; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; CuGenDBv2

Lcy04g004980 (gene) of Sponge gourd (P93075) v1 genome

Gene IDLcy04g004980
OrganismLuffa cylindrica cv. P93075 (Sponge gourd (P93075) v1)
DescriptionRetrotransposon protein
Genome locationChr04:32392370..32394820
RNA-Seq ExpressionLcy04g004980
SyntenyLcy04g004980
Gene Ontology termsNA
InterPro domainsIPR027806 - Harbinger transposase-derived nuclease domain


Homology Show/hide homology
GenBank top hitse value%identityAlignment
KAA0043338.1 retrotransposon protein [Cucumis melo var. makuwa]5.0e-5045.59Show/hide
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                                      EGFLAPYRG+RYHL EWRG  NAPT  +E+FNMKY SARNVIERAFG L+G+WAILR KSYYP + QCR 
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        I AC LLHNLI  EM     +D+ D G S        E+I +I+++ EW+Q RDDLA  MF
Subjt:  ITACCLLHNLITWEMGLDVGLDEGDVGRSEPVPLDG-ENITFIQSSTEWTQKRDDLANKMF

KAA0064021.1 retrotransposon protein [Cucumis melo var. makuwa]8.6e-5045.21Show/hide
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        G   SR+   +L+ ++++ + L       +  CN   WK  +NCLGALD            RP +RTRKGEIATNVLGV   KG+F++V+  WE      
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Query:  ------------------------------EGFLAPYRGERYHLTEWRGGGNAPTTPREFFNMKYFSARNVIERAFGALRGQWAILRRKSYYPTRTQCRI
                                      EGFLAPYRG+RYHL EWRG  NAPT  +E+FNMK+ SARNVIERAFG L+G+WAILR KSYYP + QCRI
Subjt:  ------------------------------EGFLAPYRGERYHLTEWRGGGNAPTTPREFFNMKYFSARNVIERAFGALRGQWAILRRKSYYPTRTQCRI

Query:  ITACCLLHNLITWEMGLDVGLDEGDVGRSE-PVPLDGENITFIQSSTEWTQKRDDLANKMF
        I AC LLHNLI  EM     +++ D G S        E+I +I+++ EW+Q RDDLA  MF
Subjt:  ITACCLLHNLITWEMGLDVGLDEGDVGRSE-PVPLDGENITFIQSSTEWTQKRDDLANKMF

TYK02668.1 retrotransposon protein [Cucumis melo var. makuwa]5.0e-5045.59Show/hide
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        G   SR+   +L+ ++++ + L       +  CN   WK  +NCLGALD            RP +RTRKGEIATNVLGV   KG+F++V+  WE      
Subjt:  GGNGSRYGYYMLVHIVKILQRL-------SDMCN-AMWK--QNCLGALDVRLY--------RPRYRTRKGEIATNVLGVVSPKGEFIFVMPEWE------

Query:  ------------------------------EGFLAPYRGERYHLTEWRGGGNAPTTPREFFNMKYFSARNVIERAFGALRGQWAILRRKSYYPTRTQCRI
                                      EGFLAPYRG+RYHL EWRG  NAPT  +E+FNMKY SARNVIERAFG L+G+WAILR KSYYP + QCR 
Subjt:  ------------------------------EGFLAPYRGERYHLTEWRGGGNAPTTPREFFNMKYFSARNVIERAFGALRGQWAILRRKSYYPTRTQCRI

Query:  ITACCLLHNLITWEMGLDVGLDEGDVGRSEPVPLDG-ENITFIQSSTEWTQKRDDLANKMF
        I AC LLHNLI  EM     +D+ D G S        E+I +I+++ EW+Q RDDLA  MF
Subjt:  ITACCLLHNLITWEMGLDVGLDEGDVGRSEPVPLDG-ENITFIQSSTEWTQKRDDLANKMF

XP_031740445.1 uncharacterized protein LOC116403439 [Cucumis sativus]2.3e-5047.5Show/hide
Query:  IVKILQRLSDMC-NAMWK--QNCLGALD--------VRLYRPRYRTRKGEIATNVLGVVSPKGEFIFVMPEWE---------------------------
        ++K  Q ++  C ++ W   +NCLGALD         +  RPRYRTRK E+ATN +GV   KG+FIFV+  WE                           
Subjt:  IVKILQRLSDMC-NAMWK--QNCLGALD--------VRLYRPRYRTRKGEIATNVLGVVSPKGEFIFVMPEWE---------------------------

