; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; CuGenDBv2

Lag0039104 (gene) of Sponge gourd (AG-4) v1 genome

Gene IDLag0039104
OrganismLuffa acutangula AG-4 (Sponge gourd (AG-4) v1)
DescriptionE3 ubiquitin-protein ligase RNF170
Genome locationchr2:35956477..35963539
RNA-Seq ExpressionLag0039104
SyntenyLag0039104
Gene Ontology termsGO:0016567 - protein ubiquitination (biological process)
GO:0016021 - integral component of membrane (cellular component)
GO:0046872 - metal ion binding (molecular function)
GO:0061630 - ubiquitin protein ligase activity (molecular function)
InterPro domainsIPR038896 - E3 ubiquitin-protein ligase RNF170


Homology Show/hide homology
GenBank top hitse value%identityAlignment
KAG7037201.1 E3 ubiquitin-protein ligase-like protein [Cucurbita argyrosperma subsp. argyrosperma]2.8e-2886.11Show/hide
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        F  RCIMLVWDHGSPLQPCKCPLCRRQITLLVPSE SATQ++DPEV RVLN+IR YNRHFGGNSTGLNQ  P
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XP_022932121.1 E3 ubiquitin-protein ligase RNF170-like [Cucurbita moschata]1.1e-2788.41Show/hide
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XP_022972895.1 E3 ubiquitin-protein ligase RNF170-like [Cucurbita maxima]2.6e-2685.51Show/hide
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XP_038884720.1 E3 ubiquitin-protein ligase RNF170-like isoform X2 [Benincasa hispida]5.8e-2684.06Show/hide
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        F  +CIMLVWDHGSPLQPCKCPLCRRQITLLVPSE S  Q++DPEV RVLN+IRTYNRHFGGNSTGL+Q
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XP_038884722.1 DNA mismatch repair protein MLH1-like isoform X3 [Benincasa hispida]5.8e-2684.06Show/hide
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        F  +CIMLVWDHGSPLQPCKCPLCRRQITLLVPSE S  Q++DPEV RVLN+IRTYNRHFGGNSTGL+Q
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TrEMBL top hitse value%identityAlignment
A0A0A0KAL3 Uncharacterized protein8.1e-2674.68Show/hide
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        L   SASL+  +CIMLVWDHGSPL PCKCPLCRR ITLLVPSE S  Q++DPEV RVLN+IRTYNRHFGGNST L+Q +
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A0A1S3CIS2 E3 ubiquitin-protein ligase RNF1701.2e-2481.16Show/hide
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        F  +CIMLVWDHGSPLQPCKCPLCRR ITLLVPSE S  Q++DPEV RVLN+IRTYNRHFGGNST L+Q
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A0A6J1DFH0 E3 ubiquitin-protein ligase RNF1709.3e-2262.11Show/hide
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        G     F SI   SF++      +  F   CIMLVWDHGS LQPCKCPLCRRQITLLVPSE SA Q+++PEV R+LN+IRTYN HFG NS GL Q
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A0A6J1EVH0 E3 ubiquitin-protein ligase RNF1705.1e-2888.41Show/hide
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        F  RCIMLVWDHGSPLQPCKCPLCRRQITLLVPSE SATQ++DPEV RVLN+IR YNRHFGGNSTGLNQ
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A0A6J1I9X5 E3 ubiquitin-protein ligase RNF1701.3e-2685.51Show/hide
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        F  RCIMLVWDHGS LQPCKCPLCRRQITLLVPSE S TQ++DPEV RVLN+IR YNRHFGGNSTGLNQ
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SwissProt top hitse value%identityAlignment
F1MK05 E3 ubiquitin-protein ligase RNF1709.0e-0636.26Show/hide
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        SL + T    LF   CI+  W +GS L    CP+CR+ +TLL+P  G   Q  D  V  +   I  YNR F G        +P++  ERI+
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Q8CBG9 E3 ubiquitin-protein ligase RNF1703.4e-0534.07Show/hide
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        S  + T    LF   CI+  W +GS L    CP+CR+ +TLL+   G   Q  D  V R+   +  YNR F G        +P++  ERI+
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Q96K19 E3 ubiquitin-protein ligase RNF1703.4e-0535.16Show/hide
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        S  + T    LF   CI+  W +GS L    CP+CR+ +TLL+   G   Q  D  V R+   I  YNR F G        +P++  ERI+
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Arabidopsis top hitse value%identityAlignment
AT1G22510.1 RING/U-box protein with domain of unknown function (DUF 1232)3.0e-2063.77Show/hide
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        F   CIMLVW HGS L+PCKCPLCRR I+LLVPSE +   RND  V+ VL+ + TYNR FGG S+GL Q
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AT1G22510.2 RING/U-box protein with domain of unknown function (DUF 1232)3.7e-2357.27Show/hide
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        VR AM  ST L   IA TGSAV S S +   LLL   S       CIMLVW HGS L+PCKCPLCRR I+LLVPSE +   RND  V+ VL+ + TYNR 
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Query:  FGGNSTGLNQ
        FGG S+GL Q
Subjt:  FGGNSTGLNQ

