; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; CuGenDBv2

Lsi04G007070 (gene) of Bottle gourd (USVL1VR-Ls) v1 genome

Gene IDLsi04G007070
OrganismLagenaria siceraria USVL1VR-Ls (Bottle gourd (USVL1VR-Ls) v1)
DescriptionNuclear proteasome inhibitor UBLCP1
Genome locationchr04:6461537..6466600
RNA-Seq ExpressionLsi04G007070
SyntenyLsi04G007070
Gene Ontology termsGO:0005634 - nucleus (cellular component)
GO:0004722 - protein serine/threonine phosphatase activity (molecular function)
GO:0005515 - protein binding (molecular function)
InterPro domainsIPR000626 - Ubiquitin-like domain
IPR004274 - FCP1 homology domain
IPR011943 - HAD-superfamily hydrolase, subfamily IIID
IPR023214 - HAD superfamily
IPR029071 - Ubiquitin-like domain superfamily
IPR036412 - HAD-like superfamily


Homology Show/hide homology
GenBank top hitse value%identityAlignment
XP_004135342.2 ubiquitin-like domain-containing CTD phosphatase [Cucumis sativus]6.6e-16167.73Show/hide
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XP_022956710.1 ubiquitin-like domain-containing CTD phosphatase [Cucurbita moschata]9.2e-16368.79Show/hide
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TrEMBL top hitse value%identityAlignment
A0A0A0KRY1 Nuclear proteasome inhibitor UBLCP13.2e-16167.73Show/hide
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A0A1S3BE06 Nuclear proteasome inhibitor UBLCP11.4e-16168.15Show/hide
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A0A5D3CXT3 Nuclear proteasome inhibitor UBLCP18.7e-15966.32Show/hide
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A0A6J1GYI7 Nuclear proteasome inhibitor UBLCP14.4e-16368.79Show/hide
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A0A6J1KDX1 Nuclear proteasome inhibitor UBLCP12.9e-16268.58Show/hide
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        MAASASTSSP  EEITLTVKWSGKEYTVRVCGDDSVAELKRRICELTNVLPKRQKLLYPKVGSKLADDSLLLSQLPLKSSLKMTMIGTVEDDIIVDQVDS
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        DLRRNFVMNPQNGLVI+PFRKAHANRDSDQELMKLTQYLLAIAELDDLSPLDHN+WELYSE DGPKRRRHA
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SwissProt top hitse value%identityAlignment
Q2KJD7 Ubiquitin-like domain-containing CTD phosphatase 16.1e-7738.08Show/hide
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        + + VKW G+EY+V     DD+V +LK+ +  LT VLP+RQKLL  KV  K A++ + L  L LK + K+ M+GT E   +D++    D+ ++++DF++ 
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        +DEV+++++++ N  K+ RR+ +YK+E+ NP REGKKLLVLD+DYTLFDHRS AE  ++LMRPYLHEFLT+AY +YDI+IWSAT                
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                               ++KW+E KM +LGV +N NYKIT +LD   MITV +  RG  D KPLG+IW +F EFY+ +NTIMFDD+ RNF+MNP
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        QNGL I+PF KAH NRD D+EL+KLTQYL  IA+LDD   L+H  WE Y
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Q5FWT7 Ubiquitin-like domain-containing CTD phosphatase 14.7e-7738.31Show/hide
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        + + VKW G+EY+V     DD+V +LK+ +  LT VLP+RQKLL  KV  K A++ + L  L LK + K+ M+GT E   +D++    D+ ++I+DF++ 
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        +DEV+++++++ N  K+ RR+ +YK+E+ NP REGKKLLVLD+DYTLFDHRS AE  ++LMRPYLHEFLT+AY +YDI+IWSAT                
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                               ++KW+E KM +LGV +N NYKIT +LD   MITV +  RG  D KPLG+IW +F EFY+ +NTIMFDD+ RNF+MNP
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Query:  QNGLVIKPFRKAHANRDSDQELMKLTQYLLAIAELDDLSPLDHNNWELY
        QNGL I+PF KAH NRD D+EL+KLTQYL  IA+LDD   L+H  WE Y
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Q5ZJJ8 Ubiquitin-like domain-containing CTD phosphatase 11.6e-7737.86Show/hide
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        ++L +KW G+EYT+  +  +D+V +LK+ +  LT VLP+RQKLL  K+  K ADD + L  L LK + K+ M+GT E   +D++    D+ ++I+DF++ 
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Query:  KDEVIDIKDKDVNKQKLRRRISQYKIELRNPCREGKKLLVLDIDYTLFDHRSPAENPLQLMRPYLHEFLTAAYAEYDIMIWSATRSVSISNCYKQKRYLS
        ++EV+++++++ N  K+ RR+ +YK+E+ NP REGKKLLVLD+DYTLFDHRS AE  ++LMRPYLHEFLT+AY +YDI+IWSAT                
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Query:  SEVNVINFYGNFRICEPDVLFSGSLKWVELKMGQLGVLSNPNYKITALLDHLGMITVQSDYRGTFDCKPLGLIWAQFPEFYNSRNTIMFDDLRRNFVMNP
                               ++KW+E KM +LGV +N NYKIT +LD   MITV +  RG  D KPLG+IW +F E+Y+ +NTIMFDD+ RNF+MNP
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Query:  QNGLVIKPFRKAHANRDSDQELMKLTQYLLAIAELDDLSPLDHNNWELY
        QNGL I+PF KAH NRD D+EL+KLTQYL  IA+LDD   L+H +WE Y
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Q8W3M6 Ubiquitin-like domain-containing CTD phosphatase2.6e-13656.84Show/hide
Query:  AASASTSSPSEEEITLTVKWSGKEYTVRVCGDDSVAELKRRICELTNVLPKRQKLLYPKVGSKLADDSLLLSQLPLKSSLKMTMIGTVEDDIIVDQVDSP
        +A+A+ S  +EEE+TLTVKW+GKEYTVR+C DDSVAELKRRIC LT VLPKRQKLLYPK+G+KL+DDSLLLS +  K SLKMTMIGTVEDDIIVDQ +SP
Subjt:  AASASTSSPSEEEITLTVKWSGKEYTVRVCGDDSVAELKRRICELTNVLPKRQKLLYPKVGSKLADDSLLLSQLPLKSSLKMTMIGTVEDDIIVDQVDSP

