CuGenDBv2

Gene ID	Lsi07G008290
Organism	Lagenaria siceraria USVL1VR-Ls (Bottle gourd (USVL1VR-Ls) v1)
Description	Serine/arginine repetitive matrix-like protein
Genome location	chr07:9226400..9227785
RNA-Seq Expression	Lsi07G008290
Synteny	Lsi07G008290
Gene Ontology terms	GO:0003677 - DNA binding (molecular function)
InterPro domains	NA

Homology

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GenBank top hits

e value

%identity

Alignment

KAA0062958.1 putative serine-rich protein [Cucumis melo var. makuwa]

6.1e-212

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XP_008451820.1 PREDICTED: uncharacterized serine-rich protein C215.13 [Cucumis melo]

7.2e-213

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        TT SSSSYFSEANSKALKYFLHRSSKSSLSSSLDSS+SLPLLKDSDSESVSLSSSRVSLSSSSSGHEHEDLHRLSLDCENKPNTNPISLHRNPNH+NPPR
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XP_022931532.1 homeobox protein prospero-like [Cucurbita moschata]

3.6e-212

87.77

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XP_023551901.1 uncharacterized protein LOC111809733 [Cucurbita pepo subsp. pepo]

2.5e-213

87.98

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XP_038878848.1 uncharacterized serine-rich protein C215.13-like [Benincasa hispida]

9.7e-226

92.72

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        K RPKSESNPRSTSTADHHPTATRVGRSPLR TPGESSS+SSRLGIRGVSVDSPRMNSSGKIVFHNLERSSSSPSSFNGGPKFK+RGMERSYSANVRVTP
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TrEMBL top hits

e value

%identity

Alignment

A0A1S3BT64 uncharacterized serine-rich protein C215.13

3.5e-213

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A0A5A7V5R8 Putative serine-rich protein

3.0e-212

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A0A5D3CZJ6 Putative serine-rich protein

3.5e-213

88.56

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        TT SSSSYFSEANSKALKYFLHRSSKSSLSSSLDSS+SLPLLKDSDSESVSLSSSRVSLSSSSSGHEHEDLHRLSLDCENKPNTNPISLHRNPNH+NPPR
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A0A6J1ETX7 homeobox protein prospero-like

1.7e-212

87.77

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A0A6J1JAD5 uncharacterized serine-rich protein C215.13

3.0e-212

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        FLDGKLVPLQVSSVKPSVNGLKSTRCVSSPE+A Q+RRRVE+EC TDPYLFSPKAPRCSSRWRELLGLKKLYQSSSNG    +G AKNENHKTTTT SSS
Subjt:  FLDGKLVPLQVSSVKPSVNGLKSTRCVSSPETAAQSRRRVEEECTTDPYLFSPKAPRCSSRWRELLGLKKLYQSSSNG----SGGAKNENHKTTTTSSSS

Query:  SYFSEANSKALKYFLHRSSKSSLSSSLDSSMSLPLLKDSDSESVSLSSSRVSLSSSSSGHEHEDLHRLSLDCENKPNTNPISLHRNPNHHNPPRMRLVKP
        SYFSEANSKALKYFLHR+SKSSL+SS DSS+SLPLLKDSDSESVSLSSSRVSLSSSSSGHEHEDLHRLSLDCEN PN NPISLHRNPNH+NPPRMRLVKP
Subjt:  SYFSEANSKALKYFLHRSSKSSLSSSLDSSMSLPLLKDSDSESVSLSSSRVSLSSSSSGHEHEDLHRLSLDCENKPNTNPISLHRNPNHHNPPRMRLVKP

Query:  RPKSESNPRSTSTADHHPTATRVGRSPLRRTPGESSSSSSRL-GIRGVSVDSPRMNSSGKIVFHNLERSSSSPSSFNGGPKFKNRGMERSYSANVRVTPV
        RPKSE+NPRSTST DHHPTA RVGRSP+RRTPGE  SSSSRL GIRGVSVDSPRMNSSGKIVFHNLERSSSSPS+FNGGPKFKNRGMERSYSANVRVTPV
Subjt:  RPKSESNPRSTSTADHHPTATRVGRSPLRRTPGESSSSSSRL-GIRGVSVDSPRMNSSGKIVFHNLERSSSSPSSFNGGPKFKNRGMERSYSANVRVTPV

Query:  LNVPVCSSLRGSSKSVSVFGFGPLFTGTGGGGGSSNRNHQSSSSSSSNNNRTTRRIIETDSGGKIH
        LNVPVCSSLRGSSKS SVFGFGPLFTGTGG      R+HQSSSSSSS N  TTRRI ETD GGKIH
Subjt:  LNVPVCSSLRGSSKSVSVFGFGPLFTGTGGGGGSSNRNHQSSSSSSSNNNRTTRRIIETDSGGKIH

