; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; CuGenDBv2

Lsi01G016660 (gene) of Bottle gourd (USVL1VR-Ls) v1 genome

Gene IDLsi01G016660
OrganismLagenaria siceraria USVL1VR-Ls (Bottle gourd (USVL1VR-Ls) v1)
DescriptionH/ACA ribonucleoprotein complex subunit
Genome locationchr01:15210535..15212927
RNA-Seq ExpressionLsi01G016660
SyntenyLsi01G016660
Gene Ontology termsGO:0000454 - snoRNA guided rRNA pseudouridine synthesis (biological process)
GO:0030433 - ubiquitin-dependent ERAD pathway (biological process)
GO:0030968 - endoplasmic reticulum unfolded protein response (biological process)
GO:0000839 - Hrd1p ubiquitin ligase ERAD-L complex (cellular component)
GO:0030176 - integral component of endoplasmic reticulum membrane (cellular component)
GO:0031429 - box H/ACA snoRNP complex (cellular component)
GO:0004252 - serine-type endopeptidase activity (molecular function)
GO:0034513 - box H/ACA snoRNA binding (molecular function)
GO:0051787 - misfolded protein binding (molecular function)
GO:1990381 - ubiquitin-specific protease binding (molecular function)
InterPro domainsIPR007504 - H/ACA ribonucleoprotein complex, subunit Gar1/Naf1
IPR009000 - Translation protein, beta-barrel domain superfamily
IPR038664 - H/ACA RNP complex subunit Gar1/Naf1, Cbf5-binding domain


Homology Show/hide homology
GenBank top hitse value%identityAlignment
KAG6595505.1 putative H/ACA ribonucleoprotein complex subunit 1-like protein 1, partial [Cucurbita argyrosperma subsp. sororia]3.3e-8088.68Show/hide
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KAG7033669.1 putative H/ACA ribonucleoprotein complex subunit 1-like protein 1, partial [Cucurbita argyrosperma subsp. argyrosperma]4.1e-7884.91Show/hide
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XP_004147534.1 putative H/ACA ribonucleoprotein complex subunit 1-like protein 1 [Cucumis sativus]2.4e-7888.21Show/hide
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XP_022925015.1 putative H/ACA ribonucleoprotein complex subunit 1-like protein 1 [Cucurbita moschata]3.9e-8189.15Show/hide
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XP_022950557.1 putative H/ACA ribonucleoprotein complex subunit 1-like protein 1 [Cucurbita moschata]4.8e-7985.38Show/hide
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TrEMBL top hitse value%identityAlignment
A0A0A0KWF0 H/ACA ribonucleoprotein complex subunit1.2e-7888.21Show/hide
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A0A5D3C949 H/ACA ribonucleoprotein complex subunit1.2e-7888.21Show/hide
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A0A6J1EGP8 H/ACA ribonucleoprotein complex subunit1.9e-8189.15Show/hide
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A0A6J1GF54 H/ACA ribonucleoprotein complex subunit2.3e-7985.38Show/hide
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A0A6J1HPE3 H/ACA ribonucleoprotein complex subunit1.9e-8189.15Show/hide
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SwissProt top hitse value%identityAlignment
Q2HH48 H/ACA ribonucleoprotein complex subunit GAR12.5e-3859.43Show/hide
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Q6FSB0 H/ACA ribonucleoprotein complex subunit GAR11.4e-3656.44Show/hide
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         ATS+  GDKFYI P KLLP+ RF+P+P +       +         G   +RG  GGRGG RGG GG     GGF GRGG RGG GG  RGG RGGF G
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Q757V8 H/ACA ribonucleoprotein complex subunit GAR15.8e-3556.41Show/hide
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        RG  RGG GG  GG  GGRGG G R   +GPP  VVE+  F+H CEGD V +  N KIP+FNA IYL+NKT++GKVDEI GP+NE +F+IK  EG+ A+S
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        +  GDKFYI P KLLP+ RF+P+P +                 RG F  RGG R GG GGRGG  GGF GRGG RGG GG   RGG RGGF GRG
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Q8VZT0 Putative H/ACA ribonucleoprotein complex subunit 1-like protein 15.4e-5772.81Show/hide
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Q9FK53 H/ACA ribonucleoprotein complex subunit 1-like protein 21.6e-4866.36Show/hide
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        PRGG RGGFRGRGR
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Arabidopsis top hitse value%identityAlignment
AT3G03920.1 H/ACA ribonucleoprotein complex, subunit Gar1/Naf1 protein3.8e-5872.81Show/hide
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        MRPP RGGGGF  RGGRDGG GGR GG GG  G GGGRFGG GG  GGFRDEGPPSEVVEV+TF+HACEGDAVTKL+ EKIP FNAPIYL+NKTQIGKVD
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        EIFGPINES FSIKMMEGIVATSY+ GDKF+IDP KLLPLARFLPQP  +                G     G GRG  RG GRGG   RGRG PRGGR 
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AT5G18180.1 H/ACA ribonucleoprotein complex, subunit Gar1/Naf1 protein1.1e-4966.36Show/hide
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        MRPPRGGG FR        GRGG   GG GRG GR  GR GGG  DEGPPSEVVEV+TFLHACEGDAV KL+N KIP FNAPIYLQNKTQIG+VDEIFGP
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Sequences Show/hide sequences
CDS sequenceShow/hide CDS sequence
ATGCGACCTCCAAGGGGCGGCGGTGGCTTCAGGGGAGGCCGTGACGGTGGTTTTGGCGGCAGAGGAGGTGGCCGAGGCGGCGGCGGCGGCAGGGGAGGTGGCCGCTTTGG
TGGTCGTGGCGGCGGAGGCTTCCGTGATGAGGGTCCTCCATCTGAAGTTGTTGAGGTTTCTACTTTCCTTCATGCTTGTGAGGGAGATGCAGTCACAAAGCTCACAAATG
AGAAGATTCCTTTCTTTAATGCCCCCATTTATCTTCAAAATAAGACTCAGATAGGGAAAGTTGATGAAATTTTCGGCCCCATCAATGAATCCTATTTCTCGATCAAAATG
ATGGAAGGAATTGTCGCCACATCGTATGCTTCTGGGGATAAATTTTATATTGATCCAGCTAAACTTTTACCTCTTGCTAGATTCCTCCCACAACCGAATATCCGAATATT
GGTTGTGGATCACGATTCATATTATTTGTTTCCTGTTAGAAGGGGAACGTTTTCCTCTAGAGGCGGAGGTCGTGGAGGTGGCAGAGGTGGCCGTGGGGGTGGTGGCTTTC
GTGGAAGGGGTGGCCCAAGAGGTGGCAGAGGTGGCCCTCCAAGAGGTGGTGGCCGTGGTGGCTTTAGGGGTAGAGGAAGATTCTAG
mRNA sequenceShow/hide mRNA sequence
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TACTAACCACTGGAACTGATTGCAATCTTTTCCTGAATATAATGTATGGATTGAGTTCGTGGATGATGAACTTACGATTGCCATATTTCTCTTACTGCCGAATTTCTGAG
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CATTTTTGCAATGAAGTTTTGGTTTCTTATGAAAAAGAACTATTGTCATATTGGTATGGTACTGTCG
Protein sequenceShow/hide protein sequence
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