CuGenDBv2

Gene ID	Lsi04G001920
Organism	Lagenaria siceraria USVL1VR-Ls (Bottle gourd (USVL1VR-Ls) v1)
Description	DNA repair REX1-B protein
Genome location	chr04:2036123..2039307
RNA-Seq Expression	Lsi04G001920
Synteny	Lsi04G001920
Gene Ontology terms	NA
InterPro domains	IPR039491 - Required for excision 1-B domain-containing protein

Homology

Show/hide homology

GenBank top hits

e value

%identity

Alignment

XP_004135056.1 uncharacterized protein LOC101210078 [Cucumis sativus]

1.3e-92

89.32

Show/hide

Query:  MEDFEKKLSLDEQMEEDQRTDVTDSSNTLSLLRKFLEIQQRRAEAYAKLKRGFDEYMTSGREVSYQQLCSEITMEFSNCSKQVIAIESNFRSPDHNRLDL
        MEDFEKKLSLDEQMEED++   TDSSNTLSLLR+FLEIQQRRAEAY+KLKRGFDEYMTSGRE+SYQQLCSEIT EFSNCSKQVI IESNFRS DHNRL+L
Subjt:  MEDFEKKLSLDEQMEEDQRTDVTDSSNTLSLLRKFLEIQQRRAEAYAKLKRGFDEYMTSGREVSYQQLCSEITMEFSNCSKQVIAIESNFRSPDHNRLDL

Query:  ANLLRSVQEQEKQKLHLVSQIQLLKKAGHPSERLVSHENCKFNAPREHECMHVHEITEASGTEEAEADADYDNALKESIKGVQDAVTTIIEHMEEVRYEI
        AN LRSVQEQEKQKLHL +QIQLLKKAG PSERLVSHENC+FNAPREHEC+HVHEITEASGTEEAEADA+YDNALKE+IKGVQDAVTTI EHMEEVRYEI
Subjt:  ANLLRSVQEQEKQKLHLVSQIQLLKKAGHPSERLVSHENCKFNAPREHECMHVHEITEASGTEEAEADADYDNALKESIKGVQDAVTTIIEHMEEVRYEI

Query:  AALEDK
         ALEDK
Subjt:  AALEDK

XP_008446706.1 PREDICTED: uncharacterized protein LOC103489347 [Cucumis melo]

1.8e-91

88.35

Show/hide

Query:  MEDFEKKLSLDEQMEEDQRTDVTDSSNTLSLLRKFLEIQQRRAEAYAKLKRGFDEYMTSGREVSYQQLCSEITMEFSNCSKQVIAIESNFRSPDHNRLDL
        MEDFEKKLSLDEQMEED+    TDSSNTLSLLR+FLEIQQRRAEAY+KLKRGFDEYMTSGRE+SYQQLCSEIT EFSNCSKQVI IESNFR+ DHNRL+L
Subjt:  MEDFEKKLSLDEQMEEDQRTDVTDSSNTLSLLRKFLEIQQRRAEAYAKLKRGFDEYMTSGREVSYQQLCSEITMEFSNCSKQVIAIESNFRSPDHNRLDL

Query:  ANLLRSVQEQEKQKLHLVSQIQLLKKAGHPSERLVSHENCKFNAPREHECMHVHEITEASGTEEAEADADYDNALKESIKGVQDAVTTIIEHMEEVRYEI
        ANLLRSVQEQEKQKLHL +QIQLLKKAG PSERLVSHENC+ NAPREHEC+HVHEITEASGTEEAEADA+YDNALKE+IKGVQDAVTTI +HMEEVRYEI
Subjt:  ANLLRSVQEQEKQKLHLVSQIQLLKKAGHPSERLVSHENCKFNAPREHECMHVHEITEASGTEEAEADADYDNALKESIKGVQDAVTTIIEHMEEVRYEI

Query:  AALEDK
         ALEDK
Subjt:  AALEDK

XP_022945518.1 uncharacterized protein C19orf60 homolog [Cucurbita moschata]

