; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; CuGenDBv2

Lsi02G024200 (gene) of Bottle gourd (USVL1VR-Ls) v1 genome

Gene IDLsi02G024200
OrganismLagenaria siceraria USVL1VR-Ls (Bottle gourd (USVL1VR-Ls) v1)
DescriptionPectin lyase-like superfamily protein
Genome locationchr02:30803511..30804492
RNA-Seq ExpressionLsi02G024200
SyntenyLsi02G024200
Gene Ontology termsGO:0005975 - carbohydrate metabolic process (biological process)
GO:0004650 - polygalacturonase activity (molecular function)
InterPro domainsIPR000743 - Glycoside hydrolase, family 28
IPR011050 - Pectin lyase fold/virulence factor
IPR012334 - Pectin lyase fold


Homology Show/hide homology
GenBank top hitse value%identityAlignment
KAA0043575.1 exopolygalacturonase-like [Cucumis melo var. makuwa]8.7e-4377.12Show/hide
Query:  MGRFGQVLEREECYDVLVKNCTIFNATNGARIKTWANPVSGLASEIIFEDIVMYNVKNPIIIDQTYGTREKKASN-----VQFKNIRATSTTNVSVLLEC
        +G  G+  + +  Y+VLVKNCTIFNATNGARIKTWA+ +SGLAS IIFEDIVMYNVKNPIIIDQTYGT++KK SN     V FKNIR TSTTNV+VLLEC
Subjt:  MGRFGQVLEREECYDVLVKNCTIFNATNGARIKTWANPVSGLASEIIFEDIVMYNVKNPIIIDQTYGTREKKASN-----VQFKNIRATSTTNVSVLLEC

Query:  SELLPCEGVELRDINLTY
        SELLPCEGVELRDINLTY
Subjt:  SELLPCEGVELRDINLTY

KAA0048658.1 exopolygalacturonase-like [Cucumis melo var. makuwa]8.7e-4377.12Show/hide
Query:  MGRFGQVLEREECYDVLVKNCTIFNATNGARIKTWANPVSGLASEIIFEDIVMYNVKNPIIIDQTYGTREKKASN-----VQFKNIRATSTTNVSVLLEC
        +G  G+  + +  Y+VLVKNCTIFNATNGARIKTWA+ +SGLAS IIFEDIVMYNVKNPIIIDQTYGT++KK SN     V FKNIR TSTTNV+VLLEC
Subjt:  MGRFGQVLEREECYDVLVKNCTIFNATNGARIKTWANPVSGLASEIIFEDIVMYNVKNPIIIDQTYGTREKKASN-----VQFKNIRATSTTNVSVLLEC

Query:  SELLPCEGVELRDINLTY
        SELLPCEGVELRDINLTY
Subjt:  SELLPCEGVELRDINLTY

KAA0048661.1 exopolygalacturonase-like [Cucumis melo var. makuwa]8.7e-4377.12Show/hide
Query:  MGRFGQVLEREECYDVLVKNCTIFNATNGARIKTWANPVSGLASEIIFEDIVMYNVKNPIIIDQTYGTREKKASN-----VQFKNIRATSTTNVSVLLEC
        +G  G+  + +  Y+VLVKNCTIFNATNGARIKTWA+ +SGLAS IIFEDIVMYNVKNPIIIDQTYGT++KK SN     V FKNIR TSTTNV+VLLEC
Subjt:  MGRFGQVLEREECYDVLVKNCTIFNATNGARIKTWANPVSGLASEIIFEDIVMYNVKNPIIIDQTYGTREKKASN-----VQFKNIRATSTTNVSVLLEC

Query:  SELLPCEGVELRDINLTY
        SELLPCEGVELRDINLTY
Subjt:  SELLPCEGVELRDINLTY

XP_031745093.1 polygalacturonase-like [Cucumis sativus]1.0e-4377.97Show/hide
Query:  MGRFGQVLEREECYDVLVKNCTIFNATNGARIKTWANPVSGLASEIIFEDIVMYNVKNPIIIDQTYGTREK-----KASNVQFKNIRATSTTNVSVLLEC
        +G  G+  + +  YDVLVKNCTIFNATNGARIKTWA+PVSGLAS IIFEDIVMYNVKNPIIIDQTYGT++K     K SNVQFKNIR TSTTNV+VLLEC
Subjt:  MGRFGQVLEREECYDVLVKNCTIFNATNGARIKTWANPVSGLASEIIFEDIVMYNVKNPIIIDQTYGTREK-----KASNVQFKNIRATSTTNVSVLLEC

