; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; CuGenDBv2

Lsi02G006330 (gene) of Bottle gourd (USVL1VR-Ls) v1 genome

Gene IDLsi02G006330
OrganismLagenaria siceraria USVL1VR-Ls (Bottle gourd (USVL1VR-Ls) v1)
DescriptionLate embryogenesis abundant (LEA) hydroxyproline-rich glycoprotein family
Genome locationchr02:5652306..5654712
RNA-Seq ExpressionLsi02G006330
SyntenyLsi02G006330
Gene Ontology termsGO:0098542 - defense response to other organism (biological process)
GO:0009506 - plasmodesma (cellular component)
GO:0016021 - integral component of membrane (cellular component)
GO:0046658 - anchored component of plasma membrane (cellular component)
InterPro domainsIPR004864 - Late embryogenesis abundant protein, LEA_2 subgroup
IPR044839 - Protein NDR1-like


Homology Show/hide homology
GenBank top hitse value%identityAlignment
XP_004153455.1 NDR1/HIN1-like protein 26 [Cucumis sativus]9.6e-10587.17Show/hide
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XP_022955056.1 NDR1/HIN1-like protein 26 [Cucurbita moschata]1.2e-10284.75Show/hide
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XP_022994264.1 NDR1/HIN1-like protein 26 [Cucurbita maxima]1.1e-10385.2Show/hide
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XP_038895222.1 NDR1/HIN1-like protein 26 [Benincasa hispida]1.5e-11394.17Show/hide
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TrEMBL top hitse value%identityAlignment
A0A0A0LUA7 LEA_2 domain-containing protein4.6e-10587.17Show/hide
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A0A1S4DSX4 NDR1/HIN1-like protein 121.9e-10688.05Show/hide
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A0A5A7UTL7 NDR1/HIN1-like protein 121.9e-10688.05Show/hide
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A0A6J1GSN4 NDR1/HIN1-like protein 265.7e-10384.75Show/hide
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A0A6J1K2E7 NDR1/HIN1-like protein 265.1e-10485.2Show/hide
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SwissProt top hitse value%identityAlignment
Q9FI03 NDR1/HIN1-like protein 263.1e-1328.19Show/hide
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        S ++ A +   ++  R  KL       F  LLLI+    F++WL L P RP F + +  +  L+L        N+ +   + ++N N  +GIYYD +   
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          Y+ Q++ S   L  +Y+  +   +LTA L G  L V +    +IS +RS  G +   +++   +R++I  W S  +  + NCL  V
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Q9FNH6 NDR1/HIN1-like protein 31.1e-1027.54Show/hide
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        +  +I  I +++ +++GI   I+WL  RP+  +F + D  +T  +LD        +  N T RN N  IG+YYD +    YY DQ+ G +  +  +Y+G 
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        K T V+   L G+ L +      +  N+  N        ++   IRF+     S R      C + V
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Q9SJ52 NDR1/HIN1-like protein 104.9e-1128.4Show/hide
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        L   + +SL++I+G+   I WL +RP   +F + D S+T     S DN      +   V  RN N  IG+YYD +    YY+ ++  ST  L  +Y+G K
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         T VLT    G+ L +         N     G     ++    +RF++     +R     +C
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Q9SJ54 NDR1/HIN1-like protein 123.8e-1123.9Show/hide
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        IC + +  ++IV I  F++W+ L+P +PRF + D +V   +L       +     + +RN N  IGIYYD +     Y++Q++     +   Y+G K   
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Query:  VLTAVLSGETLNVDRQRWMEISNDRSNKGAVAFRLEISTTIRFRISAWDSKRHGMHANC
        V +  + G ++ +     + +  D  N+G V   +     +R+++    + ++ +H  C
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Q9SRN1 NDR1/HIN1-like protein 25.6e-1531.65Show/hide
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        +  LIC I +++ +I+G+   ILWL  RP+  +F++ D ++   S D N   +  +  N T RN N  +G+YYD  S S YY DQ+ GS   + S+Y+G 
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        K T V+   + G+ L V          D    G      ++  ++RF+   I +W  K
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Arabidopsis top hitse value%identityAlignment
AT1G61760.1 Late embryogenesis abundant (LEA) hydroxyproline-rich glycoprotein family5.5e-6656.22Show/hide
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        LPV+  + P  RP  RHHSA    HRVKESLTTRVSKLICAIFLSLLL +GIITFILW+SL+PHRPR  I  FS++GLS  +GFE + I F +TA N N 
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Query:  NIGIYYDSMSGSVYYKDQKLGSTPLLDSYYEGPKTTKVLTAVLSGETLNVDRQRWMEISNDRSNKGAVAFRLEISTTIRFRISAWDSKRHGMHANCLVSV
        N+GIYYDSM GSVYYK++++GST L + +Y+ PK T  +   LS   + V++ RWME+  DR N+G + FRL++ + IRF++  W SK H M+A+C + +
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        G DGM+L ++KD RCPV
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AT3G11650.1 NDR1/HIN1-like 24.0e-1631.65Show/hide
Query:  VSKLICAIFLSLLLIVGIITFILWLSLRPHRPRFFIHDFSVTGLSLD-NGFENAQIVFNVTARNSNLNIGIYYDSMSGSVYYKDQKLGSTPLLDSYYEGP
        +  LIC I +++ +I+G+   ILWL  RP+  +F++ D ++   S D N   +  +  N T RN N  +G+YYD  S S YY DQ+ GS   + S+Y+G 
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        K T V+   + G+ L V          D    G      ++  ++RF+   I +W  K
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AT4G01410.1 Late embryogenesis abundant (LEA) hydroxyproline-rich glycoprotein family2.0e-1532.3Show/hide
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        + IC    ++L+I+GII  ILWL  RPH+PR  +   ++  L+       +  + F+V ARN N  + I+YD +S  V YKDQ +     L     G K+
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        T V+  V+ G  + V  +    + ND +  G V  R+ I   +R++  A  + R+G +A C
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AT4G05220.1 Late embryogenesis abundant (LEA) hydroxyproline-rich glycoprotein family5.8e-6856.22Show/hide
Query:  LPVQHTNTPEQRPTKRHHSARYYAHRVKESLTTRVSKLICAIFLSLLLIVGIITFILWLSLRPHRPRFFIHDFSVTGLSLDNGFENAQIVFNVTARNSNL
        +P++ +  P  +P KRHHSA YYAHRV+ESL+TR+SK ICA+FL +L  VG+I FILWLSLRPHRPRF I DF V GL    G ENA+I FNVT  N N 
Subjt:  LPVQHTNTPEQRPTKRHHSARYYAHRVKESLTTRVSKLICAIFLSLLLIVGIITFILWLSLRPHRPRFFIHDFSVTGLSLDNGFENAQIVFNVTARNSNL

