICGT--------DA--------------LVQAFLKKFFPPAK

Query:  TVKLRTEIGTFQQQFDEHLFEAWERFKELLRKCPQHGYPDWLQVQLFYNGLTPSTKTIVDAAAGGTLLSK
        T +LRTEI +F++   E LFE WER+KELLRKCPQHG  +WLQ+Q+FYNGL   T+TI+DAAAGGTLLS+
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TrEMBL top hitse value%identityAlignment
A0A3S3N117 Retrotrans_gag domain-containing protein1.8e-4143.11Show/hide
Query:  LLPLDPEIERTIHRLRRENREFIQMADHNPPEDP-RPIRDYFQPVFQGQQSGIVYAPINANNFELKTGLIQM-ARDCAYRGSPAEDPNSHLKSFLDICGT
        L+PLDPEIERT+ RL++E ++  +       E   R + DY  P+  G  S I    I ANNFE+K  +IQM A    + G P +DPN+H+ +FL++C T
Subjt:  LLPLDPEIERTIHRLRRENREFIQMADHNPPEDP-RPIRDYFQPVFQGQQSGIVYAPINANNFELKTGLIQM-ARDCAYRGSPAEDPNSHLKSFLDICGT

Query:  ---------------------------------------DALVQAFLKKFFPPAKTVKLRTEIGTFQQQFDEHLFEAWERFKELLRKCPQHGYPDWLQVQ
                                               D L + FL KFFPP KTVK+R +I TF Q   E L+EAWER+KELLRKCP HG P W+QVQ
Subjt:  ---------------------------------------DALVQAFLKKFFPPAKTVKLRTEIGTFQQQFDEHLFEAWERFKELLRKCPQHGYPDWLQVQ

Query:  LFYNGLTPSTKTIVDAAAGGTLLSK
         FYNGL  +T+T +DAA GGTL+ K
Subjt:  LFYNGLTPSTKTIVDAAAGGTLLSK

A0A6J0ZX64 LOW QUALITY PROTEIN: uncharacterized protein LOC1104129452.1e-4545.12Show/hide
Query:  RSSRELLPLDPEIERTIHRLRRENREFI----QMADHN----------PPEDPRPIRDYFQPVFQGQQSGIVYAPINANNFELKTGLIQMARDCA-YRGS
        R++  L+P DP+IERT  R RREN +       MA+ N           PE  R +RDY  P+ QG    I    INANNFE+K   IQM +    + G 
Subjt:  RSSRELLPLDPEIERTIHRLRRENREFI----QMADHN----------PPEDPRPIRDYFQPVFQGQQSGIVYAPINANNFELKTGLIQMARDCA-YRGS

Query:  PAEDPNSHLKSFLDICGT---------------------------------------DALVQAFLKKFFPPAKTVKLRTEIGTFQQQFDEHLFEAWERFK
        P++DPNSHL +FL+IC T                                       + L Q FL KFFPPAKT K+R +I +F Q   E L+EAWERFK
Subjt:  PAEDPNSHLKSFLDICGT---------------------------------------DALVQAFLKKFFPPAKTVKLRTEIGTFQQQFDEHLFEAWERFK

Query:  ELLRKCPQHGYPDWLQVQLFYNGLTPSTKTIVDAAAGGTLLSKLSV
        ELLR+CP HG PDWLQVQ FYNGL  S KTI+DAAAGG L+SK +V
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A0A6J0ZYV0 uncharacterized protein LOC1104134132.8e-4545.12Show/hide
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        R++  L+P DP+IERT  R RREN +       MA+ N           PE  R +RDY  P+ QG    I    INANNFE+K   IQM +    + G 
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        P++DPNSHL +FL+IC T                                       + L Q FL KFFPPAKT K+R +I +F Q   E L+EAWERFK
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Query:  ELLRKCPQHGYPDWLQVQLFYNGLTPSTKTIVDAAAGGTLLSKLSV
        ELLR+CP HG PDWLQVQ FYNGL  S KTI+DAAAGG L+SK +V
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A0A6J1DU19 uncharacterized protein LOC1110243614.7e-4557.65Show/hide
Query:  IRDYFQPVFQGQQSGIVYAPINANNFELKTGLIQMARDCAYRGSPAEDPNSHLKSFLDICGT--------DA--------------LVQAFLKKFFPPAK
        IRDY QP F     GI+  PINANN ELK GLIQM R+  +RG+  EDPN+HL  FLD+CGT        DA              +VQAFL  FFPPAK
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Query:  TVKLRTEIGTFQQQFDEHLFEAWERFKELLRKCPQHGYPDWLQVQLFYNGLTPSTKTIVDAAAGGTLLSK
        T +LRTEI +F++   E LFE WER+KELLRKCPQHG  +WLQ+Q+FYNGL   T+TI+DAAAGGTLLS+
Subjt:  TVKLRTEIGTFQQQFDEHLFEAWERFKELLRKCPQHGYPDWLQVQLFYNGLTPSTKTIVDAAAGGTLLSK

