; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; CuGenDBv2

Lsi04G005880 (gene) of Bottle gourd (USVL1VR-Ls) v1 genome

Gene IDLsi04G005880
OrganismLagenaria siceraria USVL1VR-Ls (Bottle gourd (USVL1VR-Ls) v1)
DescriptionABC transporter B family member 26, chloroplastic
Genome locationchr04:5383514..5389687
RNA-Seq ExpressionLsi04G005880
SyntenyLsi04G005880
Gene Ontology termsGO:0055085 - transmembrane transport (biological process)
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InterPro domainsIPR011527 - ABC transporter type 1, transmembrane domain
IPR036640 - ABC transporter type 1, transmembrane domain superfamily


Homology Show/hide homology
GenBank top hitse value%identityAlignment
KAA0034276.1 ABC transporter B family member 26 [Cucumis melo var. makuwa]2.0e-10159.69Show/hide
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KAG6573712.1 ABC transporter B family member 26, chloroplastic, partial [Cucurbita argyrosperma subsp. sororia]2.0e-9657.4Show/hide
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XP_008446165.1 PREDICTED: ABC transporter B family member 26, chloroplastic isoform X1 [Cucumis melo]9.5e-9958.67Show/hide
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A0A1S3BDX4 ABC transporter B family member 26, chloroplastic isoform X14.6e-9958.67Show/hide
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A0A5A7SWM5 ABC transporter B family member 269.9e-10259.69Show/hide
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A0A6J1G219 ABC transporter B family member 26, chloroplastic isoform X14.8e-9657.14Show/hide
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A0A6J1HT83 ABC transporter B family member 26, chloroplastic isoform X12.8e-9657.14Show/hide
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SwissProt top hitse value%identityAlignment
Q8RY46 ABC transporter B family member 26, chloroplastic1.3e-7746.91Show/hide
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        EI+IPHFLTA+IFSA+SG I+VF RNV+LL+          G+RG  FG+ANMIL               DISFFD++TVGDLTSRLG+DCQQVSRV   
Subjt:  EISIPHFLTATIFSAESGKISVFRRNVQLLMIF--------GVRGYCFGVANMIL---------------DISFFDNETVGDLTSRLGADCQQVSRVFFG

Query:  VPITDALQGGWCFDLFASFVKASWFMHADHMLHFRSNYASVWPSKLSLLKQFVISNIPMHARHHRYQKKAAKIVQDVTASSNDVAQETLSLIRTVRVYGT
                G     +F + ++ +  +    +L         WP  L  L    I    M   +  YQKK AK++Q++TAS+N+VAQET SL+RTVRVYGT
Subjt:  VPITDALQGGWCFDLFASFVKASWFMHADHMLHFRSNYASVWPSKLSLLKQFVISNIPMHARHHRYQKKAAKIVQDVTASSNDVAQETLSLIRTVRVYGT

Query:  EKEELGRYEMWLERLADVSLRQSAGYGLWNFSFNFLYHTTQSNCSRHRFGIKLEMCRLLVEMKSVLVAEEAFEVKYGYVSMSWRCQIEAKRLMNFCKAVP
        EK+E  RY  WL+RLAD+SLRQSA YG+WN+SFN LYH TQ                                                           
Subjt:  EKEELGRYEMWLERLADVSLRQSAGYGLWNFSFNFLYHTTQSNCSRHRFGIKLEMCRLLVEMKSVLVAEEAFEVKYGYVSMSWRCQIEAKRLMNFCKAVP

Query:  TGLMWLCDFGAVIAVLLGGTFILSGRITAEQLTKFILYSEWLIYSTWWVGDNLSSLMQSVGASEKVFQLMDLLPSDQFVSQGKLLTEL
                   +IAVL+GG  IL+G+ITAEQLTKF+LYSEWLIY+TWWVGDNLSSLMQSVGASEKVFQ+MDL PSDQF+S+G  L  L
Subjt:  TGLMWLCDFGAVIAVLLGGTFILSGRITAEQLTKFILYSEWLIYSTWWVGDNLSSLMQSVGASEKVFQLMDLLPSDQFVSQGKLLTEL

