; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; CuGenDBv2

Lcy06g016870 (gene) of Sponge gourd (P93075) v1 genome

Gene IDLcy06g016870
OrganismLuffa cylindrica cv. P93075 (Sponge gourd (P93075) v1)
DescriptionRetrotransposon protein
Genome locationChr06:38741759..38742534
RNA-Seq ExpressionLcy06g016870
SyntenyLcy06g016870
Gene Ontology termsGO:0046872 - metal ion binding (molecular function)
InterPro domainsIPR027806 - Harbinger transposase-derived nuclease domain


Homology Show/hide homology
GenBank top hitse value%identityAlignment
KAA0047892.1 retrotransposon protein [Cucumis melo var. makuwa]1.1e-8466.38Show/hide
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KAA0056561.1 retrotransposon protein [Cucumis melo var. makuwa]1.9e-8466.38Show/hide
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KAA0064021.1 retrotransposon protein [Cucumis melo var. makuwa]1.9e-8466.38Show/hide
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KAA0065306.1 retrotransposon protein [Cucumis melo var. makuwa]8.5e-8566.96Show/hide
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XP_008455792.1 PREDICTED: putative nuclease HARBI1 [Cucumis melo]1.0e-8570.09Show/hide
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        ERYHL+EWRG  NAPTT REFFNMKHSSARNVIERAF  L+GRW ILRGKSYYPV  QCR I ACCLLHNLI REM             SE I      I
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         +I++S EW++ RD LA+ MF+ W
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TrEMBL top hitse value%identityAlignment
A0A1S3C1U8 putative nuclease HARBI14.8e-8670.09Show/hide
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A0A5A7TWL4 Retrotransposon protein5.4e-8566.38Show/hide
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A0A5A7UST8 Retrotransposon protein9.1e-8566.38Show/hide
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             E+I +I+++ EW+Q RDDLA  MF  W
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A0A5A7VE61 Retrotransposon protein9.1e-8566.38Show/hide
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             E+I +I+++ EW+Q RDDLA  MF  W
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A0A5A7VG45 Retrotransposon protein4.1e-8566.96Show/hide
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SwissProt top hitse value%identityAlignment
B0BN95 Putative nuclease HARBI14.2e-1029.44Show/hide
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        +GA+D  ++ +    A    Y  RKG  + N L V   +G  + V   W GS  D  +L + ++S      + K  + L D  +      L P       
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                + P TP E+ +N  HS+  +VIE+   TL  R+  L   +G   Y       II ACC+LHN I+ E G+DV
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Q17QR8 Putative nuclease HARBI12.9e-1130.56Show/hide
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        +G +D  ++ +    A    Y  RKG  + N L V   +G  + V   W GS  D  +L + ++S      + K  + L D  +     FL  +     H
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        +         P TP E+ +NM HS+  +VIE+ F TL  R+  L   +G   Y       II ACC+LHN I+ E G+DV
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Q8BR93 Putative nuclease HARBI12.3e-0828.33Show/hide
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        +G  D  ++ +    A    Y  RKG  + N L V   +G  + V   W GS  D  +L R +++      + K  + L D  +      L P       
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Q96MB7 Putative nuclease HARBI19.9e-1230.56Show/hide
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        +G +D  ++ +    A    Y  RKG  + N L V   +G  + V   W GS  D  +L + ++S      + K  + L D  +     FL  +     H
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Query:  LTEWRGGGNAPTTPREF-FNMKHSSARNVIERAFDTLRGRWVIL---RGKSYYPVRTQCRIITACCLLHNLITREMGLDV
        +         P TP E+ +NM HS+  +VIE+ F TL  R+  L   +G   Y       II ACC+LHN I+ E G+DV
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Q9M2U3 Protein ALP1-like2.0e-1229.69Show/hide
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        NC GA+D T+I +++ A          GE   +  +  VV     F+ V+  W GS  D     D + + +G   +V KG                  Y 
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Query:  LCDVGYPNAEGFLAPYRGERYHLTEWRGGGNAPTT-PREFFNMKHSSARNVIERAFDTLRGRWVILRGKSYYPVRTQC-RIITACCLLHNLI
        + D G+P     L PY+G+             PT+ P+  FN +HS A    + A   L+ RW I+ G  + P R +  RII  CCLLHN+I
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Arabidopsis top hitse value%identityAlignment
AT1G43722.1 unknown protein2.0e-1534.06Show/hide
Query:  LGALDGTYIKVHVSAANRPRYRTRKGEITTNVLGVVSSKGEFIFVMPRWEGSAADSRLLRDAISRPNGL-IVLKGYYYLCDVGYPNAEGFLAPYRGE---
        +GA+DGT++ V V    +  Y  R    + N++ +   K  F ++     GS  D+ +L+ A    +   +     YYL D GYPN +G LAPYR     
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Query:  --RYHLTEWRGGGNAPTTPREFFNMKHSSARNVIERAF
          RYH++++  G   P    E FN  H+S R+VIER F
Subjt:  --RYHLTEWRGGGNAPTTPREFFNMKHSSARNVIERAF