Query:  SELLPCEGVELRDINLTY
        S+L PCEGVELRDINL+Y
Subjt:  SELLPCEGVELRDINLTY

XP_031745094.1 exopolygalacturonase-like [Cucumis sativus]1.0e-4377.97Show/hide
Query:  MGRFGQVLEREECYDVLVKNCTIFNATNGARIKTWANPVSGLASEIIFEDIVMYNVKNPIIIDQTYGTREK-----KASNVQFKNIRATSTTNVSVLLEC
        +G  G+  + +  YDVLVKNCTIFNATNGARIKTWA+PVSGLAS IIFEDIVMYNVKNPIIIDQTYGT++K     K SNVQFKNIR TSTTNV+VLLEC
Subjt:  MGRFGQVLEREECYDVLVKNCTIFNATNGARIKTWANPVSGLASEIIFEDIVMYNVKNPIIIDQTYGTREK-----KASNVQFKNIRATSTTNVSVLLEC

Query:  SELLPCEGVELRDINLTY
        S+L PCEGVELRDINL+Y
Subjt:  SELLPCEGVELRDINLTY

TrEMBL top hitse value%identityAlignment
A0A0A0KMA6 Uncharacterized protein3.2e-4379.82Show/hide
Query:  GQVLEREECYDVLVKNCTIFNATNGARIKTWANPVSGLASEIIFEDIVMYNVKNPIIIDQTYGTREK-----KASNVQFKNIRATSTTNVSVLLECSELL
        G+  + +  YDVLVKNCTIFNATNGARIKTWA+PVSGLAS IIFEDIVMYNVKNPIIIDQTYGT++K     K SNVQFKNIR TSTTNV+VLLECS+L 
Subjt:  GQVLEREECYDVLVKNCTIFNATNGARIKTWANPVSGLASEIIFEDIVMYNVKNPIIIDQTYGTREK-----KASNVQFKNIRATSTTNVSVLLECSELL

Query:  PCEGVELRDINLTY
        PCEGVELRDINL+Y
Subjt:  PCEGVELRDINLTY

A0A5A7TQ89 Exopolygalacturonase-like4.2e-4377.12Show/hide
Query:  MGRFGQVLEREECYDVLVKNCTIFNATNGARIKTWANPVSGLASEIIFEDIVMYNVKNPIIIDQTYGTREKKASN-----VQFKNIRATSTTNVSVLLEC
        +G  G+  + +  Y+VLVKNCTIFNATNGARIKTWA+ +SGLAS IIFEDIVMYNVKNPIIIDQTYGT++KK SN     V FKNIR TSTTNV+VLLEC
Subjt:  MGRFGQVLEREECYDVLVKNCTIFNATNGARIKTWANPVSGLASEIIFEDIVMYNVKNPIIIDQTYGTREKKASN-----VQFKNIRATSTTNVSVLLEC

Query:  SELLPCEGVELRDINLTY
        SELLPCEGVELRDINLTY
Subjt:  SELLPCEGVELRDINLTY

A0A5A7U0D6 Exopolygalacturonase-like4.2e-4377.12Show/hide
Query:  MGRFGQVLEREECYDVLVKNCTIFNATNGARIKTWANPVSGLASEIIFEDIVMYNVKNPIIIDQTYGTREKKASN-----VQFKNIRATSTTNVSVLLEC
        +G  G+  + +  Y+VLVKNCTIFNATNGARIKTWA+ +SGLAS IIFEDIVMYNVKNPIIIDQTYGT++KK SN     V FKNIR TSTTNV+VLLEC
Subjt:  MGRFGQVLEREECYDVLVKNCTIFNATNGARIKTWANPVSGLASEIIFEDIVMYNVKNPIIIDQTYGTREKKASN-----VQFKNIRATSTTNVSVLLEC

