; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; CuGenDBv2

Lsi02G013360 (gene) of Bottle gourd (USVL1VR-Ls) v1 genome

Gene IDLsi02G013360
OrganismLagenaria siceraria USVL1VR-Ls (Bottle gourd (USVL1VR-Ls) v1)
DescriptionC2H2-type domain-containing protein
Genome locationchr02:17850906..17851484
RNA-Seq ExpressionLsi02G013360
SyntenyLsi02G013360
Gene Ontology termsNA
InterPro domainsIPR013087 - Zinc finger C2H2-type
IPR036236 - Zinc finger C2H2 superfamily


Homology Show/hide homology
GenBank top hitse value%identityAlignment
XP_004145329.1 transcriptional regulator TAC1 [Cucumis sativus]1.0e-7280Show/hide
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         ++HGRS GG EETLISEE QQLPLF+E NPSNMDQNLEI QVLP +VD D KLGS  RHGSSVSELDLELRLGPEPQNST  SSLPTGRTTHFF
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XP_008457447.1 PREDICTED: transcriptional regulator TAC1-like [Cucumis melo]4.9e-7079.59Show/hide
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        MEID Q+DAS EYQ EQSGVN+S ARSYEC FCKRGFTNAQALGGHMNIHRKEKAKLKQS ++ SLSSSPNKMV+DT KM   M+ P R  PW V SPST
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         E+HGRS   G EETLISEE QQLPLF+E NPSN+DQNLEI QVLP EVD D KLGS  RHGSSVSELDLELRLGPEPQNSTPS SLPTGRTTHFF
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XP_022141797.1 transcriptional regulator TAC1-like [Momordica charantia]3.4e-4758.42Show/hide
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        MEID+         E+Q  + +   RSYECTFCKRGFTNAQALGGHMNIHRK+KAK+KQS SS SLS S NKM +D +  I+  + PAR LPW +  +T 
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             GED G  G       EETL   +VQQL LF E  SNMDQ   +HQVLP E  SD K+   F+HGS+VSELDLELRLGPEPQNSTPSS PTG + H
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Query:  FF
        FF
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XP_022755817.1 transcriptional regulator SUPERMAN-like [Durio zibethinus]5.8e-2344.32Show/hide
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        QE       + ARSY+CTFCKRGF+NAQALGGHMNIHR++KAKLKQ+    T+  SL       S SPN     T++ I         + P R  PW + 
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            +D  +     + T    E++QLPLF E PS  DQN        ++V    +   S   GSS SELDLELRLGPEPQ+S+PS
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XP_038895788.1 transcriptional regulator TAC1-like [Benincasa hispida]4.7e-8185.94Show/hide
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        MEI DQQDAS EYQEEQSGVNKSAARSYEC FCKRGFTNAQALGGHMNIHRKEKAKLKQS SSPSLSSS NKMV+D  KMI   TPP   LPW VSPS  
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        E H RSGGGREETLISEEVQQLPLF++N SNMDQNL+IHQVLP EV SDPKLGSSFRHGSS+SELDLELRLGPEPQNSTPSSL TGRTTHFF
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TrEMBL top hitse value%identityAlignment
A0A0A0LXG2 C2H2-type domain-containing protein5.1e-7380Show/hide
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        MEID Q+DAS EYQEEQSGVN+S  RSYEC FCKRGFTNAQALGGHMNIHRKEKAKLKQS ++ SLSSSPNKMV+DT KM   M+ P R LPW V SPST
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         ++HGRS GG EETLISEE QQLPLF+E NPSNMDQNLEI QVLP +VD D KLGS  RHGSSVSELDLELRLGPEPQNST  SSLPTGRTTHFF
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A0A1S3C679 transcriptional regulator TAC1-like2.4e-7079.59Show/hide
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        MEID Q+DAS EYQ EQSGVN+S ARSYEC FCKRGFTNAQALGGHMNIHRKEKAKLKQS ++ SLSSSPNKMV+DT KM   M+ P R  PW V SPST
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         E+HGRS   G EETLISEE QQLPLF+E NPSN+DQNLEI QVLP EVD D KLGS  RHGSSVSELDLELRLGPEPQNSTPS SLPTGRTTHFF
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A0A5A7VKP9 Transcriptional regulator TAC1-like2.4e-7079.59Show/hide
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         E+HGRS   G EETLISEE QQLPLF+E NPSN+DQNLEI QVLP EVD D KLGS  RHGSSVSELDLELRLGPEPQNSTPS SLPTGRTTHFF
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A0A6J1CKV7 transcriptional regulator TAC1-like1.6e-4758.42Show/hide
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        MEID+         E+Q  + +   RSYECTFCKRGFTNAQALGGHMNIHRK+KAK+KQS SS SLS S NKM +D +  I+  + PAR LPW +  +T 
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Query:  -----GEDHGRSG----GGREETLISEEVQQLPLFIENPSNMDQNLEIHQVLPTEVDSDPKLGSSFRHGSSVSELDLELRLGPEPQNSTPSSLPTGRTTH
             GED G  G       EETL   +VQQL LF E  SNMDQ   +HQVLP E  SD K+   F+HGS+VSELDLELRLGPEPQNSTPSS PTG + H
Subjt:  -----GEDHGRSG----GGREETLISEEVQQLPLFIENPSNMDQNLEIHQVLPTEVDSDPKLGSSFRHGSSVSELDLELRLGPEPQNSTPSSLPTGRTTH