AT1G72175.1 RING/U-box protein with domain of unknown function (DUF 1232)6.6e-2063.77Show/hide
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        F   CIMLVW HGS LQPCKCPLCRR I+LLVPSE +   RND  V  VL ++ TYNR FGG S+ L Q
Subjt:  FAARCIMLVWDHGSPLQPCKCPLCRRQITLLVPSEGSATQRNDPEVNRVLNSIRTYNRHFGGNSTGLNQ

AT4G33940.1 RING/U-box superfamily protein3.6e-1043.48Show/hide
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        +   CI+  W++ +  +PCKCP+C R IT L P E S  +R + EV  VL+ +R YNR F G  TG  Q
Subjt:  FAARCIMLVWDHGSPLQPCKCPLCRRQITLLVPSEGSATQRNDPEVNRVLNSIRTYNRHFGGNSTGLNQ


Sequences Show/hide sequences
CDS sequenceShow/hide CDS sequence
ATGGACGGCCCCCTGAGGGCGATATCTGTTCGATCTGCCATGGAAGATTCAACATCCCTTGTCAAGCAAATTGCTCGCACTGGTTCTGCGGTTAGCTCCTTTTCTTCAAT
TTCTTTTTCCCTTCTGCTCGCAACATTTTCTGCTTCCCTGTTTGCAGCAAGGTGTATAATGCTTGTCTGGGATCATGGATCACCACTACAACCGTGTAAATGCCCCTTAT
GTCGCCGACAGATCACTTTATTGGTTCCTTCTGAGGGTTCAGCAACACAGCGAAATGACCCTGAGGTTAATCGTGTTCTTAACTCTATAAGGACTTATAACCGTCATTTT
GGTGGCAATTCAACTGGTTTAAATCAGTCCAAGCCTCAGACGTTCCATGAGAGGATTATCATAAAAAGTTGGCGTATGGTTAGAGAAAGAGGACTGAGGTTTGGGTCAGG
AGGATTTTTGATAGGTGAAGGAAGACGGCTCCAGCTTGGGGTCAGGAGGGAAGGTTGGATCAGGCAAAGGGGCTCGAGGTGGGGCCCACTTCTTCAGCCAAATGTTCTTA
GAAAGGCAGAGGAAGATCTTGATTATTTGCTGTGGGGTTGTGAGTTTGCCCGCTCTGTCTGGAGCCGCTTCGTTGAGGTTTTCAGTTGTGTAATGGGAGCTGTGAGAATA
GAATGGTTGGAAATGCCATGCGCATGTATGGCTAGGAGTTTCAGAGACCAGAGGGAGATGATTCAGGAGTTCCTCCTCCATCTATCGTTTCATGAGAAGGGGAGGTTCTT
ATGGCTAGTTGGGGTGTGCACCTTATTGTGGGCCTATGAGGAGAGAGAAATAATAGTGTTTCTTGACCTTGATAGGGATCTGTTTGATGTTTGGACCCTTACTAGGTTCT
ATGTTTCTCTATGGGTCTTGGTGTCCAAGTCTTTTTGTAATTATACTCTAGCGACTGCAGGACCTTCCTTTTCTCCTACGGAGGTTGCTTCGGGAACTCCTCAATCCACA
GAGATCTCTTCCTCTTGTCATTAG
mRNA sequenceShow/hide mRNA sequence
ATGGACGGCCCCCTGAGGGCGATATCTGTTCGATCTGCCATGGAAGATTCAACATCCCTTGTCAAGCAAATTGCTCGCACTGGTTCTGCGGTTAGCTCCTTTTCTTCAAT
TTCTTTTTCCCTTCTGCTCGCAACATTTTCTGCTTCCCTGTTTGCAGCAAGGTGTATAATGCTTGTCTGGGATCATGGATCACCACTACAACCGTGTAAATGCCCCTTAT
GTCGCCGACAGATCACTTTATTGGTTCCTTCTGAGGGTTCAGCAACACAGCGAAATGACCCTGAGGTTAATCGTGTTCTTAACTCTATAAGGACTTATAACCGTCATTTT
GGTGGCAATTCAACTGGTTTAAATCAGTCCAAGCCTCAGACGTTCCATGAGAGGATTATCATAAAAAGTTGGCGTATGGTTAGAGAAAGAGGACTGAGGTTTGGGTCAGG
AGGATTTTTGATAGGTGAAGGAAGACGGCTCCAGCTTGGGGTCAGGAGGGAAGGTTGGATCAGGCAAAGGGGCTCGAGGTGGGGCCCACTTCTTCAGCCAAATGTTCTTA
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GAGATCTCTTCCTCTTGTCATTAG
Protein sequenceShow/hide protein sequence
MDGPLRAISVRSAMEDSTSLVKQIARTGSAVSSFSSISFSLLLATFSASLFAARCIMLVWDHGSPLQPCKCPLCRRQITLLVPSEGSATQRNDPEVNRVLNSIRTYNRHF
GGNSTGLNQSKPQTFHERIIIKSWRMVRERGLRFGSGGFLIGEGRRLQLGVRREGWIRQRGSRWGPLLQPNVLRKAEEDLDYLLWGCEFARSVWSRFVEVFSCVMGAVRI
EWLEMPCACMARSFRDQREMIQEFLLHLSFHEKGRFLWLVGVCTLLWAYEEREIIVFLDLDRDLFDVWTLTRFYVSLWVLVSKSFCNYTLATAGPSFSPTEVASGTPQST
EISSSCH