Q9JI39 ATP-binding cassette sub-family B member 10, mitochondrial3.7e-0526.11Show/hide
Query:  DISFFDNETVGDLTSRLGADCQQVSRVFFGVPITDALQGGWCFDLFASFVKASWFMHADHMLHFRSNYASVWPSKLSLLKQFVISNIP----MHARHHRY
        +++FFD    G+L +RL +D         G  +T+ L  G      AS      F               V PS    L  FV+S +P    +   + RY
Subjt:  DISFFDNETVGDLTSRLGADCQQVSRVFFGVPITDALQGGWCFDLFASFVKASWFMHADHMLHFRSNYASVWPSKLSLLKQFVISNIP----MHARHHRY

Query:  QKKAAKIVQDVTASSNDVAQETLSLIRTVRVYGTEKEELGRYEMWLERLADVSLRQS
         +K +K  QD  A +  +A+E +  IRT+R +G E  E+ +Y   +++L  ++ +++
Subjt:  QKKAAKIVQDVTASSNDVAQETLSLIRTVRVYGTEKEELGRYEMWLERLADVSLRQS

Q9JJ59 ABC-type oligopeptide transporter ABCB97.5e-0622.62Show/hide
Query:  DISFFDNETVGDLTSRLGADCQQVSRVFFGVPITDALQGGWCFDLFASFVKASWFMHADHMLHFRSNYASVWPSKLSLLKQFVISNIPMHARHHRYQKKA
        + SFFD    GDL SRL +D   VS +     ++  +          + VK +  +     L ++ +  +     + ++    +SNI     + +Y K+ 
Subjt:  DISFFDNETVGDLTSRLGADCQQVSRVFFGVPITDALQGGWCFDLFASFVKASWFMHADHMLHFRSNYASVWPSKLSLLKQFVISNIPMHARHHRYQKKA

Query:  AKIVQDVTASSNDVAQETLSLIRTVRVYGTEKEELGRYEMWLERLADVSLRQSAGYGLWNFSFNFLYHTTQSNCSRHRFGIKLEMCRLLVEMKSVLVAEE
        +K VQ   A ++  A+ET+S ++TVR +  E+EE   +   L+++  ++ +++A Y                    + +G  L    LLV   S+L    
Subjt:  AKIVQDVTASSNDVAQETLSLIRTVRVYGTEKEELGRYEMWLERLADVSLRQSAGYGLWNFSFNFLYHTTQSNCSRHRFGIKLEMCRLLVEMKSVLVAEE

Query:  AFEVKYGYVSMSWRCQIEAKRLMNFCKAVPTGLMWLCDFGAVIAVLLGGTFILSGRITAEQLTKFILYSEWLIYSTWWVGDNLSSLMQSVGASEKVFQLM
                                                       GG  ++SG++++  L  FI+Y   L      VG   S LMQ VGA+EKVF+ +
Subjt:  AFEVKYGYVSMSWRCQIEAKRLMNFCKAVPTGLMWLCDFGAVIAVLLGGTFILSGRITAEQLTKFILYSEWLIYSTWWVGDNLSSLMQSVGASEKVFQLM

Query:  DLLPS
        D  P+
Subjt:  DLLPS

Q9NP78 ABC-type oligopeptide transporter ABCB93.6e-0823.28Show/hide
Query:  DISFFDNETVGDLTSRLGADCQQVSRVFFGVPITDALQGGWCFDLFASFVKASWFMHADHMLHFRSNYASVWPSKLSLLKQFVISNIPMHARHHRYQKKA
        + SFFD    GDL SRL +D   VS +     ++  +          + VK +  +     L ++ +  +     + ++    +SNI     + +Y K+ 
Subjt:  DISFFDNETVGDLTSRLGADCQQVSRVFFGVPITDALQGGWCFDLFASFVKASWFMHADHMLHFRSNYASVWPSKLSLLKQFVISNIPMHARHHRYQKKA

