; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; CuGenDBv2

Lsi04G018790 (gene) of Bottle gourd (USVL1VR-Ls) v1 genome

Gene IDLsi04G018790
OrganismLagenaria siceraria USVL1VR-Ls (Bottle gourd (USVL1VR-Ls) v1)
Descriptionserine/arginine-rich splicing factor SR45
Genome locationchr04:25924179..25934544
RNA-Seq ExpressionLsi04G018790
SyntenyLsi04G018790
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Homology Show/hide homology
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SwissProt top hitse value%identityAlignment
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        +   +HI  L+RNV + H+ EIFS +G++  +++ ++R   +L KGY YVEF+   +AEKA  +MDG QIDG  I A   L      P PP    + P+R
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Query:  DGPKPENVGPDAEKDDMKRAREPSPRRKPPSPRRRSPVARRGGSPRRQPDSPRRRPES
          P P           M R   P  RR+  SPRRRSPV RR  SP R+    R    S
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Q28E41 RNA-binding protein with serine-rich domain 15.9e-2043.8Show/hide
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        +R RRS  SGS SSSRSRS S S S S S S S S S S S S SRS SSSSS S S SS S SP P R+   +  RR+R+     KR     ++ SP  
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Query:  ESLVLHIDALSRNVHEGHLREIFSNFGEVVNVELAMDR-TVNLPKGYGYVEFKTRSDAEKAQVYMDGAQIDGNVIRARFTLPQRQKMPTPPRTVATVPKR
            +HI  L+RNV + H+ EIFS +G++  +++ +DR   +L KGY YVEF+   +AEKA  +MDG QIDG  I A   L      P P R    +P+R
Subjt:  ESLVLHIDALSRNVHEGHLREIFSNFGEVVNVELAMDR-TVNLPKGYGYVEFKTRSDAEKAQVYMDGAQIDGNVIRARFTLPQRQKMPTPPRTVATVPKR

Query:  DGPKPENVGPDAEKDDMKRAREPSPRRKPPSPRRRSPVARRGGSPRRQPDSPRRRPES
          P    + P      M R   P  RR+  SPRRRSPV RR  SP R+    R    S
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Q3KPW1 RNA-binding protein with serine-rich domain 1-B3.8e-1943.02Show/hide
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        ++ RRS  SGS SSSRSR  S S S SSS S S S+S S S + SRS SSSSS S S SS S SP P R+   +  RR+R+     KR     ++ SP  
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Query:  ESLVLHIDALSRNVHEGHLREIFSNFGEVVNVELAMDR-TVNLPKGYGYVEFKTRSDAEKAQVYMDGAQIDGNVIRARFTLPQRQKMPTPPRTVATVPKR
            +HI  L+RNV + H+ EIFS +G++  +++ +DR   +L KGY YVEF+   +AEKA  +MDG QIDG  I A   L      P P R    +P+R
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Query:  DGPKPENVGPDAEKDDMKRAREPSPRRKPPSPRRRSPVARRGGSPRRQPDSPRRRPES
          P    + P      M R   P  RR+  SPRRRSPV RR  SP R+    R    S
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Q4R5N1 RNA-binding protein with serine-rich domain 15.0e-1942.64Show/hide
Query:  SRGRRSPPSGSGSSSRSRSLSGSDSRSSSRSRSRSASVSRSRSRSRSISSSSSLSRSGSSRSRSPPPQRKSPTETARRTRASPPPAKRSSPPARKPSPVR
        +R RRS  SGS SS+RSRS S S S SS+ + S S S S S S SRS SSS+S S S SS S SP P R+   +  RR+R+   P KR     ++ SP  
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Query:  ESLVLHIDALSRNVHEGHLREIFSNFGEVVNVELAMDRT-VNLPKGYGYVEFKTRSDAEKAQVYMDGAQIDGNVIRARFTLPQRQKMPTPPRTVATVPKR
        +   +HI  L+RNV + H+ EIFS +G++  +++ ++R   +L KGY YVEF+   +AEKA  +MDG QIDG  I A   L      P PP    + P+R
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Query:  DGPKPENVGPDAEKDDMKRAREPSPRRKPPSPRRRSPVARRGGSPRRQPDSPRRRPES
          P P           M R   P  RR+  SPRRRSPV RR  SP R+    R    S
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Q9SEE9 Serine/arginine-rich splicing factor SR452.6e-10867.52Show/hide
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        MAKPSRGRRSP           S+SGS SRSSSRSRS S+   S+SRSRSRSRS+SSSSS SRS SS SRSPP + KSP   ARR R+  PPP+K +S P
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Query:  ARKPSPVRESLVLHIDALSRNVHEGHLREIFSNFGEVVNVELAMDRTVNLPKGYGYVEFKTRSDAEKAQVYMDGAQIDGNVIRARFTLPQRQKMPTPPRT
        ++K   V+ESLVLH+D+LSRNV+E HL+EIF NFGEV++VE+AMDR VNLP+G+GYVEFK R+DAEKAQ+YMDGAQIDG V++A FTLP RQK+ +PP+ 
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Query:  VATVPKRDGPKPENVGPDAEKD-DMKRAREPSPRRKPP-SPRRRSPVARRGGSPRRQ-PDSP-RRRPESPPRRRIESPFRRDSPPPRRRPASPMRGGRSP
        V+  PKRD PK +N   DAEKD   +R RE SP+RK   SPRRRSP+ RRG SPRR+ PDSP RRRP SP RRR ++       PPRRRPASP RG    
Subjt:  VATVPKRDGPKPENVGPDAEKD-DMKRAREPSPRRKPP-SPRRRSPVARRGGSPRRQ-PDSP-RRRPESPPRRRIESPFRRDSPPPRRRPASPMRGGRSP

