; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; CuGenDBv2

Lsi02G005220 (gene) of Bottle gourd (USVL1VR-Ls) v1 genome

Gene IDLsi02G005220
OrganismLagenaria siceraria USVL1VR-Ls (Bottle gourd (USVL1VR-Ls) v1)
Descriptionprotein TAPETUM DETERMINANT 1-like
Genome locationchr02:4474111..4476111
RNA-Seq ExpressionLsi02G005220
SyntenyLsi02G005220
Gene Ontology termsGO:0001709 - cell fate determination (biological process)
GO:0016021 - integral component of membrane (cellular component)
InterPro domainsIPR040361 - Tapetum determinant 1


Homology Show/hide homology
GenBank top hitse value%identityAlignment
KAG7019756.1 Protein TAPETUM DETERMINANT 1 [Cucurbita argyrosperma subsp. argyrosperma]6.0e-7691.45Show/hide
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XP_008439976.1 PREDICTED: protein TAPETUM DETERMINANT 1 [Cucumis melo]2.3e-7591.22Show/hide
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XP_022137731.1 protein TAPETUM DETERMINANT 1-like isoform X1 [Momordica charantia]1.6e-7690.85Show/hide
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XP_022923940.1 protein TAPETUM DETERMINANT 1-like [Cucurbita moschata]6.0e-7691.45Show/hide
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XP_038893959.1 protein TAPETUM DETERMINANT 1-like [Benincasa hispida]7.6e-7993.92Show/hide
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TrEMBL top hitse value%identityAlignment
A0A0A0LUG9 Uncharacterized protein5.5e-7590.54Show/hide
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A0A1S3B0P8 protein TAPETUM DETERMINANT 11.1e-7591.22Show/hide
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A0A5A7UPF3 Protein TAPETUM DETERMINANT 11.1e-7591.22Show/hide
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A0A6J1C840 protein TAPETUM DETERMINANT 1-like isoform X17.6e-7790.85Show/hide
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A0A6J1EDD3 protein TAPETUM DETERMINANT 1-like2.9e-7691.45Show/hide
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SwissProt top hitse value%identityAlignment
A8MS78 Uncharacterized protein At1g058354.4e-0538.89Show/hide
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        + VEV+N C   C I  +  KC  F  + L++P   + L     +C+VNDG PL    TLSF Y+NT+ + L
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Q1G3T1 TPD1 protein homolog 13.0e-3857.04Show/hide
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        SF+ +  N T +   RKLLL+ +  I + T   G+ C+K DIV+ QG T PLP+G+P+YTVE+ N+CV+ C I  IH  CGWFSS  L+NPRVF+RL YD
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        DCLVNDG+PL  G +LSFQYAN++ YPLSV+SV C
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Q2QR54 TPD1 protein homolog 1A2.0e-2956.44Show/hide
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        DI I QG   PLP+G+P YTV+V+N C  G      C I GIH +CGWFSS  L++PRVF+RL +DDCL+NDG+PL+ G T+SF+Y N++PY LSVS   
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Query:  C
        C
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Q6TLJ2 Protein TAPETUM DETERMINANT 11.2e-3961.9Show/hide
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        HRK+LL    T +     EP RI GEKC  +DIV+NQ  T P+P GIP Y VE+ N C++GC I  IH  CGWFSSA LINPRVFKR+ YDDCLVN+GKP
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        L +G TLSF YANT+PY LSV+ V C
