; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; CuGenDBv2

Lcy08g003530 (gene) of Sponge gourd (P93075) v1 genome

Gene IDLcy08g003530
OrganismLuffa cylindrica cv. P93075 (Sponge gourd (P93075) v1)
DescriptionRING-type domain-containing protein
Genome locationChr08:4739182..4741284
RNA-Seq ExpressionLcy08g003530
SyntenyLcy08g003530
Gene Ontology termsGO:0016021 - integral component of membrane (cellular component)
InterPro domainsIPR001841 - Zinc finger, RING-type
IPR013083 - Zinc finger, RING/FYVE/PHD-type
IPR044249 - Probable E3 ubiquitin-protein ligase XERICO-like


Homology Show/hide homology
GenBank top hitse value%identityAlignment
KAG6572211.1 putative E3 ubiquitin-protein ligase XERICO, partial [Cucurbita argyrosperma subsp. sororia]1.8e-7590.26Show/hide
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XP_022952716.1 probable E3 ubiquitin-protein ligase XERICO [Cucurbita moschata]9.0e-7588.96Show/hide
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XP_022969282.1 probable E3 ubiquitin-protein ligase XERICO [Cucurbita maxima]2.4e-7590.26Show/hide
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XP_023554631.1 probable E3 ubiquitin-protein ligase XERICO [Cucurbita pepo subsp. pepo]4.0e-7589.61Show/hide
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XP_038887530.1 probable E3 ubiquitin-protein ligase XERICO isoform X1 [Benincasa hispida]3.8e-7388.31Show/hide
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TrEMBL top hitse value%identityAlignment
A0A1S3CGH9 probable E3 ubiquitin-protein ligase XERICO isoform X11.7e-7186.36Show/hide
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A0A1S4E4A9 probable E3 ubiquitin-protein ligase XERICO isoform X31.7e-7186.36Show/hide
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A0A5A7UYD7 Putative E3 ubiquitin-protein ligase XERICO isoform X23.2e-7086.27Show/hide
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A0A6J1GLE2 probable E3 ubiquitin-protein ligase XERICO4.3e-7588.96Show/hide
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A0A6J1HVX6 probable E3 ubiquitin-protein ligase XERICO1.1e-7590.26Show/hide
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SwissProt top hitse value%identityAlignment
Q8LDB8 E3 ubiquitin-protein ligase At1g631702.3e-0950Show/hide
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Q9SI09 Probable E3 ubiquitin-protein ligase XERICO1.8e-3858Show/hide
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        +++CSVCL++F+ +SEIN L CGHLFH  CLEKW+DYWNITCPLCRTPL+
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Q9XF92 Brassinosteroid-responsive RING protein 11.7e-1242.5Show/hide
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        + R     I+F+E+  S E    +C+VCL +FE E EI  L +C H+FH  CL++W+D+   TCPLCRTP + +E +  F
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Q9ZT50 E3 ubiquitin-protein ligase RHA2A1.6e-1049.02Show/hide
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        DC VCL++ +   E+  L C H+FH +CLE WL  +N TCPLCR+ L+S++
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Q9ZU51 E3 ubiquitin-protein ligase RHA2B1.2e-1036.49Show/hide
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        S + +  ++ +  R    + S++   DC VCL++ +   E+  L C H+FH +CLE WL + N  CPLCR+PL+
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Arabidopsis top hitse value%identityAlignment
AT1G67856.1 RING/U-box superfamily protein2.2e-1537.33Show/hide
