CuGenDBv2

Gene ID	Lsi03G013350
Organism	Lagenaria siceraria USVL1VR-Ls (Bottle gourd (USVL1VR-Ls) v1)
Description	rhomboid-like protein 20
Genome location	chr03:24230382..24234329
RNA-Seq Expression	Lsi03G013350
Synteny	Lsi03G013350
Gene Ontology terms	GO:0006508 - proteolysis (biological process) GO:0016021 - integral component of membrane (cellular component) GO:0004252 - serine-type endopeptidase activity (molecular function)
InterPro domains	IPR035952 - Rhomboid-like superfamily

Homology

Show/hide homology

GenBank top hits

e value

%identity

Alignment

KAG6596983.1 Rhomboid-like protein 20, partial [Cucurbita argyrosperma subsp. sororia]

1.6e-40

84.26

Show/hide

Query:  MNGGPSGFNNAPVTRTFIIASALFTIFFGIQGRSIKLGLSYQDVIVKLRFWKLVMSVFAFSSTPELMFGLFLLYYFRVFERQIGSNKYSDRKSFLASHSL
        MNGGPSGFNNAPVTRTFIIASALFT+FFGIQ RSIKLGLSYQDVIVKLRFWKLVMSVFAFSSTPEL+FGLFLLYYFRVFERQIGSNKYS    F    SL
Subjt:  MNGGPSGFNNAPVTRTFIIASALFTIFFGIQGRSIKLGLSYQDVIVKLRFWKLVMSVFAFSSTPELMFGLFLLYYFRVFERQIGSNKYSDRKSFLASHSL

Query:  AGELIGLS
          E++ +S
Subjt:  AGELIGLS

XP_004141121.1 rhomboid-like protein 20 [Cucumis sativus]

2.4e-41

86.11

Show/hide

Query:  MNGGPSGFNNAPVTRTFIIASALFTIFFGIQGRSIKLGLSYQDVIVKLRFWKLVMSVFAFSSTPELMFGLFLLYYFRVFERQIGSNKYSDRKSFLASHSL
        MNGGPSGFNNAPVTRTFIIASALFTIFFGIQGRSIKLGLSYQDVIVKLR WKLVMSVFAFSSTPELMFGLFLLYYFRVFERQIGSNKYS    F  + SL
Subjt:  MNGGPSGFNNAPVTRTFIIASALFTIFFGIQGRSIKLGLSYQDVIVKLRFWKLVMSVFAFSSTPELMFGLFLLYYFRVFERQIGSNKYSDRKSFLASHSL

Query:  AGELIGLS
          E++ +S
Subjt:  AGELIGLS

XP_008464944.1 PREDICTED: rhomboid-like protein 20 [Cucumis melo]

1.1e-41

87.04

Show/hide

Query:  MNGGPSGFNNAPVTRTFIIASALFTIFFGIQGRSIKLGLSYQDVIVKLRFWKLVMSVFAFSSTPELMFGLFLLYYFRVFERQIGSNKYSDRKSFLASHSL
        MNGGPSGFNNAPVTRTFIIASALFTIFFGIQGRSIKLGLSYQDVIVKLRFWKLVMSVFAFSSTPELMFGLFLLYYFRVFERQIGSNKYS    F    SL
Subjt:  MNGGPSGFNNAPVTRTFIIASALFTIFFGIQGRSIKLGLSYQDVIVKLRFWKLVMSVFAFSSTPELMFGLFLLYYFRVFERQIGSNKYSDRKSFLASHSL

Query:  AGELIGLS
          E++ +S
Subjt:  AGELIGLS

XP_022154191.1 rhomboid-like protein 20 [Momordica charantia]

3.1e-41

86.11

Show/hide

Query:  MNGGPSGFNNAPVTRTFIIASALFTIFFGIQGRSIKLGLSYQDVIVKLRFWKLVMSVFAFSSTPELMFGLFLLYYFRVFERQIGSNKYSDRKSFLASHSL
        MNGGPSGFNNAPVTRTFIIASALFTIFFGIQGRSIKLGLSYQDVIVKLRFWKL+MSVFAFSSTPELMFGLFLLYYFRVFERQIGSNKYS    F    SL
Subjt:  MNGGPSGFNNAPVTRTFIIASALFTIFFGIQGRSIKLGLSYQDVIVKLRFWKLVMSVFAFSSTPELMFGLFLLYYFRVFERQIGSNKYSDRKSFLASHSL