Query:  SPLGRRHRSPPRPSPRRIRGSPVRRRSPPPPRRRT-PPRRARSPPRRSPVVRRRSRSPIRRPARSRSRSFSPRRGRPAAAGRRGRSSSYSGSPSPRKVAR
        SP  RR+RSPPR SPRRIRGSPVRRRSP P RRR+ PPRR RSPPRRSP +RRRSRSPIRRP RSRS S SPR+GR   AGRRGRSSSYS SPSPR++ R
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Query:  RV--SRSPRRPLRG-RSSSRSSSSSSPP
        ++  SRSP+RPLRG RSSS SSSSSSPP
Subjt:  RV--SRSPRRPLRG-RSSSRSSSSSSPP

Arabidopsis top hitse value%identityAlignment
AT1G16610.1 arginine/serine-rich 451.8e-10967.52Show/hide
Query:  MAKPSRGRRSPPSGSGSSSRSRSLSGSDSRSSSRSRSRSA---SVSRSRSRSRSISSSSSLSRSGSSRSRSPPPQRKSPTETARRTRA-SPPPAKRSSPP
        MAKPSRGRRSP           S+SGS SRSSSRSRS S+   S+SRSRSRSRS+SSSSS SRS SS SRSPP + KSP   ARR R+  PPP+K +S P
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Query:  ARKPSPVRESLVLHIDALSRNVHEGHLREIFSNFGEVVNVELAMDRTVNLPKGYGYVEFKTRSDAEKAQVYMDGAQIDGNVIRARFTLPQRQKMPTPPRT
        ++K   V+ESLVLH+D+LSRNV+E HL+EIF NFGEV++VE+AMDR VNLP+G+GYVEFK R+DAEKAQ+YMDGAQIDG V++A FTLP RQK+ +PP+ 
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Query:  VATVPKRDGPKPENVGPDAEKD-DMKRAREPSPRRKPP-SPRRRSPVARRGGSPRRQ-PDSP-RRRPESPPRRRIESPFRRDSPPPRRRPASPMRGGRSP
        V+  PKRD PK +N   DAEKD   +R RE SP+RK   SPRRRSP+ RRG SPRR+ PDSP RRRP SP RRR ++       PPRRRPASP RG    
Subjt:  VATVPKRDGPKPENVGPDAEKD-DMKRAREPSPRRKPP-SPRRRSPVARRGGSPRRQ-PDSP-RRRPESPPRRRIESPFRRDSPPPRRRPASPMRGGRSP

