; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; CuGenDBv2

Lcy02g011900 (gene) of Sponge gourd (P93075) v1 genome

Gene IDLcy02g011900
OrganismLuffa cylindrica cv. P93075 (Sponge gourd (P93075) v1)
DescriptionBED-type domain-containing protein
Genome locationChr02:35917486..35917971
RNA-Seq ExpressionLcy02g011900
SyntenyLcy02g011900
Gene Ontology termsGO:0005634 - nucleus (cellular component)
GO:0003677 - DNA binding (molecular function)
GO:0046872 - metal ion binding (molecular function)
GO:0046983 - protein dimerization activity (molecular function)
InterPro domainsIPR007021 - Domain of unknown function DUF659
IPR012337 - Ribonuclease H-like superfamily


Homology Show/hide homology
GenBank top hitse value%identityAlignment
CAN78182.1 hypothetical protein VITISV_024118 [Vitis vinifera]2.2e-5259.63Show/hide
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RVW13811.1 putative mitochondrial protein [Vitis vinifera]2.2e-5260.25Show/hide
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RVW17879.1 putative ribonuclease H protein [Vitis vinifera]2.2e-5260.25Show/hide
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RVW52863.1 hypothetical protein CK203_089633 [Vitis vinifera]2.2e-5260.25Show/hide
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RVW84589.1 hypothetical protein CK203_048101 [Vitis vinifera]2.2e-5260.25Show/hide
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TrEMBL top hitse value%identityAlignment
A0A438BS72 Putative mitochondrial protein1.1e-5260.25Show/hide
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A0A438C410 Putative ribonuclease H protein1.1e-5260.25Show/hide
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A0A438CD84 BED-type domain-containing protein1.1e-5260.25Show/hide
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A0A438DX18 Uncharacterized protein1.1e-5260.25Show/hide
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A5BDB0 BED-type domain-containing protein1.1e-5260.25Show/hide
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SwissProt top hitse value%identityAlignment
No hits found
Arabidopsis top hitse value%identityAlignment
AT3G17450.1 hAT dimerisation domain-containing protein3.5e-2738.18Show/hide
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        L  ++ ++G E VVQ++T N + F+  G+L+  K  N+YWTPCA HC +L+ ED  K E V   +  A+ +T +IYN  WLL+ M  E  +  D++ P  
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         R A+ +  L S++  KA+L  LF  D W    LSQT      G+E+E  VLS  FW  V+ +++
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AT3G22220.1 hAT transposon superfamily4.0e-2333.99Show/hide
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        T  ATN+  +  +   K  L  + T   WN+   S+   G  +   +    FW
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AT3G22220.2 hAT transposon superfamily4.0e-2333.99Show/hide
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AT4G15020.1 hAT transposon superfamily2.0e-2232.08Show/hide
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        +L  ++ EVGS  VVQ++T     +   G+ +M ++ ++YW PCAAHCID M E+ GK   +   I  A+ +T ++YNH  +L+ M +    +DI+LP  
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        +  ATN+  L  + + K+ L  + T   WN    S+   G  + + +    FW  V ++
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AT4G15020.2 hAT transposon superfamily2.0e-2232.08Show/hide
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        +L  ++ EVGS  VVQ++T     +   G+ +M ++ ++YW PCAAHCID M E+ GK   +   I  A+ +T ++YNH  +L+ M +    +DI+LP  
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        +  ATN+  L  + + K+ L  + T   WN    S+   G  + + +    FW  V ++
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Sequences Show/hide sequences
CDS sequenceShow/hide CDS sequence
ATGTTGAAAAGCGTCATACGTGAAGTAGGGTCCGAGAAAGTGGTTCAAATTGTCACAGACAATGGGTCTGCTTTCAAGAAGGTGGGTGAGTTAATAATGAAAATTTTTAA
TATTTATTGGACCCCTTGTGCAGCGCATTGCATAGATTTAATGTTTGAAGATATAGGAAAACGAGAATCAGTAGGATCGGTTATTAGAGTTGCACGAGGGGTGACAAATT
ACATTTATAATCATGGATGGTTACTTAGTAAGATGCTCGAGATTTGTGAAGATGATATAATCCTACCTGGGAGCACTAGGTTTGCAACAAACTACCTTGCATTAAATAGC
ATGTTGAAAAAAAAGGCTGCATTAACACGATTATTCACTGATGATTCATGGAATAATGACAAGTTAAGTCAGACGGTTATAGGAAAAGAGATCGAGTCTCGTGTACTAAG
TAACACATTTTGGGACAATGTAGAGGTCATAGTCCAAATTTTTTAG
mRNA sequenceShow/hide mRNA sequence
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TATTTATTGGACCCCTTGTGCAGCGCATTGCATAGATTTAATGTTTGAAGATATAGGAAAACGAGAATCAGTAGGATCGGTTATTAGAGTTGCACGAGGGGTGACAAATT
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Protein sequenceShow/hide protein sequence
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MLKKKAALTRLFTDDSWNNDKLSQTVIGKEIESRVLSNTFWDNVEVIVQIF