; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; CuGenDBv2

Lcy08g008580 (gene) of Sponge gourd (P93075) v1 genome

Gene IDLcy08g008580
OrganismLuffa cylindrica cv. P93075 (Sponge gourd (P93075) v1)
Descriptionsyndetin isoform X2
Genome locationChr08:16334843..16337581
RNA-Seq ExpressionLcy08g008580
SyntenyLcy08g008580
Gene Ontology termsGO:0032456 - endocytic recycling (biological process)
GO:0042147 - retrograde transport, endosome to Golgi (biological process)
GO:0005829 - cytosol (cellular component)
GO:1990745 - EARP complex (cellular component)
InterPro domainsIPR040047 - Syndetin


Homology Show/hide homology
GenBank top hitse value%identityAlignment
XP_008462106.1 PREDICTED: syndetin [Cucumis melo]1.8e-6883.02Show/hide
Query:  SIEHTPNMKQREDNYNLNLGETEESMTNVSSIGTTGIMNSVYMDGGDPNRESRADSSTTSTSGSPWYHLRKDAISFISQTLQRGRKNLWQLTTSRVSVLL
        SIE TP+MK +EDNY++ LG++EES  +VSS+G+TGI +S+YMD GD  RESR DSS  STSGSPWYHLRKDAI F+SQTLQRGRKNLWQLTTSRVSVLL
Subjt:  SIEHTPNMKQREDNYNLNLGETEESMTNVSSIGTTGIMNSVYMDGGDPNRESRADSSTTSTSGSPWYHLRKDAISFISQTLQRGRKNLWQLTTSRVSVLL

Query:  SSAAVCSTSIHQFLKNYEDLNVFLLAGEAFCGVEAVEFRQKLKVVCENYYVAFHKQSMH
        SSAAVCSTSIHQFLKNYEDLNVF+LAGEAFCGVEAVEFRQKLK+VCENYYVAFHKQSMH
Subjt:  SSAAVCSTSIHQFLKNYEDLNVFLLAGEAFCGVEAVEFRQKLKVVCENYYVAFHKQSMH

XP_022152900.1 syndetin isoform X1 [Momordica charantia]1.0e-7188.54Show/hide
Query:  EHTPNMKQREDNYNLNLGETEESMTNVSSIGTTGIMNSVYMDGGDPNRESRADSSTTSTSGSPWYHLRKDAISFISQTLQRGRKNLWQLTTSRVSVLLSS
        + TPNMKQ++D+Y LNLG+TEE  TNVSS+GTTGIMNSVYMD  DP+RESR DSST STSGSPWYHLRKDAISF+SQTLQRGRKNLWQLTTSRVSVLLSS
Subjt:  EHTPNMKQREDNYNLNLGETEESMTNVSSIGTTGIMNSVYMDGGDPNRESRADSSTTSTSGSPWYHLRKDAISFISQTLQRGRKNLWQLTTSRVSVLLSS

Query:  AAVCSTSIHQFLKNYEDLNVFLLAGEAFCGVEAVEFRQKLKVVCENYYVAFHKQSMH
        AAVCSTSIHQFLKNYEDLNVF+LAGEAFCGVEAVEFRQKLK VCENYYVAFHKQSMH
Subjt:  AAVCSTSIHQFLKNYEDLNVFLLAGEAFCGVEAVEFRQKLKVVCENYYVAFHKQSMH

XP_022152901.1 syndetin isoform X2 [Momordica charantia]1.0e-7188.54Show/hide
Query:  EHTPNMKQREDNYNLNLGETEESMTNVSSIGTTGIMNSVYMDGGDPNRESRADSSTTSTSGSPWYHLRKDAISFISQTLQRGRKNLWQLTTSRVSVLLSS
        + TPNMKQ++D+Y LNLG+TEE  TNVSS+GTTGIMNSVYMD  DP+RESR DSST STSGSPWYHLRKDAISF+SQTLQRGRKNLWQLTTSRVSVLLSS
Subjt:  EHTPNMKQREDNYNLNLGETEESMTNVSSIGTTGIMNSVYMDGGDPNRESRADSSTTSTSGSPWYHLRKDAISFISQTLQRGRKNLWQLTTSRVSVLLSS

