CuGenDBv2

Gene ID	Lsi06G006000
Organism	Lagenaria siceraria USVL1VR-Ls (Bottle gourd (USVL1VR-Ls) v1)
Description	Tubulin beta chain
Genome location	chr06:8222185..8226750
RNA-Seq Expression	Lsi06G006000
Synteny	Lsi06G006000
Gene Ontology terms	GO:0000278 - mitotic cell cycle (biological process) GO:0000226 - microtubule cytoskeleton organization (biological process) GO:0009409 - response to cold (biological process) GO:0005737 - cytoplasm (cellular component) GO:0005874 - microtubule (cellular component) GO:0005525 - GTP binding (molecular function) GO:0005200 - structural constituent of cytoskeleton (molecular function) GO:0003924 - GTPase activity (molecular function) GO:0003729 - mRNA binding (molecular function)
InterPro domains	IPR037103 - Tubulin/FtsZ-like, C-terminal domain IPR036525 - Tubulin/FtsZ, GTPase domain superfamily IPR023123 - Tubulin, C-terminal IPR018316 - Tubulin/FtsZ, 2-layer sandwich domain IPR017975 - Tubulin, conserved site IPR013838 - Beta tubulin, autoregulation binding site IPR008280 - Tubulin/FtsZ, C-terminal IPR003008 - Tubulin/FtsZ, GTPase domain IPR002453 - Beta tubulin IPR000217 - Tubulin

Homology

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Q41783 Tubulin beta-6 chain

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AT5G12250.1 beta-6 tubulin

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AT5G23860.1 tubulin beta 8

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AT5G23860.2 tubulin beta 8

4.5e-250

93.53

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AT5G62690.1 tubulin beta chain 2

6.2e-252

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AT5G62700.1 tubulin beta chain 3

6.2e-252

94.18

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        MREILH+QGGQCGNQIG+KFWEV+C EHGIDPTGRYTG SDLQLER+NVYYNEASCGR+VPRAVLMDLEPGTMDS+R+GPYGQ FRPDNFVFGQSGAGNN
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        WAKGHYTEGAELID+VLDVVRKEAENCDCLQGFQVCHSLGGGTGSGMGTLLISKIREEYPDRM+LTFSVFPSPKVSDTVVEPYNATLSVHQLVENADECM
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        VLDNEALYDICFRTLKLTTPSFGDLNHLISATMSGVTCCLRFPGQLNSDLRKLAVNLIPFPRLHFFMVGFAPLTSRGSQ YR+LTVPELTQQMWDSKNMM
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Query:  CAADPRHGRYLTASAMFRGKMSTKEVDEQMINVQNKNSSYFVEWIPNNVKSSVCDIAPKGLSMASTFIGNSTSIQEMFRRVSEQFTAMFRRKAFLHWYTG
        CAADPRHGRYLTASAMFRGKMSTKEVDEQM+NVQNKNSSYFVEWIPNNVKS+VCDI P GL MASTFIGNSTSIQEMFRRVSEQFTAMFRRKAFLHWYTG
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        EGMDEMEFTEAESNMNDLVSEYQQYQDATADEE  Y DEEE + +QE
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Sequences

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ACAGTGTGAGGACGGGTCCTTATGGACAAATCTTCAGGCCTGATAATTTCGTTTTTGGGCAATCTGGTGCTGGTAATAACTGGGCCAAGGGGCATTACACCGAAGGAGCA
GAACTCATTGATGCTGTCCTTGACGTCGTGAGAAAGGAAGCCGAGAATTGTGATTGCCTTCAAGGTTTCCAAGTGTGCCATTCACTTGGTGGAGGCACTGGTTCTGGAAT
GGGGACTCTTTTGATATCCAAAATCAGAGAAGAATATCCGGACAGGATGTTGCTTACTTTCTCTGTCTTCCCTTCGCCAAAAGTGTCGGATACAGTTGTAGAACCGTACA
ATGCTACACTTTCCGTTCACCAGCTCGTTGAGAATGCAGATGAGTGCATGGTGCTGGACAATGAAGCATTATATGATATTTGCTTCAGGACTCTTAAGTTAACTACTCCT
AGCTTTGGGGATCTCAACCATTTAATTTCTGCTACAATGAGTGGGGTGACCTGCTGTCTCAGATTTCCTGGCCAGCTTAACTCCGACCTCAGAAAACTTGCTGTCAATCT
AATTCCCTTCCCTCGTTTACACTTCTTCATGGTCGGATTTGCTCCTCTTACTTCACGTGGGTCACAGCTATATAGGGCGCTGACCGTCCCAGAGTTGACACAGCAAATGT
GGGATTCTAAAAACATGATGTGCGCTGCAGATCCACGGCATGGCCGATACCTCACTGCCTCTGCCATGTTCAGGGGCAAGATGAGTACTAAAGAAGTTGATGAACAAATG
ATCAATGTTCAGAACAAGAATTCCTCATACTTCGTGGAGTGGATTCCAAACAATGTTAAATCCAGCGTTTGTGACATTGCTCCTAAAGGACTTTCCATGGCATCGACCTT
CATCGGAAACTCAACCTCCATTCAGGAAATGTTCAGGCGTGTGAGCGAGCAGTTCACAGCCATGTTCAGGAGGAAGGCTTTCTTGCACTGGTACACTGGAGAAGGAATGG
ATGAAATGGAGTTCACTGAAGCAGAAAGCAACATGAACGATCTCGTTTCCGAGTATCAGCAGTACCAGGATGCCACAGCTGATGAGGAGTATTACGACGAGGAAGAGGAA
GACCCTGAACAGGAGTAA

