; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; CuGenDBv2

Lsi04G008830 (gene) of Bottle gourd (USVL1VR-Ls) v1 genome

Gene IDLsi04G008830
OrganismLagenaria siceraria USVL1VR-Ls (Bottle gourd (USVL1VR-Ls) v1)
DescriptionCASP-like protein
Genome locationchr04:8732953..8738001
RNA-Seq ExpressionLsi04G008830
SyntenyLsi04G008830
Gene Ontology termsGO:0005886 - plasma membrane (cellular component)
GO:0016021 - integral component of membrane (cellular component)
GO:0051539 - 4 iron, 4 sulfur cluster binding (molecular function)
InterPro domainsIPR006702 - Casparian strip membrane protein domain


Homology Show/hide homology
GenBank top hitse value%identityAlignment
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XP_008461672.1 PREDICTED: CASP-like protein 4C1 isoform X3 [Cucumis melo]2.7e-7895.03Show/hide
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XP_008461673.1 PREDICTED: CASP-like protein 4C1 isoform X4 [Cucumis melo]2.7e-7895.03Show/hide
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XP_038893216.1 CASP-like protein 4C1 [Benincasa hispida]1.9e-7996.86Show/hide
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TrEMBL top hitse value%identityAlignment
A0A0A0KNW2 CASP-like protein2.4e-8098.1Show/hide
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A0A1S3CF42 CASP-like protein1.3e-7895.03Show/hide
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A0A1S3CF55 CASP-like protein1.3e-7895.03Show/hide
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A0A1S3CFR2 CASP-like protein1.3e-7895.03Show/hide
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A0A5D3BVM1 CASP-like protein1.3e-7895.03Show/hide
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SwissProt top hitse value%identityAlignment
A9T836 CASP-like protein 4C33.6e-2547.58Show/hide
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        H++   + QK +R N +IL+FR  TF FSL S + M TN  R        WYDFD FRYV A N+I+ +YS  E+  +V+   ++    PE  QVWFD+G
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        HDQ FAYLL SA+SAG A+A  L+
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B9HMF8 CASP-like protein 4C15.0e-5174.29Show/hide
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        P PH        HFHST+S+QKLKRFNSLILVFR S FCFSLASAVFM+TNSR  GSDS  WY+FDAFRYVFAAN+IVAVYSLFEM A+VWEISR  TLF
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        PE+ QVWFDFGHDQ FAYLLLSA+S GT +A T+K  D C
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B9HTK2 CASP-like protein 4C26.0e-5267.47Show/hide
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        +P PH        HF STVSVQKLKRFNSLILVFR + FCFSLASAVFM+TNSR  GSDS  WY+FDAFRYVFAAN+IVA+YSLFEM ASVWEISR  TL
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Query:  FPEILQVWFDFGHDQAFAYLLLSADSAGTALAITLKGTDTCKGGTIVNCVVLYRDDMSFLASFLTF
        FPEI QVWFDFGHDQ FAYLLLSA++AGT LA TLK  DTC      N     + D++ +  F  F
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B9SR15 CASP-like protein 4C11.2e-5770.33Show/hide
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        MRSPQSLRNG     +P P  R PTP  HFHSTVS+QKLKRFN LILVFRLSTFCFSLAS+VFM+TN        P WY FDAFRYVFAAN+IVA+YSLF
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Query:  EMIASVWEISREVTLFPEILQVWFDFGHDQAFAYLLLSADSAGTALAITLKGTDTCKGGTIVNCVVLYRDDMSFLASFLTFG
        EM ASVWEISR  TLFPEILQVWFDFGHDQ FAYLLLSADSA TALA TLKG DTC       CV  Y       A FL  G
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Q9M2U0 CASP-like protein 4C11.1e-4859.57Show/hide
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        MRSP + RNG       SP  R    H HFHSTV+ QKL+RFNSLIL+ RL++F FSLASAVFM+TNSRGS   SP WYDFDAFR+VF AN+IVA+YS+F
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        EM   VWE SRE TL+PE  QVWFDFGHDQ F+YLLLSA SA  ALA T++G DTC   K   + + V +     +FL  FL F + F
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Arabidopsis top hitse value%identityAlignment
AT1G79780.1 Uncharacterised protein family (UPF0497)7.3e-0531.94Show/hide
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        S  W    +++YV  A +   +YSL ++   V+ +     + P   Q W  F  DQ F YL++SA SAG+ +
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AT3G55390.1 Uncharacterised protein family (UPF0497)7.5e-5059.57Show/hide
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        MRSP + RNG       SP  R    H HFHSTV+ QKL+RFNSLIL+ RL++F FSLASAVFM+TNSRGS   SP WYDFDAFR+VF AN+IVA+YS+F
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Query:  EMIASVWEISREVTLFPEILQVWFDFGHDQAFAYLLLSADSAGTALAITLKGTDTC---KGGTIVNCVVLYRDDMSFLASFLTFGALF
        EM   VWE SRE TL+PE  QVWFDFGHDQ F+YLLLSA SA  ALA T++G DTC   K   + + V +     +FL  FL F + F
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AT5G40300.1 Uncharacterised protein family (UPF0497)8.6e-0632.77Show/hide
Query:  FHSTVSVQKLKRFNSLI----LVFRLSTFCFSLASAVFMITNSRGSGSDSPRWYDFDAFRYVFAANSIVAVYSLFEMIASVWEISREVTLFPEILQVWFD
        F S+ S  +  ++ SLI    L FR+  F   L S   M+++ R  G     +Y++  FR+  AAN I  VYS F +   V+ +S  +      L+ + +
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Query:  FGHDQAFAYLLLSADSAGT
        FG DQ  AYLL SA ++ +
Subjt:  FGHDQAFAYLLLSADSAGT


