; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; CuGenDBv2

Lcy08g017740 (gene) of Sponge gourd (P93075) v1 genome

Gene IDLcy08g017740
OrganismLuffa cylindrica cv. P93075 (Sponge gourd (P93075) v1)
Descriptionzinc finger CCCH domain-containing protein 39-like
Genome locationChr08:48436116..48438214
RNA-Seq ExpressionLcy08g017740
SyntenyLcy08g017740
Gene Ontology termsGO:0003677 - DNA binding (molecular function)
GO:0046872 - metal ion binding (molecular function)
InterPro domainsIPR000571 - Zinc finger, CCCH-type
IPR036855 - Zinc finger, CCCH-type superfamily


Homology Show/hide homology
GenBank top hitse value%identityAlignment
KAG6599412.1 Zinc finger CCCH domain-containing protein 39, partial [Cucurbita argyrosperma subsp. sororia]8.6e-17987.83Show/hide
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KAG7030401.1 Zinc finger CCCH domain-containing protein 39, partial [Cucurbita argyrosperma subsp. argyrosperma]8.6e-17987.83Show/hide
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XP_008457806.1 PREDICTED: zinc finger CCCH domain-containing protein 39-like [Cucumis melo]2.5e-17887.9Show/hide
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XP_022946029.1 zinc finger CCCH domain-containing protein 39-like [Cucurbita moschata]7.8e-18088.41Show/hide
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XP_038890424.1 zinc finger CCCH domain-containing protein 39 [Benincasa hispida]1.7e-17988.44Show/hide
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TrEMBL top hitse value%identityAlignment
A0A0A0LKX6 Uncharacterized protein1.9e-17686.74Show/hide
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A0A1S3C7N3 zinc finger CCCH domain-containing protein 39-like1.2e-17887.9Show/hide
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A0A5A7V7E5 Zinc finger CCCH domain-containing protein 39-like1.2e-17887.9Show/hide
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A0A6J1G2M8 zinc finger CCCH domain-containing protein 39-like3.8e-18088.41Show/hide
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A0A6J1KJ53 zinc finger CCCH domain-containing protein 39-like1.9e-17687.25Show/hide
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SwissProt top hitse value%identityAlignment
Q5PP65 Zinc finger CCCH domain-containing protein 282.8e-2326.63Show/hide
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                    +V+  +++        WKT++C KW+ TG+CPFG  CHFAHG SEL    G   EGE    ++  L+ K          +     SS 
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         TS   +  P G       KWKGP KI+R+Y DW+DD+
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Q7XPK1 Zinc finger CCCH domain-containing protein 312.7e-1033.62Show/hide
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Query:  CPFGDKCHFAHGQSEL
        C FGDKCHFAHG+ EL
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Q84UQ3 Zinc finger CCCH domain-containing protein 564.8e-4735.14Show/hide
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        Q PP K++R     +            N   ++ I  +FFKT++C KF+ G C    NCNFAHG+E++R+PPPNWQEIV   E+    +   ++ +I   
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Query:  -----------------------IQKMKLCRKFYNGEECPYGDRCNFLHEDPAKFRDDSGRFRESSAISIGTTGPPLMNGSDSSYSEPSRAASCSVSDAI
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Subjt:  -----------------------IQKMKLCRKFYNGEECPYGDRCNFLHEDPAKFRDDSGRFRESSAISIGTTGPPLMNGSDSSYSEPSRAASCSVSDAI

Query:  RANG-NARPSFWKTKLCMKWEITGHCPFGDKCHFAHGQSELQLSLG-----REGEASNTPLNVKPLVVAMEASSSLATSVPTSALP--------------
          NG   +PS WKT++C KWE+TG+CPFG KCHFAHG +EL    G        +A+ TP + + +V A   + + A S  T+ LP              
Subjt:  RANG-NARPSFWKTKLCMKWEITGHCPFGDKCHFAHGQSELQLSLG-----REGEASNTPLNVKPLVVAMEASSSLATSVPTSALP--------------

Query:  ------EGQAKPCLLKWKGPKKINRIYADWLDD
               GQ +  + KWKGP KI+RIY DW+D+
Subjt:  ------EGQAKPCLLKWKGPKKINRIYADWLDD

