; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; CuGenDBv2

Lsi04G005340 (gene) of Bottle gourd (USVL1VR-Ls) v1 genome

Gene IDLsi04G005340
OrganismLagenaria siceraria USVL1VR-Ls (Bottle gourd (USVL1VR-Ls) v1)
Descriptionserine/arginine-rich splicing factor RSZ21
Genome locationchr04:4939731..4943815
RNA-Seq ExpressionLsi04G005340
SyntenyLsi04G005340
Gene Ontology termsGO:0003723 - RNA binding (molecular function)
GO:0008270 - zinc ion binding (molecular function)
InterPro domainsIPR000504 - RNA recognition motif domain
IPR001878 - Zinc finger, CCHC-type
IPR012677 - Nucleotide-binding alpha-beta plait domain superfamily
IPR035979 - RNA-binding domain superfamily
IPR036875 - Zinc finger, CCHC-type superfamily


Homology Show/hide homology
GenBank top hitse value%identityAlignment
TYK15593.1 serine/arginine-rich splicing factor RSZ21 isoform X1 [Cucumis melo var. makuwa]1.3e-10191.2Show/hide
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XP_011655636.1 serine/arginine-rich splicing factor RSZ21 [Cucumis sativus]1.3e-9396.26Show/hide
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XP_022151054.1 serine/arginine-rich splicing factor RSZ21 [Momordica charantia]8.4e-9396.67Show/hide
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XP_038892593.1 serine/arginine-rich splicing factor RSZ21 [Benincasa hispida]1.0e-9399.44Show/hide
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TrEMBL top hitse value%identityAlignment
A0A1S3BEJ4 serine/arginine-rich splicing factor RSZ214.8e-9496.77Show/hide
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A0A5D3CUM7 Serine/arginine-rich splicing factor RSZ21 isoform X16.3e-10291.2Show/hide
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A0A6J1DBV4 serine/arginine-rich splicing factor RSZ214.1e-9396.67Show/hide
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A0A6J1GX57 serine/arginine-rich splicing factor RSZ21-like8.5e-9195.68Show/hide
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A0A6J1KZV2 serine/arginine-rich splicing factor RSZ21-like1.5e-9094.65Show/hide
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SwissProt top hitse value%identityAlignment
O81126 Serine/arginine-rich splicing factor RSZ222.4e-5867.5Show/hide
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O81127 Serine/arginine-rich splicing factor RSZ211.8e-6673.58Show/hide
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Q69KL9 Serine/arginine-rich splicing factor RSZ21A2.7e-5768.65Show/hide
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Q6K4N0 Serine/arginine-rich splicing factor RSZ214.3e-5566.67Show/hide
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Q9SJA6 Serine/arginine-rich splicing factor RSZ22A2.4e-5866.49Show/hide
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Arabidopsis top hitse value%identityAlignment
AT1G23860.1 RS-containing zinc finger protein 211.3e-6773.58Show/hide
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AT1G23860.2 RS-containing zinc finger protein 211.3e-6773.58Show/hide
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AT1G23860.4 RS-containing zinc finger protein 211.6e-6572.02Show/hide
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AT2G24590.1 RNA recognition motif and CCHC-type zinc finger domains containing protein1.7e-5966.49Show/hide
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AT4G31580.1 serine/arginine-rich 221.7e-5967.5Show/hide
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Sequences Show/hide sequences
CDS sequenceShow/hide CDS sequence
ATGATTCCATATTTTCCACGGATTGCTTACTCTTACTATTTTCAGGCGGTTCCTGGCTCCTTTGCTACAATGACTCGAGTTTACATTGGAAATCTGGATCCACGCGTTAC
AGAGAGGGATCTTGAAGATGAATTTCGAATGTTCGGTGTTCTTAGGAGTGTTTGGGTTGCTAGAAGGCCTCCAGGATATGCATTTATTGAGTTTGATGATCGCAGGGATG
CTCTAGATGCAATACAAGCATTGGATGGGAAAAATGGTTGGCGTGTGGAGCTTTCTCACAACTCTAAAGGCGGTGGAGGAGGTGGTGGTCGTCGTGGCCGGGGTGGTGGC
GATGATTTGAAATGTTATGAATGTGGTGAACCTGGTCATTTTGCTCGTGAGTGTCGTTCACGTGGGGGCTCGCGAGGTGTAGGAGGTGGTTTGCGTCGTAGTCCTTCTCC
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GCTACAGCAGATCTCCTCCATACCGCCATGCTCGTCGTGCTTCACCTTATGCTAATGGGTATGCCTTACTTCTAAGTCATGAGAACTATTCTCTAAAACTATTTGAGATT
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mRNA sequenceShow/hide mRNA sequence
ATGATTCCATATTTTCCACGGATTGCTTACTCTTACTATTTTCAGGCGGTTCCTGGCTCCTTTGCTACAATGACTCGAGTTTACATTGGAAATCTGGATCCACGCGTTAC
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GATGATTTGAAATGTTATGAATGTGGTGAACCTGGTCATTTTGCTCGTGAGTGTCGTTCACGTGGGGGCTCGCGAGGTGTAGGAGGTGGTTTGCGTCGTAGTCCTTCTCC
TCGACGCCGTCGGAGTCCAAGCTATGAAAGATATGGCCGCAGGAGCAACAGTCCTCGTGGCAAAAGATCCCCACGACGTCGCAGCATTACACCTCCTAAGCGTGGTCGGA
GCTACAGCAGATCTCCTCCATACCGCCATGCTCGTCGTGCTTCACCTTATGCTAATGGGTATGCCTTACTTCTAAGTCATGAGAACTATTCTCTAAAACTATTTGAGATT
GATGCTGGAATCAAGGCTGGATGCTGTGCTGGTAGAACTTAGATGATGGCGTTTCTGCTATACTGTAGTTCTAATAGGAATTGTGGAGTGAACCGGAACCATGTAGTTAA
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TCCGCCCCACTGAAACTCGGAGGTGTGATTTTCGGCTATATATGGCATCGTTACTCAGCTAACTGCATCTTAGTGCATCACGCTTCTCAATATCTGCTCTGCTCATCAAT
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ATCTTGTGAGCTTCATCTTGTTTATTGCTCTCCCCAACTTCTGCCTTGCTCCACCAACCTACCTTCCGTTGTTATGCTTCCTTCAATCGCACTTCTCCTTAAGTTAGAGA
CCACCACCTCTGTTGTTTTCTTCTCATTAATTTGTGGTGGTTATAGATGGTCGTTGGAAATTTGAATGCTTGTTTATATTCCTACTGTTTCTTGTTTGTTCTTTGCATAG
ATAGACCCCATTTTTAATTAATGAATCCTCATTAATTGATCTTATTGTGAGGTTATCTTCTTTAACTGACTATTCTCACAATTGTGAGGTTTTTGACCTGGTTTTGTTTT
AAATATTTCATGTTTTAACTTCATCTTGATCATCTAATTT
Protein sequenceShow/hide protein sequence
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DDLKCYECGEPGHFARECRSRGGSRGVGGGLRRSPSPRRRRSPSYERYGRRSNSPRGKRSPRRRSITPPKRGRSYSRSPPYRHARRASPYANGYALLLSHENYSLKLFEI
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