Query:  FF
        FF
Subjt:  FF

A0A6P5ZTD0 transcriptional regulator SUPERMAN-like2.8e-2344.32Show/hide
Query:  QEEQSGVNKSAARSYECTFCKRGFTNAQALGGHMNIHRKEKAKLKQS----TSSPSL-------SSSPNKMVLDTLKMIL------PMTPPARLLPWFVS
        QE       + ARSY+CTFCKRGF+NAQALGGHMNIHR++KAKLKQ+    T+  SL       S SPN     T++ I         + P R  PW + 
Subjt:  QEEQSGVNKSAARSYECTFCKRGFTNAQALGGHMNIHRKEKAKLKQS----TSSPSL-------SSSPNKMVLDTLKMIL------PMTPPARLLPWFVS

Query:  PSTGEDHGRSGGGREETLISEEVQQLPLFIENPSNMDQNLEIHQVLPTEVDSDPKLGSSFRHGSSVSELDLELRLGPEPQNSTPS
            +D  +     + T    E++QLPLF E PS  DQN        ++V    +   S   GSS SELDLELRLGPEPQ+S+PS
Subjt:  PSTGEDHGRSGGGREETLISEEVQQLPLFIENPSNMDQNLEIHQVLPTEVDSDPKLGSSFRHGSSVSELDLELRLGPEPQNSTPS

SwissProt top hitse value%identityAlignment
O80942 Zinc finger protein 105.5e-0847.54Show/hide
Query:  YQEEQSGVNKSAARSYECTFCKRGFTNAQALGGHMNIHRKEKAKLKQSTSS---PSLSSSP
        + E+ +  +    RSY C+FC+R F +AQALGGHMN+HR+++A+LKQ+      P  SSSP
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Q38895 Transcriptional regulator SUPERMAN1.9e-0860.87Show/hide
Query:  RSYECTFCKRGFTNAQALGGHMNIHRKEKAKLKQSTSSPSLSSSPN
        RSY C+FCKR F +AQALGGHMN+HR+++A+L+    SPS SS+P+
Subjt:  RSYECTFCKRGFTNAQALGGHMNIHRKEKAKLKQSTSSPSLSSSPN

Q9LHS9 Probable transcriptional regulator RABBIT EARS7.2e-0840.51Show/hide
Query:  QQDASFEYQEEQSGVNKS--AARSYECTFCKRGFTNAQALGGHMNIHRKEKAKLKQSTSSPSLSSSPNKMVLDTLKMIL
        +++ +F   EE  G        RSY C+FC R F +AQALGGHMN+HR+++A+LKQ + SPS +        D  + +L
Subjt:  QQDASFEYQEEQSGVNKS--AARSYECTFCKRGFTNAQALGGHMNIHRKEKAKLKQSTSSPSLSSSPNKMVLDTLKMIL