Q9LQM3 Zinc finger CCCH domain-containing protein 121.8e-4633.88Show/hide
Query:  YGANGDATGCWSQFPRNDLFDSQSQFEPQQPPFKRARNSEENQSSPVPYSRAHPQNAPVNKGISNIFFKTRMCAKFKLGLCRNGANCNFAHGVEDMRQPP
        +    D    W+  P N   D+        PP K+ R S  + S+    + ++       K I  +FFKT++C KF+ G C    NCNFAH VE++R+PP
Subjt:  YGANGDATGCWSQFPRNDLFDSQSQFEPQQPPFKRARNSEENQSSPVPYSRAHPQNAPVNKGISNIFFKTRMCAKFKLGLCRNGANCNFAHGVEDMRQPP

Query:  PNWQEIVGIREDDQSVSNWNDDQKIIQ----------------------KMKLCRKFYNGEECPYGDRCNFLHEDPAKFRDDSGRFRESSAISIGTTGPP
        PNWQEIV   E+++S         +++                      K + C+KFY  E CPYG+ C FLH       D++ R RES AIS+G  G  
Subjt:  PNWQEIVGIREDDQSVSNWNDDQKIIQ----------------------KMKLCRKFYNGEECPYGDRCNFLHEDPAKFRDDSGRFRESSAISIGTTGPP

Query:  LMNGSDSSYSEPSRAASCSVSDAIRANGNA---------RPSFWKTKLCMKWEITGHCPFGDKCHFAHGQSELQL-------SLGREGEASN-----TPL
           G  S         S S    +   G +         +PS WKT++C KWEITG+CPFG KCHFAHG +EL           G++G + N     T  
Subjt:  LMNGSDSSYSEPSRAASCSVSDAIRANGNA---------RPSFWKTKLCMKWEITGHCPFGDKCHFAHGQSELQL-------SLGREGEASN-----TPL

Query:  NVKPLV---------VAMEASSSLATSV----PTSALPEGQAKPCLLKWKGPKKINRIYADWLDDL
        N K L          V   A +S  T V     +SA+ +        KWKGP KI+RIY DW+DD+
Subjt:  NVKPLV---------VAMEASSSLATSV----PTSALPEGQAKPCLLKWKGPKKINRIYADWLDDL

Q9LT81 Zinc finger CCCH domain-containing protein 395.9e-8248.7Show/hide
Query:  NDLFDSQSQFEPQ---QPPFKRARNSEENQSSPV----------PYSRAHPQNAPVNKGISNIFFKTRMCAKFKLGLCRNGANCNFAHGVEDMRQPPPNW
        + L +SQSQ +P    QP  KR R  ++N  +P           P+        PVNKG +NIF+KTRMCAKF+ G CRNG  CNFAHG+ED+RQPP NW
Subjt:  NDLFDSQSQFEPQ---QPPFKRARNSEENQSSPV----------PYSRAHPQNAPVNKGISNIFFKTRMCAKFKLGLCRNGANCNFAHGVEDMRQPPPNW

Query:  QEIVG------------IREDDQS--------VSNWNDDQKIIQKMKLCRKFYNGEECPYGDRCNFLHEDPAKFRDDSGRFRESSAISIGTTGPPLMNGS
        QEIVG             RE ++          +NW DDQKII +MKLCRKF  GEECPYGDRCNF+HED +KFR+DSG+ RESS IS+G T     + +
Subjt:  QEIVG------------IREDDQS--------VSNWNDDQKIIQKMKLCRKFYNGEECPYGDRCNFLHEDPAKFRDDSGRFRESSAISIGTTGPPLMNGS

Query:  DSSYSEPSRAASCSVSDAIRANGNARPSFWKTKLCMKWEITGHCPFGDKCHFAHGQSELQLSLGR-EGEASN--TPLNVKPLVVAMEASS----SLATSV
         S+  E +R  S  V   +   G  +  +WKT+LCMK++ITG CPFGDKCHFAHGQ+EL  S+GR EGEA N    +N + +V A EA +    +  T+ 
Subjt:  DSSYSEPSRAASCSVSDAIRANGNARPSFWKTKLCMKWEITGHCPFGDKCHFAHGQSELQLSLGR-EGEASN--TPLNVKPLVVAMEASS----SLATSV

