; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; CuGenDBv2

Lag0040012 (gene) of Sponge gourd (AG-4) v1 genome

Gene IDLag0040012
OrganismLuffa acutangula AG-4 (Sponge gourd (AG-4) v1)
Descriptionserine/arginine-rich splicing factor RSZ21
Genome locationchr13:1524766..1533214
RNA-Seq ExpressionLag0040012
SyntenyLag0040012
Gene Ontology termsGO:0003723 - RNA binding (molecular function)
GO:0008270 - zinc ion binding (molecular function)
InterPro domainsIPR000504 - RNA recognition motif domain
IPR001878 - Zinc finger, CCHC-type
IPR012677 - Nucleotide-binding alpha-beta plait domain superfamily
IPR035979 - RNA-binding domain superfamily
IPR036875 - Zinc finger, CCHC-type superfamily


Homology Show/hide homology
GenBank top hitse value%identityAlignment
KAG7012825.1 Serine/arginine-rich splicing factor RSZ21A [Cucurbita argyrosperma subsp. argyrosperma]2.1e-8893.62Show/hide
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TYK15593.1 serine/arginine-rich splicing factor RSZ21 isoform X1 [Cucumis melo var. makuwa]1.0e-9096.24Show/hide
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XP_008446226.1 PREDICTED: serine/arginine-rich splicing factor RSZ21 [Cucumis melo]1.0e-9096.24Show/hide
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XP_011655636.1 serine/arginine-rich splicing factor RSZ21 [Cucumis sativus]1.3e-9095.72Show/hide
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XP_023542224.1 serine/arginine-rich splicing factor RSZ21-like [Cucurbita pepo subsp. pepo]2.9e-9095.65Show/hide
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TrEMBL top hitse value%identityAlignment
A0A1S3BEJ4 serine/arginine-rich splicing factor RSZ214.9e-9196.24Show/hide
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A0A5D3CUM7 Serine/arginine-rich splicing factor RSZ21 isoform X14.9e-9196.24Show/hide
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A0A6J1G1N9 serine/arginine-rich splicing factor RSZ21-like isoform X11.3e-8893.55Show/hide
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A0A6J1GX57 serine/arginine-rich splicing factor RSZ21-like1.3e-8895.68Show/hide
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A0A6J1KZV2 serine/arginine-rich splicing factor RSZ21-like2.3e-8894.65Show/hide
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SwissProt top hitse value%identityAlignment
O81126 Serine/arginine-rich splicing factor RSZ223.4e-5768.39Show/hide
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O81127 Serine/arginine-rich splicing factor RSZ211.4e-6372.31Show/hide
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        GHFARECR     RG G   RRSPSPRRRRSP Y  Y RRS SPRG+RS PRRRS+TPP+RGRSYSRSPPYR +R            R SPYANG
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Q69KL9 Serine/arginine-rich splicing factor RSZ21A2.7e-5466.32Show/hide
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        M RVY+GNLDPRVT R+LEDEFR+FGVLRSVWVAR+PPG+AFI+FDDRRDA DAI+ +DGKNGWRVELS N+  G GG  R      G  + KCYECGE 
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Q6K4N0 Serine/arginine-rich splicing factor RSZ215.1e-5365.41Show/hide
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        M R+Y+GNLDPRVT  +LEDEFR+FGVLRSVWVAR+PPG+AFI+FDD+RDA DA++ LDGKNGWRVELS NS   GG  R       GG ++KCYECGE 
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Q9SJA6 Serine/arginine-rich splicing factor RSZ22A2.6e-5766.84Show/hide