Query:  AGELIGLS
          E++ +S
Subjt:  AGELIGLS

XP_022936013.1 rhomboid-like protein 20 [Cucurbita moschata]

1.6e-40

84.26

Show/hide

Query:  MNGGPSGFNNAPVTRTFIIASALFTIFFGIQGRSIKLGLSYQDVIVKLRFWKLVMSVFAFSSTPELMFGLFLLYYFRVFERQIGSNKYSDRKSFLASHSL
        MNGGPSGFNNAPVTRTFIIASALFT+FFGIQ RSIKLGLSYQDVIVKLRFWKLVMSVFAFSSTPEL+FGLFLLYYFRVFERQIGSNKYS    F    SL
Subjt:  MNGGPSGFNNAPVTRTFIIASALFTIFFGIQGRSIKLGLSYQDVIVKLRFWKLVMSVFAFSSTPELMFGLFLLYYFRVFERQIGSNKYSDRKSFLASHSL

Query:  AGELIGLS
          E++ +S
Subjt:  AGELIGLS

TrEMBL top hits

e value

%identity

Alignment

A0A0A0LG81 UBA domain-containing protein

1.2e-41

86.11

Show/hide

Query:  MNGGPSGFNNAPVTRTFIIASALFTIFFGIQGRSIKLGLSYQDVIVKLRFWKLVMSVFAFSSTPELMFGLFLLYYFRVFERQIGSNKYSDRKSFLASHSL
        MNGGPSGFNNAPVTRTFIIASALFTIFFGIQGRSIKLGLSYQDVIVKLR WKLVMSVFAFSSTPELMFGLFLLYYFRVFERQIGSNKYS    F  + SL
Subjt:  MNGGPSGFNNAPVTRTFIIASALFTIFFGIQGRSIKLGLSYQDVIVKLRFWKLVMSVFAFSSTPELMFGLFLLYYFRVFERQIGSNKYSDRKSFLASHSL

Query:  AGELIGLS
          E++ +S
Subjt:  AGELIGLS

A0A1S3CMQ9 rhomboid-like protein 20

5.2e-42

87.04

Show/hide

Query:  MNGGPSGFNNAPVTRTFIIASALFTIFFGIQGRSIKLGLSYQDVIVKLRFWKLVMSVFAFSSTPELMFGLFLLYYFRVFERQIGSNKYSDRKSFLASHSL
        MNGGPSGFNNAPVTRTFIIASALFTIFFGIQGRSIKLGLSYQDVIVKLRFWKLVMSVFAFSSTPELMFGLFLLYYFRVFERQIGSNKYS    F    SL
Subjt:  MNGGPSGFNNAPVTRTFIIASALFTIFFGIQGRSIKLGLSYQDVIVKLRFWKLVMSVFAFSSTPELMFGLFLLYYFRVFERQIGSNKYSDRKSFLASHSL

Query:  AGELIGLS
          E++ +S
Subjt:  AGELIGLS

A0A5D3D5B1 Rhomboid-like protein 20

5.2e-42

87.04

Show/hide

Query:  MNGGPSGFNNAPVTRTFIIASALFTIFFGIQGRSIKLGLSYQDVIVKLRFWKLVMSVFAFSSTPELMFGLFLLYYFRVFERQIGSNKYSDRKSFLASHSL
        MNGGPSGFNNAPVTRTFIIASALFTIFFGIQGRSIKLGLSYQDVIVKLRFWKLVMSVFAFSSTPELMFGLFLLYYFRVFERQIGSNKYS    F    SL
Subjt:  MNGGPSGFNNAPVTRTFIIASALFTIFFGIQGRSIKLGLSYQDVIVKLRFWKLVMSVFAFSSTPELMFGLFLLYYFRVFERQIGSNKYSDRKSFLASHSL