Sequences Show/hide sequences
CDS sequenceShow/hide CDS sequence
ATGCGATCCCCTCAGTCACTACGCAACGGCGGCGTCGGTGGCGGTACGCCATCCCCACACGCTCGTGTCCCTACTCCTCACCATCACTTTCACTCCACCGTTTCCGTTCA
GAAACTTAAACGCTTCAACTCTCTCATCCTCGTCTTCCGTTTATCTACCTTCTGCTTCTCCCTTGCCTCTGCTGTTTTCATGATTACTAACTCTCGTGGCTCTGGATCCG
ATTCCCCTCGCTGGTACGACTTCGACGCCTTCAGGTATGTCTTTGCAGCGAACTCCATAGTCGCAGTGTACTCACTGTTCGAAATGATCGCTTCCGTGTGGGAAATCTCA
AGAGAAGTGACTCTATTCCCTGAGATTTTACAAGTCTGGTTCGATTTCGGCCATGACCAGGCGTTCGCGTACCTTCTTCTCTCTGCGGACTCGGCAGGGACGGCTCTTGC
GATTACTCTGAAGGGAACCGACACGTGTAAGGGTGGTACTATTGTCAATTGTGTTGTACTCTACAGGGACGACATGTCGTTTCTGGCTTCATTTTTAACATTTGGGGCTT
TGTTTGATGCGATTCCACTTAAACAGATTGTGGAGAGTGGAGAGTGGAGAGTGGAGAGAATCAATGAACTCGATCGCTTCGGAGTTCGGTTGATGTACGTTGAGAGCGGC
GACGATGGAGTTAATTTTGGAATTCCATGGAAGATCAGTTTTCGATTGCGATTTGATTTGATTTGA
mRNA sequenceShow/hide mRNA sequence
TAAGAAGAAAACCCAAAAATTTAAAAAGCAAATTTCTCTCTCATTTTTCCAGTACTCCATCACTGTCTTCAGACCTCCTCTTCTCTTCTCTCTCTCTTTATTCGGTTCTC
ATCTCTGTTAGCCGCTTTGAATAATTTCCCACACACATTTCCCTCTCTCATGGAACTCTTGCCCTCGCCCGTGACTCCACCTCCCTTCTATTCCTAATCATCCTCTCTTT
TACACCCAAAAACGGCAAAAACAAAATCAACCAACAAGAAGAAATCCATACCTTTCCTTCTATTCCTCTGTTTGCTGTAAGCAACAATCAATTTCTCCTCCATTTCATGT
ATGAGCTTCTCTTCCTCTAGTTGTTCGCGGAAACGACGACGGCGGCCATGCGATCCCCTCAGTCACTACGCAACGGCGGCGTCGGTGGCGGTACGCCATCCCCACACGCT
CGTGTCCCTACTCCTCACCATCACTTTCACTCCACCGTTTCCGTTCAGAAACTTAAACGCTTCAACTCTCTCATCCTCGTCTTCCGTTTATCTACCTTCTGCTTCTCCCT
TGCCTCTGCTGTTTTCATGATTACTAACTCTCGTGGCTCTGGATCCGATTCCCCTCGCTGGTACGACTTCGACGCCTTCAGGTATGTCTTTGCAGCGAACTCCATAGTCG
CAGTGTACTCACTGTTCGAAATGATCGCTTCCGTGTGGGAAATCTCAAGAGAAGTGACTCTATTCCCTGAGATTTTACAAGTCTGGTTCGATTTCGGCCATGACCAGGCG
TTCGCGTACCTTCTTCTCTCTGCGGACTCGGCAGGGACGGCTCTTGCGATTACTCTGAAGGGAACCGACACGTGTAAGGGTGGTACTATTGTCAATTGTGTTGTACTCTA
CAGGGACGACATGTCGTTTCTGGCTTCATTTTTAACATTTGGGGCTTTGTTTGATGCGATTCCACTTAAACAGATTGTGGAGAGTGGAGAGTGGAGAGTGGAGAGAATCA
ATGAACTCGATCGCTTCGGAGTTCGGTTGATGTACGTTGAGAGCGGCGACGATGGAGTTAATTTTGGAATTCCATGGAAGATCAGTTTTCGATTGCGATTTGATTTGATT
TGA
Protein sequenceShow/hide protein sequence
MRSPQSLRNGGVGGGTPSPHARVPTPHHHFHSTVSVQKLKRFNSLILVFRLSTFCFSLASAVFMITNSRGSGSDSPRWYDFDAFRYVFAANSIVAVYSLFEMIASVWEIS
REVTLFPEILQVWFDFGHDQAFAYLLLSADSAGTALAITLKGTDTCKGGTIVNCVVLYRDDMSFLASFLTFGALFDAIPLKQIVESGEWRVERINELDRFGVRLMYVESG
DDGVNFGIPWKISFRLRFDLI