SwissProt top hits	e value	%identity	Alignment
No hits found

Arabidopsis top hits

e value

%identity

Alignment

AT1G56020.1 unknown protein

6.0e-64

45.24

Show/hide

Query:  MASACVNNVGMSSENFLDCSSSVPCHSYGWLSPRISFSRDFPDDSPPSSNLVGPLSKPKPATNPAGQSEIRDPDPELVPVSEFEFRLQDPVSLMLPADEL
        MASACV + G+S E F          SYGW SPR+S +R   DD+  SS++    S P P        EI+D      PV +FEF L+DPV+ ML ADEL
Subjt:  MASACVNNVGMSSENFLDCSSSVPCHSYGWLSPRISFSRDFPDDSPPSSNLVGPLSKPKPATNPAGQSEIRDPDPELVPVSEFEFRLQDPVSLMLPADEL

Query:  FLDGKLVPLQVSSVKPSVNGLKSTRCVSSPE-----TAAQSRRRVEEECTTDPYLFSPKAPRCSSRWRELLGLKKLYQSSSNGSGGAKNENHKTTTTSSS
        F DGKLVPL+ S  K +     +T   ++ E        +S RR+E E +    LFSPKAPRC++RWRELLGLK+L          AK +      +SSS
Subjt:  FLDGKLVPLQVSSVKPSVNGLKSTRCVSSPE-----TAAQSRRRVEEECTTDPYLFSPKAPRCSSRWRELLGLKKLYQSSSNGSGGAKNENHKTTTTSSS

Query:  SSYFSEANSKALKYFLHRSSKSSLSSSLDSSMSLPLLKDSD-SESVSLSSSRVSL-SSSSSGHEHEDLHRLSLDCENKPNTNPISLHRNPNHH-NPPRMR
        SS  +   + + K FLHR SKSS      ++ S PL K+SD SES+S++SSR+SL SSSSS HE +DL RLSLD + KP+ NP +  R  + + N PR+R
Subjt:  SSYFSEANSKALKYFLHRSSKSSLSSSLDSSMSLPLLKDSD-SESVSLSSSRVSL-SSSSSGHEHEDLHRLSLDCENKPNTNPISLHRNPNHH-NPPRMR

Query:  LVKPRPKSESNPRSTSTADHHPTATRVGRSPLRRTPGESSSSSSRLGIRGVSV--DSPRMNSSGKIVFHNLERSSSSPSSFNGGPKFK-NRGMERSYSAN
        L KPR    ++P ST + D                   SSSSS+ +  RG++V  DSPR+N+SGKIVFH LERSSSSP SF GGP+ K + GM RSYSAN
Subjt:  LVKPRPKSESNPRSTSTADHHPTATRVGRSPLRRTPGESSSSSSRLGIRGVSV--DSPRMNSSGKIVFHNLERSSSSPSSFNGGPKFK-NRGMERSYSAN

Query:  VRVTPVLNVPVCSSLRGSSKSVSVFGFGPLFTGTGGGGGSS----NRNHQSSSSSSSNNNRT
        VR+TPVLNVPVCS   G         FG LF+ +     SS    N++   S+ S +  NRT
Subjt:  VRVTPVLNVPVCSSLRGSSKSVSVFGFGPLFTGTGGGGGSS----NRNHQSSSSSSSNNNRT

AT1G79060.1 unknown protein

1.3e-71

48.17

Show/hide

Query:  MASACVNNVGMSSENFLDCSSSVPCHSYGWLSPRISFSRDFPDDSPPSSNLVGPLSKPKPATNPAGQSEIRDPDPELVPVSEFEFRLQDPVSLMLPADEL
        MAS CVNNV +S +            +YG  +PR SFSRD  D    S ++   + K + A                V   +FEFRL++    MLPADEL
Subjt:  MASACVNNVGMSSENFLDCSSSVPCHSYGWLSPRISFSRDFPDDSPPSSNLVGPLSKPKPATNPAGQSEIRDPDPELVPVSEFEFRLQDPVSLMLPADEL

Query:  FLDGKLVPLQVSSVKPSVNGLKSTRCVSSPETAAQSRRRVEEECTTDPYLFSPKAPRCSSRWRELLGLKKLYQSSSNGSGGAKNENHKTTTTSSSSSYFS
        F DGKLV  Q       + G      V   E +        + C+     FSPKAPRCSSRWR+LLGLK+  Q+SS  +  A      TTTT+  SS   
Subjt:  FLDGKLVPLQVSSVKPSVNGLKSTRCVSSPETAAQSRRRVEEECTTDPYLFSPKAPRCSSRWRELLGLKKLYQSSSNGSGGAKNENHKTTTTSSSSSYFS