Query:  ---------EGFLAPYRGERYHLTEWRGGGNAPTTPREFFNMKYFSARNVIERAFGALRGQWAILRRKSYYPTRTQCRIITACCLLHNLITWEMGLDVGL
                 +GFLAPYRG+RYHL EWRG GNAP T +E+FNMK+ +ARNVIERAFG L+G+WAILR KSYY  + QCR I AC LLHNLI  EM     +
Subjt:  ---------EGFLAPYRGERYHLTEWRGGGNAPTTPREFFNMKYFSARNVIERAFGALRGQWAILRRKSYYPTRTQCRIITACCLLHNLITWEMGLDVGL

Query:  DEGDVGRSEPVPLDGENITFIQSSTEWTQKRDDLANKMFN
        D+ D G S    + G++I F+++S EWTQ RDDLA +MFN
Subjt:  DEGDVGRSEPVPLDGENITFIQSSTEWTQKRDDLANKMFN

XP_031741750.1 protein ANTAGONIST OF LIKE HETEROCHROMATIN PROTEIN 1-like [Cucumis sativus]9.2e-5252.66Show/hide
Query:  QNCLGALD--------VRLYRPRYRTRKGEIATNVLGVVSPKGEFIFVMPEWE-----------------------EGFLAPYRGERYHLTEWRGGGNAP
        QNCLGALD         +  RPRYRTRKGE+ATNVLGV   KG+F+FV+  WE                       EGFLAPYRG+RYHL EW+G  NAP
Subjt:  QNCLGALD--------VRLYRPRYRTRKGEIATNVLGVVSPKGEFIFVMPEWE-----------------------EGFLAPYRGERYHLTEWRGGGNAP

Query:  TTPREFFNMKYFSARNVIERAFGALRGQWAILRRKSYYPTRTQCRIITACCLLHNLITWEMGLDVGLDEGDVGRSEPVPLDGENITFIQSSTEWTQKRDD
           +E+FNMK+F+ARNVIERAF  L+ +W ILR KSYY  + QCR I  CCLLHNLI  EM     +D+ D G S    + G++I F+++S EWTQ RDD
Subjt:  TTPREFFNMKYFSARNVIERAFGALRGQWAILRRKSYYPTRTQCRIITACCLLHNLITWEMGLDVGLDEGDVGRSEPVPLDGENITFIQSSTEWTQKRDD

Query:  LANKMFN
        LA +MFN
Subjt:  LANKMFN

TrEMBL top hitse value%identityAlignment
A0A5A7TKK3 Retrotransposon protein2.4e-5045.59Show/hide
Query:  GGNGSRYGYYMLVHIVKILQRL-------SDMCN-AMWK--QNCLGALDVRLY--------RPRYRTRKGEIATNVLGVVSPKGEFIFVMPEWE------
        G   SR+   +L+ ++++ + L       +  CN   WK  +NCLGALD            RP +RTRKGEIATNVLGV   KG+F++V+  WE      
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Query:  ------------------------------EGFLAPYRGERYHLTEWRGGGNAPTTPREFFNMKYFSARNVIERAFGALRGQWAILRRKSYYPTRTQCRI
                                      EGFLAPYRG+RYHL EWRG  NAPT  +E+FNMKY SARNVIERAFG L+G+WAILR KSYYP + QCR 
Subjt:  ------------------------------EGFLAPYRGERYHLTEWRGGGNAPTTPREFFNMKYFSARNVIERAFGALRGQWAILRRKSYYPTRTQCRI

Query:  ITACCLLHNLITWEMGLDVGLDEGDVGRSEPVPLDG-ENITFIQSSTEWTQKRDDLANKMF
        I AC LLHNLI  EM     +D+ D G S        E+I +I+++ EW+Q RDDLA  MF
Subjt:  ITACCLLHNLITWEMGLDVGLDEGDVGRSEPVPLDG-ENITFIQSSTEWTQKRDDLANKMF

