; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; CuGenDBv2

Lsi01G011580 (gene) of Bottle gourd (USVL1VR-Ls) v1 genome

Gene IDLsi01G011580
OrganismLagenaria siceraria USVL1VR-Ls (Bottle gourd (USVL1VR-Ls) v1)
Descriptionphotosystem I reaction center subunit N, chloroplastic
Genome locationchr01:9740127..9741968
RNA-Seq ExpressionLsi01G011580
SyntenyLsi01G011580
Gene Ontology termsGO:0015979 - photosynthesis (biological process)
GO:0030093 - chloroplast photosystem I (cellular component)
InterPro domainsIPR008796 - Photosystem I reaction centre subunit N, chloroplastic
IPR044907 - Photosystem I reaction centre subunit N superfamily


Homology Show/hide homology
GenBank top hitse value%identityAlignment
KAG6604288.1 Photosystem I reaction center subunit N, chloroplastic, partial [Cucurbita argyrosperma subsp. sororia]1.5e-8393.57Show/hide
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XP_004148659.1 photosystem I reaction center subunit N, chloroplastic [Cucumis sativus]2.1e-8595.91Show/hide
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XP_008441057.1 PREDICTED: photosystem I reaction center subunit N, chloroplastic [Cucumis melo]1.7e-8798.83Show/hide
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XP_022950888.1 photosystem I reaction center subunit N, chloroplastic-like [Cucurbita moschata]1.5e-8393.57Show/hide
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XP_038883748.1 photosystem I reaction center subunit N, chloroplastic isoform X1 [Benincasa hispida]5.1e-8798.25Show/hide
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TrEMBL top hitse value%identityAlignment
A0A0A0KFM1 Uncharacterized protein1.0e-8595.91Show/hide
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A0A1S3B240 photosystem I reaction center subunit N, chloroplastic8.5e-8898.83Show/hide
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A0A5D3DQX9 Photosystem I reaction center subunit N8.5e-8898.83Show/hide
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A0A6J1BT08 photosystem I reaction center subunit N, chloroplastic isoform X11.7e-8393.57Show/hide
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A0A6J1GG47 photosystem I reaction center subunit N, chloroplastic-like7.4e-8493.57Show/hide
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SwissProt top hitse value%identityAlignment
O65107 Photosystem I reaction center subunit N, chloroplastic (Fragment)4.4e-4182.61Show/hide
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P31093 Photosystem I reaction center subunit N, chloroplastic6.5e-4567.83Show/hide
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        AVP  A+P  A            RV  A  + RR+ALL L A    AA AAS  SA A V ++YLEKSK NKELNDKKR ATSGANFARAYTV+FG+CKF
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        P NFTGCQDLAKQKKVPFITDDLE+ECEGK+K+KCGSNVFWKW
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P49107 Photosystem I reaction center subunit N, chloroplastic3.7e-5665.9Show/hide
