; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; CuGenDBv2

Lsi02G008790 (gene) of Bottle gourd (USVL1VR-Ls) v1 genome

Gene IDLsi02G008790
OrganismLagenaria siceraria USVL1VR-Ls (Bottle gourd (USVL1VR-Ls) v1)
DescriptionChlorophyll a-b binding protein, chloroplastic
Genome locationchr02:8306933..8308894
RNA-Seq ExpressionLsi02G008790
SyntenyLsi02G008790
Gene Ontology termsGO:0009416 - response to light stimulus (biological process)
GO:0009768 - photosynthesis, light harvesting in photosystem I (biological process)
GO:0018298 - protein-chromophore linkage (biological process)
GO:0009522 - photosystem I (cellular component)
GO:0009523 - photosystem II (cellular component)
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GO:0016168 - chlorophyll binding (molecular function)
GO:0046872 - metal ion binding (molecular function)
InterPro domainsIPR001344 - Chlorophyll A-B binding protein, plant and chromista
IPR022796 - Chlorophyll A-B binding protein
IPR023329 - Chlorophyll a/b binding domain superfamily


Homology Show/hide homology
GenBank top hitse value%identityAlignment
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XP_038877609.1 chlorophyll a-b binding protein of LHCII type 1-like [Benincasa hispida]5.2e-13391.73Show/hide
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TrEMBL top hitse value%identityAlignment
A0A1S3BAK6 Chlorophyll a-b binding protein, chloroplastic5.6e-13390.94Show/hide
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A0A5D3DAQ5 Chlorophyll a-b binding protein, chloroplastic5.6e-13390.94Show/hide
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A0A6J1CDN4 Chlorophyll a-b binding protein, chloroplastic9.5e-13391.29Show/hide
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A0A6J1CKT5 Chlorophyll a-b binding protein, chloroplastic2.5e-13391.32Show/hide
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A0A6J1KQK6 Chlorophyll a-b binding protein, chloroplastic3.3e-13391.32Show/hide
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SwissProt top hitse value%identityAlignment
P07370 Chlorophyll a-b binding protein 1B, chloroplastic4.4e-12783.4Show/hide
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P08221 Chlorophyll a-b binding protein of LHCII type I, chloroplastic (Fragment)2.6e-12786.67Show/hide
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P09756 Chlorophyll a-b binding protein 3, chloroplastic1.0e-12887.5Show/hide
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P27493 Chlorophyll a-b binding protein 21, chloroplastic3.6e-12984.91Show/hide
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P27495 Chlorophyll a-b binding protein 40, chloroplastic2.8e-12985.77Show/hide
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Arabidopsis top hitse value%identityAlignment
AT1G29910.1 chlorophyll A/B binding protein 36.1e-12481.65Show/hide
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Query:  LADDPEAFAELKVKELKNGRLAMFSMFGFFVQAIVTGKGPLENLADHLADPVNNNAWAYATNFVPGK
        LA DPEAFAELKVKELKNGRLAMFSMFGFFVQAIVTGKGP+ENLADHLADPVNNNAWA+ATNFVPGK
Subjt:  LADDPEAFAELKVKELKNGRLAMFSMFGFFVQAIVTGKGPLENLADHLADPVNNNAWAYATNFVPGK

AT1G29920.1 chlorophyll A/B-binding protein 26.1e-12481.65Show/hide
Query:  MAASTMALSSPSLAGKAVKLTPSSPELLGNGRVSMRKSASKSVS-SGSPWYGPDRVKYLGPFSGESPSYLTGEFPGDYGWDTAGLSADPETFAKNRELEV
        MAASTMALSSP+ AGKAV L+P++ E+LG+GRV+MRK+ +K    SGSPWYG DRVKYLGPFSGESPSYLTGEFPGDYGWDTAGLSADPETFA+NRELEV
Subjt:  MAASTMALSSPSLAGKAVKLTPSSPELLGNGRVSMRKSASKSVS-SGSPWYGPDRVKYLGPFSGESPSYLTGEFPGDYGWDTAGLSADPETFAKNRELEV

Query:  IHSRWAMLGALGCVFPELLSRNGVKFGEAVWFKAGSQIFSEGGLDYLGNPSLIHAQSILAIWASQV--------------------TDPIYPGGSFDPLG
        IHSRWAMLGALGCVFPELL+RNGVKFGEAVWFKAGSQIFS+GGLDYLGNPSL+HAQSILAIWA+QV                     D +YPGGSFDPLG
Subjt:  IHSRWAMLGALGCVFPELLSRNGVKFGEAVWFKAGSQIFSEGGLDYLGNPSLIHAQSILAIWASQV--------------------TDPIYPGGSFDPLG

Query:  LADDPEAFAELKVKELKNGRLAMFSMFGFFVQAIVTGKGPLENLADHLADPVNNNAWAYATNFVPGK
        LA DPEAFAELKVKELKNGRLAMFSMFGFFVQAIVTGKGP+ENLADHLADPVNNNAWA+ATNFVPGK
Subjt:  LADDPEAFAELKVKELKNGRLAMFSMFGFFVQAIVTGKGPLENLADHLADPVNNNAWAYATNFVPGK