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Q8S6P9 TPD1 protein homolog 1B4.7e-2342.86Show/hide
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        R+  + C++ ++V+ Q     LP+GIPTY+VE++N C T C +Y +H  CG F+SA L++P  F+R+ ++DCLV  G  L     +SFQY+N++ YPL+V
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Query:  SSVVC
        ++V C
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Arabidopsis top hitse value%identityAlignment
AT1G05835.1 PHD finger protein3.1e-0638.89Show/hide
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        + VEV+N C   C I  +  KC  F  + L++P   + L     +C+VNDG PL    TLSF Y+NT+ + L
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AT1G32583.1 FUNCTIONS IN: molecular_function unknown2.1e-3957.04Show/hide
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        SF+ +  N T +   RKLLL+ +  I + T   G+ C+K DIV+ QG T PLP+G+P+YTVE+ N+CV+ C I  IH  CGWFSS  L+NPRVF+RL YD
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        DCLVNDG+PL  G +LSFQYAN++ YPLSV+SV C
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AT4G24972.1 tapetum determinant 18.7e-4161.9Show/hide
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        HRK+LL    T +     EP RI GEKC  +DIV+NQ  T P+P GIP Y VE+ N C++GC I  IH  CGWFSSA LINPRVFKR+ YDDCLVN+GKP
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Query:  LVYGGTLSFQYANTYPYPLSVSSVVC
        L +G TLSF YANT+PY LSV+ V C
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Sequences Show/hide sequences
CDS sequenceShow/hide CDS sequence
ATGATTGCAGATCTGGATATTATGAACTCGAGTCCACCGAGTTTCCTTCGGTTAGGTTTGAACAGCACAATAGTTGGCCCTCATCGGAAGCTTCTCCTCACTAAAGAAGC
AACAATTGAGGAACCAACCAGAATTTGGGGTGAAAAGTGTACTAAATCAGACATTGTGATTAACCAAGGCCCCACAGCTCCACTTCCAACTGGTATCCCCACCTACACTG
TGGAAGTGGTGAACGCTTGTGTCACTGGATGTGAGATCTATGGTATACACTTCAAATGTGGTTGGTTTAGCTCAGCCCACCTCATCAATCCCAGAGTCTTCAAGCGTCTA
CGTTATGACGACTGCCTCGTAAACGATGGCAAGCCTCTTGTCTACGGCGGGACACTCTCATTCCAATATGCAAACACTTATCCATACCCGCTTTCAGTCTCCTCAGTTGT
CTGCAACTGA
mRNA sequenceShow/hide mRNA sequence
ATGATTGCAGATCTGGATATTATGAACTCGAGTCCACCGAGTTTCCTTCGGTTAGGTTTGAACAGCACAATAGTTGGCCCTCATCGGAAGCTTCTCCTCACTAAAGAAGC
AACAATTGAGGAACCAACCAGAATTTGGGGTGAAAAGTGTACTAAATCAGACATTGTGATTAACCAAGGCCCCACAGCTCCACTTCCAACTGGTATCCCCACCTACACTG
TGGAAGTGGTGAACGCTTGTGTCACTGGATGTGAGATCTATGGTATACACTTCAAATGTGGTTGGTTTAGCTCAGCCCACCTCATCAATCCCAGAGTCTTCAAGCGTCTA
CGTTATGACGACTGCCTCGTAAACGATGGCAAGCCTCTTGTCTACGGCGGGACACTCTCATTCCAATATGCAAACACTTATCCATACCCGCTTTCAGTCTCCTCAGTTGT
CTGCAACTGAAACTACATGCGCCAAACCAATTAGGAGACGCTCATATGAAGCACTTGAAGCAGCAGCAGGTACTTTAGTCGATTACTGATTGACAATGGCGCCCCCCCAC
CTGCCTTTTCTTGTCCCTTCTTTTCAGTTTTTTGGGTTCTGCTTTTGCTTTATATGTGTGTGGCCTGTTAGATTGGTTGTTTTCAATTTCTGTTCCTAGGAGTTTTTTCT
TTCTTTCTAGAGAGGTCTGATTTTTACTGTCGTCTCGAGGTTGGAGGGGTAAGGTTTGTGGTTTAATAATGGTCATTGAACCAACTTTGCATACACATATATAGATGGTG
AGTTAGGCAAGAAATGATAGAAAACTACTTCATTTTGATATTTTTTTTTTGGGTTGTGTGAGATAGGCATGGAGGGTAGGAAGGCCAAGTGTATATATACAGTTATATAG
AACTGTGTTAGTTTGACAAGTTCATGAGATTTACAGCCATTATATGCCAGAGTAGCTCCACTTGTTCGTTTGCTTACCTAATTAATGACCCTCTTAATATTTCACTCCCT
TTCCCCAATCTCTCTCTCACGCAGAACACATTTTGTAGGCCATGGTGTATTAATATAGAA
Protein sequenceShow/hide protein sequence
MIADLDIMNSSPPSFLRLGLNSTIVGPHRKLLLTKEATIEEPTRIWGEKCTKSDIVINQGPTAPLPTGIPTYTVEVVNACVTGCEIYGIHFKCGWFSSAHLINPRVFKRL
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