Query:  PTSALPEGQAKPCLLKWKGPKKINRIYADWLDDLPLSPSSASKLE
         +    EG+ K CLLKW   KKINRIY DW+DDLP+   S   +E
Subjt:  PTSALPEGQAKPCLLKWKGPKKINRIYADWLDDLPLSPSSASKLE

Arabidopsis top hitse value%identityAlignment
AT1G32360.1 Zinc finger (CCCH-type) family protein1.3e-4733.88Show/hide
Query:  YGANGDATGCWSQFPRNDLFDSQSQFEPQQPPFKRARNSEENQSSPVPYSRAHPQNAPVNKGISNIFFKTRMCAKFKLGLCRNGANCNFAHGVEDMRQPP
        +    D    W+  P N   D+        PP K+ R S  + S+    + ++       K I  +FFKT++C KF+ G C    NCNFAH VE++R+PP
Subjt:  YGANGDATGCWSQFPRNDLFDSQSQFEPQQPPFKRARNSEENQSSPVPYSRAHPQNAPVNKGISNIFFKTRMCAKFKLGLCRNGANCNFAHGVEDMRQPP

Query:  PNWQEIVGIREDDQSVSNWNDDQKIIQ----------------------KMKLCRKFYNGEECPYGDRCNFLHEDPAKFRDDSGRFRESSAISIGTTGPP
        PNWQEIV   E+++S         +++                      K + C+KFY  E CPYG+ C FLH       D++ R RES AIS+G  G  
Subjt:  PNWQEIVGIREDDQSVSNWNDDQKIIQ----------------------KMKLCRKFYNGEECPYGDRCNFLHEDPAKFRDDSGRFRESSAISIGTTGPP

Query:  LMNGSDSSYSEPSRAASCSVSDAIRANGNA---------RPSFWKTKLCMKWEITGHCPFGDKCHFAHGQSELQL-------SLGREGEASN-----TPL
           G  S         S S    +   G +         +PS WKT++C KWEITG+CPFG KCHFAHG +EL           G++G + N     T  
Subjt:  LMNGSDSSYSEPSRAASCSVSDAIRANGNA---------RPSFWKTKLCMKWEITGHCPFGDKCHFAHGQSELQL-------SLGREGEASN-----TPL

Query:  NVKPLV---------VAMEASSSLATSV----PTSALPEGQAKPCLLKWKGPKKINRIYADWLDDL
        N K L          V   A +S  T V     +SA+ +        KWKGP KI+RIY DW+DD+
Subjt:  NVKPLV---------VAMEASSSLATSV----PTSALPEGQAKPCLLKWKGPKKINRIYADWLDDL

AT1G68200.1 Zinc finger C-x8-C-x5-C-x3-H type family protein7.1e-0628.04Show/hide
Query:  KTRMCAKF-KLGLCRNGANCNFAHGVEDMRQPPPNWQEIVGIREDDQSVSNWNDDQKIIQKMKLCRKFYNGEECPYGDRCNFLHEDPAKFRDDSGRFRES
        KT +C K+ + G C  G +C FAHG++++R           IR                 K ++CR    G+ CPYG RC+F H    + +  +  F+  
Subjt:  KTRMCAKF-KLGLCRNGANCNFAHGVEDMRQPPPNWQEIVGIREDDQSVSNWNDDQKIIQKMKLCRKFYNGEECPYGDRCNFLHEDPAKFRDDSGRFRES

Query:  SAISIGT
        S++ + T
Subjt:  SAISIGT

AT1G68200.2 Zinc finger C-x8-C-x5-C-x3-H type family protein7.1e-0628.04Show/hide
Query:  KTRMCAKF-KLGLCRNGANCNFAHGVEDMRQPPPNWQEIVGIREDDQSVSNWNDDQKIIQKMKLCRKFYNGEECPYGDRCNFLHEDPAKFRDDSGRFRES
        KT +C K+ + G C  G +C FAHG++++R           IR                 K ++CR    G+ CPYG RC+F H    + +  +  F+  
Subjt:  KTRMCAKF-KLGLCRNGANCNFAHGVEDMRQPPPNWQEIVGIREDDQSVSNWNDDQKIIQKMKLCRKFYNGEECPYGDRCNFLHEDPAKFRDDSGRFRES