A0A5A7VE61 Retrotransposon protein4.2e-5045.21Show/hide
Query:  GGNGSRYGYYMLVHIVKILQRL-------SDMCN-AMWK--QNCLGALDVRLY--------RPRYRTRKGEIATNVLGVVSPKGEFIFVMPEWE------
        G   SR+   +L+ ++++ + L       +  CN   WK  +NCLGALD            RP +RTRKGEIATNVLGV   KG+F++V+  WE      
Subjt:  GGNGSRYGYYMLVHIVKILQRL-------SDMCN-AMWK--QNCLGALDVRLY--------RPRYRTRKGEIATNVLGVVSPKGEFIFVMPEWE------

Query:  ------------------------------EGFLAPYRGERYHLTEWRGGGNAPTTPREFFNMKYFSARNVIERAFGALRGQWAILRRKSYYPTRTQCRI
                                      EGFLAPYRG+RYHL EWRG  NAPT  +E+FNMK+ SARNVIERAFG L+G+WAILR KSYYP + QCRI
Subjt:  ------------------------------EGFLAPYRGERYHLTEWRGGGNAPTTPREFFNMKYFSARNVIERAFGALRGQWAILRRKSYYPTRTQCRI

Query:  ITACCLLHNLITWEMGLDVGLDEGDVGRSE-PVPLDGENITFIQSSTEWTQKRDDLANKMF
        I AC LLHNLI  EM     +++ D G S        E+I +I+++ EW+Q RDDLA  MF
Subjt:  ITACCLLHNLITWEMGLDVGLDEGDVGRSE-PVPLDGENITFIQSSTEWTQKRDDLANKMF

A0A5A7VMV2 Retrotransposon protein5.4e-5048Show/hide
Query:  WKQNCLGALDVRLY--------RPRYRTRKGEIATNVLGVVSPKGEFIFVMPEWE------------------------------------EGFLAPYRG
        W +NCLGALD            R RYRTRKGE+ATNVLGV   KG+F++V+  WE                                    +GFLAPYRG
Subjt:  WKQNCLGALDVRLY--------RPRYRTRKGEIATNVLGVVSPKGEFIFVMPEWE------------------------------------EGFLAPYRG

Query:  ERYHLTEWRGGGNAPTTPREFFNMKYFSARNVIERAFGALRGQWAILRRKSYYPTRTQCRIITACCLLHNLITWEM---GLDVGLDEGDVGRSEPVPLDG
        +RYHL EWRG  NAP+T +EFFNMK+ S RN+IERAF  L+G+WAILR KSYYP + QCR I  CCLLHNLI  EM    ++  +DE D   S       
Subjt:  ERYHLTEWRGGGNAPTTPREFFNMKYFSARNVIERAFGALRGQWAILRRKSYYPTRTQCRIITACCLLHNLITWEM---GLDVGLDEGDVGRSEPVPLDG

Query:  ENITFIQSSTEWTQKRDDLANKMFN
        ++I +I++S EWTQ RDDL+ +MFN
Subjt:  ENITFIQSSTEWTQKRDDLANKMFN

A0A5D3BUL1 Retrotransposon protein2.4e-5045.59Show/hide
Query:  GGNGSRYGYYMLVHIVKILQRL-------SDMCN-AMWK--QNCLGALDVRLY--------RPRYRTRKGEIATNVLGVVSPKGEFIFVMPEWE------
        G   SR+   +L+ ++++ + L       +  CN   WK  +NCLGALD            RP +RTRKGEIATNVLGV   KG+F++V+  WE      
Subjt:  GGNGSRYGYYMLVHIVKILQRL-------SDMCN-AMWK--QNCLGALDVRLY--------RPRYRTRKGEIATNVLGVVSPKGEFIFVMPEWE------

Query:  ------------------------------EGFLAPYRGERYHLTEWRGGGNAPTTPREFFNMKYFSARNVIERAFGALRGQWAILRRKSYYPTRTQCRI
                                      EGFLAPYRG+RYHL EWRG  NAPT  +E+FNMKY SARNVIERAFG L+G+WAILR KSYYP + QCR 
Subjt:  ------------------------------EGFLAPYRGERYHLTEWRGGGNAPTTPREFFNMKYFSARNVIERAFGALRGQWAILRRKSYYPTRTQCRI

