; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; ; CuGenDBv2

Lsi05G019540 (gene) of Bottle gourd (USVL1VR-Ls) v1 genome

Gene IDLsi05G019540
OrganismLagenaria siceraria USVL1VR-Ls (Bottle gourd (USVL1VR-Ls) v1)
Description2'-phosphotransferase
Genome locationchr05:26675481..26680296
RNA-Seq ExpressionLsi05G019540
SyntenyLsi05G019540
Gene Ontology termsGO:0006388 - tRNA splicing, via endonucleolytic cleavage and ligation (biological process)
GO:0000215 - tRNA 2'-phosphotransferase activity (molecular function)
InterPro domainsIPR002745 - Phosphotransferase KptA/Tpt1
IPR042080 - RNA 2'-phosphotransferase, N-terminal domain


Homology Show/hide homology
GenBank top hitse value%identityAlignment
KAA0049045.1 Phosphotransferase KptA/Tpt1 [Cucumis melo var. makuwa]4.5e-8092.13Show/hide
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TYK17519.1 tRNA 2'-phosphotransferase 1 [Cucumis melo var. makuwa]4.5e-8092.13Show/hide
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XP_004133917.2 tRNA 2'-phosphotransferase 1 isoform X1 [Cucumis sativus]6.6e-7990.45Show/hide
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XP_008438171.1 PREDICTED: tRNA 2'-phosphotransferase 1 [Cucumis melo]4.5e-8092.13Show/hide
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XP_038893116.1 tRNA 2'-phosphotransferase 1 [Benincasa hispida]1.3e-7991.01Show/hide
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TrEMBL top hitse value%identityAlignment
A0A0A0L3T7 2'-phosphotransferase3.2e-7990.45Show/hide
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A0A1S3AVU4 2'-phosphotransferase2.2e-8092.13Show/hide
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A0A5A7U5Z1 2'-phosphotransferase2.2e-8092.13Show/hide
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A0A5D3D3K0 2'-phosphotransferase2.2e-8092.13Show/hide
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A0A6J1CZ57 2'-phosphotransferase8.1e-7588.2Show/hide
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        MWA  VTNCGIKILR RPLLLPRVLITPI LPI P++FSMD  N+SS +SFAHSSKSGG GRGLD+ NDRERTRGR  GGGGGGSGKDKIDALGRLLTRI
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        LRHMASELNLNMR DGYVKVQDLLKLNLKTFANIPLR HTIDDIREAVRKDNKQRF LLEENGELLIRANQGHTVTV+
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SwissProt top hitse value%identityAlignment
O14045 Putative tRNA 2'-phosphotransferase4.1e-0735.71Show/hide
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        + L+++LRH A    L +R DGY++V  +LK  L  F  + + L     +   V+ ++K+RF++ E  G L IRANQGH++  +
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O29841 Probable RNA 2'-phosphotransferase 15.0e-0532.26Show/hide
