; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; CuGenDBv2

Lag0038294 (gene) of Sponge gourd (AG-4) v1 genome

Gene IDLag0038294
OrganismLuffa acutangula AG-4 (Sponge gourd (AG-4) v1)
DescriptionRetrotransposon protein
Genome locationchr2:14849860..14850618
RNA-Seq ExpressionLag0038294
SyntenyLag0038294
Gene Ontology termsGO:0046872 - metal ion binding (molecular function)
InterPro domainsIPR027806 - Harbinger transposase-derived nuclease domain


Homology Show/hide homology
GenBank top hitse value%identityAlignment
KAA0048191.1 retrotransposon protein [Cucumis melo var. makuwa]2.2e-9474.77Show/hide
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KAA0049607.1 retrotransposon protein [Cucumis melo var. makuwa]1.9e-9072.6Show/hide
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KAA0065306.1 retrotransposon protein [Cucumis melo var. makuwa]4.7e-9775.34Show/hide
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TYK05758.1 putative nuclease HARBI1 [Cucumis melo var. makuwa]6.3e-8675.62Show/hide
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TYK08067.1 retrotransposon protein [Cucumis melo var. makuwa]2.2e-9474.77Show/hide
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TrEMBL top hitse value%identityAlignment
A0A5A7U3R2 Retrotransposon protein1.1e-9474.77Show/hide
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A0A5A7U5I3 Retrotransposon protein9.2e-9172.6Show/hide
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A0A5A7VG45 Retrotransposon protein2.3e-9775.34Show/hide
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        E+T  W+ WRD LAN+MF +WNN
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A0A5D3C3H1 Putative nuclease HARBI13.1e-8675.62Show/hide
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A0A5D3C7X6 Retrotransposon protein1.1e-9474.77Show/hide
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SwissProt top hitse value%identityAlignment
No hits found
Arabidopsis top hitse value%identityAlignment
AT1G43722.1 unknown protein4.0e-2238.46Show/hide
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        +GA+DGTH+ V V    +  +  R    + N++A+C     F +++ G  GS  D+ VL+ A    S   +P    YYL D+GYPN  G LAPYRS+   
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          RYH++++  G  P    ELFN  H+S R+VIER F + K +
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AT5G12010.1 unknown protein1.3e-1530.32Show/hide
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        N +G++  THI     K++V++    RH  R +K   +  + AV +  G F  +  GW GS  D +VL  ++   R +   + +G +     G+P  D  
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        L PY  T+ +LT W         +  FN + S  + V + AFG LKGRWA L+ ++   +      + ACC LHN+   RE   +P +
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AT5G28950.1 unknown protein5.6e-1640.54Show/hide
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        ++C+GA+D THI   VS    P  R RKG+I+ N+LA C+ + EF++V  GWEGSA DS+VL DA++R S  L VP        + +    N D  L   
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Query:  RSTRYHLTEWR
           R +  +WR
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AT5G35695.1 CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Putative harbinger transposase-derived nuclease (InterPro:IPR006912)2.2e-2836.28Show/hide
Query:  RHRTRKGEIATNVLAVCSQNGEFIFVFPGWEGSASDSRVLRDAVSRPSGLKVPRGYYYLCDAGYPNADGFLAPYRSTRYHLTEWRG-GNPPTTPKELFNM
        R  +RK  +  +  A       FI+V  GWEGSA DSRVL DA+ +          +YL D G+ N   FLAP+R  RYHL E+ G    P TP ELFN+
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Query:  RHSSARNVIERAFGLLKGRWAILRGKSYYPVDVQVKTITACCYLHNLITREMGQDPS---MEAAHTGE---QDSNDMGTENITFVESTTA-------WSS
        RH S RNVIER FG+ K R+AI +    +    Q   +  C  LHN + +E   D +    E  + G+    + N M T  I   E   A        + 
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Query:  WRDELANRMFAEWNN
        WR  +A  M+ +  N
Subjt:  WRDELANRMFAEWNN

AT5G41980.1 CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Putative harbinger transposase-derived nuclease (InterPro:IPR006912)9.6e-3240.34Show/hide
Query:  QNCLGALDGTHIKVNVSAVDRPRHRTRKGEIATNVLAVCSQNGEFIFVFPGWEGSASDSRVLRDAVSRPSGLKVPRGYYYLCDAGYPNADGFLAPYRSTR
        ++C+G +D  HI V V   ++   R   G +  NVLA  S +  F +V  GWEGSASD +VL  A++R + L+VP+G YY+ D  YPN  GF+APY    
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Query:  YHLTEWRGGNPPTTPKELFNMRHSSARNVIERAFGLLKGRWAILRGKSYYPVDVQVKTITACCYLHNLITREMGQD
                 N     KE+FN RH      I R FG LK R+ IL     YP+  QVK + A C LHN +  E   D
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Sequences Show/hide sequences
CDS sequenceShow/hide CDS sequence
ATGTTGTTATCTTGTCTTCCACTGGAGGACAACCTAACTTCAAGAAAATACTCGACCACTGAAAGTTTATCACTCGTCTGTTCGCAGAACTGCTTAGGTGCTCTTGATGG
TACACACATCAAGGTCAACGTCAGTGCGGTAGATCGCCCCAGACATCGGACGAGGAAGGGGGAGATTGCTACTAATGTACTGGCCGTTTGTTCTCAGAATGGCGAGTTCA
TTTTCGTGTTCCCAGGGTGGGAAGGATCTGCATCGGACTCAAGGGTACTTCGTGATGCAGTCTCACGTCCTTCGGGACTAAAGGTTCCCAGGGGCTACTACTACCTCTGT
GATGCCGGATATCCTAACGCGGATGGATTCCTAGCACCATATCGTAGCACACGATACCACCTAACCGAGTGGCGAGGTGGAAACCCACCCACGACCCCGAAGGAGCTTTT
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TGAAAACCATCACCGCTTGCTGCTACCTTCATAACCTAATAACACGGGAGATGGGACAGGATCCTTCGATGGAGGCCGCTCATACGGGGGAGCAAGATTCTAACGATATG
GGAACAGAGAACATCACGTTCGTTGAATCCACCACTGCATGGAGTTCCTGGAGGGATGAATTGGCGAATCGAATGTTCGCTGAATGGAACAACAACTGA
mRNA sequenceShow/hide mRNA sequence
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Protein sequenceShow/hide protein sequence
MLLSCLPLEDNLTSRKYSTTESLSLVCSQNCLGALDGTHIKVNVSAVDRPRHRTRKGEIATNVLAVCSQNGEFIFVFPGWEGSASDSRVLRDAVSRPSGLKVPRGYYYLC
DAGYPNADGFLAPYRSTRYHLTEWRGGNPPTTPKELFNMRHSSARNVIERAFGLLKGRWAILRGKSYYPVDVQVKTITACCYLHNLITREMGQDPSMEAAHTGEQDSNDM
GTENITFVESTTAWSSWRDELANRMFAEWNNN