Query:  SPLGRRHRSPPRPSPRRIRGSPVRRRSPPPPRRRT-PPRRARSPPRRSPVVRRRSRSPIRRPARSRSRSFSPRRGRPAAAGRRGRSSSYSGSPSPRKVAR
        SP  RR+RSPPR SPRRIRGSPVRRRSP P RRR+ PPRR RSPPRRSP +RRRSRSPIRRP RSRS S SPR+GR   AGRRGRSSSYS SPSPR++ R
Subjt:  SPLGRRHRSPPRPSPRRIRGSPVRRRSPPPPRRRT-PPRRARSPPRRSPVVRRRSRSPIRRPARSRSRSFSPRRGRPAAAGRRGRSSSYSGSPSPRKVAR

Query:  RV--SRSPRRPLRG-RSSSRSSSSSSPP
        ++  SRSP+RPLRG RSSS SSSSSSPP
Subjt:  RV--SRSPRRPLRG-RSSSRSSSSSSPP

AT1G16610.2 arginine/serine-rich 455.0e-10766.67Show/hide
Query:  MAKPSRGRRSPPSGSGSSSRSRSLSGSDSRSSSRSRSRSA---SVSRSRSRSRSISSSSSLSRSGSSRSRSPPPQRKSPTETARRTRA-SPPPAKRSSPP
        MAKPSRGRRSP           S+SGS SRSSSRSRS S+   S+SRSRSRSRS+SSSSS SRS SS SRSPP + KSP   ARR R+  PPP+K +S P
Subjt:  MAKPSRGRRSPPSGSGSSSRSRSLSGSDSRSSSRSRSRSA---SVSRSRSRSRSISSSSSLSRSGSSRSRSPPPQRKSPTETARRTRA-SPPPAKRSSPP

Query:  ARKPSPVRESLVLHIDALSRNVHEGHLREIFSNFGEVVNVELAMDRTVNLPKGYGYVEFKTRSDAEKAQVYMDGAQIDGNVIRARFTLPQRQKMPTPPRT
        ++K   V+ESLVLH+D+LSRNV+E HL+EIF NFGEV++VE+AMDR VNLP+G+GYVEFK R+DAEKAQ+YMDGAQIDG V++A FTLP RQK+ +PP+ 
Subjt:  ARKPSPVRESLVLHIDALSRNVHEGHLREIFSNFGEVVNVELAMDRTVNLPKGYGYVEFKTRSDAEKAQVYMDGAQIDGNVIRARFTLPQRQKMPTPPRT

Query:  VATVPKRDGPKPENVGPDAEKDDMKRAREPSPRRKPPSPRRRSPVARRGGSPRRQ-PDSP-RRRPESPPRRRIESPFRRDSPPPRRRPASPMRGGRSPSP
        V+  PKRD PK +N   DAEKD       P   R+  SPRRRSP+ RRG SPRR+ PDSP RRRP SP RRR ++       PPRRRPASP RG    SP
Subjt:  VATVPKRDGPKPENVGPDAEKDDMKRAREPSPRRKPPSPRRRSPVARRGGSPRRQ-PDSP-RRRPESPPRRRIESPFRRDSPPPRRRPASPMRGGRSPSP

Query:  LGRRHRSPPRPSPRRIRGSPVRRRSPPPPRRRT-PPRRARSPPRRSPVVRRRSRSPIRRPARSRSRSFSPRRGRPAAAGRRGRSSSYSGSPSPRKVARRV
          RR+RSPPR SPRRIRGSPVRRRSP P RRR+ PPRR RSPPRRSP +RRRSRSPIRRP RSRS S SPR+GR   AGRRGRSSSYS SPSPR++ R++
Subjt:  LGRRHRSPPRPSPRRIRGSPVRRRSPPPPRRRT-PPRRARSPPRRSPVVRRRSRSPIRRPARSRSRSFSPRRGRPAAAGRRGRSSSYSGSPSPRKVARRV