Query:  AAVCSTSIHQFLKNYEDLNVFLLAGEAFCGVEAVEFRQKLKVVCENYYVAFHKQSMH
        AAVCSTSIHQFLKNYEDLNVF+LAGEAFCGVEAVEFRQKLK VCENYYVAFHKQSMH
Subjt:  AAVCSTSIHQFLKNYEDLNVFLLAGEAFCGVEAVEFRQKLKVVCENYYVAFHKQSMH

XP_038895533.1 syndetin isoform X1 [Benincasa hispida]6.5e-7186.79Show/hide
Query:  SIEHTPNMKQREDNYNLNLGETEESMTNVSSIGTTGIMNSVYMDGGDPNRESRADSSTTSTSGSPWYHLRKDAISFISQTLQRGRKNLWQLTTSRVSVLL
        SIE T +MKQ EDN+++NLG+TEE   NVSS+G+TGI NSVYMDGGD NRESR DSST STSGSPWYHLRKDAI F+SQTLQRGRKNLWQLTTSRVSVLL
Subjt:  SIEHTPNMKQREDNYNLNLGETEESMTNVSSIGTTGIMNSVYMDGGDPNRESRADSSTTSTSGSPWYHLRKDAISFISQTLQRGRKNLWQLTTSRVSVLL

Query:  SSAAVCSTSIHQFLKNYEDLNVFLLAGEAFCGVEAVEFRQKLKVVCENYYVAFHKQSMH
        SSAAVCSTSIHQFLKNYEDLNVF+LAGEAFCGVEAVEFRQKLK VCENYYVAFHKQSMH
Subjt:  SSAAVCSTSIHQFLKNYEDLNVFLLAGEAFCGVEAVEFRQKLKVVCENYYVAFHKQSMH

XP_038895534.1 syndetin isoform X2 [Benincasa hispida]6.5e-7186.79Show/hide
Query:  SIEHTPNMKQREDNYNLNLGETEESMTNVSSIGTTGIMNSVYMDGGDPNRESRADSSTTSTSGSPWYHLRKDAISFISQTLQRGRKNLWQLTTSRVSVLL
        SIE T +MKQ EDN+++NLG+TEE   NVSS+G+TGI NSVYMDGGD NRESR DSST STSGSPWYHLRKDAI F+SQTLQRGRKNLWQLTTSRVSVLL
Subjt:  SIEHTPNMKQREDNYNLNLGETEESMTNVSSIGTTGIMNSVYMDGGDPNRESRADSSTTSTSGSPWYHLRKDAISFISQTLQRGRKNLWQLTTSRVSVLL

Query:  SSAAVCSTSIHQFLKNYEDLNVFLLAGEAFCGVEAVEFRQKLKVVCENYYVAFHKQSMH
        SSAAVCSTSIHQFLKNYEDLNVF+LAGEAFCGVEAVEFRQKLK VCENYYVAFHKQSMH
Subjt:  SSAAVCSTSIHQFLKNYEDLNVFLLAGEAFCGVEAVEFRQKLKVVCENYYVAFHKQSMH

TrEMBL top hitse value%identityAlignment
A0A1S3CG39 syndetin8.5e-6983.02Show/hide
Query:  SIEHTPNMKQREDNYNLNLGETEESMTNVSSIGTTGIMNSVYMDGGDPNRESRADSSTTSTSGSPWYHLRKDAISFISQTLQRGRKNLWQLTTSRVSVLL
        SIE TP+MK +EDNY++ LG++EES  +VSS+G+TGI +S+YMD GD  RESR DSS  STSGSPWYHLRKDAI F+SQTLQRGRKNLWQLTTSRVSVLL
Subjt:  SIEHTPNMKQREDNYNLNLGETEESMTNVSSIGTTGIMNSVYMDGGDPNRESRADSSTTSTSGSPWYHLRKDAISFISQTLQRGRKNLWQLTTSRVSVLL

Query:  SSAAVCSTSIHQFLKNYEDLNVFLLAGEAFCGVEAVEFRQKLKVVCENYYVAFHKQSMH
        SSAAVCSTSIHQFLKNYEDLNVF+LAGEAFCGVEAVEFRQKLK+VCENYYVAFHKQSMH
Subjt:  SSAAVCSTSIHQFLKNYEDLNVFLLAGEAFCGVEAVEFRQKLKVVCENYYVAFHKQSMH