Query:  EIIDDFELGKDEVIDIKDKDVNKQKLRRRISQYKIELRNPCREGKKLLVLDIDYTLFDHRSPAENPLQLMRPYLHEFLTAAYAEYDIMIWSATRSVSISN
        EI+DDFELGK+E +D+KDK+VNKQKLRRRI QYKI LR PCR+GKKLLVLDIDYTLFDHRS AENPLQLMRPYLHEFLTAAYAEYDIMIWSAT       
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Query:  CYKQKRYLSTTLTELQFANIFFYLWKKAHLDRNIKLPVHFTRVRRKEVNGARKIRGGMTFWALILMPSVMHMHGNEQRKYCKGPADLYNCSTSCFLVLCS
                                                                                                            
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Query:  ISPLIRLAVSEVNVINFYGNFRICEPDVLFSGSLKWVELKMGQLGVLSNPNYKITALLDHLGMITVQSDYRGTFDCKPLGLIWAQFPEFYNSRNTIMFDD
                                        S+KWVELKM +LGVL+NPNYK+TALLDHL MITVQSD RG FDCKPLGLIWA  PEFYN  NTIMFDD
Subjt:  ISPLIRLAVSEVNVINFYGNFRICEPDVLFSGSLKWVELKMGQLGVLSNPNYKITALLDHLGMITVQSDYRGTFDCKPLGLIWAQFPEFYNSRNTIMFDD