Query:  --SRSPRRPLRG-RSSSRSSSSSSPP
          SRSP+RPLRG RSSS SSSSSSPP
Subjt:  --SRSPRRPLRG-RSSSRSSSSSSPP

AT1G16610.3 arginine/serine-rich 452.9e-10765.75Show/hide
Query:  MAKPSRGRRSPPSGSGSSSRSRSLSGSDSRSSSRSRSRSA---SVSRSRSRSRSISSSSSLSRSGSSRSRSPPPQRKSPTETARRTRA-SPPPAKRSSPP
        MAKPSRGRRSP           S+SGS SRSSSRSRS S+   S+SRSRSRSRS+SSSSS SRS SS SRSPP + KSP   ARR R+  PPP+K +S P
Subjt:  MAKPSRGRRSPPSGSGSSSRSRSLSGSDSRSSSRSRSRSA---SVSRSRSRSRSISSSSSLSRSGSSRSRSPPPQRKSPTETARRTRA-SPPPAKRSSPP

Query:  ARKPSPVRESLVLHIDALSRNVHEGHLREIFSNFGEVVNVELAMDRTVNLPKGYGYVEFKTRSDAEKAQVYMDGAQIDGNVIRARFTLPQRQKMPTPPRT
        ++K   V+ESLVLH+D+LSRNV+E HL+EIF NFGEV++VE+AMDR VNLP+G+GYVEFK R+DAEKAQ+YMDGAQIDG V++A FTLP RQK+ +PP+ 
Subjt:  ARKPSPVRESLVLHIDALSRNVHEGHLREIFSNFGEVVNVELAMDRTVNLPKGYGYVEFKTRSDAEKAQVYMDGAQIDGNVIRARFTLPQRQKMPTPPRT

Query:  VATVPKRDGPKPENVGPDAEKD-DMKRAREPSPRRKPP-SPRRRSPVARRGGSPRRQ-PDSP-RRRPESPPRRRIESPFRRDSPPPRRRPASPMRGGRSP
        V+  PKRD PK +N   DAEKD   +R RE SP+RK   SPRRRSP+ RRG SPRR+ PDSP RRRP SP RRR ++       PPRRRPASP RG    
Subjt:  VATVPKRDGPKPENVGPDAEKD-DMKRAREPSPRRKPP-SPRRRSPVARRGGSPRRQ-PDSP-RRRPESPPRRRIESPFRRDSPPPRRRPASPMRGGRSP

Query:  SPLGRRHRSPPRPSPRRIRGSPVRRRSPPPPRRRT-PPRRARSPPRRSPVVRRRSRSPIRRPARSRSRSFSPRR----------GRPAAAGRRGRSSSYS
        SP  RR+RSPPR SPRRIRGSPVRRRSP P RRR+ PPRR RSPPRRSP +RRRSRSPIRRP RSRS S SPR+          G    AGRRGRSSSYS
Subjt:  SPLGRRHRSPPRPSPRRIRGSPVRRRSPPPPRRRT-PPRRARSPPRRSPVVRRRSRSPIRRPARSRSRSFSPRR----------GRPAAAGRRGRSSSYS

Query:  GSPSPRKVARRV--SRSPRRPLRG-RSSSRSSSSSSPP
         SPSPR++ R++  SRSP+RPLRG RSSS SSSSSSPP
Subjt:  GSPSPRKVARRV--SRSPRRPLRG-RSSSRSSSSSSPP