Query:  SELLPCEGVELRDINLTY
        SELLPCEGVELRDINLTY
Subjt:  SELLPCEGVELRDINLTY

A0A5A7U4W1 Exopolygalacturonase-like4.2e-4377.12Show/hide
Query:  MGRFGQVLEREECYDVLVKNCTIFNATNGARIKTWANPVSGLASEIIFEDIVMYNVKNPIIIDQTYGTREKKASN-----VQFKNIRATSTTNVSVLLEC
        +G  G+  + +  Y+VLVKNCTIFNATNGARIKTWA+ +SGLAS IIFEDIVMYNVKNPIIIDQTYGT++KK SN     V FKNIR TSTTNV+VLLEC
Subjt:  MGRFGQVLEREECYDVLVKNCTIFNATNGARIKTWANPVSGLASEIIFEDIVMYNVKNPIIIDQTYGTREKKASN-----VQFKNIRATSTTNVSVLLEC

Query:  SELLPCEGVELRDINLTY
        SELLPCEGVELRDINLTY
Subjt:  SELLPCEGVELRDINLTY

A0A5D3C9J8 Exopolygalacturonase-like8.2e-3972.03Show/hide
Query:  MGRFGQVLEREECYDVLVKNCTIFNATNGARIKTWANPVSGLASEIIFEDIVMYNVKNPIIIDQTYGTREK-----KASNVQFKNIRATSTTNVSVLLEC
        +G  G+  E ++ YDVLVKNCTIFNATNGARIKT+A+P+SG AS IIFEDIVMYNVK PIIIDQTY T E      K S+V FKNIR TS TNV+VLL+C
Subjt:  MGRFGQVLEREECYDVLVKNCTIFNATNGARIKTWANPVSGLASEIIFEDIVMYNVKNPIIIDQTYGTREK-----KASNVQFKNIRATSTTNVSVLLEC

Query:  SELLPCEGVELRDINLTY
        S+LLPCEGVELRDI+LTY
Subjt:  SELLPCEGVELRDINLTY

SwissProt top hitse value%identityAlignment
P24548 Exopolygalacturonase (Fragment)3.0e-2245.9Show/hide
Query:  MGRFGQVLEREECYDVLVKNCTIFNATNGARIKTWANPVSGLASEIIFEDIVMYNVKNPIIIDQTYGTREK---------KASNVQFKNIRATSTTNVSV
        +G  G+    E    + VKNCTI  + NG RIKTW     G ASE+ F+DI M +V  PI+IDQ Y    +         K S + FKNI+ TSTT  +V
Subjt:  MGRFGQVLEREECYDVLVKNCTIFNATNGARIKTWANPVSGLASEIIFEDIVMYNVKNPIIIDQTYGTREK---------KASNVQFKNIRATSTTNVSV

Query:  LLECSELLPCEGVELRDINLTY
         L CS+  PC GVEL DI+LTY
Subjt:  LLECSELLPCEGVELRDINLTY

P49062 Exopolygalacturonase clone GBGE1842.0e-2143.59Show/hide
Query:  MGRFGQVLEREECYDVLVKNCTIFNATNGARIKTWANPVSGLASEIIFEDIVMYNVKNPIIIDQTYGTR----EKKASNVQFKNIRATSTTNVSVLLECS
        +G  G+    E+   + V NCT+    NG RIKTW       A +I FE+I+M +VKNPIIIDQ YG+R    +   S++ FKNIR T+ T   V + CS
Subjt:  MGRFGQVLEREECYDVLVKNCTIFNATNGARIKTWANPVSGLASEIIFEDIVMYNVKNPIIIDQTYGTR----EKKASNVQFKNIRATSTTNVSVLLECS

Query:  ELLPCEGVELRDINLTY
        + +PC+GV + D+NL Y
Subjt:  ELLPCEGVELRDINLTY

Q39766 Polygalacturonase1.3e-2043.44Show/hide
Query:  MGRFGQVLEREECYDVLVKNCTIFNATNGARIKTWANPVSGLASEIIFEDIVMYNVKNPIIIDQTYGTREK---------KASNVQFKNIRATSTTNVSV
        +G  G+    E    + + NCTI N +NGARIKTW     G  SEI FEDI M NV +PI+IDQ Y    K         K SN+ FKNIR TS    ++
Subjt:  MGRFGQVLEREECYDVLVKNCTIFNATNGARIKTWANPVSGLASEIIFEDIVMYNVKNPIIIDQTYGTREK---------KASNVQFKNIRATSTTNVSV