Query:  EANSKALKYFLHRSSKSSLSSSLDSS--MSLPLLKDSDSESVSLSSSRVSLSSSSSGHEHEDLHRLSLDCENKPNTNPI-----SLHRNP------NHHN
           + +LK FLHRSS+SS SSS D+S  MSLPLLKDSDSESVS+SSSR+SLSSSSSGH+HEDL RLSLD E +PN N I     +L  NP       + N
Subjt:  EANSKALKYFLHRSSKSSLSSSLDSS--MSLPLLKDSDSESVSLSSSRVSLSSSSSGHEHEDLHRLSLDCENKPNTNPI-----SLHRNP------NHHN

Query:  PPRMRLVKPRPKSESNPRSTSTADHHPTATRVGRSPLRRTPGESSSSSSRLGIRGVSVDSPRMNSSGKIVFHNLERSSSSPSSFNGGPK-FKNRGMERSY
        PPRMRLV           STS         RVGRSP+RR+ GE+S+  +    RGVSVDSPR+NSSGKIVF NLERSSSSPSSFNGG   +++RGMERSY
Subjt:  PPRMRLVKPRPKSESNPRSTSTADHHPTATRVGRSPLRRTPGESSSSSSRLGIRGVSVDSPRMNSSGKIVFHNLERSSSSPSSFNGGPK-FKNRGMERSY

Query:  SANVRVTPVLNVPVCSSLRGSSKSVSVFGFGPLFTGTGGGGGSSNRNHQSSSSSSSNNNRTTRRI
        S+NVRVTPVLNVPVC S+RG S       FG  F+ +     SS+ + Q++ + ++NNNR +  I
Subjt:  SANVRVTPVLNVPVCSSLRGSSKSVSVFGFGPLFTGTGGGGGSSNRNHQSSSSSSSNNNRTTRRI

AT3G12970.1 unknown protein

1.5e-54

41.94

Show/hide

Query:  MASACVNNVGMSSENFLDCSSSVPCHSYGWLSPRISFSRDFPDDSPPSSNLVGPLSKPKPATNPAGQSEIRDPDPELVPVSEFEFRLQDPVSLMLPADEL
        MAS CV NVG S           P HS  W S ++S +R+               S+P     PA ++E         PV +FEF L+DPV+ ML ADEL
Subjt:  MASACVNNVGMSSENFLDCSSSVPCHSYGWLSPRISFSRDFPDDSPPSSNLVGPLSKPKPATNPAGQSEIRDPDPELVPVSEFEFRLQDPVSLMLPADEL

Query:  FLDGKLVPLQVSSVKPSVNGLKSTRCVSSPETAAQSRRRVEEECT--TDPYLFSPKAPRCSSRWRELLGLKKLYQSSSNGSGGAKNENHKTTTTSSSSSY
        F DGKLVPL+ S V       +     S   TA +  RR+E E +   DPYLFSP+APRC+ RWRELLGLK+L ++    S          +++S  SS 
Subjt:  FLDGKLVPLQVSSVKPSVNGLKSTRCVSSPETAAQSRRRVEEECT--TDPYLFSPKAPRCSSRWRELLGLKKLYQSSSNGSGGAKNENHKTTTTSSSSSY

Query:  FSEANSKALKYFLHRSSKSSLSSSLDSSMSLPLLKDSD---SESVSLSSSRVSL-SSSSSGHEHEDLHRLSLDCENKPNT-NPISLHRNPNHHNPPRMRL
             + + ++FL+RSSKS+           P  KDSD   S S S+SSSR+SL SSSSSGHE +DL RLSLD +NKP T NP +  R  +HH+      
Subjt:  FSEANSKALKYFLHRSSKSSLSSSLDSSMSLPLLKDSD---SESVSLSSSRVSL-SSSSSGHEHEDLHRLSLDCENKPNT-NPISLHRNPNHHNPPRMRL

Query:  VKPRPKSESNPRSTSTADHHPTATRVGRSPLRRTP-GESSSSSSRLGIRGVSVDSPRMNSSGKIVFHNLERSSSSPSSFNGGPKFK-NRGMERSYSANVR
             ++++ P                R P R T   ES+ SS    +  V+ DSPR+N+SGKIVFH LERSSSSP +F GGP+ K + GM RS+SANVR
Subjt:  VKPRPKSESNPRSTSTADHHPTATRVGRSPLRRTP-GESSSSSSRLGIRGVSVDSPRMNSSGKIVFHNLERSSSSPSSFNGGPKFK-NRGMERSYSANVR

Query:  VTPVLNVPVCSSLRGSSKSVSVFGFGPLFTGTGGGGGSSNRNHQSSSSSSSNNNRTTRRIIETDS
        +TPVLNVPV SSLR   KS  +F FG LF  +     SS+  +++   S++  NRT R  +E  S
Subjt:  VTPVLNVPVCSSLRGSSKSVSVFGFGPLFTGTGGGGGSSNRNHQSSSSSSSNNNRTTRRIIETDS