AT3G55350.1 PIF / Ping-Pong family of plant transposases1.4e-1329.69Show/hide
Query:  NCLGALDGTYIKVHVSAANRPRYRTRKGE--ITTNVLGVVSSKGEFIFVMPRWEGSAADSRLLRDAISRPNGL--IVLKG-----------------YYY
        NC GA+D T+I +++ A          GE   +  +  VV     F+ V+  W GS  D     D + + +G   +V KG                  Y 
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Query:  LCDVGYPNAEGFLAPYRGERYHLTEWRGGGNAPTT-PREFFNMKHSSARNVIERAFDTLRGRWVILRGKSYYPVRTQC-RIITACCLLHNLI
        + D G+P     L PY+G+             PT+ P+  FN +HS A    + A   L+ RW I+ G  + P R +  RII  CCLLHN+I
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AT5G28950.1 unknown protein2.1e-1244.12Show/hide
Query:  QNCLGALDGTYIKVHVSAANRPRYRTRKGEITTNVLGVVSSKGEFIFVMPRWEGSAADSRLLRDAISR
        ++C+GA+D T+I   VS    P +R RKG+I+ N+L   +   EF++V+  WEGSA DS++L DA++R
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AT5G35695.1 CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Putative harbinger transposase-derived nuclease (InterPro:IPR006912)1.9e-2640.13Show/hide
Query:  FIFVMPRWEGSAADSRLLRDAISRPNGLIVLKGYYYLCDVGYPNAEGFLAPYRGERYHLTEWRGGGNAPTTPREFFNMKHSSARNVIERAFDTLRGRWVI
        FI+V+  WEGSA DSR+L DA+ +          +YL D G+ N   FLAP+RG RYHL E+ G    P TP E FN++H S RNVIER F   + R+ I
Subjt:  FIFVMPRWEGSAADSRLLRDAISRPNGLIVLKGYYYLCDVGYPNAEGFLAPYRGERYHLTEWRGGGNAPTTPREFFNMKHSSARNVIERAFDTLRGRWVI

Query:  LRGKSYYPVRTQCRIITACCLLHNLITREMGLD-------VGLDEGDIGRSE
         +    +  + Q  ++  C  LHN + +E   D       VG +EGD+  +E
Subjt:  LRGKSYYPVRTQCRIITACCLLHNLITREMGLD-------VGLDEGDIGRSE

AT5G41980.1 CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Putative harbinger transposase-derived nuclease (InterPro:IPR006912)1.2e-2829.71Show/hide
Query:  QNCLGALDGTYIKVHVSAANRPRYRTRKGEITTNVLGVVSSKGEFIFVMPRWEGSAADSRLLRDAISRPNGLIVLKGYYYLCDVGYPNAEGFLAPYRGER
        ++C+G +D  +I V V    +  +R   G +T NVL   S    F +V+  WEGSA+D ++L  A++R N L V +G YY+ D  YPN  GF+APY G  
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Query:  YHLTEWRGGGNAPTTPREFFNMKHSSARNVIERAFDTLRGRWVILRGKSYYPVRTQCRIITACCLLHNLITREMGLDVGL------DEGDIGRSEPIPLD
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         E +  +        +   +  + RD++A+ ++N + Q+
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Sequences Show/hide sequences
CDS sequenceShow/hide CDS sequence
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Protein sequenceShow/hide protein sequence
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