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        ECGE GHFARECRSRGGS    GG RRS S     PR R+SP+Y   GRRS SPR +  P  R  +P  RGR+YSRSPP   AR   PYANG+
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Arabidopsis top hitse value%identityAlignment
AT1G23860.1 RS-containing zinc finger protein 211.0e-6472.31Show/hide
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        GHFARECR     RG G   RRSPSPRRRRSP Y  Y RRS SPRG+RS PRRRS+TPP+RGRSYSRSPPYR +R            R SPYANG
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AT1G23860.2 RS-containing zinc finger protein 211.0e-6472.31Show/hide
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AT1G23860.4 RS-containing zinc finger protein 211.2e-6270.77Show/hide
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        GHFARECR     RG G   RRSPSPRRRRSP Y      S SPRG+RS PRRRS+TPP+RGRSYSRSPPYR +R            R SPYANG
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AT2G24590.1 RNA recognition motif and CCHC-type zinc finger domains containing protein1.9e-5866.84Show/hide
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AT4G31580.1 serine/arginine-rich 222.4e-5868.39Show/hide
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        M+RVY+GNLDPRVTER+LEDEFR FGV+RSVWVARRPPGYAF++F+D RDA DAI+ALDGKNGWRVE SHN   +GGGG G  RG GGGG    GG DLK
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Query:  CYECGEPGHFARECRSRGGSRGGGGGLRRSPSPRRRRSPSYERYGRRSNSPRGKR--SPRRRSIT-PPKRGRSYSRSPPYRHARRASPYANGS
        CYECGE GHFARECR+RGG+       R    PR RRSPS   YGRRS SPR +    PRRRS + PP RGRSYSRSPP   AR   PYANG+
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Sequences Show/hide sequences
CDS sequenceShow/hide CDS sequence
ATGGCAAGTTTGGACAACTCTGATGTACAAGGAGTTGACGAGAACAACCGGGGAGAAATCGGGCTGGAGATGGACCCCAGAGGCGAAACCGGCAAGCGAGACGGGCCAAG
ATCGAAGGGGTCGGGTTTTTGGCCCGACCCCCTGCTCGGCCCGCTCGCGCGGGCCGAGCCCGTTCGACTCCGCTTGGTCCCTACCACCTTTGGCCGCCTCGGTTCCGCCT
GGTTTGTCTCGAAACGCCTCCGAATTCCTAAAAACCCTAGGAGCATGAGCATGTCACGTCTTCCCCCCTCATCTACAAAGTTACCGTTGGTGGCACGTGAAGGTCAGACT
TCCGAGCATCGGAGCTCTGCGACTACGGGCAGCGCCGTTTTCCAACCTTATCCTCGGCTGGTGGTTCTTGGCTCATTCGCTACAATGACTCGAGTTTACATTGGTAATCT
GGATCCACGCGTTACAGAGAGGGATCTTGAAGATGAATTCCGAATGTTTGGTGTTCTTAGGAGCGTTTGGGTTGCTAGAAGGCCTCCAGGGTATGCATTTATTGAGTTTG
ATGATCGCAGGGATGCTCTAGATGCAATACAAGCATTGGATGGGAAAAATGGTTGGCGTGTGGAGCTTTCTCACAACTCTAAAGGTGGAGGTGGTGGCAGTCGTCGTGGC
CGTGGTGGTGGTGGTGGTGGTGAAGATTTGAAATGTTATGAATGTGGTGAACCTGGTCATTTTGCTCGAGAGTGTCGTTCCCGTGGGGGCTCACGAGGCGGAGGGGGTGG
TTTGCGTCGTAGTCCTTCTCCTCGGCGCCGCAGGAGTCCAAGTTATGAACGATATGGTCGCAGGAGTAACAGTCCTCGTGGTAAAAGATCTCCACGACGCCGCAGCATTA
CACCTCCTAAGCGTGGTCGGAGCTACAGCAGATCTCCTCCATACCGCCATGCTCGTCGCGCTTCACCTTATGCCAATGGTTCTAATAGGAATTGTGGAGTGAACCGGAAT
CATGTAGTTAAGTTCGTCTCTGACAATTGGTTCTCTTTGAAACCTGGATTTGGATGGGTGTCTACCAAGTGTTTTAAGCCACCAAATGGGGTTCTGTCTGGCACCATTTT
GTGTTGGCTCTCTTCCGCCCGCTGGAACTCCGGAGGTCTCTTTCTTGCTTTCAAAGTTATATCTACTACGTAG
mRNA sequenceShow/hide mRNA sequence
ATGGCAAGTTTGGACAACTCTGATGTACAAGGAGTTGACGAGAACAACCGGGGAGAAATCGGGCTGGAGATGGACCCCAGAGGCGAAACCGGCAAGCGAGACGGGCCAAG
ATCGAAGGGGTCGGGTTTTTGGCCCGACCCCCTGCTCGGCCCGCTCGCGCGGGCCGAGCCCGTTCGACTCCGCTTGGTCCCTACCACCTTTGGCCGCCTCGGTTCCGCCT
GGTTTGTCTCGAAACGCCTCCGAATTCCTAAAAACCCTAGGAGCATGAGCATGTCACGTCTTCCCCCCTCATCTACAAAGTTACCGTTGGTGGCACGTGAAGGTCAGACT
TCCGAGCATCGGAGCTCTGCGACTACGGGCAGCGCCGTTTTCCAACCTTATCCTCGGCTGGTGGTTCTTGGCTCATTCGCTACAATGACTCGAGTTTACATTGGTAATCT
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