Query:  LRRNFVMNPQNGLVIKPFRKAHANRDSDQELMKLTQYLLAIAELDDLSPLDHNNWELYSEDDGPKRRR
        LRRNFVMNPQNGL IKPFRKAHANRD+DQEL+KLTQYLL IAEL DLS L H+ WE +S+D+  +RR+
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Q8WVY7 Ubiquitin-like domain-containing CTD phosphatase 16.1e-7738.08Show/hide
Query:  ITLTVKWSGKEYTVRVCG-DDSVAELKRRICELTNVLPKRQKLLYPKVGSKLADDSLLLSQLPLKSSLKMTMIGTVE---DDIIVDQVDSPEIIDDFELG
        + + VKW G+EY+V     DD+V +LK+ +  LT VLP+RQKLL  KV  K A++ + L  L LK + K+ M+GT E   +D++    D+ ++++DF++ 
Subjt:  ITLTVKWSGKEYTVRVCG-DDSVAELKRRICELTNVLPKRQKLLYPKVGSKLADDSLLLSQLPLKSSLKMTMIGTVE---DDIIVDQVDSPEIIDDFELG

Query:  KDEVIDIKDKDVNKQKLRRRISQYKIELRNPCREGKKLLVLDIDYTLFDHRSPAENPLQLMRPYLHEFLTAAYAEYDIMIWSATRSVSISNCYKQKRYLS
        +DEV+++++++ N  K+ RR+ +YK+E+ NP REGKKLLVLD+DYTLFDHRS AE  ++LMRPYLHEFLT+AY +YDI+IWSAT                
Subjt:  KDEVIDIKDKDVNKQKLRRRISQYKIELRNPCREGKKLLVLDIDYTLFDHRSPAENPLQLMRPYLHEFLTAAYAEYDIMIWSATRSVSISNCYKQKRYLS

Query:  TTLTELQFANIFFYLWKKAHLDRNIKLPVHFTRVRRKEVNGARKIRGGMTFWALILMPSVMHMHGNEQRKYCKGPADLYNCSTSCFLVLCSISPLIRLAV
                                                                                                            
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Query:  SEVNVINFYGNFRICEPDVLFSGSLKWVELKMGQLGVLSNPNYKITALLDHLGMITVQSDYRGTFDCKPLGLIWAQFPEFYNSRNTIMFDDLRRNFVMNP
                               ++KW+E KM +LGV +N NYKIT +LD   MITV +  RG  D KPLG+IW +F EFY+ +NTIMFDD+ RNF+MNP
Subjt:  SEVNVINFYGNFRICEPDVLFSGSLKWVELKMGQLGVLSNPNYKITALLDHLGMITVQSDYRGTFDCKPLGLIWAQFPEFYNSRNTIMFDDLRRNFVMNP

Query:  QNGLVIKPFRKAHANRDSDQELMKLTQYLLAIAELDDLSPLDHNNWELY
        QNGL I+PF KAH NRD D+EL+KLTQYL  IA+LDD   L+H  WE Y
Subjt:  QNGLVIKPFRKAHANRDSDQELMKLTQYLLAIAELDDLSPLDHNNWELY

Arabidopsis top hitse value%identityAlignment
AT2G30105.1 CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Leucine-rich repeat, typical subtype (InterPro:IPR003591), Leucine-rich repeat (InterPro:IPR001611), Ubiquitin (InterPro:IPR000626), Ubiquitin supergroup (InterPro:IPR019955)9.3e-0432.05Show/hide
Query:  SEEEITLTVKWSGKEYTVRVCGDDSVAELKRRICELTNVLPKRQKLLYPKVGSKLADDSLLLSQLPLKSSLKMTMIGT
        ++  I LTVK+ GK   + V  D +V +LK ++  +TNVLP+ QKL++     K+  ++  L Q  + S  K+ ++ +
Subjt:  SEEEITLTVKWSGKEYTVRVCGDDSVAELKRRICELTNVLPKRQKLLYPKVGSKLADDSLLLSQLPLKSSLKMTMIGT