3.8e-89

85.58

Show/hide

Query:  MEDFEKKLSLDEQMEEDQRT--DVTDSSNTLSLLRKFLEIQQRRAEAYAKLKRGFDEYMTSGREVSYQQLCSEITMEFSNCSKQVIAIESNFRSPDHNRL
        MEDF+KKLSL EQMEED RT  D + SSNTL+LLRKFLEIQQRRAEAYA+LKRGFDEYMTSGRE+SYQQLC EIT EFSNCSKQVI IESNF SPDH+R+
Subjt:  MEDFEKKLSLDEQMEEDQRT--DVTDSSNTLSLLRKFLEIQQRRAEAYAKLKRGFDEYMTSGREVSYQQLCSEITMEFSNCSKQVIAIESNFRSPDHNRL

Query:  DLANLLRSVQEQEKQKLHLVSQIQLLKKAGHPSERLVSHENCKFNAPREHECMHVHEITEASGTEEAEADADYDNALKESIKGVQDAVTTIIEHMEEVRY
        +LA+LLRSVQEQEKQKLHL +QIQLLKKAG PSERLVSHENC+F  PREHEC+HVHEITEASGTEEAEADA+YDNALKE+IKGVQ+AVTTI EHMEEVRY
Subjt:  DLANLLRSVQEQEKQKLHLVSQIQLLKKAGHPSERLVSHENCKFNAPREHECMHVHEITEASGTEEAEADADYDNALKESIKGVQDAVTTIIEHMEEVRY

Query:  EIAALEDK
        EIAALEDK
Subjt:  EIAALEDK

XP_023541138.1 uncharacterized protein C19orf60 homolog [Cucurbita pepo subsp. pepo]

1.0e-89

86.06

Show/hide

Query:  MEDFEKKLSLDEQMEEDQRT--DVTDSSNTLSLLRKFLEIQQRRAEAYAKLKRGFDEYMTSGREVSYQQLCSEITMEFSNCSKQVIAIESNFRSPDHNRL
        MEDF+KKLSL EQMEED RT  D + SSNTL+LLRKFLEIQQRRAEAYA+LKRGFDEYMTSGRE+SYQQLC EIT EFSNCSKQVI IESNF SPDH+R+
Subjt:  MEDFEKKLSLDEQMEEDQRT--DVTDSSNTLSLLRKFLEIQQRRAEAYAKLKRGFDEYMTSGREVSYQQLCSEITMEFSNCSKQVIAIESNFRSPDHNRL

Query:  DLANLLRSVQEQEKQKLHLVSQIQLLKKAGHPSERLVSHENCKFNAPREHECMHVHEITEASGTEEAEADADYDNALKESIKGVQDAVTTIIEHMEEVRY
        +LA+LLRSVQEQEKQKLHL +QIQLLKKAG PSERLVSHENC+F  PREHEC+HVHEITEASGTEEAEADA+YDNALKE+IKGVQDAVTTI EHMEEVRY
Subjt:  DLANLLRSVQEQEKQKLHLVSQIQLLKKAGHPSERLVSHENCKFNAPREHECMHVHEITEASGTEEAEADADYDNALKESIKGVQDAVTTIIEHMEEVRY

Query:  EIAALEDK
        EIAALEDK
Subjt:  EIAALEDK

XP_038892275.1 uncharacterized protein LOC120081463 [Benincasa hispida]

3.4e-93

87.86

Show/hide

Query:  MEDFEKKLSLDEQMEEDQRTDVTDSSNTLSLLRKFLEIQQRRAEAYAKLKRGFDEYMTSGREVSYQQLCSEITMEFSNCSKQVIAIESNFRSPDHNRLDL
        MEDFEKKLSLDEQMEEDQRTD +DSSNTLSLLR+FLEIQQRRAEAYA+LKRGFDEYMTSGRE+SYQQLCS+IT EFSNCSKQVI IESNFRS DHNRL+L
Subjt:  MEDFEKKLSLDEQMEEDQRTDVTDSSNTLSLLRKFLEIQQRRAEAYAKLKRGFDEYMTSGREVSYQQLCSEITMEFSNCSKQVIAIESNFRSPDHNRLDL

