; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; CuGenDBv2

Lsi03G018630 (gene) of Bottle gourd (USVL1VR-Ls) v1 genome

Gene IDLsi03G018630
OrganismLagenaria siceraria USVL1VR-Ls (Bottle gourd (USVL1VR-Ls) v1)
DescriptionTF-B3 domain-containing protein
Genome locationchr03:30075045..30077144
RNA-Seq ExpressionLsi03G018630
SyntenyLsi03G018630
Gene Ontology termsGO:0006355 - regulation of transcription, DNA-templated (biological process)
GO:0005634 - nucleus (cellular component)
GO:0003677 - DNA binding (molecular function)
GO:0003700 - DNA-binding transcription factor activity (molecular function)
InterPro domainsIPR003340 - B3 DNA binding domain
IPR015300 - DNA-binding pseudobarrel domain superfamily
IPR044800 - B3 domain-containing transcription factor LEC2-like


Homology Show/hide homology
GenBank top hitse value%identityAlignment
XP_004136699.1 B3 domain-containing protein At2g36080 [Cucumis sativus]3.7e-13385.22Show/hide
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XP_038905859.1 B3 domain-containing protein At2g36080-like isoform X2 [Benincasa hispida]4.1e-14089.58Show/hide
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TrEMBL top hitse value%identityAlignment
A0A0A0LBH2 TF-B3 domain-containing protein1.8e-13385.22Show/hide
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A0A1S3B6T3 B3 domain-containing protein At2g36080-like isoform X19.9e-14088.19Show/hide
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A0A1S3B7G9 B3 domain-containing protein At2g36080-like isoform X25.8e-14088.81Show/hide
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A0A6J1F8D4 B3 domain-containing protein At2g36080-like6.7e-11276.9Show/hide
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A0A6J1IY80 B3 domain-containing protein At2g36080-like3.9e-11277.59Show/hide
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SwissProt top hitse value%identityAlignment
Q53QI0 B3 domain-containing protein Os11g01560008.6e-4854.63Show/hide
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Query:  -GDRLFIGWKRRS--------APSPADTAVAAASGGVGGSGGWTRMFCSTN---PYPSSHHHHHLPSPPYQSSSDSPHAE--------SSVQSQTVSVGN
         GDRLFIG +RR         AP PA   VA A+   G    W+ M  ST+    YP+S  +    S  Y+ ++D  H +            S + S G+
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Query:  --SKILRLFGVDLECQTDMSEPEPPST
          S+ LRLFGV+L+C     EPE  +T
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Q8GYJ2 B3 domain-containing protein At2g360801.5e-5247.54Show/hide
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        MSIN +S DFH          +M   +            +   +FEKPLTPSDVGKLNRLVIPKQ+AE+YFPL  +AAA D+ +KGLLL FEDE GK WR
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        FRYSYWNSSQSYVLTKGWSR+VKEK LDAGDVV+F RHR DG R FIGW+RR   S                              SS  + H+ S    
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Query:  SSSDSPHA-ESSVQSQTVSVGNSKILRLFGVDLECQ--TDMSEPEPPSTLSVGSSLSLSGRDPTCHSFYTHYSSPLPHHMASRF
        S    PHA   +V+SQ    GNSK LRLFGV++ECQ  +D SEP  P     GS+   +  D   H +      P P++M   F
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Q8RYD3 B3 domain-containing protein At3g115807.0e-5053.27Show/hide
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        A A    +FEK LTPSDVGKLNRLVIPKQ+AEKYFPL+ +   G S D      KG+LLSFEDESGK W+FRYSYWNSSQSYVLTKGWSR+VK+K LDAG
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Query:  DVVVFERHRRDGDRLFIGWKRR-SAPSPADTAVAAASGGVGGSGGWTRMFCSTNPYPSSHHHHHLPSPPYQSSSDSPHAESSVQSQTVSVGNSKILRLFG
        DVV F+RHR D  RLFIGW+RR  A S    +V +    V  +  W+ +   T PY   H     P+   + S      + +     V  G+S+ +RLFG
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Query:  VDLECQTDMSEPEP
        V+LEC  D  EP P
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Q9FNI3 B3 domain-containing protein At5g062501.2e-5246.44Show/hide
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Query:  SFEDESGKIWRFRYSYWNSSQSYVLTKGWSRFVKEKRLDAGDVVVFERHRRDGDRLFIGWKRRSAPSPADTAVAAASGGVGGSGGWTRMFCSTNPYPSSH
        SFEDESGK WRFRYSYWNSSQSYVLTKGWSRFVK+K+LD GDVV F+RHR D  RLFIGW+RR   S   ++VAA +  V  S            Y   H
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Query:  HHHHLPSPPYQSSSDSPHAESSVQSQTVS------VGNSKILRLFGVDLECQTDMSEPEPPSTLSVGSSLSLSGRDPTC-HSFYTHYSSPLPHHM
           +  +PP  S      A  +  ++T S      VG+S+ +RLFGV+LECQ D ++ +     SV  + ++   D     + Y +YS   PH+M
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Q9M268 B3 domain-containing transcription factor NGA28.6e-4044.64Show/hide
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        +  A+++ +   MF+K +TPSDVGKLNRLVIPKQ+AE+YFPL  S    + ++KGLLL+FED SG  WRFRYSYWNSSQSYV+TKGWSRFVK+K+LDAGD
Subjt:  VAAATATADHLPMFEKPLTPSDVGKLNRLVIPKQYAEKYFPLSPSAAAGDSADKGLLLSFEDESGKIWRFRYSYWNSSQSYVLTKGWSRFVKEKRLDAGD

