; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; CuGenDBv2

Lsi01G018810 (gene) of Bottle gourd (USVL1VR-Ls) v1 genome

Gene IDLsi01G018810
OrganismLagenaria siceraria USVL1VR-Ls (Bottle gourd (USVL1VR-Ls) v1)
DescriptionZinc finger BED domain-containing protein RICESLEEPER 4-like
Genome locationchr01:21473921..21476663
RNA-Seq ExpressionLsi01G018810
SyntenyLsi01G018810
Gene Ontology termsGO:0006508 - proteolysis (biological process)
GO:0009791 - post-embryonic development (biological process)
GO:0005634 - nucleus (cellular component)
GO:0003677 - DNA binding (molecular function)
GO:0004177 - aminopeptidase activity (molecular function)
GO:0008237 - metallopeptidase activity (molecular function)
GO:0008270 - zinc ion binding (molecular function)
GO:0046983 - protein dimerization activity (molecular function)
InterPro domainsIPR008906 - HAT, C-terminal dimerisation domain
IPR012337 - Ribonuclease H-like superfamily


Homology Show/hide homology
GenBank top hitse value%identityAlignment
ACX85638.1 putative transposase [Cucumis melo]6.4e-5375.82Show/hide
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ACX85638.1 putative transposase [Cucumis melo]8.4e-1364.41Show/hide
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KAA0034838.1 putative transposase [Cucumis melo var. makuwa]1.6e-5652.35Show/hide
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KAA0039652.1 zinc finger BED domain-containing protein RICESLEEPER 2-like isoform X3 [Cucumis melo var. makuwa]1.3e-5379.86Show/hide
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TYK04294.1 zinc finger BED domain-containing protein RICESLEEPER 4-like [Cucumis melo var. makuwa]4.9e-5377.03Show/hide
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XP_022159082.1 uncharacterized protein LOC111025523 [Momordica charantia]3.4e-5478.08Show/hide
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TrEMBL top hitse value%identityAlignment
A0A5A7SW63 Putative transposase7.8e-5752.35Show/hide
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A0A5D3B9J0 Zinc finger BED domain-containing protein RICESLEEPER 2-like isoform X36.2e-5479.86Show/hide
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A0A5D3BZ93 Zinc finger BED domain-containing protein RICESLEEPER 4-like2.4e-5377.03Show/hide
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A0A6J1DYU8 uncharacterized protein LOC1110255231.6e-5478.08Show/hide
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E5GB32 Transposase3.1e-5375.82Show/hide
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SwissProt top hitse value%identityAlignment
B9FJG3 Zinc finger BED domain-containing protein RICESLEEPER 11.6e-1444.68Show/hide
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P08770 Putative AC transposase4.3e-1238.04Show/hide
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        KD D  ++ E+ +Y+ E  ++     ++L+WW+   + + I++Q+A D+ +I +STV SESAF+ GGRV+D +R+ L  +  EALIC ++W+
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Q6AVI0 Zinc finger BED domain-containing protein RICESLEEPER 21.4e-1546.81Show/hide
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Q75HY5 Zinc finger BED domain-containing protein RICESLEEPER 39.4e-1546.81Show/hide
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        +E+ +YL+EA   RI+D    +L WWKLN+ +F  +S++A D+ +IP+S V S     SA  TG ++LD +RSSL P+T EAL CA++WLQ  P
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Q9M2N5 Zinc finger BED domain-containing protein DAYSLEEPER1.9e-1240Show/hide
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        K+E+ +YLDE  +   +  ++L+WWK N  ++  +S++A DI SIP+S    +  F+   R +D +++SL P+T EALICA+ WL
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Arabidopsis top hitse value%identityAlignment
AT1G18560.1 BED zinc finger ;hAT family dimerisation domain2.8e-0626.19Show/hide
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        E+ +YL E+ I     ++L+WWK+NS R+  +S +A D  ++  ++   E  F   G  +D  +  +   + +++IC ++W+++
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AT3G42170.1 BED zinc finger ;hAT family dimerisation domain1.4e-1340Show/hide
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        K+E+ +YLDE  +   +  ++L+WWK N  ++  +S++A DI SIP+S    +  F+   R +D +++SL P+T EALICA+ WL
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Sequences Show/hide sequences
CDS sequenceShow/hide CDS sequence
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AATGTTAGGAAAAAGAAAACCTACTAAAGCAACATCATTGGCTTGGGAACATTTTATTAAGGTAGAAGGATATGATCCTGAACATCCTAGGGCTGCTTGTAAGTACTGTG
GGACTACATATGCATGTGATTCCAAGAGAAATGTTCCATCTATCTCATCTAATGCATCGAGTGGAACTGGATCCTATAGGGTACGTGCTGCTGTTCATGATAGATTTAAA
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mRNA sequenceShow/hide mRNA sequence
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Protein sequenceShow/hide protein sequence
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