Query:  ANLLRSVQEQEKQKLHLVSQIQLLKKAGHPSERLVSHENCKFNAPREHECMHVHEITEASGTEEAEADADYDNALKESIKGVQDAVTTIIEHMEEVRYEI
        ANLLRSVQE+EKQKLHL +QIQLLKKAG PSER+VSHENC+FNAPREHEC+HVHE+T ASGTEEAEA+A+YDNALKE+IKGVQD VTTI E+MEEVRYEI
Subjt:  ANLLRSVQEQEKQKLHLVSQIQLLKKAGHPSERLVSHENCKFNAPREHECMHVHEITEASGTEEAEADADYDNALKESIKGVQDAVTTIIEHMEEVRYEI

Query:  AALEDK
        AALEDK
Subjt:  AALEDK

TrEMBL top hits

e value

%identity

Alignment

A0A0A0KUN3 Uncharacterized protein

6.2e-93

89.32

Show/hide

Query:  MEDFEKKLSLDEQMEEDQRTDVTDSSNTLSLLRKFLEIQQRRAEAYAKLKRGFDEYMTSGREVSYQQLCSEITMEFSNCSKQVIAIESNFRSPDHNRLDL
        MEDFEKKLSLDEQMEED++   TDSSNTLSLLR+FLEIQQRRAEAY+KLKRGFDEYMTSGRE+SYQQLCSEIT EFSNCSKQVI IESNFRS DHNRL+L
Subjt:  MEDFEKKLSLDEQMEEDQRTDVTDSSNTLSLLRKFLEIQQRRAEAYAKLKRGFDEYMTSGREVSYQQLCSEITMEFSNCSKQVIAIESNFRSPDHNRLDL

Query:  ANLLRSVQEQEKQKLHLVSQIQLLKKAGHPSERLVSHENCKFNAPREHECMHVHEITEASGTEEAEADADYDNALKESIKGVQDAVTTIIEHMEEVRYEI
        AN LRSVQEQEKQKLHL +QIQLLKKAG PSERLVSHENC+FNAPREHEC+HVHEITEASGTEEAEADA+YDNALKE+IKGVQDAVTTI EHMEEVRYEI
Subjt:  ANLLRSVQEQEKQKLHLVSQIQLLKKAGHPSERLVSHENCKFNAPREHECMHVHEITEASGTEEAEADADYDNALKESIKGVQDAVTTIIEHMEEVRYEI

Query:  AALEDK
         ALEDK
Subjt:  AALEDK

A0A1S3BGI9 uncharacterized protein LOC103489347

8.9e-92

88.35

Show/hide

Query:  MEDFEKKLSLDEQMEEDQRTDVTDSSNTLSLLRKFLEIQQRRAEAYAKLKRGFDEYMTSGREVSYQQLCSEITMEFSNCSKQVIAIESNFRSPDHNRLDL
        MEDFEKKLSLDEQMEED+    TDSSNTLSLLR+FLEIQQRRAEAY+KLKRGFDEYMTSGRE+SYQQLCSEIT EFSNCSKQVI IESNFR+ DHNRL+L
Subjt:  MEDFEKKLSLDEQMEEDQRTDVTDSSNTLSLLRKFLEIQQRRAEAYAKLKRGFDEYMTSGREVSYQQLCSEITMEFSNCSKQVIAIESNFRSPDHNRLDL