Query:  VVVFERHRRDGDRLFIGWKRRSAPSPADTAVAAASGGVGGSGGWTRMFCSTNP-YPSSHHHHHLPSPPYQ---------SSSDSPHAESSVQS-------
        +V F+R   + D+L+I W+RR  P   D      +G +     + R +   +P  P+++  H+L    +Q          S +  H  + ++S       
Subjt:  VVVFERHRRDGDRLFIGWKRRSAPSPADTAVAAASGGVGGSGGWTRMFCSTNP-YPSSHHHHHLPSPPYQ---------SSSDSPHAESSVQS-------

Query:  --QTVSVGN--SKILRLFGVDLEC
          Q  S+ +   K LRLFGVD+EC
Subjt:  --QTVSVGN--SKILRLFGVDLEC

Arabidopsis top hitse value%identityAlignment
AT2G36080.1 AP2/B3-like transcriptional factor family protein1.1e-5347.54Show/hide
Query:  MSINHFSPDFHRPLFSTPQLPIMLNPKSSLSVAAATATADHLPMFEKPLTPSDVGKLNRLVIPKQYAEKYFPLSPSAAAGDSADKGLLLSFEDESGKIWR
        MSIN +S DFH          +M   +            +   +FEKPLTPSDVGKLNRLVIPKQ+AE+YFPL  +AAA D+ +KGLLL FEDE GK WR
Subjt:  MSINHFSPDFHRPLFSTPQLPIMLNPKSSLSVAAATATADHLPMFEKPLTPSDVGKLNRLVIPKQYAEKYFPLSPSAAAGDSADKGLLLSFEDESGKIWR

Query:  FRYSYWNSSQSYVLTKGWSRFVKEKRLDAGDVVVFERHRRDGDRLFIGWKRRSAPSPADTAVAAASGGVGGSGGWTRMFCSTNPYPSSHHHHHLPSPPYQ
        FRYSYWNSSQSYVLTKGWSR+VKEK LDAGDVV+F RHR DG R FIGW+RR   S                              SS  + H+ S    
Subjt:  FRYSYWNSSQSYVLTKGWSRFVKEKRLDAGDVVVFERHRRDGDRLFIGWKRRSAPSPADTAVAAASGGVGGSGGWTRMFCSTNPYPSSHHHHHLPSPPYQ

Query:  SSSDSPHA-ESSVQSQTVSVGNSKILRLFGVDLECQ--TDMSEPEPPSTLSVGSSLSLSGRDPTCHSFYTHYSSPLPHHMASRF
        S    PHA   +V+SQ    GNSK LRLFGV++ECQ  +D SEP  P     GS+   +  D   H +      P P++M   F
Subjt:  SSSDSPHA-ESSVQSQTVSVGNSKILRLFGVDLECQ--TDMSEPEPPSTLSVGSSLSLSGRDPTCHSFYTHYSSPLPHHMASRF