Query:  AKIVQDVTASSNDVAQETLSLIRTVRVYGTEKEELGRYEMWLERLADVSLRQSAGYGLWNFSFNFLYHTTQSNCSRHRFGIKLEMCRLLVEMKSVLVAEE
        +K VQ+  A +++ A+ET+S ++TVR +  E+EE   Y   L+++  ++ +++A Y         +Y+   S  +            LLV   S+L    
Subjt:  AKIVQDVTASSNDVAQETLSLIRTVRVYGTEKEELGRYEMWLERLADVSLRQSAGYGLWNFSFNFLYHTTQSNCSRHRFGIKLEMCRLLVEMKSVLVAEE

Query:  AFEVKYGYVSMSWRCQIEAKRLMNFCKAVPTGLMWLCDFGAVIAVLLGGTFILSGRITAEQLTKFILYSEWLIYSTWWVGDNLSSLMQSVGASEKVFQLM
                                                       GG  ++SG++T+  L  FI+Y   L      VG   S LMQ VGA+EKVF+ +
Subjt:  AFEVKYGYVSMSWRCQIEAKRLMNFCKAVPTGLMWLCDFGAVIAVLLGGTFILSGRITAEQLTKFILYSEWLIYSTWWVGDNLSSLMQSVGASEKVFQLM

Query:  DLLPS
        D  P+
Subjt:  DLLPS

Q9QYJ4 ABC-type oligopeptide transporter ABCB93.4e-0622.93Show/hide
Query:  DISFFDNETVGDLTSRLGADCQQVSRVFFGVPITDALQGGWCFDLFASFVKASWFMHADHMLHFRSNYASVWPSKLSLLKQFVISNIPMHARHHRYQKKA
        + SFFD    GDL SRL +D   VS +     ++  +          + VK +  +     L ++ +  +     + ++    +SNI     + +Y K+ 
Subjt:  DISFFDNETVGDLTSRLGADCQQVSRVFFGVPITDALQGGWCFDLFASFVKASWFMHADHMLHFRSNYASVWPSKLSLLKQFVISNIPMHARHHRYQKKA

Query:  AKIVQDVTASSNDVAQETLSLIRTVRVYGTEKEELGRYEMWLERLADVSLRQSAGYGLWNFSFNFLYHTTQSNCSRHRFGIKLEMCRLLVEMKSVLVAEE
        +K VQ   A ++  A+ET+S ++TVR +  E+EE   +   L+++  ++ +++A Y                    + +G  L    LLV   S+L    
Subjt:  AKIVQDVTASSNDVAQETLSLIRTVRVYGTEKEELGRYEMWLERLADVSLRQSAGYGLWNFSFNFLYHTTQSNCSRHRFGIKLEMCRLLVEMKSVLVAEE

Query:  AFEVKYGYVSMSWRCQIEAKRLMNFCKAVPTGLMWLCDFGAVIAVLLGGTFILSGRITAEQLTKFILYSEWLIYSTWWVGDNLSSLMQSVGASEKVFQLM
                                                       GG  ++SG++++  L  FI+Y   L      VG   S LMQ VGA+EKVF+ +
Subjt:  AFEVKYGYVSMSWRCQIEAKRLMNFCKAVPTGLMWLCDFGAVIAVLLGGTFILSGRITAEQLTKFILYSEWLIYSTWWVGDNLSSLMQSVGASEKVFQLM

Query:  DLLPSDQFVSQGKL
        D  P+   V  G+L
Subjt:  DLLPSDQFVSQGKL

Arabidopsis top hitse value%identityAlignment
AT1G70610.1 transporter associated with antigen processing protein 18.9e-7946.91Show/hide
Query:  EISIPHFLTATIFSAESGKISVFRRNVQLLMIF--------GVRGYCFGVANMIL---------------DISFFDNETVGDLTSRLGADCQQVSRVFFG
        EI+IPHFLTA+IFSA+SG I+VF RNV+LL+          G+RG  FG+ANMIL               DISFFD++TVGDLTSRLG+DCQQVSRV   
Subjt:  EISIPHFLTATIFSAESGKISVFRRNVQLLMIF--------GVRGYCFGVANMIL---------------DISFFDNETVGDLTSRLGADCQQVSRVFFG