AT4G06599.1 ubiquitin family protein1.9e-13756.84Show/hide
Query:  AASASTSSPSEEEITLTVKWSGKEYTVRVCGDDSVAELKRRICELTNVLPKRQKLLYPKVGSKLADDSLLLSQLPLKSSLKMTMIGTVEDDIIVDQVDSP
        +A+A+ S  +EEE+TLTVKW+GKEYTVR+C DDSVAELKRRIC LT VLPKRQKLLYPK+G+KL+DDSLLLS +  K SLKMTMIGTVEDDIIVDQ +SP
Subjt:  AASASTSSPSEEEITLTVKWSGKEYTVRVCGDDSVAELKRRICELTNVLPKRQKLLYPKVGSKLADDSLLLSQLPLKSSLKMTMIGTVEDDIIVDQVDSP

Query:  EIIDDFELGKDEVIDIKDKDVNKQKLRRRISQYKIELRNPCREGKKLLVLDIDYTLFDHRSPAENPLQLMRPYLHEFLTAAYAEYDIMIWSATRSVSISN
        EI+DDFELGK+E +D+KDK+VNKQKLRRRI QYKI LR PCR+GKKLLVLDIDYTLFDHRS AENPLQLMRPYLHEFLTAAYAEYDIMIWSAT       
Subjt:  EIIDDFELGKDEVIDIKDKDVNKQKLRRRISQYKIELRNPCREGKKLLVLDIDYTLFDHRSPAENPLQLMRPYLHEFLTAAYAEYDIMIWSATRSVSISN

Query:  CYKQKRYLSTTLTELQFANIFFYLWKKAHLDRNIKLPVHFTRVRRKEVNGARKIRGGMTFWALILMPSVMHMHGNEQRKYCKGPADLYNCSTSCFLVLCS
                                                                                                            
Subjt:  CYKQKRYLSTTLTELQFANIFFYLWKKAHLDRNIKLPVHFTRVRRKEVNGARKIRGGMTFWALILMPSVMHMHGNEQRKYCKGPADLYNCSTSCFLVLCS

Query:  ISPLIRLAVSEVNVINFYGNFRICEPDVLFSGSLKWVELKMGQLGVLSNPNYKITALLDHLGMITVQSDYRGTFDCKPLGLIWAQFPEFYNSRNTIMFDD
                                        S+KWVELKM +LGVL+NPNYK+TALLDHL MITVQSD RG FDCKPLGLIWA  PEFYN  NTIMFDD
Subjt:  ISPLIRLAVSEVNVINFYGNFRICEPDVLFSGSLKWVELKMGQLGVLSNPNYKITALLDHLGMITVQSDYRGTFDCKPLGLIWAQFPEFYNSRNTIMFDD

Query:  LRRNFVMNPQNGLVIKPFRKAHANRDSDQELMKLTQYLLAIAELDDLSPLDHNNWELYSEDDGPKRRR
        LRRNFVMNPQNGL IKPFRKAHANRD+DQEL+KLTQYLL IAEL DLS L H+ WE +S+D+  +RR+
Subjt:  LRRNFVMNPQNGLVIKPFRKAHANRDSDQELMKLTQYLLAIAELDDLSPLDHNNWELYSEDDGPKRRR