A0A5A7VC68 Syndetin8.5e-6983.02Show/hide
Query:  SIEHTPNMKQREDNYNLNLGETEESMTNVSSIGTTGIMNSVYMDGGDPNRESRADSSTTSTSGSPWYHLRKDAISFISQTLQRGRKNLWQLTTSRVSVLL
        SIE TP+MK +EDNY++ LG++EES  +VSS+G+TGI +S+YMD GD  RESR DSS  STSGSPWYHLRKDAI F+SQTLQRGRKNLWQLTTSRVSVLL
Subjt:  SIEHTPNMKQREDNYNLNLGETEESMTNVSSIGTTGIMNSVYMDGGDPNRESRADSSTTSTSGSPWYHLRKDAISFISQTLQRGRKNLWQLTTSRVSVLL

Query:  SSAAVCSTSIHQFLKNYEDLNVFLLAGEAFCGVEAVEFRQKLKVVCENYYVAFHKQSMH
        SSAAVCSTSIHQFLKNYEDLNVF+LAGEAFCGVEAVEFRQKLK+VCENYYVAFHKQSMH
Subjt:  SSAAVCSTSIHQFLKNYEDLNVFLLAGEAFCGVEAVEFRQKLKVVCENYYVAFHKQSMH

A0A5D3CVZ5 Syndetin8.5e-6983.02Show/hide
Query:  SIEHTPNMKQREDNYNLNLGETEESMTNVSSIGTTGIMNSVYMDGGDPNRESRADSSTTSTSGSPWYHLRKDAISFISQTLQRGRKNLWQLTTSRVSVLL
        SIE TP+MK +EDNY++ LG++EES  +VSS+G+TGI +S+YMD GD  RESR DSS  STSGSPWYHLRKDAI F+SQTLQRGRKNLWQLTTSRVSVLL
Subjt:  SIEHTPNMKQREDNYNLNLGETEESMTNVSSIGTTGIMNSVYMDGGDPNRESRADSSTTSTSGSPWYHLRKDAISFISQTLQRGRKNLWQLTTSRVSVLL

Query:  SSAAVCSTSIHQFLKNYEDLNVFLLAGEAFCGVEAVEFRQKLKVVCENYYVAFHKQSMH
        SSAAVCSTSIHQFLKNYEDLNVF+LAGEAFCGVEAVEFRQKLK+VCENYYVAFHKQSMH
Subjt:  SSAAVCSTSIHQFLKNYEDLNVFLLAGEAFCGVEAVEFRQKLKVVCENYYVAFHKQSMH

A0A6J1DF95 syndetin isoform X14.8e-7288.54Show/hide
Query:  EHTPNMKQREDNYNLNLGETEESMTNVSSIGTTGIMNSVYMDGGDPNRESRADSSTTSTSGSPWYHLRKDAISFISQTLQRGRKNLWQLTTSRVSVLLSS
        + TPNMKQ++D+Y LNLG+TEE  TNVSS+GTTGIMNSVYMD  DP+RESR DSST STSGSPWYHLRKDAISF+SQTLQRGRKNLWQLTTSRVSVLLSS
Subjt:  EHTPNMKQREDNYNLNLGETEESMTNVSSIGTTGIMNSVYMDGGDPNRESRADSSTTSTSGSPWYHLRKDAISFISQTLQRGRKNLWQLTTSRVSVLLSS

Query:  AAVCSTSIHQFLKNYEDLNVFLLAGEAFCGVEAVEFRQKLKVVCENYYVAFHKQSMH
        AAVCSTSIHQFLKNYEDLNVF+LAGEAFCGVEAVEFRQKLK VCENYYVAFHKQSMH
Subjt:  AAVCSTSIHQFLKNYEDLNVFLLAGEAFCGVEAVEFRQKLKVVCENYYVAFHKQSMH