mRNA sequence

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ATCACTCTCACTTCTCAATTCACTCTCTTCTCCACTCCCAATCACCTGACTTGCCTCCCAATCACCTGACTTGCCTCCTACTCCACCGCCAGGTTCCGCCCTCTCCCGCC
GGAACCCGCCCCATTTTGCCCTGTATCGCCGGAACCTCTCCGAGTGTTCTTGCGAGCAGTGAGAAGATGAGGGAGATTCTCCACGTTCAAGGAGGTCAGTGTGGTAACCA
GATCGGATCCAAGTTTTGGGAAGTTTTGTGTGAGGAACATGGCATAGATCCGACTGGTCGATACACTGGAACCTCTGATTTGCAACTTGAACGTGTAAATGTGTACTACA
ATGAGGCTTCTTGCGGGCGTTATGTCCCTCGAGCCGTGCTCATGGATCTCGAGCCTGGTACCATGGACAGTGTGAGGACGGGTCCTTATGGACAAATCTTCAGGCCTGAT
AATTTCGTTTTTGGGCAATCTGGTGCTGGTAATAACTGGGCCAAGGGGCATTACACCGAAGGAGCAGAACTCATTGATGCTGTCCTTGACGTCGTGAGAAAGGAAGCCGA
GAATTGTGATTGCCTTCAAGGTTTCCAAGTGTGCCATTCACTTGGTGGAGGCACTGGTTCTGGAATGGGGACTCTTTTGATATCCAAAATCAGAGAAGAATATCCGGACA
GGATGTTGCTTACTTTCTCTGTCTTCCCTTCGCCAAAAGTGTCGGATACAGTTGTAGAACCGTACAATGCTACACTTTCCGTTCACCAGCTCGTTGAGAATGCAGATGAG
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GGTGACCTGCTGTCTCAGATTTCCTGGCCAGCTTAACTCCGACCTCAGAAAACTTGCTGTCAATCTAATTCCCTTCCCTCGTTTACACTTCTTCATGGTCGGATTTGCTC
CTCTTACTTCACGTGGGTCACAGCTATATAGGGCGCTGACCGTCCCAGAGTTGACACAGCAAATGTGGGATTCTAAAAACATGATGTGCGCTGCAGATCCACGGCATGGC
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TCCAAACAATGTTAAATCCAGCGTTTGTGACATTGCTCCTAAAGGACTTTCCATGGCATCGACCTTCATCGGAAACTCAACCTCCATTCAGGAAATGTTCAGGCGTGTGA
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GTTTCCGAGTATCAGCAGTACCAGGATGCCACAGCTGATGAGGAGTATTACGACGAGGAAGAGGAAGACCCTGAACAGGAGTAACTTCACTTACCTGGTTATAACTCTCA
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Protein sequence

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ELIDAVLDVVRKEAENCDCLQGFQVCHSLGGGTGSGMGTLLISKIREEYPDRMLLTFSVFPSPKVSDTVVEPYNATLSVHQLVENADECMVLDNEALYDICFRTLKLTTP
SFGDLNHLISATMSGVTCCLRFPGQLNSDLRKLAVNLIPFPRLHFFMVGFAPLTSRGSQLYRALTVPELTQQMWDSKNMMCAADPRHGRYLTASAMFRGKMSTKEVDEQM
INVQNKNSSYFVEWIPNNVKSSVCDIAPKGLSMASTFIGNSTSIQEMFRRVSEQFTAMFRRKAFLHWYTGEGMDEMEFTEAESNMNDLVSEYQQYQDATADEEYYDEEEE
DPEQE

Lsi06G006000 (gene) of Bottle gourd (USVL1VR-Ls) v1 genome