Sequences Show/hide sequences
CDS sequenceShow/hide CDS sequence
ATGGCTGCCTCAGCGTCCACCTCGTCTCCTTCAGAGGAAGAGATAACATTGACGGTGAAATGGAGCGGAAAGGAATATACTGTACGAGTCTGCGGTGATGACTCTGTGGC
TGAGCTCAAGCGTCGAATCTGCGAGCTTACTAACGTCTTGCCCAAGCGCCAAAAGCTTCTTTATCCCAAAGTCGGATCCAAACTAGCCGATGATTCGCTTTTGCTGTCTC
AGCTTCCCCTCAAATCATCTCTCAAGATGACCATGATCGGAACTGTTGAAGATGATATAATCGTGGATCAAGTGGATTCCCCTGAAATTATTGACGATTTTGAACTTGGG
AAAGATGAAGTCATTGACATTAAGGACAAGGATGTCAATAAGCAGAAACTGAGAAGGCGTATTAGTCAATACAAGATAGAACTTCGCAATCCATGCCGTGAAGGAAAGAA
ATTGCTTGTTCTGGACATTGATTATACACTTTTTGATCATCGATCTCCTGCTGAAAATCCTCTTCAACTCATGCGGCCTTATCTTCATGAATTTCTGACAGCTGCTTATG
CTGAATATGATATCATGATATGGTCCGCAACCAGGTCAGTTTCCATTTCCAATTGTTATAAACAAAAGCGGTATCTATCCACTACCCTAACAGAGTTGCAATTTGCAAAC
ATCTTCTTCTACCTATGGAAAAAGGCACACCTCGATAGGAATATAAAGCTGCCTGTCCACTTCACTCGTGTTAGGCGGAAGGAAGTGAATGGGGCAAGGAAGATAAGGGG
TGGGATGACCTTTTGGGCTTTAATTTTAATGCCATCAGTAATGCACATGCATGGTAATGAGCAAAGAAAATATTGTAAAGGCCCTGCAGATTTGTACAATTGTTCTACTT
CTTGTTTCCTAGTCCTGTGTTCTATCTCACCCTTAATAAGGCTTGCTGTCAGTGAAGTAAATGTTATCAATTTTTATGGAAATTTTCGGATATGTGAACCTGATGTTCTT
TTCTCTGGCAGCCTTAAGTGGGTTGAATTAAAGATGGGCCAGCTTGGCGTTCTCAGTAATCCAAACTACAAAATCACTGCTCTTCTAGACCATTTAGGTATGATCACAGT
TCAGTCAGATTATCGTGGGACCTTTGATTGCAAGCCACTAGGCTTGATTTGGGCACAGTTTCCAGAGTTTTATAATTCGAGAAATACTATAATGTTTGATGATCTTCGGA
GAAATTTTGTAATGAATCCACAAAATGGCTTGGTAATCAAGCCATTCAGGAAAGCTCATGCTAATCGTGATAGTGACCAGGAGCTAATGAAGCTCACTCAGTACTTGCTT
GCCATTGCGGAACTCGATGACTTGAGTCCTCTTGATCATAACAATTGGGAGCTATACTCTGAAGATGATGGTCCCAAAAGACGGCGGCATGCATGA
mRNA sequenceShow/hide mRNA sequence
TGTTATCAACGGCCCAACGAAAACATTGTTTACAAATTACAAATTGGTTTCAATTTCATTTGATCGGGAAATTCAGTTCAGTGGAAAGGTTTTGGGGTTTGGGTTGAGAG
AGCAAGAAAGAAAGAAAGCTTCTTCTGAGTTGGGAACTCGACAATGGCTGCCTCAGCGTCCACCTCGTCTCCTTCAGAGGAAGAGATAACATTGACGGTGAAATGGAGCG
GAAAGGAATATACTGTACGAGTCTGCGGTGATGACTCTGTGGCTGAGCTCAAGCGTCGAATCTGCGAGCTTACTAACGTCTTGCCCAAGCGCCAAAAGCTTCTTTATCCC
AAAGTCGGATCCAAACTAGCCGATGATTCGCTTTTGCTGTCTCAGCTTCCCCTCAAATCATCTCTCAAGATGACCATGATCGGAACTGTTGAAGATGATATAATCGTGGA
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AATACAAGATAGAACTTCGCAATCCATGCCGTGAAGGAAAGAAATTGCTTGTTCTGGACATTGATTATACACTTTTTGATCATCGATCTCCTGCTGAAAATCCTCTTCAA
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