Query:  SAISIGT
        S++ + T
Subjt:  SAISIGT

AT2G35430.1 Zinc finger C-x8-C-x5-C-x3-H type family protein2.0e-2426.63Show/hide
Query:  IRASVIPPPLHSYGANGDATGCWSQFPRNDLFDSQSQFEPQQPPFKRARNSEENQSSPVPYSRAHPQNAPVNKGISNIFFKTRMCAKFKLGLC-RNGANC
        +R +  PPP + +  +GD++   ++   + ++   S  +  + P K+ R+S  ++                   I   FFKT++C KF+ G C  + ++C
Subjt:  IRASVIPPPLHSYGANGDATGCWSQFPRNDLFDSQSQFEPQQPPFKRARNSEENQSSPVPYSRAHPQNAPVNKGISNIFFKTRMCAKFKLGLC-RNGANC

Query:  NFAHGVEDMR---QPPPNWQEIVGIREDDQSVSNWNDDQKIIQKMKLCRKFYNGEECPYGDRCNFLHEDPAKFRDDSGRFRESSAISIGTTGPPLMNGSD
        +FAH  E++R    PPPNWQE V                                                    ++ R RES A+S+G  G        
Subjt:  NFAHGVEDMR---QPPPNWQEIVGIREDDQSVSNWNDDQKIIQKMKLCRKFYNGEECPYGDRCNFLHEDPAKFRDDSGRFRESSAISIGTTGPPLMNGSD

Query:  SSYSEPSRAASCSVSDAIRANGNARPSFWKTKLCMKWEITGHCPFGDKCHFAHGQSELQLSLGR--EGE---ASNTPLNVKP-------LVVAMEASSSL
                    +V+  +++        WKT++C KW+ TG+CPFG  CHFAHG SEL    G   EGE    ++  L+ K          +     SS 
Subjt:  SSYSEPSRAASCSVSDAIRANGNARPSFWKTKLCMKWEITGHCPFGDKCHFAHGQSELQLSLGR--EGE---ASNTPLNVKP-------LVVAMEASSSL

Query:  ATSVPTSALPEGQAKPCLLKWKGPKKINRIYADWLDDL
         TS   +  P G       KWKGP KI+R+Y DW+DD+
Subjt:  ATSVPTSALPEGQAKPCLLKWKGPKKINRIYADWLDDL

AT3G19360.1 Zinc finger (CCCH-type) family protein4.2e-8348.7Show/hide
Query:  NDLFDSQSQFEPQ---QPPFKRARNSEENQSSPV----------PYSRAHPQNAPVNKGISNIFFKTRMCAKFKLGLCRNGANCNFAHGVEDMRQPPPNW
        + L +SQSQ +P    QP  KR R  ++N  +P           P+        PVNKG +NIF+KTRMCAKF+ G CRNG  CNFAHG+ED+RQPP NW
Subjt:  NDLFDSQSQFEPQ---QPPFKRARNSEENQSSPV----------PYSRAHPQNAPVNKGISNIFFKTRMCAKFKLGLCRNGANCNFAHGVEDMRQPPPNW

Query:  QEIVG------------IREDDQS--------VSNWNDDQKIIQKMKLCRKFYNGEECPYGDRCNFLHEDPAKFRDDSGRFRESSAISIGTTGPPLMNGS
        QEIVG             RE ++          +NW DDQKII +MKLCRKF  GEECPYGDRCNF+HED +KFR+DSG+ RESS IS+G T     + +
Subjt:  QEIVG------------IREDDQS--------VSNWNDDQKIIQKMKLCRKFYNGEECPYGDRCNFLHEDPAKFRDDSGRFRESSAISIGTTGPPLMNGS