AT1G29930.1 chlorophyll A/B binding protein 11.6e-12482.02Show/hide
Query:  MAASTMALSSPSLAGKAVKLTPSSPELLGNGRVSMRKSASKSVS-SGSPWYGPDRVKYLGPFSGESPSYLTGEFPGDYGWDTAGLSADPETFAKNRELEV
        MAASTMALSSP+ AGKAVKL+P++ E+LG+GRV+MRK+ +K    SGSPWYG DRVKYLGPFSGESPSYLTGEFPGDYGWDTAGLSADPETFA+NRELEV
Subjt:  MAASTMALSSPSLAGKAVKLTPSSPELLGNGRVSMRKSASKSVS-SGSPWYGPDRVKYLGPFSGESPSYLTGEFPGDYGWDTAGLSADPETFAKNRELEV

Query:  IHSRWAMLGALGCVFPELLSRNGVKFGEAVWFKAGSQIFSEGGLDYLGNPSLIHAQSILAIWASQV--------------------TDPIYPGGSFDPLG
        IHSRWAMLGALGCVFPELL+RNGVKFGEAVWFKAGSQIFS+GGLDYLGNPSL+HAQSILAIWA+QV                     D +YPGGSFDPLG
Subjt:  IHSRWAMLGALGCVFPELLSRNGVKFGEAVWFKAGSQIFSEGGLDYLGNPSLIHAQSILAIWASQV--------------------TDPIYPGGSFDPLG

Query:  LADDPEAFAELKVKELKNGRLAMFSMFGFFVQAIVTGKGPLENLADHLADPVNNNAWAYATNFVPGK
        LA DPEAFAELKVKELKNGRLAMFSMFGFFVQAIVTGKGP+ENLADHLADPVNNNAWA+ATNFVPGK
Subjt:  LADDPEAFAELKVKELKNGRLAMFSMFGFFVQAIVTGKGPLENLADHLADPVNNNAWAYATNFVPGK

AT2G34420.1 photosystem II light harvesting complex gene B1B21.7e-12180.9Show/hide
Query:  MAASTMALSSPSLAGKAVKLTPSSPELLGNGRVSMRKSASKSVS-SGSPWYGPDRVKYLGPFSGESPSYLTGEFPGDYGWDTAGLSADPETFAKNRELEV
        MA+STMALSSP+ AGKAVK  P++ ++LG+GRV+MRK+ +K    SGSPWYG DRVKYLGPFSGE PSYLTGEFPGDYGWDTAGLSADPETFA+NRELEV
Subjt:  MAASTMALSSPSLAGKAVKLTPSSPELLGNGRVSMRKSASKSVS-SGSPWYGPDRVKYLGPFSGESPSYLTGEFPGDYGWDTAGLSADPETFAKNRELEV

Query:  IHSRWAMLGALGCVFPELLSRNGVKFGEAVWFKAGSQIFSEGGLDYLGNPSLIHAQSILAIWASQV--------------------TDPIYPGGSFDPLG
        IHSRWAMLGALGCVFPELL+RNGVKFGEAVWFKAGSQIFS+GGLDYLGNPSL+HAQSILAIWA+QV                     D +YPGGSFDPLG
Subjt:  IHSRWAMLGALGCVFPELLSRNGVKFGEAVWFKAGSQIFSEGGLDYLGNPSLIHAQSILAIWASQV--------------------TDPIYPGGSFDPLG

Query:  LADDPEAFAELKVKELKNGRLAMFSMFGFFVQAIVTGKGPLENLADHLADPVNNNAWAYATNFVPGK
        LA DPEAFAELKVKELKNGRLAMFSMFGFFVQAIVTGKGPLENLADHLADPVNNNAWA+ATNFVPGK
Subjt:  LADDPEAFAELKVKELKNGRLAMFSMFGFFVQAIVTGKGPLENLADHLADPVNNNAWAYATNFVPGK

AT2G34430.1 light-harvesting chlorophyll-protein complex II subunit B13.6e-12481.2Show/hide
Query:  MAASTMALSSPSLAGKAVKLTPSSPELLGNGRVSMRKSASKSVSSGSPWYGPDRVKYLGPFSGESPSYLTGEFPGDYGWDTAGLSADPETFAKNRELEVI
        MAASTMALSSP+L GKAVKL+P++ E+ G GR++MRK++  +  SGSPWYG DRVKYLGPFSGE PSYLTGEFPGDYGWDTAGLSADPETFA+NRELEVI
Subjt:  MAASTMALSSPSLAGKAVKLTPSSPELLGNGRVSMRKSASKSVSSGSPWYGPDRVKYLGPFSGESPSYLTGEFPGDYGWDTAGLSADPETFAKNRELEVI

