CuGenDBv2

Gene ID	Lsi08G001250
Organism	Lagenaria siceraria USVL1VR-Ls (Bottle gourd (USVL1VR-Ls) v1)
Description	Zinc finger BED domain-containing protein RICESLEEPER 2-like isoform X3
Genome location	chr08:2653280..2655883
RNA-Seq Expression	Lsi08G001250
Synteny	Lsi08G001250
Gene Ontology terms	GO:0006508 - proteolysis (biological process) GO:0005634 - nucleus (cellular component) GO:0003677 - DNA binding (molecular function) GO:0004177 - aminopeptidase activity (molecular function) GO:0008237 - metallopeptidase activity (molecular function) GO:0008270 - zinc ion binding (molecular function) GO:0046983 - protein dimerization activity (molecular function)
InterPro domains	IPR008906 - HAT, C-terminal dimerisation domain IPR012337 - Ribonuclease H-like superfamily

Homology

Show/hide homology

GenBank top hits

e value

%identity

Alignment

KAA0026183.1 putative transposase [Cucumis melo var. makuwa]

3.1e-07

61.7

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KAA0026183.1 putative transposase [Cucumis melo var. makuwa]

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KAA0047565.1 putative transposase [Cucumis melo var. makuwa]

5.1e-58

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KAA0060372.1 putative transposase [Cucumis melo var. makuwa]

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KAA0060372.1 putative transposase [Cucumis melo var. makuwa]

2.4e-07

48.48

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KAA0060372.1 putative transposase [Cucumis melo var. makuwa]

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TYK30761.1 putative transposase [Cucumis melo var. makuwa]

2.3e-58

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TrEMBL top hits

e value

%identity

Alignment

A0A5A7SNJ1 Putative transposase

2.5e-58

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A0A5A7SNJ1 Putative transposase

1.5e-07

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A0A5A7SNJ1 Putative transposase

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A0A5A7UWZ3 Putative transposase

1.1e-58

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A0A5A7UWZ3 Putative transposase

1.2e-07

48.48

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A0A5A7UWZ3 Putative transposase

2.5e-58

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A0A5D3E590 Putative transposase

1.1e-58

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SwissProt top hits

e value

%identity

Alignment

B9FJG3 Zinc finger BED domain-containing protein RICESLEEPER 1

5.5e-15

47.87

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P03010 Putative AC9 transposase

8.0e-14

30.71

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        C P  P+       ++ D   ++            K Y      E+ +Y+ E  ++     ++L+WW+   + + I++Q+ARD+ +I +STV SESAFS 
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        GGRV+D +R+ L  +  E LIC ++W+
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P08770 Putative AC transposase

8.0e-14

30.71

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        C P  P+       ++ D   ++            K Y      E+ +Y+ E  ++     ++L+WW+   + + I++Q+ARD+ +I +STV SESAFS 
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Query:  GGRVLDSFRSSLTPQTAETLICAQNWL
        GGRV+D +R+ L  +  E LIC ++W+
Subjt:  GGRVLDSFRSSLTPQTAETLICAQNWL

Q6AVI0 Zinc finger BED domain-containing protein RICESLEEPER 2

5.0e-16

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Query:  KIEVARYLDEA---RIEDENLNLLNWWKLNSSRFKIISQVARDIYSIPISTVPS-ESAFS--TGGRVLDSFRSSLTPQTAETLICAQNWLQSKP
        K E+ +YLDE+   RI++   ++LNWWKLN+ +F  +S++ARDI +IP+S V S  S FS  TG R+LD +RSSL P+  E L+CA++WLQ  P
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Q75HY5 Zinc finger BED domain-containing protein RICESLEEPER 3