Q9SLB8 Zinc finger protein 112.7e-0748Show/hide
Query:  YQEEQSGVNKSAARSYECTFCKRGFTNAQALGGHMNIHRKEKAKLKQSTS
        Y+  ++G+     ++Y C+FC+R F +AQALGGHMN+HR+++AKL+Q  S
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Q9SR34 Transcriptional regulator TAC11.7e-0929.07Show/hide
Query:  DDQQDASFEYQEEQSGVNKSAARSYECTFCKRGFTNAQALGGHMNIHRKEKAKLKQSTSSPSLSSSPNKMVLDTLKMILPMTPPARLLPWFVSPSTGEDH
        DD  D+  +   +    + + +RSY C+FC RGF+NAQALGGHMNIHR+++AKL+Q            K++ D    ++  +  + ++   ++    +  
Subjt:  DDQQDASFEYQEEQSGVNKSAARSYECTFCKRGFTNAQALGGHMNIHRKEKAKLKQSTSSPSLSSSPNKMVLDTLKMILPMTPPARLLPWFVSPSTGEDH

Query:  GRSGGGREETLISEEV---QQLPLFIENPSNMDQNLEIHQVLPTEVDSDPKLGSSFRHGSSVSELDLELRLG
                +  +  ++   Q+L  +++  S +D N +  +V    +D     GSS  H   +  LDLELRLG
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Arabidopsis top hitse value%identityAlignment
AT3G09290.1 telomerase activator11.2e-1029.07Show/hide
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        DD  D+  +   +    + + +RSY C+FC RGF+NAQALGGHMNIHR+++AKL+Q            K++ D    ++  +  + ++   ++    +  
Subjt:  DDQQDASFEYQEEQSGVNKSAARSYECTFCKRGFTNAQALGGHMNIHRKEKAKLKQSTSSPSLSSSPNKMVLDTLKMILPMTPPARLLPWFVSPSTGEDH

Query:  GRSGGGREETLISEEV---QQLPLFIENPSNMDQNLEIHQVLPTEVDSDPKLGSSFRHGSSVSELDLELRLG
                +  +  ++   Q+L  +++  S +D N +  +V    +D     GSS  H   +  LDLELRLG
Subjt:  GRSGGGREETLISEEV---QQLPLFIENPSNMDQNLEIHQVLPTEVDSDPKLGSSFRHGSSVSELDLELRLG

AT3G23130.1 C2H2 and C2HC zinc fingers superfamily protein1.3e-0960.87Show/hide
Query:  RSYECTFCKRGFTNAQALGGHMNIHRKEKAKLKQSTSSPSLSSSPN
        RSY C+FCKR F +AQALGGHMN+HR+++A+L+    SPS SS+P+
Subjt:  RSYECTFCKRGFTNAQALGGHMNIHRKEKAKLKQSTSSPSLSSSPN

AT3G23140.1 C2H2 and C2HC zinc fingers superfamily protein2.7e-1032.16Show/hide
Query:  SGVNKSAARSYECTFCKRGFTNAQALGGHMNIHRKEKAKLKQSTSS--------PSLSSSPNKMV--------LDTLKMILPMTPPARLLPWFVSPSTGE
        SG N+   R+Y+C  CKRGFTN QALGGH NIHR+E+ +   S+SS        P  S SP+             T++  L       + P   +   G 
Subjt:  SGVNKSAARSYECTFCKRGFTNAQALGGHMNIHRKEKAKLKQSTSS--------PSLSSSPNKMV--------LDTLKMILPMTPPARLLPWFVSPSTGE