AT2G36080.2 AP2/B3-like transcriptional factor family protein4.7e-4962.82Show/hide
Query:  MSINHFSPDFHRPLFSTPQLPIMLNPKSSLSVAAATATADHLPMFEKPLTPSDVGKLNRLVIPKQYAEKYFPLSPSAAAGDSADKGLLLSFEDESGKIWR
        MSIN +S DFH          +M   +            +   +FEKPLTPSDVGKLNRLVIPKQ+AE+YFPL  +AAA D+ +KGLLL FEDE GK WR
Subjt:  MSINHFSPDFHRPLFSTPQLPIMLNPKSSLSVAAATATADHLPMFEKPLTPSDVGKLNRLVIPKQYAEKYFPLSPSAAAGDSADKGLLLSFEDESGKIWR

Query:  FRYSYWNSSQSYVLTKGWSRFVKEKRLDAGDVVVFERHRRDGDRLFIGWKRRSAPS
        FRYSYWNSSQSYVLTKGWSR+VKEK LDAGDVV+F RHR DG R FIGW+RR   S
Subjt:  FRYSYWNSSQSYVLTKGWSRFVKEKRLDAGDVVVFERHRRDGDRLFIGWKRRSAPS

AT3G11580.1 AP2/B3-like transcriptional factor family protein5.0e-5153.27Show/hide
Query:  ATADHLPMFEKPLTPSDVGKLNRLVIPKQYAEKYFPLSPSAAAGDSAD------KGLLLSFEDESGKIWRFRYSYWNSSQSYVLTKGWSRFVKEKRLDAG
        A A    +FEK LTPSDVGKLNRLVIPKQ+AEKYFPL+ +   G S D      KG+LLSFEDESGK W+FRYSYWNSSQSYVLTKGWSR+VK+K LDAG
Subjt:  ATADHLPMFEKPLTPSDVGKLNRLVIPKQYAEKYFPLSPSAAAGDSAD------KGLLLSFEDESGKIWRFRYSYWNSSQSYVLTKGWSRFVKEKRLDAG

Query:  DVVVFERHRRDGDRLFIGWKRR-SAPSPADTAVAAASGGVGGSGGWTRMFCSTNPYPSSHHHHHLPSPPYQSSSDSPHAESSVQSQTVSVGNSKILRLFG
        DVV F+RHR D  RLFIGW+RR  A S    +V +    V  +  W+ +   T PY   H     P+   + S      + +     V  G+S+ +RLFG
Subjt:  DVVVFERHRRDGDRLFIGWKRR-SAPSPADTAVAAASGGVGGSGGWTRMFCSTNPYPSSHHHHHLPSPPYQSSSDSPHAESSVQSQTVSVGNSKILRLFG

Query:  VDLECQTDMSEPEP
        V+LEC  D  EP P
Subjt:  VDLECQTDMSEPEP

AT5G06250.1 AP2/B3-like transcriptional factor family protein9.1e-5345.33Show/hide
Query:  MSINHFSPDFHRPLFSTPQLPIMLNPKSSLSVAAATATADHL------PMFEKPLTPSDVGKLNRLVIPKQYAEKYFPL-----SPSAAAGDSADKGLLL
        MS+NH+S D H  L    Q       + +   +  T TA  L       +FEK LTPSDVGKLNRLVIPKQ+AEKYFPL     S +AA   S++KG+LL
Subjt:  MSINHFSPDFHRPLFSTPQLPIMLNPKSSLSVAAATATADHL------PMFEKPLTPSDVGKLNRLVIPKQYAEKYFPL-----SPSAAAGDSADKGLLL