Query:  VPITDALQGGWCFDLFASFVKASWFMHADHMLHFRSNYASVWPSKLSLLKQFVISNIPMHARHHRYQKKAAKIVQDVTASSNDVAQETLSLIRTVRVYGT
                G     +F + ++ +  +    +L         WP  L  L    I    M   +  YQKK AK++Q++TAS+N+VAQET SL+RTVRVYGT
Subjt:  VPITDALQGGWCFDLFASFVKASWFMHADHMLHFRSNYASVWPSKLSLLKQFVISNIPMHARHHRYQKKAAKIVQDVTASSNDVAQETLSLIRTVRVYGT

Query:  EKEELGRYEMWLERLADVSLRQSAGYGLWNFSFNFLYHTTQSNCSRHRFGIKLEMCRLLVEMKSVLVAEEAFEVKYGYVSMSWRCQIEAKRLMNFCKAVP
        EK+E  RY  WL+RLAD+SLRQSA YG+WN+SFN LYH TQ                                                           
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Query:  TGLMWLCDFGAVIAVLLGGTFILSGRITAEQLTKFILYSEWLIYSTWWVGDNLSSLMQSVGASEKVFQLMDLLPSDQFVSQGKLLTEL
                   +IAVL+GG  IL+G+ITAEQLTKF+LYSEWLIY+TWWVGDNLSSLMQSVGASEKVFQ+MDL PSDQF+S+G  L  L
Subjt:  TGLMWLCDFGAVIAVLLGGTFILSGRITAEQLTKFILYSEWLIYSTWWVGDNLSSLMQSVGASEKVFQLMDLLPSDQFVSQGKLLTEL