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        NKELNDKKRLATSGANFARA+TV+FG+CKFPENFTGCQDLAKQKKVPFI++D+ LECEGKDKYKCGSNVFWKW
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Q9SBN5 Photosystem I reaction center subunit N, chloroplastic2.0e-2553.79Show/hide
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        A+RAQ A+V  A+           +   R  LL LG  L AAA A    +ANAGV+ED L KS ANK LN+KKRLATS AN AR+ TV  GTC+FPENF 
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        GC++LA  K V +I +DL++ECEGKD   CGS
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Arabidopsis top hitse value%identityAlignment
AT5G64040.1 photosystem I reaction center subunit PSI-N, chloroplast, putative / PSI-N, putative (PSAN)2.6e-5765.9Show/hide
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AT5G64040.2 photosystem I reaction center subunit PSI-N, chloroplast, putative / PSI-N, putative (PSAN)5.5e-3961.81Show/hide
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Sequences Show/hide sequences
CDS sequenceShow/hide CDS sequence
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GGTTGCGGGTTACAAGTTGCCTGCGATTAGGGCTCAACAGGCTAGGGTTCCTGAAGCCAAGAACGAAGGAAGGAGGACTGCGCTTCTTTACCTTGGAGCCACCCTCTTTG
CTGCGGCTGCGGCTGCCTCCAACTCCTCTGCCAATGCTGGAGTCATTGAAGATTACCTTGAGAAGAGTAAAGCTAACAAGGAATTGAATGACAAGAAAAGATTGGCAACA
AGTGGGGCAAACTTTGCAAGGGCATACACTGTTGAATTTGGAACATGCAAGTTCCCAGAGAACTTCACAGGGTGCCAAGATCTTGCTAAACAAAAGAAAGTTCCATTTAT
CACTGATGATTTGGAATTGGAGTGTGAGGGGAAGGACAAGTACAAGTGTGGTTCCAATGTCTTCTGGAAATGGTGA
mRNA sequenceShow/hide mRNA sequence
TAATAAAATAGAAGTTGCTTCATGGCAACGAAGAACTGGAATTTGAAGCGCTCGTTTAAGATTTCGAAGTGGGTCCAAAATTGAACCTCGCCACACAAATTTCCATGTCC
GAAAACCCTAATCACAGCCATGGTTTGCCAATTGGGAGTGAGGAAATCTCACCTTATCCACACTCTCACCACAATCCCTTATCCAATTCCATCTCAAACATCCCCTCTTT
TATCAGATTCCCTCATAATCCCATTATCCCATTAACAACTGACCGCCATTAATTCCATCTCTGAGTTTGTCCAACCAAGTTGCAATCCAATGGCGACCATGAATTCCAGT
GTTCTGGCTTGCAACTACGCCATTTCCGGCGCTGGATCGGCTGACCTGAACTCCAAACTCACTGCCGTCCCGTCTGTTGCGACTCCTGGGGTTGCGGGTTACAAGTTGCC
TGCGATTAGGGCTCAACAGGCTAGGGTTCCTGAAGCCAAGAACGAAGGAAGGAGGACTGCGCTTCTTTACCTTGGAGCCACCCTCTTTGCTGCGGCTGCGGCTGCCTCCA
ACTCCTCTGCCAATGCTGGAGTCATTGAAGATTACCTTGAGAAGAGTAAAGCTAACAAGGAATTGAATGACAAGAAAAGATTGGCAACAAGTGGGGCAAACTTTGCAAGG
GCATACACTGTTGAATTTGGAACATGCAAGTTCCCAGAGAACTTCACAGGGTGCCAAGATCTTGCTAAACAAAAGAAAGTTCCATTTATCACTGATGATTTGGAATTGGA
GTGTGAGGGGAAGGACAAGTACAAGTGTGGTTCCAATGTCTTCTGGAAATGGTGAAGAGAAGAGAACCATTTTATTGAAGTCTTTGTATCCCTCACCACCATTAGTTACT
CTTCCCCTTGTATCTAATTTTCAACTCTTAAAAAGTGTGAAATTTTATTATGCCTTTTTGGGGACAGGTGTTCCAGTTCCATTGCTTTCATTCTTCTCTTGAGACCAAAA
GAAGCAAAATGAGAAAGTAGAAACCCTAGATATCTATTGCATTAACTTTTGTTAGAATTCTTCCTCAATAAACATCATACGTGCATTTTTTACAAGTATAATTGGGGTTG
GGATGTGAACCATGGACCTCTTGGTCTTTGACTCTTTAACATATACTAATGTTAGTTGAGCTAAGTTTTTTTTTTTA
Protein sequenceShow/hide protein sequence
MATMNSSVLACNYAISGAGSADLNSKLTAVPSVATPGVAGYKLPAIRAQQARVPEAKNEGRRTALLYLGATLFAAAAAASNSSANAGVIEDYLEKSKANKELNDKKRLAT
SGANFARAYTVEFGTCKFPENFTGCQDLAKQKKVPFITDDLELECEGKDKYKCGSNVFWKW