Query:  LLECSELLPCEGVELRDINLTY
           CS   PC+ VEL DI++ +
Subjt:  LLECSELLPCEGVELRDINLTY

Q39786 Polygalacturonase1.3e-2043.44Show/hide
Query:  MGRFGQVLEREECYDVLVKNCTIFNATNGARIKTWANPVSGLASEIIFEDIVMYNVKNPIIIDQTYGTREK---------KASNVQFKNIRATSTTNVSV
        +G  G+    E    + + NCTI N +NGARIKTW     G  SEI FEDI M NV +PI+IDQ Y    K         K SN+ FKNIR TS    ++
Subjt:  MGRFGQVLEREECYDVLVKNCTIFNATNGARIKTWANPVSGLASEIIFEDIVMYNVKNPIIIDQTYGTREK---------KASNVQFKNIRATSTTNVSV

Query:  LLECSELLPCEGVELRDINLTY
           CS   PC+ VEL DI++ +
Subjt:  LLECSELLPCEGVELRDINLTY

Q6H9K0 Exopolygalacturonase (Fragment)5.7e-2138.52Show/hide
Query:  MGRFGQVLEREECYDVLVKNCTIFNATNGARIKTWANPVSGLASEIIFEDIVMYNVKNPIIIDQTY---------GTREKKASNVQFKNIRATSTTNVSV
        +G  G+    +E   + VK CT     NG R+KTW N   G A+++ F+D+ M NV+NP+I+DQ Y              K SN+ F NIR TST  V+V
Subjt:  MGRFGQVLEREECYDVLVKNCTIFNATNGARIKTWANPVSGLASEIIFEDIVMYNVKNPIIIDQTY---------GTREKKASNVQFKNIRATSTTNVSV

Query:  LLECSELLPCEGVELRDINLTY
        ++ CS  +PC  +++ +INL+Y
Subjt:  LLECSELLPCEGVELRDINLTY

Arabidopsis top hitse value%identityAlignment
AT1G02790.1 polygalacturonase 41.4e-2243.59Show/hide
Query:  MGRFGQVLEREECYDVLVKNCTIFNATNGARIKTWANPVSGLASEIIFEDIVMYNVKNPIIIDQTYGTR----EKKASNVQFKNIRATSTTNVSVLLECS
        +G  G+    E+   + V NCT+    NG RIKTW       A +I FE+I+M +VKNPIIIDQ YG+R    +   S++ FKNIR T+ T   V + CS
Subjt:  MGRFGQVLEREECYDVLVKNCTIFNATNGARIKTWANPVSGLASEIIFEDIVMYNVKNPIIIDQTYGTR----EKKASNVQFKNIRATSTTNVSVLLECS

Query:  ELLPCEGVELRDINLTY
        + +PC+GV + D+NL Y
Subjt:  ELLPCEGVELRDINLTY

AT1G05660.1 Pectin lyase-like superfamily protein3.8e-2039.34Show/hide
Query:  MGRFGQVLEREECYDVLVKNCTIFNATNGARIKTWANPVSGLASEIIFEDIVMYNVKNPIIIDQTYGTREK---------KASNVQFKNIRATSTTNVSV
        +G   + L+ +   +V V +     + NG RIK+WA P +G    + F+D+VM NV+NPIIIDQ Y    +         K S V +KNI+ TS T  ++
Subjt:  MGRFGQVLEREECYDVLVKNCTIFNATNGARIKTWANPVSGLASEIIFEDIVMYNVKNPIIIDQTYGTREK---------KASNVQFKNIRATSTTNVSV

Query:  LLECSELLPCEGVELRDINLTY
         L CS+  PC G+ L+DI LTY
Subjt:  LLECSELLPCEGVELRDINLTY

AT2G43870.1 Pectin lyase-like superfamily protein6.4e-2042.98Show/hide
Query:  MGRFGQVLEREECYDVLVKNCTIFNATNGARIKTWANPVSGLASEIIFEDIVMYNVKNPIIIDQTYGTREK--------KASNVQFKNIRATSTTNVSVL
        +G  G+        +V VK  T     NG RIK+WA P SG A  I F+  VM NV+NPIIIDQ Y             K S+V F +I  TS T V V 
Subjt:  MGRFGQVLEREECYDVLVKNCTIFNATNGARIKTWANPVSGLASEIIFEDIVMYNVKNPIIIDQTYGTREK--------KASNVQFKNIRATSTTNVSVL