Sequences Show/hide sequences
CDS sequenceShow/hide CDS sequence
ATGGCGAAACCAAGCAGAGGCCGTCGCTCGCCGCCGTCGGGGTCGGGTTCCTCCTCACGTTCCCGCTCACTCTCCGGCTCTGATTCCCGCTCCAGTTCCCGCTCGCGCTC
CAGGTCTGCATCTGTGTCCCGCTCCCGCTCTCGTTCCAGGTCCATTTCCTCGTCTTCGTCTCTCTCTCGCAGCGGTAGTTCTCGGAGCCGAAGCCCCCCTCCTCAGAGAA
AGAGTCCGACTGAAACAGCTCGGCGGACTCGCGCTTCACCTCCACCAGCTAAACGAAGTTCTCCGCCAGCCAGGAAACCATCTCCTGTACGCGAGTCACTTGTTCTTCAT
ATTGATGCACTGAGTAGGAATGTCCACGAGGGTCATTTAAGAGAAATCTTCAGTAATTTTGGTGAAGTAGTCAATGTCGAGCTGGCAATGGATCGCACAGTCAACCTTCC
TAAAGGATATGGATATGTTGAATTCAAAACGAGATCTGATGCTGAAAAAGCCCAAGTGTATATGGATGGTGCCCAAATTGATGGGAATGTTATTCGAGCAAGATTTACAT
TGCCTCAAAGACAGAAGATGCCAACACCTCCAAGGACTGTAGCAACCGTTCCAAAGAGAGATGGTCCTAAGCCTGAAAATGTTGGTCCTGATGCTGAGAAGGATGACATG
AAAAGAGCGAGAGAACCTTCTCCTCGTCGTAAACCTCCTTCACCTAGAAGACGCTCGCCTGTTGCTCGACGAGGTGGGTCTCCTAGAAGACAACCCGATTCTCCACGCCG
TCGTCCGGAGTCTCCTCCACGCCGTCGCATAGAATCTCCTTTTCGTCGTGATTCTCCTCCTCCTAGAAGAAGGCCTGCATCGCCCATGAGAGGCGGTCGTTCCCCATCCC
CTTTGGGAAGACGACATAGATCTCCTCCAAGGCCCTCTCCAAGAAGAATTCGTGGCAGTCCTGTTCGAAGGCGTTCACCACCACCTCCTAGGCGCCGTACACCACCTCGA
CGTGCTCGTAGTCCTCCCAGAAGGTCTCCAGTAGTTCGTAGACGAAGCCGTTCACCTATTAGAAGACCAGCTCGATCACGTTCCCGATCATTTTCACCACGGAGAGGTCG
GCCGGCAGCTGCTGGTAGACGTGGGAGATCATCATCCTATTCTGGGTCACCTAGTCCACGCAAGGTGGCCAGGAGGGTATCTCGCAGTCCAAGAAGGCCTTTGAGAGGAA
GAAGCAGCAGCAGGAGCAGTAGCAGTAGTTCTCCACCCCAAAACGCCATTTCGGACAGTAACGCACCAAATGGAAGAGGAGAAAACGGCGCAAACTTCTTGGTCAAATTG
ACTCTCAGGTCGCCATTCTTGATTCTTCTCCAATTCTCATCCTCTCTCTTGACGTTTTCTTGGCGCAAATCTCCCTGTATACCCTCTAAAATCCGCCATTTTCCCAACTT
TTTTCAGCTTGATTTTGATCTTCGCTCAGTTGCTGTCAAGAACGCAAGGGCTTTGAATTTAATCCAAACCCGACCTTCGGATGTTGCTCTAATCGACGGGTTTTGTTCGG
TTTTGCATTTTACAATTGTTAGATATCTGTGTGACAGGTGA
mRNA sequenceShow/hide mRNA sequence
ATTTTACATCTCGACCATCTTTCTGTGTCGGTTCTCCTTTCATTGTCTCTGACGGGTTTAAGCTAGGGTTTCAATCTTCACTCTGCACCTATTGCCGGCCATGGCGAAAC
CAAGCAGAGGCCGTCGCTCGCCGCCGTCGGGGTCGGGTTCCTCCTCACGTTCCCGCTCACTCTCCGGCTCTGATTCCCGCTCCAGTTCCCGCTCGCGCTCCAGGTCTGCA
TCTGTGTCCCGCTCCCGCTCTCGTTCCAGGTCCATTTCCTCGTCTTCGTCTCTCTCTCGCAGCGGTAGTTCTCGGAGCCGAAGCCCCCCTCCTCAGAGAAAGAGTCCGAC