Query:  ANLLRSVQEQEKQKLHLVSQIQLLKKAGHPSERLVSHENCKFNAPREHECMHVHEITEASGTEEAEADADYDNALKESIKGVQDAVTTIIEHMEEVRYEI
        ANLLRSVQEQEKQKLHL +QIQLLKKAG PSERLVSHENC+ NAPREHEC+HVHEITEASGTEEAEADA+YDNALKE+IKGVQDAVTTI +HMEEVRYEI
Subjt:  ANLLRSVQEQEKQKLHLVSQIQLLKKAGHPSERLVSHENCKFNAPREHECMHVHEITEASGTEEAEADADYDNALKESIKGVQDAVTTIIEHMEEVRYEI

Query:  AALEDK
         ALEDK
Subjt:  AALEDK

A0A5D3CFT2 Uncharacterized protein

8.9e-92

88.35

Show/hide

Query:  MEDFEKKLSLDEQMEEDQRTDVTDSSNTLSLLRKFLEIQQRRAEAYAKLKRGFDEYMTSGREVSYQQLCSEITMEFSNCSKQVIAIESNFRSPDHNRLDL
        MEDFEKKLSLDEQMEED+    TDSSNTLSLLR+FLEIQQRRAEAY+KLKRGFDEYMTSGRE+SYQQLCSEIT EFSNCSKQVI IESNFR+ DHNRL+L
Subjt:  MEDFEKKLSLDEQMEEDQRTDVTDSSNTLSLLRKFLEIQQRRAEAYAKLKRGFDEYMTSGREVSYQQLCSEITMEFSNCSKQVIAIESNFRSPDHNRLDL

Query:  ANLLRSVQEQEKQKLHLVSQIQLLKKAGHPSERLVSHENCKFNAPREHECMHVHEITEASGTEEAEADADYDNALKESIKGVQDAVTTIIEHMEEVRYEI
        ANLLRSVQEQEKQKLHL +QIQLLKKAG PSERLVSHENC+ NAPREHEC+HVHEITEASGTEEAEADA+YDNALKE+IKGVQDAVTTI +HMEEVRYEI
Subjt:  ANLLRSVQEQEKQKLHLVSQIQLLKKAGHPSERLVSHENCKFNAPREHECMHVHEITEASGTEEAEADADYDNALKESIKGVQDAVTTIIEHMEEVRYEI

Query:  AALEDK
         ALEDK
Subjt:  AALEDK

A0A6J1G147 uncharacterized protein C19orf60 homolog

1.9e-89

85.58

Show/hide

Query:  MEDFEKKLSLDEQMEEDQRT--DVTDSSNTLSLLRKFLEIQQRRAEAYAKLKRGFDEYMTSGREVSYQQLCSEITMEFSNCSKQVIAIESNFRSPDHNRL
        MEDF+KKLSL EQMEED RT  D + SSNTL+LLRKFLEIQQRRAEAYA+LKRGFDEYMTSGRE+SYQQLC EIT EFSNCSKQVI IESNF SPDH+R+
Subjt:  MEDFEKKLSLDEQMEEDQRT--DVTDSSNTLSLLRKFLEIQQRRAEAYAKLKRGFDEYMTSGREVSYQQLCSEITMEFSNCSKQVIAIESNFRSPDHNRL

Query:  DLANLLRSVQEQEKQKLHLVSQIQLLKKAGHPSERLVSHENCKFNAPREHECMHVHEITEASGTEEAEADADYDNALKESIKGVQDAVTTIIEHMEEVRY
        +LA+LLRSVQEQEKQKLHL +QIQLLKKAG PSERLVSHENC+F  PREHEC+HVHEITEASGTEEAEADA+YDNALKE+IKGVQ+AVTTI EHMEEVRY
Subjt:  DLANLLRSVQEQEKQKLHLVSQIQLLKKAGHPSERLVSHENCKFNAPREHECMHVHEITEASGTEEAEADADYDNALKESIKGVQDAVTTIIEHMEEVRY

