; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; CuGenDBv2

Lcy03g006580 (gene) of Sponge gourd (P93075) v1 genome

Gene IDLcy03g006580
OrganismLuffa cylindrica cv. P93075 (Sponge gourd (P93075) v1)
DescriptionRetrotransposon protein
Genome locationChr03:35096897..35099439
RNA-Seq ExpressionLcy03g006580
SyntenyLcy03g006580
Gene Ontology termsNA
InterPro domainsIPR027806 - Harbinger transposase-derived nuclease domain


Homology Show/hide homology
GenBank top hitse value%identityAlignment
KAA0035620.1 retrotransposon protein [Cucumis melo var. makuwa]4.8e-6055.56Show/hide
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KAA0046727.1 retrotransposon protein [Cucumis melo var. makuwa]4.8e-6055.56Show/hide
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KAA0047510.1 retrotransposon protein [Cucumis melo var. makuwa]3.4e-6155.23Show/hide
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KAA0048361.1 retrotransposon protein [Cucumis melo var. makuwa]8.3e-6055.56Show/hide
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XP_038889345.1 putative nuclease HARBI1 [Benincasa hispida]2.0e-6157.02Show/hide
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TrEMBL top hitse value%identityAlignment
A0A5A7TWH8 Retrotransposon protein1.6e-6155.23Show/hide
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A0A5A7TXW1 Retrotransposon protein2.3e-6055.56Show/hide
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A0A5A7U476 Retrotransposon protein4.0e-6055.56Show/hide
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A0A5A7VHB0 Retrotransposon protein4.0e-6055.56Show/hide
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A0A5D3BDX0 Retrotransposon protein2.3e-6055.56Show/hide
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SwissProt top hitse value%identityAlignment
No hits found
Arabidopsis top hitse value%identityAlignment
AT2G13770.1 CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Putative harbinger transposase-derived nuclease (InterPro:IPR006912); Has 451 Blast hits to 352 proteins in 33 species: Archae - 0; Bacteria - 0; Metazoa - 28; Fungi - 8; Plants - 388; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 27 (source: NCBI BLink).4.0e-0432.5Show/hide
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AT4G29780.1 unknown protein1.5e-0627.4Show/hide
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         +       T YL       +       FN      + +   AF  LKGRWA L+ K +   ++    ++  CC+L N+   EM  +  L E+       
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Query:  VALDGDNI
        VA+  +NI
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AT5G12010.1 unknown protein1.5e-1129.21Show/hide
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        N +G++  T+I +    +SVA     R   R QK   +  +  V++PKG F  +  GW GS  D +VL  ++   R N   + KG+ +   PG  +    
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Query:  WHLTEESSTTYLSGVGEVMHRLHRGSFFNMKHSSARNVIERAFGALKGRWAILRGKSSYYPVRTQCQIITTCCLLDNL
        W L   +       +    H       FN K S  + V + AFG LKGRWA L+ K +   ++    ++  CC+L N+
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AT5G28950.1 unknown protein3.1e-1244.12Show/hide
Query:  QNCLGALDGTYIKVNVSVADRPRYRTQKGEIATNVLGVLSPKGEFIFVMQGWEGSTADSRVLRDAISR
        ++C+GA+D T+I   VS    P +R +KG+I+ N+L   +   EF++V+ GWEGS  DS+VL DA++R
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AT5G35695.1 CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Putative harbinger transposase-derived nuclease (InterPro:IPR006912)6.8e-1232.41Show/hide
Query:  FIFVMQGWEGSTADSRVLRDAI-----------SRPNGLTVSKGITICVMPGTQMQRDSWHLTEESSTTYLSGVGEVMHRLHRGSFFNMKHSSARNVIER
        FI+V+ GWEGS  DSRVL DA+           +R N L   +G+   +      +RD                 E  H L     FN++H S RNVIER
Subjt:  FIFVMQGWEGSTADSRVLRDAI-----------SRPNGLTVSKGITICVMPGTQMQRDSWHLTEESSTTYLSGVGEVMHRLHRGSFFNMKHSSARNVIER