Query:  ITACCLLHNLITWEMGLDVGLDEGDVGRSEPVPLDG-ENITFIQSSTEWTQKRDDLANKMF
        I AC LLHNLI  EM     +D+ D G S        E+I +I+++ EW+Q RDDLA  MF
Subjt:  ITACCLLHNLITWEMGLDVGLDEGDVGRSEPVPLDG-ENITFIQSSTEWTQKRDDLANKMF

A0A5D3DG22 Retrotransposon protein7.1e-5053Show/hide
Query:  RPRYRTRKGEIATNVLGVVSPKGEFIFVMPEWE------------------------------------EGFLAPYRGERYHLTEWRGGGNAPTTPREFF
        RPRYRTRKGE+ATNVLG    KG+F+FV+  WE                                    EGFLAPYRGERYHL+EWRG  NAPTT REFF
Subjt:  RPRYRTRKGEIATNVLGVVSPKGEFIFVMPEWE------------------------------------EGFLAPYRGERYHLTEWRGGGNAPTTPREFF

Query:  NMKYFSARNVIERAFGALRGQWAILRRKSYYPTRTQCRIITACCLLHNLITWEMGLDVGLDEGDVGRSEPVPLDGENITFIQSSTEWTQKRDDLANKMFN
        NMK+ S+RNVIERAFG L+G WAILR KSYYP   QCR I ACCLLHNLI  EM     +D+ D G S      G+ I +I++S EW++ RD LA+ MF+
Subjt:  NMKYFSARNVIERAFGALRGQWAILRRKSYYPTRTQCRIITACCLLHNLITWEMGLDVGLDEGDVGRSEPVPLDGENITFIQSSTEWTQKRDDLANKMFN

SwissProt top hitse value%identityAlignment
No hits found
Arabidopsis top hitse value%identityAlignment
AT3G55350.1 PIF / Ping-Pong family of plant transposases1.2e-0433.87Show/hide
Query:  GNAPTTPREFFNMKYFSARNVIERAFGALRGQWAILRRKSYYPTRTQC-RIITACCLLHNLI
        G   + P+  FN ++  A    + A   L+ +W I+    + P R +  RII  CCLLHN+I
Subjt:  GNAPTTPREFFNMKYFSARNVIERAFGALRGQWAILRRKSYYPTRTQC-RIITACCLLHNLI

AT4G10890.1 unknown protein5.6e-0743.64Show/hide
Query:  GFLAPYRGERYHLTEWRGGGNAPTTPREFFNMKYFSARNVIERAFGALRGQWAIL
        G+L P+R   YHL ++ G G  P T +E FN K+   R+VI+R FG  + +W IL
Subjt:  GFLAPYRGERYHLTEWRGGGNAPTTPREFFNMKYFSARNVIERAFGALRGQWAIL

AT5G12010.1 unknown protein8.1e-0625.93Show/hide
Query:  RTRKGEIATNVLGVVSPKGEFIFVMPEWE---------EGFLAPYRGERYHLTE--WRGGGNAP---------------TTPREFFNMKYFSARNVIERA
        R +K   +  +  VV+PKG F  +   W          E  L   R     L +  W  GG                  T  +  FN K    + V + A
Subjt:  RTRKGEIATNVLGVVSPKGEFIFVMPEWE---------EGFLAPYRGERYHLTE--WRGGGNAP---------------TTPREFFNMKYFSARNVIERA

Query:  FGALRGQWAILRRKSYYPTRTQCRIITACCLLHNL
        FG L+G+WA L++++    +    ++ ACC+LHN+
Subjt:  FGALRGQWAILRRKSYYPTRTQCRIITACCLLHNL