Query:  DHGRSGGGREETLISEEVQQLPLFIENPSNMDQNLEIHQVLPTEVDSDPKLGSSFRHGSSVSELDLELRLG
             GGGR     S ++  L L +    +M+++ + H+  P    S P+ G          +LDL+LRLG
Subjt:  DHGRSGGGREETLISEEVQQLPLFIENPSNMDQNLEIHQVLPTEVDSDPKLGSSFRHGSSVSELDLELRLG

AT3G53820.1 C2H2 and C2HC zinc fingers superfamily protein1.6e-1073.68Show/hide
Query:  SAARSYECTFCKRGFTNAQALGGHMNIHRKEKAKLKQS
        S AR Y C FC+RGF+NAQALGGHMNIHRK++AKL+Q+
Subjt:  SAARSYECTFCKRGFTNAQALGGHMNIHRKEKAKLKQS

AT5G43540.1 C2H2 and C2HC zinc fingers superfamily protein6.0e-1060Show/hide
Query:  SGVNKSAARSYECTFCKRGFTNAQALGGHMNIHRKE---KAKLKQSTSSPSLSSS
        S V+    R YECTFCKRGFTNAQALGGHMNIHR++   KAK+ Q+ +  +LS +
Subjt:  SGVNKSAARSYECTFCKRGFTNAQALGGHMNIHRKE---KAKLKQSTSSPSLSSS


Sequences Show/hide sequences
CDS sequenceShow/hide CDS sequence
ATGGAAATTGATGATCAACAAGATGCAAGCTTTGAGTATCAAGAAGAACAAAGTGGTGTGAATAAATCAGCAGCTAGATCTTATGAGTGCACTTTTTGCAAAAGAGGCTT
CACAAATGCACAAGCTTTAGGAGGCCATATGAACATACATAGAAAAGAGAAGGCCAAGCTCAAGCAATCAACATCGTCGCCTTCGTTGTCGTCGTCACCAAACAAGATGG
TTTTAGACACCCTGAAGATGATTCTTCCGATGACGCCCCCAGCAAGGTTGTTGCCATGGTTTGTCTCGCCATCAACGGGAGAAGATCATGGTCGAAGCGGAGGTGGTCGA
GAAGAAACCCTAATTTCAGAAGAAGTTCAACAACTCCCACTTTTCATCGAAAATCCCTCAAATATGGATCAAAATTTGGAGATTCATCAAGTTCTTCCGACCGAGGTTGA
TTCCGACCCAAAGCTAGGATCGTCGTTTCGACATGGTTCGTCTGTCTCCGAGCTGGATCTTGAGCTTAGGTTAGGACCTGAACCACAAAACTCAACTCCATCATCACTCC
CTACTGGTAGGACTACACATTTCTTTTGA
mRNA sequenceShow/hide mRNA sequence
ATGGAAATTGATGATCAACAAGATGCAAGCTTTGAGTATCAAGAAGAACAAAGTGGTGTGAATAAATCAGCAGCTAGATCTTATGAGTGCACTTTTTGCAAAAGAGGCTT
CACAAATGCACAAGCTTTAGGAGGCCATATGAACATACATAGAAAAGAGAAGGCCAAGCTCAAGCAATCAACATCGTCGCCTTCGTTGTCGTCGTCACCAAACAAGATGG
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TTCCGACCCAAAGCTAGGATCGTCGTTTCGACATGGTTCGTCTGTCTCCGAGCTGGATCTTGAGCTTAGGTTAGGACCTGAACCACAAAACTCAACTCCATCATCACTCC
CTACTGGTAGGACTACACATTTCTTTTGA
Protein sequenceShow/hide protein sequence
MEIDDQQDASFEYQEEQSGVNKSAARSYECTFCKRGFTNAQALGGHMNIHRKEKAKLKQSTSSPSLSSSPNKMVLDTLKMILPMTPPARLLPWFVSPSTGEDHGRSGGGR
EETLISEEVQQLPLFIENPSNMDQNLEIHQVLPTEVDSDPKLGSSFRHGSSVSELDLELRLGPEPQNSTPSSLPTGRTTHFF