; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; CuGenDBv2

Lsi01G005990 (gene) of Bottle gourd (USVL1VR-Ls) v1 genome

Gene IDLsi01G005990
OrganismLagenaria siceraria USVL1VR-Ls (Bottle gourd (USVL1VR-Ls) v1)
DescriptionRING-type domain-containing protein
Genome locationchr01:4794629..4795198
RNA-Seq ExpressionLsi01G005990
SyntenyLsi01G005990
Gene Ontology termsGO:0016021 - integral component of membrane (cellular component)
InterPro domainsIPR001841 - Zinc finger, RING-type
IPR013083 - Zinc finger, RING/FYVE/PHD-type


Homology Show/hide homology
GenBank top hitse value%identityAlignment
KAA0025673.1 RING-H2 finger protein ATL72-like [Cucumis melo var. makuwa]3.1e-8584.29Show/hide
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KAG6603909.1 RING-H2 finger protein ATL72, partial [Cucurbita argyrosperma subsp. sororia]1.1e-7472.77Show/hide
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XP_008440820.1 PREDICTED: RING-H2 finger protein ATL72-like [Cucumis melo]3.1e-8584.29Show/hide
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XP_011658497.1 E3 ubiquitin-protein ligase RHA2B [Cucumis sativus]6.2e-8684.21Show/hide
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XP_038881295.1 RING-H2 finger protein ATL79-like [Benincasa hispida]7.3e-9589.42Show/hide
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TrEMBL top hitse value%identityAlignment
A0A0A0KKP7 RING-type domain-containing protein3.0e-8684.21Show/hide
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A0A1S3B2S4 RING-H2 finger protein ATL72-like1.5e-8584.29Show/hide
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A0A5D3CLV8 RING-H2 finger protein ATL72-like1.5e-8584.29Show/hide
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A0A6J1GEN4 RING-H2 finger protein ATL74-like7.0e-7572.77Show/hide
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A0A6J1IJG4 RING-H2 finger protein ATL74-like1.3e-7372.11Show/hide
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        FE RNCVICL EFE GDELRVLPNC HAFHKGCIDQWLPL+SL CPLCR+ + +EIGT+R+PVC+NYWARNPAF+LAF   SN PLPSQL
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SwissProt top hitse value%identityAlignment
Q5XF85 E3 ubiquitin-protein ligase ATL421.2e-1036Show/hide
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        ++ SS   S      + ++P++ +  L  S           +  +C +CL++FE  + LR+LP C+HAFH GCIDQWL  +   CPLCRD  ++EE  +V
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Q67YI6 RING-H2 finger protein ATL651.1e-1135.42Show/hide
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        SS  P     + +  +P+++Y   + +   +    S+   R+C +CL EFE GD +R LP C HAFH  CID+WL     +CPLCR   +   G +
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Q7X843 RING-H2 finger protein ATL481.2e-1040.74Show/hide
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        S      + A+PV++YG+++ S    +         +C +CL EF   D+LR+LP C HAFH  CID WL L +  CPLCR
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Q8GW38 RING-H2 finger protein ATL476.2e-1238.3Show/hide
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        ++RQL        S      + A+PV++Y ++  +           E  +C +CL EF   D+LR+LPNC HAFH  CID WL L +  CPLCR
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Q940Q4 RING-H2 finger protein ATL133.1e-1148.28Show/hide
Query:  NCVICLAEFEHGDELRVLPNCKHAFHKGCIDQWLPLKSLHCPLCRDHTIEEIGTVRRP
        +C +CL EFE  D+LR+LP C HAFH  CID WL L    CPLCR   + ++ + + P
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Arabidopsis top hitse value%identityAlignment
AT1G23980.1 RING/U-box superfamily protein4.4e-1338.3Show/hide
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        ++RQL        S      + A+PV++Y ++  +           E  +C +CL EF   D+LR+LPNC HAFH  CID WL L +  CPLCR
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AT3G18930.1 RING/U-box superfamily protein7.5e-1335.42Show/hide
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        SS  P     + +  +P+++Y   + +   +    S+   R+C +CL EFE GD +R LP C HAFH  CID+WL     +CPLCR   +   G +
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AT3G18930.2 RING/U-box superfamily protein7.5e-1335.42Show/hide
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        SS  P     + +  +P+++Y   + +   +    S+   R+C +CL EFE GD +R LP C HAFH  CID+WL     +CPLCR   +   G +
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AT4G30400.1 RING/U-box superfamily protein2.2e-1248.28Show/hide
Query:  NCVICLAEFEHGDELRVLPNCKHAFHKGCIDQWLPLKSLHCPLCRDHTIEEIGTVRRP
        +C +CL EFE  D+LR+LP C HAFH  CID WL L    CPLCR   + ++ + + P
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AT4G33565.1 RING/U-box superfamily protein3.7e-1231.33Show/hide
Query:  HPFGSRERIFTICATSVIAAVFVISLFITLFT-CFRRQLNSPSSKPPSSTSTNQ---------LTAMPVYIYGDLSSSP----SSSYCFMSS----FESR
        H   + +RI  I A+S+I  +F+++L +  F   +RR+ +  +S+  S               +   P++    +  +P    S   C  S      E  
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Query:  NCVICLAEFEHGDELRVLPNCKHAFHKGCIDQWLPLKSLHCPLCRDHTIE
        +C +CL+EFE  + LR+LP CKHAFH  CID WL     +CPLCR   +E
Subjt:  NCVICLAEFEHGDELRVLPNCKHAFHKGCIDQWLPLKSLHCPLCRDHTIE


Sequences Show/hide sequences
CDS sequenceShow/hide CDS sequence
ATGAATTCAGTGGACGATCTCGGTTACAGTTACAGACGCCTTCTTAAAGATTCCTTATTCGAACATCCATTTGGAAGCCGAGAAAGAATCTTTACCATATGTGCGACTTC
TGTCATTGCAGCCGTGTTTGTAATCTCTTTGTTCATCACCCTCTTCACCTGCTTTCGGCGTCAACTGAACTCTCCTTCCTCTAAACCTCCCTCATCCACATCTACCAATC
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CATTGCCCTCTCAACTGTAA
mRNA sequenceShow/hide mRNA sequence
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Protein sequenceShow/hide protein sequence
MNSVDDLGYSYRRLLKDSLFEHPFGSRERIFTICATSVIAAVFVISLFITLFTCFRRQLNSPSSKPPSSTSTNQLTAMPVYIYGDLSSSPSSSYCFMSSFESRNCVICLA
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