Query:  EIAALEDK
        EIAALEDK
Subjt:  EIAALEDK

A0A6J1HYI6 uncharacterized protein C19orf60 homolog

1.9e-89

85.58

Show/hide

Query:  MEDFEKKLSLDEQMEEDQRT--DVTDSSNTLSLLRKFLEIQQRRAEAYAKLKRGFDEYMTSGREVSYQQLCSEITMEFSNCSKQVIAIESNFRSPDHNRL
        MEDF+KKLSL EQMEED RT  D + SSNTL+LLRKFLEIQQRRAEAYA+LKRGFDEYMTSGRE+SYQQLC EIT EFSNCSKQVI IESNF SPDH+R+
Subjt:  MEDFEKKLSLDEQMEEDQRT--DVTDSSNTLSLLRKFLEIQQRRAEAYAKLKRGFDEYMTSGREVSYQQLCSEITMEFSNCSKQVIAIESNFRSPDHNRL

Query:  DLANLLRSVQEQEKQKLHLVSQIQLLKKAGHPSERLVSHENCKFNAPREHECMHVHEITEASGTEEAEADADYDNALKESIKGVQDAVTTIIEHMEEVRY
        +LA+LLRSVQEQEKQKLHL +QIQLLKKAG PSERLVSHENC+F  PREHEC+HVHEITEASGTEEAEADA+YDNALKE+IKGVQ+AVTTI EHMEEVRY
Subjt:  DLANLLRSVQEQEKQKLHLVSQIQLLKKAGHPSERLVSHENCKFNAPREHECMHVHEITEASGTEEAEADADYDNALKESIKGVQDAVTTIIEHMEEVRY

Query:  EIAALEDK
        EIAALEDK
Subjt:  EIAALEDK

SwissProt top hits

e value

%identity

Alignment

Q17Q97 Required for excision 1-B domain-containing protein

2.7e-05

30.93

Show/hide

Query:  LLRKFLEIQQRRAEAYAKLKRGFDEYMTSGREVS---YQQLCSEITMEFSNCSKQVIAIESNFRSPDHNRLDLANLLRSVQEQEKQKLHLVSQIQLL
        L+++  ++Q  RA+A+ +L+ G  +Y++SG       Y+    E+T  F+  S++V+A+E+    P    L LA+ +RS+Q+ E+ +L  V+ +QL+
Subjt:  LLRKFLEIQQRRAEAYAKLKRGFDEYMTSGREVS---YQQLCSEITMEFSNCSKQVIAIESNFRSPDHNRLDLANLLRSVQEQEKQKLHLVSQIQLL

Arabidopsis top hits

e value

%identity

Alignment

AT5G04910.1 unknown protein

3.5e-64

60.37

Show/hide

Query:  EDFEKKLSLDEQMEEDQRTDVTDS--------------SNTLSLLRKFLEIQQRRAEAYAKLKRGFDEYMTSGREVSYQQLCSEITMEFSNCSKQVIAIE
        EDF+KK+SL + +  D   +   S              S TL LLR  LEIQQRRA+AYA LK GF EY+ SG E  YQ+LCSEIT EFS CSKQV  +E
Subjt:  EDFEKKLSLDEQMEEDQRTDVTDS--------------SNTLSLLRKFLEIQQRRAEAYAKLKRGFDEYMTSGREVSYQQLCSEITMEFSNCSKQVIAIE

Query:  SNFRSPDHNRLDLANLLRSVQEQEKQKLHLVSQIQLLKKAGHPSERLVSHENCKFNAPREHECMHVHEITEASGTEEAEADADYDNALKESIKGVQDAVT
        S F +P+  R DLA LL  +Q QEKQKLHL   IQ+LKKAG PSER+++HENCKF  P +HEC+H+HEITEA+GTEEAEADA++DNALKE+I+GVQDAVT
Subjt:  SNFRSPDHNRLDLANLLRSVQEQEKQKLHLVSQIQLLKKAGHPSERLVSHENCKFNAPREHECMHVHEITEASGTEEAEADADYDNALKESIKGVQDAVT