A0A6J1DJ46 syndetin isoform X24.8e-7288.54Show/hide
Query:  EHTPNMKQREDNYNLNLGETEESMTNVSSIGTTGIMNSVYMDGGDPNRESRADSSTTSTSGSPWYHLRKDAISFISQTLQRGRKNLWQLTTSRVSVLLSS
        + TPNMKQ++D+Y LNLG+TEE  TNVSS+GTTGIMNSVYMD  DP+RESR DSST STSGSPWYHLRKDAISF+SQTLQRGRKNLWQLTTSRVSVLLSS
Subjt:  EHTPNMKQREDNYNLNLGETEESMTNVSSIGTTGIMNSVYMDGGDPNRESRADSSTTSTSGSPWYHLRKDAISFISQTLQRGRKNLWQLTTSRVSVLLSS

Query:  AAVCSTSIHQFLKNYEDLNVFLLAGEAFCGVEAVEFRQKLKVVCENYYVAFHKQSMH
        AAVCSTSIHQFLKNYEDLNVF+LAGEAFCGVEAVEFRQKLK VCENYYVAFHKQSMH
Subjt:  AAVCSTSIHQFLKNYEDLNVFLLAGEAFCGVEAVEFRQKLKVVCENYYVAFHKQSMH

SwissProt top hitse value%identityAlignment
No hits found
Arabidopsis top hitse value%identityAlignment
AT2G27900.1 CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Protein of unknown function DUF2451, C-terminal (InterPro:IPR019514), Vacuolar protein sorting-associated protein 54 (InterPro:IPR019515); Has 316 Blast hits to 252 proteins in 92 species: Archae - 0; Bacteria - 2; Metazoa - 200; Fungi - 2; Plants - 68; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 44 (source: NCBI BLink).8.8e-4264.8Show/hide
Query:  TGIMNSVYMDGGDPNRESRADSSTTSTSGSPWYHLRKDAISFISQTLQRGRKNLWQLTTSRVSVLLSSAAVCSTSIHQFLKNYEDLNVFLLAGEAFCGVE
        +G  +SV +       ESR      S+S SPWY+LRK++ +F+S+TLQRGR+NLWQLTTSRVSVLLSS    STSIHQFLKNYEDL++F+LAGEAFCG E
Subjt:  TGIMNSVYMDGGDPNRESRADSSTTSTSGSPWYHLRKDAISFISQTLQRGRKNLWQLTTSRVSVLLSSAAVCSTSIHQFLKNYEDLNVFLLAGEAFCGVE

Query:  AVEFRQKLKVVCENYYVAFHKQSMH
         V+FR+KLK VCENY+ AFH+QSMH
Subjt:  AVEFRQKLKVVCENYYVAFHKQSMH

AT2G27900.2 CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Protein of unknown function DUF2451, C-terminal (InterPro:IPR019514), Vacuolar protein sorting-associated protein 54 (InterPro:IPR019515); Has 35333 Blast hits to 34131 proteins in 2444 species: Archae - 798; Bacteria - 22429; Metazoa - 974; Fungi - 991; Plants - 531; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 9610 (source: NCBI BLink).8.8e-4264.8Show/hide
Query:  TGIMNSVYMDGGDPNRESRADSSTTSTSGSPWYHLRKDAISFISQTLQRGRKNLWQLTTSRVSVLLSSAAVCSTSIHQFLKNYEDLNVFLLAGEAFCGVE
        +G  +SV +       ESR      S+S SPWY+LRK++ +F+S+TLQRGR+NLWQLTTSRVSVLLSS    STSIHQFLKNYEDL++F+LAGEAFCG E
Subjt:  TGIMNSVYMDGGDPNRESRADSSTTSTSGSPWYHLRKDAISFISQTLQRGRKNLWQLTTSRVSVLLSSAAVCSTSIHQFLKNYEDLNVFLLAGEAFCGVE