Query:  AGELIGLS
          E++ +S
Subjt:  AGELIGLS

A0A6J1DN01 rhomboid-like protein 20

1.5e-41

86.11

Show/hide

Query:  MNGGPSGFNNAPVTRTFIIASALFTIFFGIQGRSIKLGLSYQDVIVKLRFWKLVMSVFAFSSTPELMFGLFLLYYFRVFERQIGSNKYSDRKSFLASHSL
        MNGGPSGFNNAPVTRTFIIASALFTIFFGIQGRSIKLGLSYQDVIVKLRFWKL+MSVFAFSSTPELMFGLFLLYYFRVFERQIGSNKYS    F    SL
Subjt:  MNGGPSGFNNAPVTRTFIIASALFTIFFGIQGRSIKLGLSYQDVIVKLRFWKLVMSVFAFSSTPELMFGLFLLYYFRVFERQIGSNKYSDRKSFLASHSL

Query:  AGELIGLS
          E++ +S
Subjt:  AGELIGLS

A0A6J1FC34 rhomboid-like protein 20

7.5e-41

84.26

Show/hide

Query:  MNGGPSGFNNAPVTRTFIIASALFTIFFGIQGRSIKLGLSYQDVIVKLRFWKLVMSVFAFSSTPELMFGLFLLYYFRVFERQIGSNKYSDRKSFLASHSL
        MNGGPSGFNNAPVTRTFIIASALFT+FFGIQ RSIKLGLSYQDVIVKLRFWKLVMSVFAFSSTPEL+FGLFLLYYFRVFERQIGSNKYS    F    SL
Subjt:  MNGGPSGFNNAPVTRTFIIASALFTIFFGIQGRSIKLGLSYQDVIVKLRFWKLVMSVFAFSSTPELMFGLFLLYYFRVFERQIGSNKYSDRKSFLASHSL

Query:  AGELIGLS
          E++ +S
Subjt:  AGELIGLS

SwissProt top hits

e value

%identity

Alignment

Q8RXQ2 Rhomboid-like protein 18

5.0e-34

62.1

Show/hide

Query:  MNGGPSGFNNAPVTRTFIIASALFTIFFGIQGRSIKLGLSYQDVIVKLRFWKLVMSVFAFSSTPELMFGLFLLYYFRVFERQIGSNKYSDRKSFLASHSL
        MNGGPSGFNNAPVT+ F+IA+ALFT+FFGI+G S KLGLSYQD+  K R WKL++S FAFSST +L+ GL+LLY+FRVFERQIGSNKYS    F    SL
Subjt:  MNGGPSGFNNAPVTRTFIIASALFTIFFGIQGRSIKLGLSYQDVIVKLRFWKLVMSVFAFSSTPELMFGLFLLYYFRVFERQIGSNKYSDRKSFLASHSL

Query:  AGE--LIGLSDNGSWSLDISGSFA
          E  L+ L+ + + +L  SG +A
Subjt:  AGE--LIGLSDNGSWSLDISGSFA

Q9LET3 Rhomboid-like protein 20

2.0e-38

Show/hide

Query:  MNGGPSGFNNAPVTRTFIIASALFTIFFGIQGRSIKLGLSYQDVIVKLRFWKLVMSVFAFSSTPELMFGLFLLYYFRVFERQIGSNKYSDRKSFLASHSL
        MNGGPSGF+NAPVT+ F+I SALFT+FFGIQGRS KLGLSYQD+  K R WKL+MS FAFSSTPELMFGL+LLYYFRVFERQIGSNKYS    F  + SL
Subjt:  MNGGPSGFNNAPVTRTFIIASALFTIFFGIQGRSIKLGLSYQDVIVKLRFWKLVMSVFAFSSTPELMFGLFLLYYFRVFERQIGSNKYSDRKSFLASHSL

Query:  AGELIGLS
          E+I LS
Subjt:  AGELIGLS

Arabidopsis top hits

e value

%identity

Alignment

AT2G41160.1 Ubiquitin-associated (UBA) protein

3.6e-35

62.1

Show/hide

Query:  MNGGPSGFNNAPVTRTFIIASALFTIFFGIQGRSIKLGLSYQDVIVKLRFWKLVMSVFAFSSTPELMFGLFLLYYFRVFERQIGSNKYSDRKSFLASHSL
        MNGGPSGFNNAPVT+ F+IA+ALFT+FFGI+G S KLGLSYQD+  K R WKL++S FAFSST +L+ GL+LLY+FRVFERQIGSNKYS    F    SL
Subjt:  MNGGPSGFNNAPVTRTFIIASALFTIFFGIQGRSIKLGLSYQDVIVKLRFWKLVMSVFAFSSTPELMFGLFLLYYFRVFERQIGSNKYSDRKSFLASHSL