Query:  TIIEHMEEVRYEIAALE
        +I E++E++RYEI ALE
Subjt:  TIIEHMEEVRYEIAALE

Sequences

Show/hide sequences

CDS sequence

Show/hide CDS sequence

mRNA sequence

Show/hide mRNA sequence

ATGGAAGATTTTGAGAAGAAGCTCTCTCTGGATGAACAAATGGAGGAAGACCAAAGAACCGATGTCACCGATTCCTCCAACACTCTCAGTTTGCTCCGCAAGTTTCTTGA
AATCCAGCAGCGTAGAGCGGAAGCTTATGCCAAGCTTAAAAGGGGGTTCGATGAGTATATGACTTCAGGAAGGGAGGTATCTTATCAACAGCTTTGCAGTGAGATCACTA
TGGAATTCAGTAATTGCTCCAAACAAGTCATTGCCATTGAATCGAACTTCCGGAGTCCAGATCATAACAGGCTCGACTTAGCCAACCTGCTTAGATCTGTTCAAGAACAA
GAAAAGCAGAAATTGCACCTGGTATCTCAAATTCAGTTATTGAAGAAGGCTGGCCACCCATCAGAGCGCTTGGTGAGCCACGAGAATTGCAAATTCAATGCACCTCGAGA
GCACGAGTGTATGCATGTCCATGAGATAACTGAGGCTTCTGGTACTGAGGAAGCAGAAGCGGATGCCGATTATGACAATGCTCTAAAGGAATCAATCAAAGGTGTGCAGG
ATGCTGTGACGACCATAATTGAGCACATGGAGGAAGTGAGATATGAGATTGCAGCTCTTGAAGATAAGTAATCTTGTGACATATATATGATATTTAGATTATCTTGCTCT
GCAATTGAATTGCTTACTGAAATACCTATAAATGAAGCAAATCAGGAAGGAATTGACAAAACAAATCGAAGTCTAATTCACTTCATTTCATCTCTTAAAAGGTCATTTTC
CAGAGTTGCTACACAGAATAATTTTTTATTTGACTGACAATCATATAAACCGAAAGATATTTCTTGTCATTTGCATGCATGCTCCTCCAAAAGCACACATTAACGTAGGA
GTAAGAATTGATTGGTAGCATACTTAATCAAACGGATATTTTTTTCGTCTAATATAAAGATCTCATACTACTTCATAAACTGAAAATCCCTACAAAAATACCGTTTAATT
TACCAGTGTTGTTTGAATAGCCTGAGTTTGTTCTTGAAAGCTTTGCTTGATATATCCACCTTTTTTGAGATATATCAACTAAACTCTCAATTTTTAGCCCCAATTTTTGT
CTCTAGATTGGGAAATAAAGCAGGGACAGTGATTGGGAGAAGGTCAAGAACACTCTTTTCAAGAGTCTTGTACTGCATACGGAGTCGAGGAATTGAAGCTCACGCAGTCA
TCTCGAATGGCCAAATTTTCTGATCCTACAAAAGTACTCAATTCTTTCCCTTCCTAATTTGACACATCTACTGATAAATTATTTTACGTCTATTTTAGGAGGACACGTAT
GGGAGTGATTCTTAAATGGTTAAAATTATTTTTGTCATTTTCAAAATCATTCTGAAACATGTTTTTAATCATTCAAAACCAATTTCGATGATATGATAATCACATTTAAA
AGTGTAAAATTAATTTTGAGTGACTAAAGGTATGTTTTGAAATAATTAAGTGCATATTTGGG

Protein sequence

Show/hide protein sequence

MEDFEKKLSLDEQMEEDQRTDVTDSSNTLSLLRKFLEIQQRRAEAYAKLKRGFDEYMTSGREVSYQQLCSEITMEFSNCSKQVIAIESNFRSPDHNRLDLANLLRSVQEQ
EKQKLHLVSQIQLLKKAGHPSERLVSHENCKFNAPREHECMHVHEITEASGTEEAEADADYDNALKESIKGVQDAVTTIIEHMEEVRYEIAALEDK

Lsi04G001920 (gene) of Bottle gourd (USVL1VR-Ls) v1 genome