Query:  HSRWAMLGALGCVFPELLSRNGVKFGEAVWFKAGSQIFSEGGLDYLGNPSLIHAQSILAIWASQV--------------------TDPIYPGGSFDPLGL
        HSRWAMLGALGCVFPELL+RNGVKFGEAVWFKAGSQIFS+GGLDYLGNPSL+HAQSILAIWA+QV                     D +YPGGSFDPLGL
Subjt:  HSRWAMLGALGCVFPELLSRNGVKFGEAVWFKAGSQIFSEGGLDYLGNPSLIHAQSILAIWASQV--------------------TDPIYPGGSFDPLGL

Query:  ADDPEAFAELKVKELKNGRLAMFSMFGFFVQAIVTGKGPLENLADHLADPVNNNAWAYATNFVPGK
        A DPEAFAELKVKELKNGRLAMFSMFGFFVQAIVTGKGPLENLADHLADPVNNNAWA+ATNFVPGK
Subjt:  ADDPEAFAELKVKELKNGRLAMFSMFGFFVQAIVTGKGPLENLADHLADPVNNNAWAYATNFVPGK


Sequences Show/hide sequences
CDS sequenceShow/hide CDS sequence
ATGGCGGCCTCAACAATGGCTTTGTCCTCGCCCTCACTCGCTGGAAAGGCGGTGAAACTCACGCCCTCCTCCCCTGAGCTTCTCGGCAACGGTAGAGTCAGCATGAGGAA
ATCCGCCTCCAAGTCGGTTTCTTCTGGAAGCCCATGGTACGGACCCGACCGTGTTAAGTATTTGGGACCATTCTCCGGCGAGTCTCCGTCATATCTTACCGGAGAATTCC
CCGGTGACTACGGCTGGGATACTGCCGGACTTTCCGCAGACCCTGAGACCTTCGCCAAGAACCGTGAGCTTGAAGTCATCCACTCTAGGTGGGCTATGTTGGGAGCATTG
GGCTGCGTTTTTCCAGAGCTTCTTTCCCGCAATGGCGTGAAGTTCGGAGAAGCGGTGTGGTTCAAGGCCGGTTCACAGATCTTCAGTGAAGGTGGGCTCGATTACTTAGG
GAACCCGAGCTTGATCCACGCCCAAAGCATTCTAGCCATTTGGGCCTCCCAGGTGACCGACCCGATTTATCCAGGTGGGAGCTTTGACCCGTTGGGCCTTGCAGACGACC
CAGAAGCCTTTGCAGAGCTGAAAGTGAAGGAGCTGAAGAATGGGAGATTGGCCATGTTCTCAATGTTTGGATTCTTCGTTCAAGCCATCGTGACAGGAAAGGGCCCACTT
GAGAATCTTGCTGACCATCTTGCTGACCCAGTCAACAACAATGCTTGGGCTTATGCTACCAACTTTGTTCCTGGAAAA
mRNA sequenceShow/hide mRNA sequence
AATTTCTTCAGTCCCAACTGTAAAATTAGCTTGTTGAATTCTTTACTTCCAATGGCGGCCTCAACAATGGCTTTGTCCTCGCCCTCACTCGCTGGAAAGGCGGTGAAACT
CACGCCCTCCTCCCCTGAGCTTCTCGGCAACGGTAGAGTCAGCATGAGGAAATCCGCCTCCAAGTCGGTTTCTTCTGGAAGCCCATGGTACGGACCCGACCGTGTTAAGT
ATTTGGGACCATTCTCCGGCGAGTCTCCGTCATATCTTACCGGAGAATTCCCCGGTGACTACGGCTGGGATACTGCCGGACTTTCCGCAGACCCTGAGACCTTCGCCAAG
AACCGTGAGCTTGAAGTCATCCACTCTAGGTGGGCTATGTTGGGAGCATTGGGCTGCGTTTTTCCAGAGCTTCTTTCCCGCAATGGCGTGAAGTTCGGAGAAGCGGTGTG
GTTCAAGGCCGGTTCACAGATCTTCAGTGAAGGTGGGCTCGATTACTTAGGGAACCCGAGCTTGATCCACGCCCAAAGCATTCTAGCCATTTGGGCCTCCCAGGTGACCG
ACCCGATTTATCCAGGTGGGAGCTTTGACCCGTTGGGCCTTGCAGACGACCCAGAAGCCTTTGCAGAGCTGAAAGTGAAGGAGCTGAAGAATGGGAGATTGGCCATGTTC
TCAATGTTTGGATTCTTCGTTCAAGCCATCGTGACAGGAAAGGGCCCACTTGAGAATCTTGCTGACCATCTTGCTGACCCAGTCAACAACAATGCTTGGGCTTATGCTAC
CAACTTTGTTCCTGGAAAA
Protein sequenceShow/hide protein sequence
MAASTMALSSPSLAGKAVKLTPSSPELLGNGRVSMRKSASKSVSSGSPWYGPDRVKYLGPFSGESPSYLTGEFPGDYGWDTAGLSADPETFAKNRELEVIHSRWAMLGAL
GCVFPELLSRNGVKFGEAVWFKAGSQIFSEGGLDYLGNPSLIHAQSILAIWASQVTDPIYPGGSFDPLGLADDPEAFAELKVKELKNGRLAMFSMFGFFVQAIVTGKGPL
ENLADHLADPVNNNAWAYATNFVPGK