A0A6P6X8N4 uncharacterized protein LOC1137407887.0e-4143.32Show/hide
Query:  RSSRELLPLDPEIERTIHRLRR-----ENREFIQ--------------MADHNPPEDPRPIRDYFQPVFQGQQSGIVYAPINANNFELKTGLIQMARDCA
        RS+RE+   DPEIERT+ R RR     E +E  Q              MA++ P  + R +RD+  P     Q+ I    +NANNFE+K+ LIQM +   
Subjt:  RSSRELLPLDPEIERTIHRLRR-----ENREFIQ--------------MADHNPPEDPRPIRDYFQPVFQGQQSGIVYAPINANNFELKTGLIQMARDCA

Query:  YRGSPAEDPNSHLKSFLDICGT--------DA-------------------------------LVQAFLKKFFPPAKTVKLRTEIGTFQQQFDEHLFEAW
        Y G+  EDPNSHL +FL+IC T        DA                               L +AFL KFFPP KT KLR +I +F QQ  E L+E W
Subjt:  YRGSPAEDPNSHLKSFLDICGT--------DA-------------------------------LVQAFLKKFFPPAKTVKLRTEIGTFQQQFDEHLFEAW

Query:  ERFKELLRKCPQHGYPDWLQVQLFYNGLTPSTKTIVDAAAGGTLLSK
        ER++EL RKCP HG PDWL VQ FYNGLT  T T VDAAAG  L+ K
Subjt:  ERFKELLRKCPQHGYPDWLQVQLFYNGLTPSTKTIVDAAAGGTLLSK

SwissProt top hitse value%identityAlignment
No hits found
Arabidopsis top hitse value%identityAlignment
No hits found

Sequences Show/hide sequences
CDS sequenceShow/hide CDS sequence
ATGCGTAGTAGTAGAGAATTGCTACCGTTAGATCCAGAGATTGAAAGAACAATTCATAGGCTTCGAAGGGAAAATAGAGAATTTATTCAAATGGCTGACCATAATCCACC
TGAGGACCCTAGGCCTATTAGAGACTACTTTCAGCCCGTGTTCCAGGGGCAACAATCGGGGATTGTCTATGCCCCGATTAATGCCAACAACTTTGAGCTGAAGACCGGTC
TCATTCAGATGGCTCGAGACTGTGCATATAGAGGATCGCCCGCCGAGGATCCAAATTCTCATCTTAAATCATTTTTGGACATTTGTGGGACGGATGCTTTAGTCCAGGCC
TTTCTGAAGAAATTTTTCCCTCCTGCAAAGACGGTCAAGCTGAGGACCGAGATTGGGACATTCCAACAACAATTTGATGAGCATCTGTTCGAAGCTTGGGAACGATTTAA
AGAGTTATTGAGGAAGTGCCCTCAGCATGGATATCCCGACTGGCTTCAGGTTCAATTGTTTTATAATGGTTTAACTCCTAGTACAAAAACTATTGTTGATGCAGCTGCAG
GTGGGACTCTGTTGTCCAAGTTAAGCGTGTTTGGCTTGGAAAAGTTCTATGTTGGGTGA
mRNA sequenceShow/hide mRNA sequence
ATGCGTAGTAGTAGAGAATTGCTACCGTTAGATCCAGAGATTGAAAGAACAATTCATAGGCTTCGAAGGGAAAATAGAGAATTTATTCAAATGGCTGACCATAATCCACC
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GTGGGACTCTGTTGTCCAAGTTAAGCGTGTTTGGCTTGGAAAAGTTCTATGTTGGGTGA
Protein sequenceShow/hide protein sequence
MRSSRELLPLDPEIERTIHRLRRENREFIQMADHNPPEDPRPIRDYFQPVFQGQQSGIVYAPINANNFELKTGLIQMARDCAYRGSPAEDPNSHLKSFLDICGTDALVQA
FLKKFFPPAKTVKLRTEIGTFQQQFDEHLFEAWERFKELLRKCPQHGYPDWLQVQLFYNGLTPSTKTIVDAAAGGTLLSKLSVFGLEKFYVG