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        K+K++ LG+ ++ +LRH   +  LNM  +G+V ++ L ++  + +  ANI L       I+  V  D KQR+ L  +     IRA  GH++ V
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Q3ZBM7 tRNA 2'-phosphotransferase 15.0e-0533.05Show/hide
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        +D+   L + L+  LRH A +L L M  DG+V +  LL+L          R  + +D++  V  + KQRF+L   + +   LIRANQGH++ V     +P
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Query:  VN--MLLPYTKYWGTINQ
        +     LP     GT  Q
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Q5EAR5 tRNA 2'-phosphotransferase 13.0e-1040.19Show/hide
Query:  TRGRGGGGGGGGSGKDKIDALGRLLTRILRHMASELNLNMRGDGYVKVQDLLKLNLKTFANIPLRLHTIDDIREAVRKDNKQRFSLLE--ENGELLIRAN
        TRGRG  G G  + + +   L + L+ +LRH AS++ L M  DG+V V++LL       A+   R  ++DD+   V  ++KQRF L +  E+  L IRAN
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Query:  QGHTVTV
        QGH+V V
Subjt:  QGHTVTV

Q8K3A2 tRNA 2'-phosphotransferase 11.4e-0737.39Show/hide
Query:  KDKIDALGRLLTRILRHMASELNLNMRGDGYVKVQDLLKLNLKTFANIPLRLHTIDDIREAVRKDNKQRFSLL--EENGELLIRANQGHTVTVIFYLYKP
        +D+   L + L+  LRH A +L L MR DG+V +Q LL+L             +I+D++  V  + KQRF+L   E +  LLIRANQGH++ V      P
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Query:  VN--MLLPYTKYWGT
        +     LP T   GT
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Arabidopsis top hitse value%identityAlignment
AT2G45330.1 RNA 2'-phosphotransferase, Tpt1 / KptA family5.4e-4764.46Show/hide
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        P+ L +S S+F           MD SN +SS     SSFA SS+SGG G G +  NDR R +GRG GGG    GKD+IDALGRLLTRILRHMA+EL LNM
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Query:  RGDGYVKVQDLLKLNLKTFANIPLRLHTIDDIREAVRKDNKQRFSLLEENGELLIRANQGHTVTVI
        RGDG+VKV+DLL LNLKT ANI L+ HTID+IREAVR+DNKQRFSL++ENGELLIRANQGH++T +
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AT2G45330.2 RNA 2'-phosphotransferase, Tpt1 / KptA family1.1e-4463.25Show/hide
Query:  PIRLPISPSLF----------SMDRSNSSSS-----SSFAHSSKSGGTGRGLDLRNDRERTRGRGGGGGGGGSGKDKIDALGRLLTRILRHMASELNLNM
        P+ L +S S+F           MD SN +SS     SSFA SS+ GG   G +  NDR R +GRG GGG    GKD+IDALGRLLTRILRHMA+EL LNM
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        RGDG+VKV+DLL LNLKT ANI L+ HTID+IREAVR+DNKQRFSL++ENGELLIRANQGH++T +
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AT5G23600.1 RNA 2'-phosphotransferase, Tpt1 / KptA family3.6e-3575.82Show/hide
Query:  DKIDALGRLLTRILRHMASELNLNMRGDGYVKVQDLLKLNLKTFANIPLRLHTIDDIREAVRKDNKQRFSLLEENGELLIRANQGHTVTVI
        D+IDALGR+LTRILRHMA+EL LNMRGDG+VKV+DLL LNLKT ANI L  HTID+IREAV +DNK+RFSL++E+GELLIRANQGH++T +