Query:  SFEDESGKIWRFRYSYWNSSQSYVLTKGWSRFVKEKRLDAGDVVVFERHRRDGDRLFIGWKRRSAPSPADTAVAAASGGVGGSGGWTRMFCSTNPYPSSH
        SFEDESGK WRFRYSYWNSSQSYVLTKGWSRFVK+K+LD GDVV F+RHR D  RLFIGW+RR   S +  A   ++      G              S+
Subjt:  SFEDESGKIWRFRYSYWNSSQSYVLTKGWSRFVKEKRLDAGDVVVFERHRRDGDRLFIGWKRRSAPSPADTAVAAASGGVGGSGGWTRMFCSTNPYPSSH

Query:  HHHHLPSPPYQSSSDSPHAESSVQSQTVSVGNSKILRLFGVDLECQTDMSEPEPPSTLSVGSSLSLSGRDPTC-HSFYTHYSSPLPHHM
        H  H       +++++    SS       VG+S+ +RLFGV+LECQ D ++ +     SV  + ++   D     + Y +YS   PH+M
Subjt:  HHHHLPSPPYQSSSDSPHAESSVQSQTVSVGNSKILRLFGVDLECQTDMSEPEPPSTLSVGSSLSLSGRDPTC-HSFYTHYSSPLPHHM

AT5G06250.2 AP2/B3-like transcriptional factor family protein8.2e-5446.44Show/hide
Query:  MSINHFSPDFHRPLFSTPQLPIMLNPKSSLSVAAATATADHL------PMFEKPLTPSDVGKLNRLVIPKQYAEKYFPL-----SPSAAAGDSADKGLLL
        MS+NH+S D H  L    Q       + +   +  T TA  L       +FEK LTPSDVGKLNRLVIPKQ+AEKYFPL     S +AA   S++KG+LL
Subjt:  MSINHFSPDFHRPLFSTPQLPIMLNPKSSLSVAAATATADHL------PMFEKPLTPSDVGKLNRLVIPKQYAEKYFPL-----SPSAAAGDSADKGLLL

Query:  SFEDESGKIWRFRYSYWNSSQSYVLTKGWSRFVKEKRLDAGDVVVFERHRRDGDRLFIGWKRRSAPSPADTAVAAASGGVGGSGGWTRMFCSTNPYPSSH
        SFEDESGK WRFRYSYWNSSQSYVLTKGWSRFVK+K+LD GDVV F+RHR D  RLFIGW+RR   S   ++VAA +  V  S            Y   H
Subjt:  SFEDESGKIWRFRYSYWNSSQSYVLTKGWSRFVKEKRLDAGDVVVFERHRRDGDRLFIGWKRRSAPSPADTAVAAASGGVGGSGGWTRMFCSTNPYPSSH

Query:  HHHHLPSPPYQSSSDSPHAESSVQSQTVS------VGNSKILRLFGVDLECQTDMSEPEPPSTLSVGSSLSLSGRDPTC-HSFYTHYSSPLPHHM
           +  +PP  S      A  +  ++T S      VG+S+ +RLFGV+LECQ D ++ +     SV  + ++   D     + Y +YS   PH+M
Subjt:  HHHHLPSPPYQSSSDSPHAESSVQSQTVS------VGNSKILRLFGVDLECQTDMSEPEPPSTLSVGSSLSLSGRDPTC-HSFYTHYSSPLPHHM