Query:  LECSELLPCEGVELRDINLTY
        L+CS   PC G+ L D+ LTY
Subjt:  LECSELLPCEGVELRDINLTY

AT2G43880.1 Pectin lyase-like superfamily protein3.8e-2039.34Show/hide
Query:  MGRFGQVLEREECYDVLVKNCTIFNATNGARIKTWANPVSGLASEIIFEDIVMYNVKNPIIIDQTYGTREK---------KASNVQFKNIRATSTTNVSV
        +G  G     E   +V V +       NG RIKTWA P  G  + ++F +++M NV+NP+IIDQ Y    K         K S V F NI+ TSTT +++
Subjt:  MGRFGQVLEREECYDVLVKNCTIFNATNGARIKTWANPVSGLASEIIFEDIVMYNVKNPIIIDQTYGTREK---------KASNVQFKNIRATSTTNVSV

Query:  LLECSELLPCEGVELRDINLTY
         L+CS    C G+ L+DI LTY
Subjt:  LLECSELLPCEGVELRDINLTY

AT3G14040.1 Pectin lyase-like superfamily protein9.9e-2143.44Show/hide
Query:  MGRFGQVLEREECYDVLVKNCTIFNATNGARIKTWANPVSGLASEIIFEDIVMYNVKNPIIIDQTY--------GTREK-KASNVQFKNIRATSTTNVSV
        +G  G+    +    V V+ C I N  NG RIKTW     G+AS I+FEDI M NV  P++IDQ Y        G   K K S+V  KNI+ TS T V+V
Subjt:  MGRFGQVLEREECYDVLVKNCTIFNATNGARIKTWANPVSGLASEIIFEDIVMYNVKNPIIIDQTY--------GTREK-KASNVQFKNIRATSTTNVSV

Query:  LLECSELLPCEGVELRDINLTY
         L CS+ +PC  + L DINL +
Subjt:  LLECSELLPCEGVELRDINLTY


Sequences Show/hide sequences
CDS sequenceShow/hide CDS sequence
ATGGGAAGATTTGGACAAGTACTTGAAAGAGAAGAGTGTTACGATGTTCTAGTAAAGAATTGCACCATTTTCAATGCCACCAATGGTGCTAGAATCAAGACATGGGCTAA
CCCTGTGTCAGGGTTAGCCTCAGAAATAATCTTCGAAGATATTGTAATGTACAACGTAAAAAATCCTATAATCATCGATCAAACCTACGGCACCAGAGAGAAAAAGGCTT
CGAATGTACAGTTCAAGAACATTCGAGCGACATCGACGACGAATGTGTCGGTGTTGTTGGAGTGCAGTGAATTGCTTCCATGTGAGGGAGTGGAGCTAAGAGATATTAAC
TTGACTTATTGA
mRNA sequenceShow/hide mRNA sequence
ATGGGAAGATTTGGACAAGTACTTGAAAGAGAAGAGTGTTACGATGTTCTAGTAAAGAATTGCACCATTTTCAATGCCACCAATGGTGCTAGAATCAAGACATGGGCTAA
CCCTGTGTCAGGGTTAGCCTCAGAAATAATCTTCGAAGATATTGTAATGTACAACGTAAAAAATCCTATAATCATCGATCAAACCTACGGCACCAGAGAGAAAAAGGCTT
CGAATGTACAGTTCAAGAACATTCGAGCGACATCGACGACGAATGTGTCGGTGTTGTTGGAGTGCAGTGAATTGCTTCCATGTGAGGGAGTGGAGCTAAGAGATATTAAC
TTGACTTATTGA
Protein sequenceShow/hide protein sequence
MGRFGQVLEREECYDVLVKNCTIFNATNGARIKTWANPVSGLASEIIFEDIVMYNVKNPIIIDQTYGTREKKASNVQFKNIRATSTTNVSVLLECSELLPCEGVELRDIN
LTY