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Sequences Show/hide sequences
CDS sequenceShow/hide CDS sequence
ATGGCAAAATCTACACCGCATAAAGCATTCGTCTTCAACCTTTGTCCCTTCACGATGTGGGCTTCTGTTGTTACCAACTGCGGCATCAAAATTCTGCGCTGCCGTCCCCT
TTTGCTTCCACGTGTCCTCATCACTCCAATTCGCCTGCCCATCTCTCCTTCTCTATTCTCCATGGATAGAAGCAATTCCTCCTCCTCTTCTTCTTTTGCCCATTCCAGTA
AAAGTGGTGGAACGGGAAGAGGTTTGGATTTGAGGAATGATAGAGAAAGAACGAGAGGGCGTGGTGGAGGCGGCGGCGGCGGCGGCTCTGGTAAAGACAAAATTGACGCT
CTTGGTAGACTCTTGACTCGGATCTTGCGTCATATGGCTTCTGAGTTAAACCTGAATATGAGGGGCGATGGATATGTCAAGGTCCAGGATTTGCTAAAGTTGAATTTGAA
AACATTTGCTAATATTCCACTGAGATTGCACACAATTGATGACATAAGAGAGGCTGTTAGGAAGGATAATAAGCAGCGTTTCAGCCTCCTGGAAGAGAATGGAGAACTCT
TAATTCGAGCAAACCAAGGCCATACAGTCACGGTTATTTTCTATCTTTATAAACCAGTGAATATGTTGTTGCCTTATACAAAATATTGGGGGACTATCAATCAAGCTGAT
TGA
mRNA sequenceShow/hide mRNA sequence
ATGGCAAAATCTACACCGCATAAAGCATTCGTCTTCAACCTTTGTCCCTTCACGATGTGGGCTTCTGTTGTTACCAACTGCGGCATCAAAATTCTGCGCTGCCGTCCCCT
TTTGCTTCCACGTGTCCTCATCACTCCAATTCGCCTGCCCATCTCTCCTTCTCTATTCTCCATGGATAGAAGCAATTCCTCCTCCTCTTCTTCTTTTGCCCATTCCAGTA
AAAGTGGTGGAACGGGAAGAGGTTTGGATTTGAGGAATGATAGAGAAAGAACGAGAGGGCGTGGTGGAGGCGGCGGCGGCGGCGGCTCTGGTAAAGACAAAATTGACGCT
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TGATTGGAAAATTGTTGATTGCTTCACGTTAGGTTAAATGCATTTCATGCTTTTTAATATTTTGATTTATCTATGGAATGAAAAATCTATTTCACCTTGTTTGCTATCGT
TTCTGTATTTTGTTGCAATCTATCAGCCTTGTAAGCTAGGTAAATTGTTGACTATATAGGATTGTTTATATAAGACTTCCCCACCTCTTGTAAGATTGTGATAATGGAAC
CAAATTGTCTATTTCGTCTACACCATCATAAATGGGAAAAACTTCCTTTTTAGGTGGTTGAAACTGAAAGCTTATTAAAGCCAATTCTTTCGGCCGAGGAGGTGCCAGTA
TGTGTACACGGGACTTATAAGAAGAATTTGGAATCAATTCTGGAATCTGGTTTGAAACGTATGAAAAGATTGCACGTTCACTTCTCATGTGGTTTGCCAACGGATGGGGA
GGTTATCAGTGGTATGAGACGCAATGTCAATGTTTTAATATTTCTTGATGTCAAAAAAGCTCTGGATGATGGAATGAAGCTTTACATTTCAGAAAACAAGGTCATTCTTA
CTGAAGGCTTTGAAGGGGTGGTGGCAGTAAAATACTTCCAAAAGATTGAGTCATGGCCGAATCGACAACCTATTCCTTTTTGAGCCTAGATCGGATGGTACATGAACATG
ATTAATCATTTCTTGAAAATATTTATTAAAACATTCAATGTTCGATATGAACCAGATTGTCCTGTGCTAACTTTAATAGTTTAATGGCACAAGTTTCATTTGGATTTGGA
ACTTGGGAAATCTATGCATTGAACTTGGCTGGGAACAGAACCGTCCTTCATATGAACTTCTTGGTGAAATCATTCATGAAGGTTTGGCAACAAGTACAGATTTCTTTGTG
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ACTAAAGATTCTTAGGTATACAAACATATACACAGGACTTAGTTTTGTTTGTATATTGACTCATTATTTGATATGTTTTGATGGTGGTTGGAAATTTTAGTTTCTATTCT
TTGTGATATTTTTAATTGCCATTAGCTTAATTGGTTAAATATCATACTCTTGATTAAGATGTCTAGTTTAATTTTAAATTTACATTCAAATGTAAACATTCT
Protein sequenceShow/hide protein sequence
MAKSTPHKAFVFNLCPFTMWASVVTNCGIKILRCRPLLLPRVLITPIRLPISPSLFSMDRSNSSSSSSFAHSSKSGGTGRGLDLRNDRERTRGRGGGGGGGGSGKDKIDA
LGRLLTRILRHMASELNLNMRGDGYVKVQDLLKLNLKTFANIPLRLHTIDDIREAVRKDNKQRFSLLEENGELLIRANQGHTVTVIFYLYKPVNMLLPYTKYWGTINQAD