1.5e-15

47.31

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Query:  EVARYLDEA---RIEDENLNLLNWWKLNSSRFKIISQVARDIYSIPISTVPSE----SAFSTGGRVLDSFRSSLTPQTAETLICAQNWLQSKP
        E+ +YL+EA   RI+D    +L WWKLN+ +F  +S++ARD+ +IP+S V S     SA +TG ++LD +RSSL P+T E L CA++WLQ  P
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Arabidopsis top hits

e value

%identity

Alignment

AT1G18560.1 BED zinc finger ;hAT family dimerisation domain

1.5e-07

27.38

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Query:  EVARYLDEARIEDENLNLLNWWKLNSSRFKIISQVARDIYSIPISTVPSESAFSTGGRVLDSFRSSLTPQTAETLICAQNWLQS
        E+ +YL E+ I     ++L+WWK+NS R+  +S +ARD  ++  ++   E  F   G  +D  +  +   + +++IC ++W+++
Subjt:  EVARYLDEARIEDENLNLLNWWKLNSSRFKIISQVARDIYSIPISTVPSESAFSTGGRVLDSFRSSLTPQTAETLICAQNWLQS

AT3G42170.1 BED zinc finger ;hAT family dimerisation domain

1.1e-13

Show/hide

Query:  KIEVARYLDEARI-EDENLNLLNWWKLNSSRFKIISQVARDIYSIPISTVPSESAFSTGGRVLDSFRSSLTPQTAETLICAQNWL
        K E+ +YLDE  +   +  ++L+WWK N  ++  +S++ARDI SIP+S    +  F    R +D +++SL P+T E LICA+ WL
Subjt:  KIEVARYLDEARI-EDENLNLLNWWKLNSSRFKIISQVARDIYSIPISTVPSESAFSTGGRVLDSFRSSLTPQTAETLICAQNWL

Sequences

Show/hide sequences

CDS sequence

Show/hide CDS sequence

ATGAAGATGACTTCAACGTTTTCTACTCAAACTCTTCATTCAGTTGCAAATGATAATCCTAATCCTTGTGTCACTAGTCCAATAAGATTGTTAGGAAAAAGAAAA
CCTATTAAAGCAGCATCATTGGCTTGGGAACATTTTATTAAGGTAGAAGGATGTGATCCTGAACATCCTAGGGCTGCTTGTAAGGTACGTGCTGCTGTTCATGAT
AGATTTAAACAAAGTAATAAAAAATATCCAAATGATGGAAAAATAGAGGTTGCTCGTTATTTAGATGAGGCACGTATAGAAGATGAAAATTTAAATCTTCTAAAT
TGGTGGAAATTGAATTCTTCTCGATTTAAGATTATTAGCCAAGTGGCCAGGGACATCTACAGTATTCCTATATCTACAGTGCCATCTGAATCAGCTTTTAGCACT
GGTGGACGAGTGTTAGATTCTTTTCGAAGTTCACTAACTCCTCAAACTGCAGAGACACTTATTTGTGCTCAGAATTGGCTTCAATCTAAACCTTTGGATGATATG
AGTGAAGAAATTGATGGAGCGGAAGAAATTGATGAAGAATTCACTAACATACGAAAGGAGATTGAAGTTGCCTTTGAGAATGTGAATATTGATTTTACGGTTAGA
GTCTTGAAGTACAATAATGGAATCAGAGTTGTATTGGGAACCCGAAGGAGTCAAACATGA

mRNA sequence

Show/hide mRNA sequence

Protein sequence

Show/hide protein sequence

MKMTSTFSTQTLHSVANDNPNPCVTSPIRLLGKRKPIKAASLAWEHFIKVEGCDPEHPRAACKVRAAVHDRFKQSNKKYPNDGKIEVARYLDEARIEDENLNLLN
WWKLNSSRFKIISQVARDIYSIPISTVPSESAFSTGGRVLDSFRSSLTPQTAETLICAQNWLQSKPLDDMSEEIDGAEEIDEEFTNIRKEIEVAFENVNIDFTVR
VLKYNNGIRVVLGTRRSQT

Lsi08G001250 (gene) of Bottle gourd (USVL1VR-Ls) v1 genome