Query:  DSSYSEPSRAASCSVSDAIRANGNARPSFWKTKLCMKWEITGHCPFGDKCHFAHGQSELQLSLGR-EGEASN--TPLNVKPLVVAMEASS----SLATSV
         S+  E +R  S  V   +   G  +  +WKT+LCMK++ITG CPFGDKCHFAHGQ+EL  S+GR EGEA N    +N + +V A EA +    +  T+ 
Subjt:  DSSYSEPSRAASCSVSDAIRANGNARPSFWKTKLCMKWEITGHCPFGDKCHFAHGQSELQLSLGR-EGEASN--TPLNVKPLVVAMEASS----SLATSV

Query:  PTSALPEGQAKPCLLKWKGPKKINRIYADWLDDLPLSPSSASKLE
         +    EG+ K CLLKW   KKINRIY DW+DDLP+   S   +E
Subjt:  PTSALPEGQAKPCLLKWKGPKKINRIYADWLDDLPLSPSSASKLE


Sequences Show/hide sequences
CDS sequenceShow/hide CDS sequence
ATGAGTTTCAATGATATTCGAGCCTCTGTTATTCCGCCGCCTCTGCATTCTTATGGTGCCAATGGCGATGCCACTGGTTGTTGGTCTCAGTTTCCTAGGAATGAT
TTATTTGATTCACAATCACAATTTGAGCCACAGCAGCCTCCATTCAAAAGAGCTAGAAATTCTGAAGAAAACCAATCTAGCCCTGTGCCTTATTCCAGAGCGCAC
CCACAGAATGCTCCAGTGAATAAAGGGATAAGCAATATCTTCTTCAAGACAAGGATGTGTGCGAAATTTAAGCTTGGTTTGTGTAGGAATGGTGCGAATTGCAAC
TTTGCTCATGGTGTTGAAGATATGCGACAACCGCCACCGAATTGGCAAGAGATTGTGGGAATACGTGAGGATGATCAATCAGTAAGCAACTGGAATGATGATCAG
AAAATAATCCAGAAAATGAAGCTGTGTAGGAAGTTTTATAATGGGGAGGAATGCCCTTATGGAGATAGGTGCAATTTTCTCCATGAGGATCCTGCTAAATTTAGA
GATGATTCAGGTAGGTTTAGAGAGAGTTCAGCTATAAGTATTGGCACTACTGGACCTCCATTGATGAATGGAAGTGATTCTAGCTATTCTGAACCTAGCAGAGCA
GCTTCTTGTTCTGTTTCTGATGCTATTCGAGCTAATGGAAATGCAAGACCTTCATTCTGGAAGACAAAATTATGCATGAAGTGGGAGATTACTGGTCATTGCCCC
TTTGGTGATAAGTGCCATTTTGCTCATGGCCAATCTGAATTACAACTCTCTCTTGGACGTGAGGGGGAAGCATCTAACACTCCCCTCAATGTAAAGCCACTAGTT
GTGGCCATGGAAGCATCTTCGAGTTTGGCGACGAGTGTTCCGACCTCCGCCCTACCGGAGGGCCAGGCAAAGCCGTGCTTGCTGAAATGGAAAGGACCCAAGAAG
ATAAACCGGATCTATGCTGATTGGCTTGATGATTTGCCTCTATCTCCAAGCTCAGCGAGCAAATTGGAGGGTTGA
mRNA sequenceShow/hide mRNA sequence
GTCTTTTTATATTTTCTCTTTTGACTGCTCGCTTTCAAATTCCATTGTGGTGGCGATTCAGATTCCATGGTTTCAGCCTTCTCCATCTCTGATTTTTCTAGGGTT
TTCTTTCTCCATGGCGGCTAGGGTTTTTCATTCTTCCATCAGTTTCCTTTTCCTTTCAGTTCCCTTCTCTTCTGCCGCTTTCTTTGCATATAAATATATAACTTA
CTTCTAACTCCTCCACTTATCGCCATTGCTTGATCTCGATTCCGCTGGCATATGCGTTTCTCCACGCTGTTTTTATCATCATTTGAAACCAACCCTTTTGATTCT