Query:  AFGALKGRWAILRGKSSYYPVRTQCQIITTCCLLDNLITREMGLD
         FG  K R+AI +  +  +  + Q  ++ TC  L N + +E   D
Subjt:  AFGALKGRWAILRGKSSYYPVRTQCQIITTCCLLDNLITREMGLD


Sequences Show/hide sequences
CDS sequenceShow/hide CDS sequence
ATGAACTGGCATTATGTAATGGTGACTAGTGGCCAAGAAAACTTCATTGATCAACAAGTGTGTCGTAACATCCCCGTTATGGGATATGGTCATGTAGGAAAATGT
TATGTGATCTCGAAACAGAATTGTTTGGGAGCATTGGACGGTACGTACATAAAGGTCAATGTGAGTGTTGCTGATCGACCAAGATATAGGACGCAAAAGGGTGAG
ATTGCAACAAATGTGTTGGGCGTTCTGTCCCCAAAAGGTGAATTCATTTTCGTCATGCAAGGATGGGAAGGCTCGACTGCTGATTCTCGTGTACTTAGAGATGCA
ATATCACGCCCCAATGGCCTAACTGTTTCGAAGGGTATTACTATTTGTGTGATGCCGGGTACCCAAATGCAGAGGGATTCTTGGCACCTTACAGAGGAGAGTAGT
ACCACTTATCTGAGTGGCGTGGGGGAGGTAATGCACCGACTACACCGAGGGAGTTTTTTTAACATGAAGCATTCTTCTGCACGTAATGTCATTGAAAGAGCGTTT
GGTGCGCTAAAAGGACGATGGGCGATACTTCGGGGGAAGTCGTCGTACTACCCTGTTCGGACTCAGTGCCAGATCATAACGACATGCTGCTTACTTGACAACCTA
ATCACCCGGGAGATGGGTCTAGATATTGGGTTGGACGAAGTGGATATTGGTGGGTCCAAACCTGTGGCTCTTGATGGGGACAACATTATTTTCATTCAAACCTCA
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mRNA sequenceShow/hide mRNA sequence
ATGAACTGGCATTATGTAATGGTGACTAGTGGCCAAGAAAACTTCATTGATCAACAAGTGTGTCGTAACATCCCCGTTATGGGATATGGTCATGTAGGAAAATGT
TATGTGATCTCGAAACAGAATTGTTTGGGAGCATTGGACGGTACGTACATAAAGGTCAATGTGAGTGTTGCTGATCGACCAAGATATAGGACGCAAAAGGGTGAG
ATTGCAACAAATGTGTTGGGCGTTCTGTCCCCAAAAGGTGAATTCATTTTCGTCATGCAAGGATGGGAAGGCTCGACTGCTGATTCTCGTGTACTTAGAGATGCA
ATATCACGCCCCAATGGCCTAACTGTTTCGAAGGGTATTACTATTTGTGTGATGCCGGGTACCCAAATGCAGAGGGATTCTTGGCACCTTACAGAGGAGAGTAGT
ACCACTTATCTGAGTGGCGTGGGGGAGGTAATGCACCGACTACACCGAGGGAGTTTTTTTAACATGAAGCATTCTTCTGCACGTAATGTCATTGAAAGAGCGTTT
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Protein sequenceShow/hide protein sequence
MNWHYVMVTSGQENFIDQQVCRNIPVMGYGHVGKCYVISKQNCLGALDGTYIKVNVSVADRPRYRTQKGEIATNVLGVLSPKGEFIFVMQGWEGSTADSRVLRDA
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ITREMGLDIGLDEVDIGGSKPVALDGDNIIFIQTSNEWTQKRDDLATRMFTTWGQSQ