Query:  AVEFRQKLKVVCENYYVAFHKQSMH
         V+FR+KLK VCENY+ AFH+QSMH
Subjt:  AVEFRQKLKVVCENYYVAFHKQSMH


Sequences Show/hide sequences
CDS sequenceShow/hide CDS sequence
ATGTTTTTGATTCAGGGTTCAATTGAACATACTCCTAACATGAAGCAACGAGAAGATAATTATAATCTTAATTTAGGAGAGACAGAGGAGTCAATGACCAATGTC
TCTTCTATCGGGACTACAGGAATTATGAATTCTGTTTACATGGATGGAGGTGATCCCAATAGGGAGTCCCGGGCAGATAGCAGTACAACATCAACCAGTGGCTCT
CCCTGGTATCATCTGAGAAAAGATGCTATAAGTTTTATTTCCCAAACCCTACAAAGAGGCCGTAAGAACCTTTGGCAACTAACTACAAGTCGTGTGTCAGTACTG
CTTTCTTCTGCTGCTGTTTGTTCAACAAGCATTCATCAATTTTTGAAAAACTATGAAGATCTCAATGTCTTCTTATTGGCTGGAGAAGCCTTCTGTGGAGTTGAA
GCAGTTGAGTTTAGGCAAAAGTTGAAGGTTGTTTGTGAAAACTATTATGTGGCTTTCCATAAGCAGAGTATGCACGAGTAG
mRNA sequenceShow/hide mRNA sequence
CCGCACCCGTCGCCGTCGTCTCCCCTTCCTCTTTCCTCTTTCGGGTGTTGGAGAGTGGGTGTCGGGCAGCAGCGTTTTCAGCCATTGGTTGCATTTTTCCGGTGG
TTTCAGCGGTGTTCAACATTGGGTAAGCAAAAAAATCTAGAGTGTTTGAGTCGATTGGGGTGATTAATCGATACCCAACTGTTTCTTAATCATTTCCTCCATTTT
TCTGGCAAGCAGAATTGTGGACAGCAACGTTTTCCTCAATTTTTGGGTGAATTTGTGTATCTCCAGCGGTGGGTAAGAGTTTTTAAGTTGATTTTGGGTTGGTTA
TTATGTGTAACCAAATACCCATTGATTTTAGTTTCCAATTTGGATTTACTATCGTTTATTTATTTATTTATTAGTACTTTTCTATTTATTTTGTTTGAACTGCTG
GTAGTTAGAATCAGATTTTGTTGTTGCTCGCTTTCCTTCATTAGGTGGCTTTTCTGTTGGGCATTTAAATATTTTATTTTAAAAAGCATGTTTTTGATTCAGGGT
TCAATTGAACATACTCCTAACATGAAGCAACGAGAAGATAATTATAATCTTAATTTAGGAGAGACAGAGGAGTCAATGACCAATGTCTCTTCTATCGGGACTACA
GGAATTATGAATTCTGTTTACATGGATGGAGGTGATCCCAATAGGGAGTCCCGGGCAGATAGCAGTACAACATCAACCAGTGGCTCTCCCTGGTATCATCTGAGA
AAAGATGCTATAAGTTTTATTTCCCAAACCCTACAAAGAGGCCGTAAGAACCTTTGGCAACTAACTACAAGTCGTGTGTCAGTACTGCTTTCTTCTGCTGCTGTT
TGTTCAACAAGCATTCATCAATTTTTGAAAAACTATGAAGATCTCAATGTCTTCTTATTGGCTGGAGAAGCCTTCTGTGGAGTTGAAGCAGTTGAGTTTAGGCAA
AAGTTGAAGGTTGTTTGTGAAAACTATTATGTGGCTTTCCATAAGCAGAGTATGCACGAGTAGACATCTCTACGCTTAGTGGAATCATCAATGTATTTGAGAAAG
TCAACATATGACACAGGAGGCTTAAGGAGGTAGCCATCGCAAACATGTCTTTCACCATCCCTCCAGTTCACTTGGTTGGTCTTTAGTTCAAAGTTGAAATATTTT
AGAGTTGTACTTATTTTGTTTAGCAATTTTGCTTTTTCTTTGTAAATTGGATCATGGACGTGATTTGTAGATGGACAGAAAGTTTCATGTATA
Protein sequenceShow/hide protein sequence
MFLIQGSIEHTPNMKQREDNYNLNLGETEESMTNVSSIGTTGIMNSVYMDGGDPNRESRADSSTTSTSGSPWYHLRKDAISFISQTLQRGRKNLWQLTTSRVSVL
LSSAAVCSTSIHQFLKNYEDLNVFLLAGEAFCGVEAVEFRQKLKVVCENYYVAFHKQSMHE