Sequences Show/hide sequences
CDS sequenceShow/hide CDS sequence
ATGTCCATAAACCACTTCTCTCCTGACTTCCATCGACCACTCTTCTCTACTCCCCAACTCCCCATCATGCTTAACCCCAAATCCTCTCTCTCCGTCGCCGCCGCCACCGC
CACCGCCGACCACCTCCCCATGTTCGAAAAACCCTTAACCCCAAGCGACGTTGGCAAGCTCAACCGTCTCGTCATCCCCAAGCAATACGCCGAAAAGTACTTCCCCCTTT
CCCCCTCCGCCGCCGCCGGCGACTCTGCCGACAAGGGGTTACTCCTCAGCTTCGAAGATGAGTCCGGCAAGATATGGCGGTTCCGTTATTCTTATTGGAATAGTAGTCAG
AGCTATGTGCTGACAAAAGGGTGGAGCCGCTTTGTCAAAGAGAAGCGCCTTGACGCCGGTGATGTTGTCGTTTTTGAACGCCACCGCCGTGATGGTGATAGGTTGTTCAT
TGGGTGGAAGAGGAGGTCGGCGCCGTCTCCGGCGGACACTGCTGTGGCTGCCGCGAGTGGCGGTGTGGGCGGCAGTGGAGGTTGGACTAGAATGTTCTGTTCTACGAATC
CATATCCTTCTTCTCATCATCATCATCATCTTCCTTCACCGCCATACCAATCTTCTTCTGATTCTCCTCATGCAGAGTCCTCTGTTCAGAGTCAAACAGTGTCGGTTGGG
AATTCAAAGATACTGCGGCTGTTCGGAGTGGACTTGGAGTGCCAAACCGACATGTCGGAACCCGAACCACCGTCGACGCTCAGTGTCGGGTCAAGTTTAAGTTTATCGGG
TCGAGATCCAACCTGCCACAGCTTCTACACACATTATTCTTCTCCTCTTCCTCATCACATGGCTTCAAGGTTTTGTGTTGTATTTAGTATCAATCTTAGCCACCAATTTT
CAATCTTAACACTAAACTTGATGAACAAAACTTAA
mRNA sequenceShow/hide mRNA sequence
ATTAAGTATGGCTCTAGATGAAATTCTCACTCATTTCTTCTCCATCTTCTAAAAGGAAAAAAAAATGTCCATAAACCACTTCTCTCCTGACTTCCATCGACCACTCTTCT
CTACTCCCCAACTCCCCATCATGCTTAACCCCAAATCCTCTCTCTCCGTCGCCGCCGCCACCGCCACCGCCGACCACCTCCCCATGTTCGAAAAACCCTTAACCCCAAGC
GACGTTGGCAAGCTCAACCGTCTCGTCATCCCCAAGCAATACGCCGAAAAGTACTTCCCCCTTTCCCCCTCCGCCGCCGCCGGCGACTCTGCCGACAAGGGGTTACTCCT
CAGCTTCGAAGATGAGTCCGGCAAGATATGGCGGTTCCGTTATTCTTATTGGAATAGTAGTCAGAGCTATGTGCTGACAAAAGGGTGGAGCCGCTTTGTCAAAGAGAAGC
GCCTTGACGCCGGTGATGTTGTCGTTTTTGAACGCCACCGCCGTGATGGTGATAGGTTGTTCATTGGGTGGAAGAGGAGGTCGGCGCCGTCTCCGGCGGACACTGCTGTG
GCTGCCGCGAGTGGCGGTGTGGGCGGCAGTGGAGGTTGGACTAGAATGTTCTGTTCTACGAATCCATATCCTTCTTCTCATCATCATCATCATCTTCCTTCACCGCCATA
CCAATCTTCTTCTGATTCTCCTCATGCAGAGTCCTCTGTTCAGAGTCAAACAGTGTCGGTTGGGAATTCAAAGATACTGCGGCTGTTCGGAGTGGACTTGGAGTGCCAAA
CCGACATGTCGGAACCCGAACCACCGTCGACGCTCAGTGTCGGGTCAAGTTTAAGTTTATCGGGTCGAGATCCAACCTGCCACAGCTTCTACACACATTATTCTTCTCCT
CTTCCTCATCACATGGCTTCAAGGTTTTGTGTTGTATTTAGTATCAATCTTAGCCACCAATTTTCAATCTTAACACTAAACTTGATGAACAAAACTTAA
Protein sequenceShow/hide protein sequence
MSINHFSPDFHRPLFSTPQLPIMLNPKSSLSVAAATATADHLPMFEKPLTPSDVGKLNRLVIPKQYAEKYFPLSPSAAAGDSADKGLLLSFEDESGKIWRFRYSYWNSSQ
SYVLTKGWSRFVKEKRLDAGDVVVFERHRRDGDRLFIGWKRRSAPSPADTAVAAASGGVGGSGGWTRMFCSTNPYPSSHHHHHLPSPPYQSSSDSPHAESSVQSQTVSVG
NSKILRLFGVDLECQTDMSEPEPPSTLSVGSSLSLSGRDPTCHSFYTHYSSPLPHHMASRFCVVFSINLSHQFSILTLNLMNKT