AT5G35695.1 CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Putative harbinger transposase-derived nuclease (InterPro:IPR006912)1.1e-1540.95Show/hide
Query:  FLAPYRGERYHLTEWRGGGNAPTTPREFFNMKYFSARNVIERAFGALRGQWAILRRKSYYPTRTQCRIITACCLLHNLITWEMGLD-------VGLDEGD
        FLAP+RG RYHL E+ G    P TP E FN+++ S RNVIER FG  + ++AI +    +  + Q  ++  C  LHN +  E   D       VG +EGD
Subjt:  FLAPYRGERYHLTEWRGGGNAPTTPREFFNMKYFSARNVIERAFGALRGQWAILRRKSYYPTRTQCRIITACCLLHNLITWEMGLD-------VGLDEGD

Query:  VGRSE
        V  +E
Subjt:  VGRSE

AT5G41980.1 CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Putative harbinger transposase-derived nuclease (InterPro:IPR006912)3.5e-0925Show/hide
Query:  PKGEFIFVMPEWEE--GFLAPYRGERYHLTEWRGGGNAPTTPREFFNMKYFSARNVIERAFGALRGQWAILRRKSYYPTRTQCRIITACCLLHNLITWEM
        P+G++  V  ++    GF+APY G            N+    +E FN ++      I R FGAL+ ++ IL     YP +TQ +++ A C LHN +  E 
Subjt:  PKGEFIFVMPEWEE--GFLAPYRGERYHLTEWRGGGNAPTTPREFFNMKYFSARNVIERAFGALRGQWAILRRKSYYPTRTQCRIITACCLLHNLITWEM

Query:  GLDVGL------DEGDVGRSEPVPLDGENITFI--------QSSTEWTQKRDDLANKMFN
          D+           + G    V L+ E +  +        +   +  + RD++A++++N
Subjt:  GLDVGL------DEGDVGRSEPVPLDGENITFI--------QSSTEWTQKRDDLANKMFN


Sequences Show/hide sequences
CDS sequenceShow/hide CDS sequence
ATGACATTCTACTTAAGAAACCGGAACCGATCACGGCTTCTTGCCAAGATGGGAGGTGGAAATGGTTCGAGGTATGGATACTATATGTTAGTACACATCGTGAAG
ATCTTACAACGTCTTTCTGACATGTGTAATGCGATGTGGAAACAGAATTGTTTAGGTGCATTGGACGTGCGGTTGTATCGACCAAGGTATAGGACGCGTAAGGGT
GAGATTGCAACAAATGTATTGGGCGTTGTCTCGCCGAAAGGTGAATTCATTTTTGTTATGCCGGAATGGGAAGAGGGTTTCTTGGCACCTTACAGAGGAGAGCGG
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GGTGCTCTGAGAGGACAGTGGGCGATACTTCGGAGGAAGTCCTACTACCCTACTCGGACCCAGTGTCGAATCATAACAGCATGCTGTTTACTCCACAACCTTATC
ACCTGGGAGATGGGTCTGGATGTCGGGTTGGATGAAGGTGATGTTGGTCGATCCGAACCCGTACCACTCGATGGCGAGAACATTACCTTCATTCAAAGCTCCACT
GAATGGACTCAGAAGCGAGATGACCTAGCGAACAAGATGTTCAACGCGTGA
mRNA sequenceShow/hide mRNA sequence
ATGACATTCTACTTAAGAAACCGGAACCGATCACGGCTTCTTGCCAAGATGGGAGGTGGAAATGGTTCGAGGTATGGATACTATATGTTAGTACACATCGTGAAG
ATCTTACAACGTCTTTCTGACATGTGTAATGCGATGTGGAAACAGAATTGTTTAGGTGCATTGGACGTGCGGTTGTATCGACCAAGGTATAGGACGCGTAAGGGT
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GAATGGACTCAGAAGCGAGATGACCTAGCGAACAAGATGTTCAACGCGTGA
Protein sequenceShow/hide protein sequence
MTFYLRNRNRSRLLAKMGGGNGSRYGYYMLVHIVKILQRLSDMCNAMWKQNCLGALDVRLYRPRYRTRKGEIATNVLGVVSPKGEFIFVMPEWEEGFLAPYRGER
YHLTEWRGGGNAPTTPREFFNMKYFSARNVIERAFGALRGQWAILRRKSYYPTRTQCRIITACCLLHNLITWEMGLDVGLDEGDVGRSEPVPLDGENITFIQSST
EWTQKRDDLANKMFNA