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        ++G+Y+DSM GS+YYKDQ++G  PLL+ +++ P  T ++T  L+G +L V+  RW E SNDR+ +G V FRL+I +TIRF++  W SK H MHANC + V
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Query:  GPDGMILPSSKDIRCPV
        G DG+ILP     RCPV
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AT5G22200.1 Late embryogenesis abundant (LEA) hydroxyproline-rich glycoprotein family4.4e-1526.74Show/hide
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        L L++ V  + F++W  L PH PRF + D ++   ++    F ++ +   V++RN N  IGI+YD +   V Y++Q++    LL S Y+G     V +  
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Query:  LSGETLNVDRQRWMEISNDRSNKGAVAFRLEISTTIRFRISAWDSKRHGMHANCLVSVGPDGMILPSSKDIR
        L G  + V       ++ D    G V   ++I   +R+++ +W S  + +H NC   +   G +  +   I+
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Sequences Show/hide sequences
CDS sequenceShow/hide CDS sequence
ATGCAGAGTCCCAGCCAGTTGCCCGTACAGCATACGAACACGCCAGAGCAGCGCCCAACCAAGCGCCATCACTCGGCGCGTTACTACGCGCACCGTGTCAAGGAGAGCCT
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TATTACGACTCCATGTCCGGTTCGGTTTATTATAAGGACCAAAAACTCGGGTCCACGCCGTTGCTGGATTCTTATTACGAAGGGCCGAAGACTACCAAAGTGCTGACGGC
GGTGCTGAGTGGAGAGACGTTGAACGTCGATAGGCAGCGATGGATGGAAATAAGTAATGACCGGTCTAATAAAGGGGCCGTGGCTTTCCGGTTGGAGATTTCGACGACCA
TCCGGTTCAGAATATCGGCGTGGGATAGTAAGCGGCACGGTATGCATGCTAATTGTCTCGTGTCGGTGGGCCCCGATGGGATGATTTTGCCTTCTTCGAAGGATATCAGA
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CGACACCGTTCTTGCTAGAAACTCTTCTTCCTTAGCTTTGAATGTGACCATTTCAAATCCCAACAAAATGATTGGTATTTTCTTTGATGAGCTTAATATAACAATAGGCT
GCAAAAACGAGAGCGTTATTGGGTCGAGGTCGTGGTCGAGGTTGGTGCCAGGATTTTATTTGAGCTACAAGAGAAGTGATTTAGAAGAGGTTGATTTGGGTGTACTTGAG
AATAATGGATTGTCATTGTGTGGGAAAGTTGATTATTATTTGAGGGTTGGGTTGGAGACGGGTGTTAGATATAAGATTATGTGGTTCAGGACCAAGCATCGTGAGTTGGT
TTTTGAAGATTATGTTCAAATTGGTCCTGCTGGGCAGATGCTAGGAACAAGACAAATGAAGTTAAAGCTAAGTTTTTTGAAGTTGTAG
mRNA sequenceShow/hide mRNA sequence
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CACCACGCGCGTTTCAAAGCTCATATGCGCTATTTTCTTGAGCCTGTTGTTGATTGTAGGCATCATAACGTTTATATTATGGCTGAGTTTACGACCCCACCGCCCACGAT
TTTTCATCCACGATTTTTCGGTTACGGGTTTGAGCCTTGATAATGGCTTTGAAAATGCCCAAATTGTCTTCAATGTCACGGCTCGAAACTCCAATCTCAACATTGGGATC
TATTACGACTCCATGTCCGGTTCGGTTTATTATAAGGACCAAAAACTCGGGTCCACGCCGTTGCTGGATTCTTATTACGAAGGGCCGAAGACTACCAAAGTGCTGACGGC
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AATAATGGATTGTCATTGTGTGGGAAAGTTGATTATTATTTGAGGGTTGGGTTGGAGACGGGTGTTAGATATAAGATTATGTGGTTCAGGACCAAGCATCGTGAGTTGGT
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Protein sequenceShow/hide protein sequence
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