Sequences Show/hide sequences
CDS sequenceShow/hide CDS sequence
ATGGAGATATCCATACCGCACTTCTTAACAGCAACGATATTTTCTGCTGAGAGCGGCAAAATCTCAGTATTTCGCAGGAATGTGCAACTCTTGATGATCTTTGGTGTTCG
AGGTTACTGTTTTGGAGTTGCCAACATGATCCTGGATATATCATTTTTTGACAATGAAACTGTTGGTGATCTTACAAGTAGGCTTGGTGCCGATTGCCAGCAAGTGTCGA
GAGTATTCTTTGGTGTACCAATAACTGATGCCTTGCAAGGGGGGTGGTGCTTTGATCTATTTGCTTCTTTTGTCAAAGCCTCTTGGTTTATGCACGCTGATCATATGCTC
CACTTTAGGAGCAATTATGCTAGTGTATGGCCGAGTAAATTAAGTTTACTCAAACAATTTGTTATAAGTAACATCCCGATGCATGCCCGTCATCATAGATATCAGAAGAA
GGCAGCAAAGATTGTCCAAGATGTCACTGCTTCTTCCAATGACGTTGCACAAGAAACATTGTCTTTGATCAGAACAGTTCGTGTTTATGGGACTGAGAAGGAGGAACTTG
GAAGGTATGAGATGTGGTTGGAAAGATTAGCTGATGTGAGCTTAAGACAGAGTGCAGGATATGGCCTTTGGAACTTTAGCTTCAATTTTCTTTACCATACGACTCAGAGC
AATTGTTCTCGGCACAGATTTGGTATAAAGTTGGAAATGTGTCGTTTGTTGGTGGAAATGAAGAGTGTTTTGGTAGCAGAGGAAGCATTCGAGGTGAAGTACGGGTATGT
CTCCATGAGTTGGCGTTGTCAAATTGAAGCCAAACGCTTGATGAATTTCTGCAAGGCAGTTCCGACTGGACTCATGTGGCTTTGCGATTTTGGAGCGGTCATTGCTGTGC
TATTAGGAGGAACATTTATTCTATCTGGTCGTATAACAGCTGAACAACTTACAAAGTTTATATTGTATAGCGAATGGTTAATTTATTCAACATGGTGGGTGGGGGACAAT
TTATCCTCCTTGATGCAGTCTGTTGGGGCAAGTGAAAAGGTCTTTCAGTTGATGGATCTCTTGCCTAGCGACCAATTTGTATCACAAGGCAAGCTACTTACTGAACTTTG
A
mRNA sequenceShow/hide mRNA sequence
ATGGAGATATCCATACCGCACTTCTTAACAGCAACGATATTTTCTGCTGAGAGCGGCAAAATCTCAGTATTTCGCAGGAATGTGCAACTCTTGATGATCTTTGGTGTTCG
AGGTTACTGTTTTGGAGTTGCCAACATGATCCTGGATATATCATTTTTTGACAATGAAACTGTTGGTGATCTTACAAGTAGGCTTGGTGCCGATTGCCAGCAAGTGTCGA
GAGTATTCTTTGGTGTACCAATAACTGATGCCTTGCAAGGGGGGTGGTGCTTTGATCTATTTGCTTCTTTTGTCAAAGCCTCTTGGTTTATGCACGCTGATCATATGCTC
CACTTTAGGAGCAATTATGCTAGTGTATGGCCGAGTAAATTAAGTTTACTCAAACAATTTGTTATAAGTAACATCCCGATGCATGCCCGTCATCATAGATATCAGAAGAA
GGCAGCAAAGATTGTCCAAGATGTCACTGCTTCTTCCAATGACGTTGCACAAGAAACATTGTCTTTGATCAGAACAGTTCGTGTTTATGGGACTGAGAAGGAGGAACTTG
GAAGGTATGAGATGTGGTTGGAAAGATTAGCTGATGTGAGCTTAAGACAGAGTGCAGGATATGGCCTTTGGAACTTTAGCTTCAATTTTCTTTACCATACGACTCAGAGC
AATTGTTCTCGGCACAGATTTGGTATAAAGTTGGAAATGTGTCGTTTGTTGGTGGAAATGAAGAGTGTTTTGGTAGCAGAGGAAGCATTCGAGGTGAAGTACGGGTATGT
CTCCATGAGTTGGCGTTGTCAAATTGAAGCCAAACGCTTGATGAATTTCTGCAAGGCAGTTCCGACTGGACTCATGTGGCTTTGCGATTTTGGAGCGGTCATTGCTGTGC
TATTAGGAGGAACATTTATTCTATCTGGTCGTATAACAGCTGAACAACTTACAAAGTTTATATTGTATAGCGAATGGTTAATTTATTCAACATGGTGGGTGGGGGACAAT
TTATCCTCCTTGATGCAGTCTGTTGGGGCAAGTGAAAAGGTCTTTCAGTTGATGGATCTCTTGCCTAGCGACCAATTTGTATCACAAGGCAAGCTACTTACTGAACTTTG
A
Protein sequenceShow/hide protein sequence
MEISIPHFLTATIFSAESGKISVFRRNVQLLMIFGVRGYCFGVANMILDISFFDNETVGDLTSRLGADCQQVSRVFFGVPITDALQGGWCFDLFASFVKASWFMHADHML
HFRSNYASVWPSKLSLLKQFVISNIPMHARHHRYQKKAAKIVQDVTASSNDVAQETLSLIRTVRVYGTEKEELGRYEMWLERLADVSLRQSAGYGLWNFSFNFLYHTTQS
NCSRHRFGIKLEMCRLLVEMKSVLVAEEAFEVKYGYVSMSWRCQIEAKRLMNFCKAVPTGLMWLCDFGAVIAVLLGGTFILSGRITAEQLTKFILYSEWLIYSTWWVGDN
LSSLMQSVGASEKVFQLMDLLPSDQFVSQGKLLTEL