Sequences

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CDS sequence

Show/hide CDS sequence

ATGGCGTCCGCATGCGTTAACAATGTCGGAATGTCGTCGGAAAATTTCCTCGACTGCTCTTCTTCTGTTCCATGCCATTCCTATGGCTGGCTCAGCCCTCGCATCTCCTT
CAGCCGCGACTTCCCCGACGATTCCCCACCTTCTTCCAACCTTGTTGGACCTTTATCTAAGCCTAAGCCTGCCACTAACCCGGCCGGACAGTCCGAGATTCGAGATCCGG
ATCCTGAACTGGTTCCAGTCAGTGAGTTCGAGTTCCGTCTTCAAGATCCCGTCTCCTTGATGCTCCCTGCGGATGAGCTGTTTTTGGATGGGAAACTCGTGCCGCTTCAG
GTCTCGTCTGTTAAACCCTCAGTCAACGGTTTGAAGTCTACGAGGTGCGTTTCGTCGCCGGAGACTGCGGCTCAGTCCCGCCGGAGAGTTGAGGAAGAATGCACTACGGA
TCCGTATCTGTTTTCTCCTAAGGCGCCGAGGTGTTCCAGTCGATGGAGAGAGCTTTTAGGGCTCAAAAAGCTGTACCAGAGCAGCAGCAATGGCAGTGGCGGCGCTAAAA
ACGAAAACCACAAAACGACGACAACGTCGTCGTCGTCGTCTTACTTCTCGGAAGCAAATTCGAAGGCGCTGAAATACTTCCTCCACCGGAGTTCGAAATCATCGTTGTCG
TCCTCGTTGGATTCGTCGATGAGCCTTCCATTACTGAAGGATTCCGATAGTGAGTCTGTTTCGCTATCTTCTTCCCGTGTATCTCTTTCCTCTTCTTCCTCAGGTCACGA
ACACGAAGATCTTCACAGACTCTCACTCGATTGCGAAAATAAGCCAAACACGAATCCGATTTCCCTCCATAGGAACCCTAATCACCACAATCCACCGCGGATGAGACTGG
TGAAACCGAGGCCTAAATCGGAGAGCAATCCAAGATCAACATCAACAGCGGATCATCATCCGACGGCGACGAGAGTAGGGAGAAGCCCGTTGCGGCGTACACCTGGAGAG
TCATCATCATCATCCAGTAGATTAGGGATTCGAGGAGTGTCCGTAGATAGTCCACGAATGAACTCGTCAGGGAAAATCGTGTTCCACAACTTGGAGAGAAGCTCAAGCAG
TCCAAGCAGCTTCAATGGCGGACCAAAATTCAAAAACAGAGGAATGGAACGATCATACTCTGCGAACGTGAGAGTGACTCCAGTCCTAAACGTTCCAGTTTGTTCTTCCT
TAAGAGGATCCTCAAAATCCGTCTCTGTGTTCGGATTCGGCCCCTTATTCACCGGCACCGGCGGCGGCGGCGGAAGCAGCAACAGAAACCACCAGAGTAGTAGTAGTAGC
AGTAGTAATAACAACCGGACGACAAGGCGGATCATCGAAACTGACAGCGGAGGGAAAATCCATTGA

mRNA sequence

Show/hide mRNA sequence

Protein sequence

Show/hide protein sequence

MASACVNNVGMSSENFLDCSSSVPCHSYGWLSPRISFSRDFPDDSPPSSNLVGPLSKPKPATNPAGQSEIRDPDPELVPVSEFEFRLQDPVSLMLPADELFLDGKLVPLQ
VSSVKPSVNGLKSTRCVSSPETAAQSRRRVEEECTTDPYLFSPKAPRCSSRWRELLGLKKLYQSSSNGSGGAKNENHKTTTTSSSSSYFSEANSKALKYFLHRSSKSSLS
SSLDSSMSLPLLKDSDSESVSLSSSRVSLSSSSSGHEHEDLHRLSLDCENKPNTNPISLHRNPNHHNPPRMRLVKPRPKSESNPRSTSTADHHPTATRVGRSPLRRTPGE
SSSSSSRLGIRGVSVDSPRMNSSGKIVFHNLERSSSSPSSFNGGPKFKNRGMERSYSANVRVTPVLNVPVCSSLRGSSKSVSVFGFGPLFTGTGGGGGSSNRNHQSSSSS
SSNNNRTTRRIIETDSGGKIH

Lsi07G008290 (gene) of Bottle gourd (USVL1VR-Ls) v1 genome