TTCGCGAATTGGACTTCAATTTTGGTCAGTATCGTCCGCCTTTATCTTCCTTCATTGAATCATCTAGTTTCTGGTTGCGTTTGATCACATCCGAGGAAGTTTGTT
CTGTGATCATTCTTTTTCATTGAAAATTTTGGTGGTTTCATTGTATACGTTGTTGATTCATTATTTTCATTGATTGAAGAGAACTGGGTTTGATTTTAGAAGATG
AGTTTCAATGATATTCGAGCCTCTGTTATTCCGCCGCCTCTGCATTCTTATGGTGCCAATGGCGATGCCACTGGTTGTTGGTCTCAGTTTCCTAGGAATGATTTA
TTTGATTCACAATCACAATTTGAGCCACAGCAGCCTCCATTCAAAAGAGCTAGAAATTCTGAAGAAAACCAATCTAGCCCTGTGCCTTATTCCAGAGCGCACCCA
CAGAATGCTCCAGTGAATAAAGGGATAAGCAATATCTTCTTCAAGACAAGGATGTGTGCGAAATTTAAGCTTGGTTTGTGTAGGAATGGTGCGAATTGCAACTTT
GCTCATGGTGTTGAAGATATGCGACAACCGCCACCGAATTGGCAAGAGATTGTGGGAATACGTGAGGATGATCAATCAGTAAGCAACTGGAATGATGATCAGAAA
ATAATCCAGAAAATGAAGCTGTGTAGGAAGTTTTATAATGGGGAGGAATGCCCTTATGGAGATAGGTGCAATTTTCTCCATGAGGATCCTGCTAAATTTAGAGAT
GATTCAGGTAGGTTTAGAGAGAGTTCAGCTATAAGTATTGGCACTACTGGACCTCCATTGATGAATGGAAGTGATTCTAGCTATTCTGAACCTAGCAGAGCAGCT
TCTTGTTCTGTTTCTGATGCTATTCGAGCTAATGGAAATGCAAGACCTTCATTCTGGAAGACAAAATTATGCATGAAGTGGGAGATTACTGGTCATTGCCCCTTT
GGTGATAAGTGCCATTTTGCTCATGGCCAATCTGAATTACAACTCTCTCTTGGACGTGAGGGGGAAGCATCTAACACTCCCCTCAATGTAAAGCCACTAGTTGTG
GCCATGGAAGCATCTTCGAGTTTGGCGACGAGTGTTCCGACCTCCGCCCTACCGGAGGGCCAGGCAAAGCCGTGCTTGCTGAAATGGAAAGGACCCAAGAAGATA
AACCGGATCTATGCTGATTGGCTTGATGATTTGCCTCTATCTCCAAGCTCAGCGAGCAAATTGGAGGGTTGAGGATTTTTGAGTTGAAGTTGTTTGTTCTAGTTT
TGTTTTGAAGTTGGTTTGGTGAGATTCAATTGATTAGTTTCAATGTGGGAGTTGAGCTGGTGCTGGTTTTTATGGATCAGATGAAAGAAGTGTAAAAAAAGAAAA
AGTTTTGCTGAGAATTTATTGAGGGTATGGATAGAAGAGAGAGTGAGGTATATCTTATTGTTTGTTCTCTATTTTTCATTTATTTTGTTATTTCATATTTGTTCA
TATCCCATAGAAAACTAGTTTGGATTTTTTATATAATTCAATATATTCCAGCACTTTTACGTACAAATTTTG
Protein sequenceShow/hide protein sequence
MSFNDIRASVIPPPLHSYGANGDATGCWSQFPRNDLFDSQSQFEPQQPPFKRARNSEENQSSPVPYSRAHPQNAPVNKGISNIFFKTRMCAKFKLGLCRNGANCN
FAHGVEDMRQPPPNWQEIVGIREDDQSVSNWNDDQKIIQKMKLCRKFYNGEECPYGDRCNFLHEDPAKFRDDSGRFRESSAISIGTTGPPLMNGSDSSYSEPSRA
ASCSVSDAIRANGNARPSFWKTKLCMKWEITGHCPFGDKCHFAHGQSELQLSLGREGEASNTPLNVKPLVVAMEASSSLATSVPTSALPEGQAKPCLLKWKGPKK
INRIYADWLDDLPLSPSSASKLEG