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        MG+S  P  SEGV+  L++NT +S+S+ K +VR ++++V            SS++ E  ++  D +   S       R R S   F+   E +GS  E  
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          DC VCL  F+ E E++ L SC H FHS CL+KW    + TCPLCR+ L
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AT2G01150.1 RING-H2 finger protein 2B8.8e-1236.49Show/hide
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        S + +  ++ +  R    + S++   DC VCL++ +   E+  L C H+FH +CLE WL + N  CPLCR+PL+
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AT2G04240.1 RING/U-box superfamily protein1.3e-3958Show/hide
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AT2G04240.2 RING/U-box superfamily protein1.3e-3958Show/hide
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        +++CSVCL++F+ +SEIN L CGHLFH  CLEKW+DYWNITCPLCRTPL+
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AT3G61460.1 brassinosteroid-responsive RING-H21.2e-1342.5Show/hide
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        + R     I+F+E+  S E    +C+VCL +FE E EI  L +C H+FH  CL++W+D+   TCPLCRTP + +E +  F
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Sequences Show/hide sequences
CDS sequenceShow/hide CDS sequence
ATGGGCCTCTCCAGTCTCCCAGCTCCATCTGAAGGAGTCCTTAACGCGCTTCTTGTAAACACCGCACTATCCATTTCCATGTTCAAATGCATTGTTCGTTTGATTCTTCA
CATTGTAGGAATTCGTCTCTCATCGCCATCATCCTTGGTCCCATCATCAGATTCCTTGGAAAATTCCTCAGAGTTGGGAGATTCCAATTTTGGTTCCTCTTGGAGTTATA
TTGAGATGTTTCGGAACCGATGTTCTACGATCAGGTTTGATGAAGTACAGGGATCCGAACATCGTGAACATGACTGCTCAGTCTGCTTAACTCAGTTTGAACCTGAGTCG
GAGATAAATCACTTATCTTGTGGCCATCTTTTTCACTCAGAATGCTTGGAGAAGTGGCTGGATTACTGGAACATTACATGTCCTCTTTGCAGAACTCCTCTAATGTCCGA
AGAAGAGAAGTCGTGCTTTTGGTGA
mRNA sequenceShow/hide mRNA sequence
CTGATATCTTCACCAATCTTTCTCAACAATTTCACCATTTCTCTTCAGAATTTTGTTCTTTTCGATCCGATTCTCTCTGTTTCTCTTCGTTCTCGAAGATTGAAGCCTTT
GAAGTCTGATGTGAAGAAAGGCTAGCTTTGCGACCTCTGCTGTGTATTTCCAATCAGTCTGCTAGCTTTTTGCTGCCTGTACCGATTGAGTCTGAGAAGTTTGGTTCGAC
CACGATGGGCCTCTCCAGTCTCCCAGCTCCATCTGAAGGAGTCCTTAACGCGCTTCTTGTAAACACCGCACTATCCATTTCCATGTTCAAATGCATTGTTCGTTTGATTC
TTCACATTGTAGGAATTCGTCTCTCATCGCCATCATCCTTGGTCCCATCATCAGATTCCTTGGAAAATTCCTCAGAGTTGGGAGATTCCAATTTTGGTTCCTCTTGGAGT
TATATTGAGATGTTTCGGAACCGATGTTCTACGATCAGGTTTGATGAAGTACAGGGATCCGAACATCGTGAACATGACTGCTCAGTCTGCTTAACTCAGTTTGAACCTGA
GTCGGAGATAAATCACTTATCTTGTGGCCATCTTTTTCACTCAGAATGCTTGGAGAAGTGGCTGGATTACTGGAACATTACATGTCCTCTTTGCAGAACTCCTCTAATGT
CCGAAGAAGAGAAGTCGTGCTTTTGGTGAGCGTTTAGTGTGCTAGAACCTCATGTACAGCATACTCTTAAATATAATCGTGAGCGTGTTTCTACCTTCTTCGTGTATGAC
ATTTCGAGTTTGATGTGTCTGACTGGTCTCAGAGACCAAAGTTTTGTCACTGTATGTAATGTTTATGAAGTTCTATGCTTCTGGCTTGTGCCTTTAGCTTTGAGTTAATG
CACTGTTACTTCACTTTCTTTGTATATGGAATTGACTGAGTATGCAGAGAGTTTTTCTTCTGTTTGTTTGATATTGGGAGTGACAGTATGTACAGCAATTTCTTAGAATT
ACAGTTTGAAGCGATGTTAGGGATTGTTCAGATCTTGGTGGGTAACTCTAATATCTTACAAGTTTTTTTGGTGTGAAATACTGATTGTCTATGGAGCACAATATTGCTCA
AAAATCAACGAACTTCACAGGAAAAAAAAAATCGGTTCAAAGTGGTTCCATCAAAATCGACCAGCTACATCCTCGAGCTTGGCCTATCATCCATCCTTCTCTCTCCATTT
TTGACCACCATTAGAAATTCACCATGATTCTGATCATATGCTTTTATACCAATTGGATAGAAACCAGATTGAAATCTAAAATGAAGACACTATTTTGTTGAAAAGCAACT
ACAACCAGCAAGTCTTTCTTCCTCTGTAACTTCCTAGTACCAGCATGTCTTTCTTCCTTAATTCTTTCATGTAAAGTAATGTAATTCAGCAGTCATCAATAAAATGTTCA
CATA
Protein sequenceShow/hide protein sequence
MGLSSLPAPSEGVLNALLVNTALSISMFKCIVRLILHIVGIRLSSPSSLVPSSDSLENSSELGDSNFGSSWSYIEMFRNRCSTIRFDEVQGSEHREHDCSVCLTQFEPES
EINHLSCGHLFHSECLEKWLDYWNITCPLCRTPLMSEEEKSCFW