TGAAACAGCTCGGCGGACTCGCGCTTCACCTCCACCAGCTAAACGAAGTTCTCCGCCAGCCAGGAAACCATCTCCTGTACGCGAGTCACTTGTTCTTCATATTGATGCAC
TGAGTAGGAATGTCCACGAGGGTCATTTAAGAGAAATCTTCAGTAATTTTGGTGAAGTAGTCAATGTCGAGCTGGCAATGGATCGCACAGTCAACCTTCCTAAAGGATAT
GGATATGTTGAATTCAAAACGAGATCTGATGCTGAAAAAGCCCAAGTGTATATGGATGGTGCCCAAATTGATGGGAATGTTATTCGAGCAAGATTTACATTGCCTCAAAG
ACAGAAGATGCCAACACCTCCAAGGACTGTAGCAACCGTTCCAAAGAGAGATGGTCCTAAGCCTGAAAATGTTGGTCCTGATGCTGAGAAGGATGACATGAAAAGAGCGA
GAGAACCTTCTCCTCGTCGTAAACCTCCTTCACCTAGAAGACGCTCGCCTGTTGCTCGACGAGGTGGGTCTCCTAGAAGACAACCCGATTCTCCACGCCGTCGTCCGGAG
TCTCCTCCACGCCGTCGCATAGAATCTCCTTTTCGTCGTGATTCTCCTCCTCCTAGAAGAAGGCCTGCATCGCCCATGAGAGGCGGTCGTTCCCCATCCCCTTTGGGAAG
ACGACATAGATCTCCTCCAAGGCCCTCTCCAAGAAGAATTCGTGGCAGTCCTGTTCGAAGGCGTTCACCACCACCTCCTAGGCGCCGTACACCACCTCGACGTGCTCGTA
GTCCTCCCAGAAGGTCTCCAGTAGTTCGTAGACGAAGCCGTTCACCTATTAGAAGACCAGCTCGATCACGTTCCCGATCATTTTCACCACGGAGAGGTCGGCCGGCAGCT
GCTGGTAGACGTGGGAGATCATCATCCTATTCTGGGTCACCTAGTCCACGCAAGGTGGCCAGGAGGGTATCTCGCAGTCCAAGAAGGCCTTTGAGAGGAAGAAGCAGCAG
CAGGAGCAGTAGCAGTAGTTCTCCACCCCAAAACGCCATTTCGGACAGTAACGCACCAAATGGAAGAGGAGAAAACGGCGCAAACTTCTTGGTCAAATTGACTCTCAGGT
CGCCATTCTTGATTCTTCTCCAATTCTCATCCTCTCTCTTGACGTTTTCTTGGCGCAAATCTCCCTGTATACCCTCTAAAATCCGCCATTTTCCCAACTTTTTTCAGCTT
GATTTTGATCTTCGCTCAGTTGCTGTCAAGAACGCAAGGGCTTTGAATTTAATCCAAACCCGACCTTCGGATGTTGCTCTAATCGACGGGTTTTGTTCGGTTTTGCATTT
TACAATTGTTAGATATCTGTGTGACAGGTGA
Protein sequenceShow/hide protein sequence
MAKPSRGRRSPPSGSGSSSRSRSLSGSDSRSSSRSRSRSASVSRSRSRSRSISSSSSLSRSGSSRSRSPPPQRKSPTETARRTRASPPPAKRSSPPARKPSPVRESLVLH
IDALSRNVHEGHLREIFSNFGEVVNVELAMDRTVNLPKGYGYVEFKTRSDAEKAQVYMDGAQIDGNVIRARFTLPQRQKMPTPPRTVATVPKRDGPKPENVGPDAEKDDM
KRAREPSPRRKPPSPRRRSPVARRGGSPRRQPDSPRRRPESPPRRRIESPFRRDSPPPRRRPASPMRGGRSPSPLGRRHRSPPRPSPRRIRGSPVRRRSPPPPRRRTPPR
RARSPPRRSPVVRRRSRSPIRRPARSRSRSFSPRRGRPAAAGRRGRSSSYSGSPSPRKVARRVSRSPRRPLRGRSSSRSSSSSSPPQNAISDSNAPNGRGENGANFLVKL
TLRSPFLILLQFSSSLLTFSWRKSPCIPSKIRHFPNFFQLDFDLRSVAVKNARALNLIQTRPSDVALIDGFCSVLHFTIVRYLCDR