Query:  AGE--LIGLSDNGSWSLDISGSFA
          E  L+ L+ + + +L  SG +A
Subjt:  AGE--LIGLSDNGSWSLDISGSFA

AT3G56740.1 Ubiquitin-associated (UBA) protein

1.4e-39

Show/hide

Query:  MNGGPSGFNNAPVTRTFIIASALFTIFFGIQGRSIKLGLSYQDVIVKLRFWKLVMSVFAFSSTPELMFGLFLLYYFRVFERQIGSNKYSDRKSFLASHSL
        MNGGPSGF+NAPVT+ F+I SALFT+FFGIQGRS KLGLSYQD+  K R WKL+MS FAFSSTPELMFGL+LLYYFRVFERQIGSNKYS    F  + SL
Subjt:  MNGGPSGFNNAPVTRTFIIASALFTIFFGIQGRSIKLGLSYQDVIVKLRFWKLVMSVFAFSSTPELMFGLFLLYYFRVFERQIGSNKYSDRKSFLASHSL

Query:  AGELIGLS
          E+I LS
Subjt:  AGELIGLS

Sequences

Show/hide sequences

CDS sequence

Show/hide CDS sequence

ATGAACGGCGGCCCGTCTGGTTTCAACAATGCCCCCGTCACCCGGACCTTCATCATCGCCTCCGCTCTTTTCACCATTTTCTTCGGGATCCAAGGCCGTTCAATTAAGCT
TGGCTTGTCCTATCAGGATGTGATTGTGAAGCTCCGATTTTGGAAGTTAGTAATGTCAGTTTTTGCCTTTTCATCTACTCCTGAATTGATGTTCGGACTGTTTCTGCTAT
ATTACTTCAGAGTATTTGAAAGACAGATAGGATCCAACAAATACTCGGACCGGAAGTCCTTCTTAGCAAGTCACTCACTTGCTGGGGAGTTAATTGGGCTTAGTGACAAT
GGTTCATGGTCTCTTGATATTTCTGGGAGTTTTGCTTGGCAAGTGTTTTTGTAA

mRNA sequence

Show/hide mRNA sequence

CAACCGTAAGGGGAAGAGATATCGAATTCGAGTCCAAAGTTCCCAACAAACGACAAATCAAAATCAAATAGAGAAGCCTATGACCGTCTGAGAGGATCGTTGCTTCCTCT
CTGAAGACGATGAACGGCGGCCCGTCTGGTTTCAACAATGCCCCCGTCACCCGGACCTTCATCATCGCCTCCGCTCTTTTCACCATTTTCTTCGGGATCCAAGGCCGTTC
AATTAAGCTTGGCTTGTCCTATCAGGATGTGATTGTGAAGCTCCGATTTTGGAAGTTAGTAATGTCAGTTTTTGCCTTTTCATCTACTCCTGAATTGATGTTCGGACTGT
TTCTGCTATATTACTTCAGAGTATTTGAAAGACAGATAGGATCCAACAAATACTCGGACCGGAAGTCCTTCTTAGCAAGTCACTCACTTGCTGGGGAGTTAATTGGGCTT
AGTGACAATGGTTCATGGTCTCTTGATATTTCTGGGAGTTTTGCTTGGCAAGTGTTTTTGTAA

Protein sequence

Show/hide protein sequence

MNGGPSGFNNAPVTRTFIIASALFTIFFGIQGRSIKLGLSYQDVIVKLRFWKLVMSVFAFSSTPELMFGLFLLYYFRVFERQIGSNKYSDRKSFLASHSLAGELIGLSDN
GSWSLDISGSFAWQVFL

Lsi03G013350 (gene) of Bottle gourd (USVL1VR-Ls) v1 genome