CuGenDBv2

Gene ID	Lsi01G019100
Organism	Lagenaria siceraria USVL1VR-Ls (Bottle gourd (USVL1VR-Ls) v1)
Description	Protein TIC 214
Genome location	chr01:22983754..23020886
RNA-Seq Expression	Lsi01G019100
Synteny	Lsi01G019100
Gene Ontology terms	GO:0015031 - protein transport (biological process) GO:0009706 - chloroplast inner membrane (cellular component) GO:0016021 - integral component of membrane (cellular component)
InterPro domains	IPR008896 - Protein TIC214

Homology

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Q0ZIW0 Protein TIC 214

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Arabidopsis top hits

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AT2G07739.1 Ycf1 protein

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ATCG01000.1 Ycf1 protein

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        NNHKHFFDYGSTTRN MRNL IQCVFLNNLIFQLFNHFILPSSML RLVNI MFRCNNKMLFVTSSFVGWLIGHILFMKWVGL+LVWIQQNNSIRSNV+I
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        RSNKY  LVSELRNSMARIFSILLFITCVYYLGRIPSPI TKKLK TSET    +++  S EE  F
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ATCG01130.1 Ycf1 protein

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        NNHKHFFDYGSTTRN MRNL IQCVFLNNLIFQLFNHFILPSSML RLVNI MFRCNNKMLFVTSSFVGWLIGHILFMKWVGL+LVWIQQNNSIRSNV+I
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        RSNKY  LVSELRNSMARIFSILLFITCVYYLGRIPSPI TKKLK TSET    +++  S EE  F
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ATMG00370.1 Ycf1 protein

1.7e-80

86.74

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Sequences

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CDS sequence

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AGAAACTCAATGCGTAATCTTAGCATTCAATGTGTATTCCTGAATAATCTCATTTTTCAATTATTCAACCATTTCATTTTACCAAGTTCAATGTTAGTCAGATTAGTCAA
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ATTACCTGTGTCTACTATTTAGGCAGAATACCGTCACCCATTGTTACTAAGAAACTGAAAGAAACCTCAGAAACGGAGGAAAGGGGGGAAAGCGAGGAAGAAACAGATTT
TTTGGAGGGGCAGGTGGTCCCAAATGGGAAATATAGAACTGTTGATATGATCTCCTCCACTTCCCGGAGCAACCATCATTCCACCACCACTACCTCCGCCTTTGCTCCCA
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ACAAAAGATTTCTACTTTCGTGGAAAAGAACAAATCTGTACTGGGGAAGAGGCTGTTCAAAATTGAAAAT

mRNA sequence

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Protein sequence

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RNSMRNLSIQCVFLNNLIFQLFNHFILPSSMLVRLVNISMFRCNNKMLFVTSSFVGWLIGHILFMKWVGLILVWIQQNNSIRSNVLIRSNKYLVSELRNSMARIFSILLF
ITCVYYLGRIPSPIVTKKLKETSETEERGESEEETDFLEGQVVPNGKYRTVDMISSTSRSNHHSTTTTSAFAPTSSATTFATSTSTATSSASITTSTSSTTLSTAASHQL
RKFKDQGFLIYEEENNIRVLLEYEGKLIQDETIIYMQQKISTFVEKNKSVLGKRLFKIEN

Lsi01G019100 (gene) of Bottle gourd (USVL1VR-Ls) v1 genome